C7-protein

C7-protein är ett konstruerat zinkfingerprotein baserat på det murina ZFP, Zif268 och upptäckt av Wu et al. 1994 (publicerad 1995). Den delar samma zinkfinger 2 och zinkfinger 3 som Zif268, men skiljer sig i sekvensen av finger 1. Den delar också samma DNA-mål, 5'-GCGTGGGCG-3'.

De delade sekvenserna i enbokstavsaminosyrakoder för fingrar 2 och 3 är RSD-H-LTT och RAD-E-RKR (positioner -1 till 6 i alfahelixen).

Zinkfinger 1 har sekvensen KSA-D-LKR som ger en 13-faldig ökning i affinitet till målsekvensen för hela ZFP jämfört med Zif268.

Det används i zinkfingerundersökningar där aminosyrasekvensen för finger 2 ändras för att bestämma den lämpliga sekvensen för att rikta in sig på ett givet tre-nukleotidmålställe. En variant av C7, C7.GAT är att föredra eftersom den saknar asparaginsyraresten som finns i finger 3 på C7 och som är känd för att orsaka ett fenomen som kallas "målplatsöverlappning". I detta fall är målställets överlappning ett resultat av att asparaginsyraresten bildar en vätebindning med N4 i cytosinet (i den motsatta strängen) som är basparad med guaninet i finger 2-subplatsen. Det kan också bilda samma vätebindning med en adeninbas parad med en tymin. Denna målplatsöverlappning skulle diktera att antingen en cytosin- eller adeninrest är närvarande som 3'-nukleotiden i finger 2-subplatsen, vilket är oacceptabelt när man tittar på målsekvenser som innehåller en annan nukleotid i denna position.

•    Wu H, Yang WP, Barbas CF (januari 1995). "Bygga zinkfingrar genom val: mot en terapeutisk tillämpning" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 92 (2): 344–8. doi : 10.1073/pnas.92.2.344 . PMC 42736 . PMID 7831288 .