Öppen anteckningsbok vetenskap

Vetenskap med öppen anteckningsbok är metoden att göra hela det primära dokumentet för ett forskningsprojekt offentligt tillgängligt online när det registreras. Detta innebär att forskarens personliga, eller laboratorie-, anteckningsbok placeras online tillsammans med all rå och bearbetad data, och eventuellt tillhörande material, allt eftersom detta material genereras. Tillvägagångssättet kan sammanfattas med sloganen "ingen insiderinformation". Det är den logiska ytterligheten av transparenta tillvägagångssätt för forskning och inkluderar uttryckligen tillgängliggörandet av misslyckade, mindre betydelsefulla och annars opublicerade experiment; så kallade "mörk data". Utövandet av öppen anteckningsbokvetenskap, även om det inte är normen i det akademiska samfundet, har nyligen fått betydande uppmärksamhet i forskning och allmänna medier som en del av en allmän trend mot mer öppna tillvägagångssätt i forskningspraktik och publicering. Open notebook-vetenskap kan därför beskrivas som en del av en bredare öppen vetenskapsrörelse som inkluderar förespråkande och antagande av öppen åtkomstpublikation, öppen data , crowdsourcing -data och medborgarvetenskap . Den är delvis inspirerad av framgången med öppen källkod och bygger på många av dess idéer.

Historia

Termen "vetenskap med öppen anteckningsbok" användes först 2006 i ett blogginlägg av Jean-Claude Bradley , en docent i kemi vid Drexel University vid den tiden. Bradley beskrev vetenskap med öppen anteckningsbok så här:

... det finns en URL till en laboratorieanteckningsbok som är fritt tillgänglig och indexerad på vanliga sökmotorer. Det behöver inte nödvändigtvis se ut som en pappersanteckningsbok men det är viktigt att all information som är tillgänglig för forskarna för att dra sina slutsatser är lika tillgänglig för resten av världen

— Jean-Claude Bradley

Utövare

Aktiva

Experimentell (alfabetisk efter efternamn)

"Ett team av banbrytande forskare vid SGC delar nu sina labb-anteckningsböcker online" .


Teoretisk

  • Tobias J. Osborne
  • Carl Boettiger, Teori och beräkningsmodellering i ekologi och evolution.
  • Dror Bar-Natan
  • Andrés G. Saravia, fysik Ph.D. student vid Cinvestav-Mérida.
  • Daniel Himmelstein, som ledde Project Rephetio – en studie som återanvänder läkemedel som använde GitHub och Thinklab för vetenskap och samarbete för öppen anteckningsbok i realtid.

Arkiverad (alfabetisk efter efternamn)

  • Brigette Black), fysik Ph.D. student i Koch lab vid University of New Mexico.
  • Jean-Claude Bradley
  • Jeremiah Faith
  • Nadiezda Fernandez-Oropeza, biomedicinsk teknik Ph.D. student i Koch lab vid University of New Mexico.
  • Mike Lawrence
  • Linh Le, grundexamen i fysik och alumn vid Koch lab vid University of New Mexico.
  • Andy Maloney, postdoktor i Smyth lab vid University of Texas. Ph.D. i Koch lab vid University of New Mexico (2011)
  • Cameron Neylon
  • Alejandro Tamayo
  • Influensans ursprung och evolution

Återkommande (pedagogiskt)

Delvis öppna/pseudoöppna anteckningsböcker

Dessa är initiativ som är mer öppna än traditionella laboratorieanteckningsböcker men saknar en nyckelkomponent för fullständig Open Notebook Science. Vanligtvis delas anteckningsboken endast delvis eller delas med betydande fördröjning.

  • Open Notebook Science Network är ett WordPress-bloggnätverk som är utformat för att användas för att skapa och underhålla individuella/labb-anteckningsböcker. Från och med januari 2018 finns det för närvarande 126 aktiva medlemmar i denna grupp.
  • Protocolpedia tillåter delning och lagring av labbprotokoll.
  • Sci-Mate tillåter användare att definiera åtkomstbehörigheter, men kan användas som ett öppet anteckningsbokverktyg.
  • Vinod Scaria
  • OpenWetWare (värd för många laboratorier och möjliggör selektiv delning av information relaterad till varje forskargrupp)
  • Caleb Morse
  • Gus Rosania
  • Antony Garrett Lisi
  • Rosie Redfield, mikrobiolog vid University of British Columbia; alla resultat diskuteras men rå experimentell anteckningsbok exponeras inte.
  • Martin Johnson, marinkemist vid University of East Anglia .
  • Greg Lang, post doc i David Botsteins labb vid Princeton University. - delas på ungefär en vecka

Fördelar

En offentlig laboratorieanteckningsbok gör det bekvämt att citera de exakta exemplen på experiment som används för att stödja argument i artiklar. Till exempel, i ett dokument om optimering av en Ugi-reaktion , används tre olika satser av produkt i karakteriseringen och varje spektrum refererar till det specifika experimentet där varje sats användes: EXP099, EXP203 och EXP206. Detta arbete publicerades därefter i Journal of Visualized Experiments , vilket visar att integritetsdata kan upprätthållas från lab-anteckningsbok till slutlig publicering i en peer-reviewed tidskrift .

Utan ytterligare kvalifikationer innebär Open Notebook Science att forskningen rapporteras löpande utan orimligt dröjsmål eller filter. Detta gör det möjligt för andra att förstå exakt hur forskning faktiskt sker inom ett område eller en specifik forskargrupp. Sådan information kan vara av värde för samarbetspartners, blivande studenter eller framtida arbetsgivare. Att ge tillgång till selektiva anteckningsboksidor eller införa en embargoperiod skulle vara oförenligt med innebörden av termen "Öppen" i detta sammanhang. Om inte felkorrigeringar, misslyckade experiment och tvetydiga resultat rapporteras, kommer det inte att vara möjligt för en utomstående observatör att förstå exakt hur vetenskapen görs. Termer som Pseudo eller Partial har använts som kvalificerare för att dela information om laboratorieanteckningsboken på ett selektivt sätt eller med en betydande fördröjning.

Nackdelar

Argumenten mot att anta öppen anteckningsbok vetenskap delas huvudsakligen in i tre kategorier som har olika betydelse inom olika vetenskapsområden. Den primära oro, som framför allt uttrycks av biologiska och medicinska forskare, är "datastöld " eller "bli scooped". Även om graden i vilken forskargrupper stjäl eller anpassar andras resultat fortfarande är föremål för debatt, är det verkligen så att rädslan för att inte vara först med att publicera driver mycket beteende, särskilt inom vissa områden. Detta är relaterat till fokus inom dessa områden på den publicerade peer reviewed artikeln som den huvudsakliga mätaren för karriärframgång.

Det andra argumentet som framförs mot vetenskapen om öppen anteckningsbok är att den utgör föregående publicering, vilket gör det omöjligt att patentera och svårt att publicera resultaten i den traditionella referentgranskade litteraturen. När det gäller patent klassificeras publicering på webben tydligt som offentliggörande . Därför, även om det kan finnas argument om värdet av patent och metoder som kommer runt detta problem, är det tydligt att öppen anteckningsbok inte är lämplig för forskning där patentskydd är ett förväntat och önskat resultat. När det gäller publicering i den peer reviewed litteraturen är fallet mindre tydligt. De flesta utgivare av vetenskapliga tidskrifter tar emot material som tidigare presenterats på en konferens eller i form av ett förtryck. De förlag som accepterar material som tidigare har publicerats i dessa former har generellt informellt angett att webbpublicering av data, inklusive öppen anteckningsbokvetenskap, faller inom denna kategori. Öppna anteckningsbok-projekt har framgångsrikt publicerats i peer-reviewade tidskrifter med hög effektfaktor men detta har inte testats med ett brett spektrum av förlag. Det kan förväntas att de förlag som uttryckligen utesluter dessa former av förpublicering inte kommer att acceptera material som tidigare avslöjats i en öppen anteckningsbok.

Ett tredje argument som framförs mot vetenskapen om öppen anteckningsbok är att den försämrar oberoendet av konkurrerande forskning och därför kan leda till brist på all viktig oberoende verifiering av resultat. Detta är inte detsamma som datainsamling, utan den mycket mer subtila möjligheten att låta data som utvecklas samtidigt påverka varandra. Inom traditionell vetenskap etablerar stora experimentella samarbeten ofta brandväggsregler som förhindrar kommunikation mellan medlemmar i konkurrerande samarbeten för att förhindra inte bara dataläckage utan också påverka metodiken med vilken data analyseras.

Det sista argumentet hänför sig till problemet med "datafloden". Om den nuvarande volymen av den peer-reviewade litteraturen är för stor för en person att hantera, hur kan man då förvänta sig att klara av den enorma mängd icke-peer-reviewed material som potentiellt kan vara tillgängligt, särskilt när vissa, kanske de flesta , skulle vara av dålig kvalitet? Ett relaterat argument är att "min anteckningsbok är för specifik" för att den ska vara av intresse för någon annan. Frågan om hur man upptäcker högkvalitativt och relevant material är en relaterad fråga. Frågan om kuration och validering av data och metodisk kvalitet är en allvarlig fråga och en som utan tvekan har relevans bortom öppen anteckningsbokvetenskap men är en särskild utmaning här.

Finansiering och sponsring

Open Notebook Science Challenge , nu inriktad på att rapportera löslighetsmätningar i icke-vattenhaltiga lösningsmedel, har fått sponsring från Submeta , Nature och Sigma-Aldrich . Den första av tio vinnare av tävlingen för december 2008 var Jenny Hale.

Logotyper

Logotyper kan användas på bärbara datorer för att indikera villkoren för delning. Helt öppna anteckningsböcker är markerade som "allt innehåll" och "omedelbar" åtkomst. Delvis öppna anteckningsböcker kan markeras som antingen "valt innehåll" och/eller "fördröjt".

Se även

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Open-notebook_science&oldid=1105746365 "