Nazisterna förstörde det lilla gettot den 4 oktober 1941 och dödade nästan alla dess invånare vid det nionde fortet . Senare samma månad, den 28 oktober, genomförde SS- Rottenführer Helmut Rauca från Kaunas Gestapo (hemlig statlig polis) uttagningen i Kaunas Ghetto . Alla invånare i gettot tvingades samlas på ghettots centrala torg. Rauca valde ut 9 200 judiska män, kvinnor och barn, ungefär en tredjedel av gettots befolkning. Dagen efter, den 29 oktober, sköts alla dessa människor vid nionde fortet i enorma gropar som grävdes i förväg.