Lista över skärningsställen för restriktionsenzym: C–D

Legenden om nukleobaser
Koda	Nukleotid representerad
A	Adenin (A)
C	Cytosin (C)
G	Guanin (G)
T	Tymin (T)
N	A, C, G eller T
M	A eller C
R	A eller G
W	A eller T
Y	C eller T
S	C eller G
K	G eller T
H	A, C eller T
B	C, G eller T
V	A, C eller G
D	A, G eller T

Den här artikeln innehåller en lista över de mest studerade restriktionsenzymer vars namn börjar med C till och med D. Den innehåller cirka 80 enzymer.

Följande information ges:

Enzym : Accepterat namn på molekylen , enligt den internationellt antagna nomenklaturen och bibliografiska referenser . (Mer läsning: se avsnittet " Nomenklatur " i artikeln " Restriktionsenzym ".)
PDB-kod : Kod som används för att identifiera strukturen av ett protein i PDB -databasen över proteinstrukturer. 3D-atomstrukturen hos ett protein ger mycket värdefull information för att förstå de intima detaljerna i dess verkningsmekanism.
Källa : Organism som naturligt producerar enzymet.
Igenkänningssekvens : Sekvens av DNA som känns igen av enzymet och till vilken det specifikt binder.
Skärning : Skärställe och DNA-produkter från snittet. Igenkänningssekvensen dussintals nukleotider bort från igenkänningsstället.
Isoschizomerer och neoschizomerer : En isoschizomer är ett enzym som känner igen samma sekvens som ett annat. En neoschizomer är en speciell typ av isoschizomer som känner igen samma sekvens som en annan, men skär på ett annat sätt. Ett maximalt antal av 8-10 vanligaste isoschizomerer är indikerade för varje enzym men det kan finnas många fler. Neoschizomerer visas med fet och grön typsnitt (t.ex.: BamHI ). När "Ingen på datum " anges betyder det att det inte fanns några registrerade isoschizomerer i databaserna på det datumet med en tydligt definierad skärplats. Isoschizomerer indikerade med vitt teckensnitt och grå bakgrund motsvarar enzymer som inte finns med i de aktuella listorna:

som i detta ej listade enzym:

EcoR70I

Hela listans navigering

Restriktionsenzymer

C

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer

CacI Clostridium acetobutylicum N1-4081 5' GATC 3' CTAG 5' --- GATC--- 3' 3' ---CTAG --- 5'

Cac8I Clostridium acetobutylicum ABKn8 5' GCNNGC 3' CGNNCG 5' ---GCN NGC--- 3' 3' ---CGN NCG--- 5'

CaiI Comamonas acidovarans Iti19-021 5' CAGNNNCTG 3' GTCNNNGAC 5' ---CAGNNN CTG--- 3' 3' ---GTC NNNGAC--- 5' AlwNI

CauI Chloroflexus aurantiacus 5' GGWCC 3' CCWGG 5' ---G GWCC--- 3' 3' ---CCWG G--- 5' BamNxI, BcuAI, BsrAI, Eco47I, FspMSI, HgiCII, HgiJI, SmuEI

CauII Chloroflexus aurantiacus 5' CCSGG 3' GGSCC 5' ---CC SGG--- 3' 3' ---GGS CC--- 5' Ahal, AseII, AsuC2I, BcnI, Eco1831I , EcoHI , Kpn49kII , NciI

CauB3I Chloroflexus aurantiacus B3 5' TCCGGA 3' AGGCCT 5' ---T CCGGA--- 3' 3' ---AGGCC T--- 5' Aor13HI, BbvAIII, BseAI, BspEI, BspMII, Kpn2I, Mrol, Ptal

CbiI Clostridium bifermentans B-4 5' TTCGAA 3' AAGCTT 5' ---TT CGAA--- 3' 3' ---AAGC TT--- 5' Asp10HI, Bim19I, BsiCI, BspT104I, Csp45I, LspI, NspV, SspRFI

CboI Clostridium botulinum 5' CCGG 3' GGCC 5' ---C CGG--- 3' 3' ---GGC C--- 5'

CbrI Citrobacter braakii 1146 5' CCWGG 3' GGWCC 5' ---CC WGG--- 3' 3' ---GGW CC--- 5' AorI, BseBI, Bse24I, BstNI, BstOI, Bst2UI, BthDI, EcoRII , MvaI

CciNI Curtobacterium citreus 5' GCGGCCGC 3' CGCCGGCG 5' ---GC GGCCGC--- 3' 3' ---CGCCGG CG--- 5'

CcoI Clostridium coccoides B-2 5' GCCGGC 3' CGGCCG 5' ---GCC GGC--- 3' 3' ---CGG CCG--- 5'

CcrI Caulobacter crescentus CB-13 5' CTCGAG 3' GAGCTC 5' ---C TCGAG--- 3' 3' ---GAGCT C--- 5'

CcuI Chroococcidiopsis cubana 5' GGNCC 3' CCNGG 5' ---G GNCC--- 3' 3' ---CCNG G--- 5' AsuI, Bal228I, BavBII, BsiZI, BspF4I, Cfr13I, Nsp7121I, PspPI

CcyI Clostridium cylindrosporum 5' GATC 3' CTAG 5' --- GATC--- 3' 3' ---CTAG --- 5' BfuCI, Bsp67I, Bst19II, CviAI, FnuCI, MboI, NmeCI, SauMI

CdiI Citrobacter freundii RFL2 5' CATCG 3' GTAGC 5' ---CATC G--- 3' 3' ---GTAG C--- 5'

CelI Citrobacter freundii RFL6 5' GGATCC 3' CCTAGG 5' ---G GATCC--- 3' 3' ---CCTAG G--- 5' AliI, ApaCI, AsiI, BamHI , CelI, NspSAIV, RspLKII, SolI, Uba4009I

CellII Coccochloris elabens 17a 5' GCTNAGC 3' CGANTCG 5' ---GC TNAGC--- 3' 3' ---CGANT CG--- 5'

CeqI Corynebacterium equi 5' GATATC 3' CTATAG 5' ---GAT ATC--- 3' 3' ---CTA TAG--- 5'

CflI Cellulomonas flavigena 5' CTGCAG 3' GACGTC 5' ---CTGCA G--- 3' 3' ---G ACGTC--- 5' AjoI, BloHII, CflI, CstI, Ecl37kI, PaePI, PstI, SalPI, Srl5DI, Sst12I

CfoI Clostridium formicoaceticum 5' GCGC 3' CGCG 5' ---GCG C--- 3' 3' ---C GCG--- 5' AspLEI, BspLAI, BstHHI, FnuDIII, Hhal, HinP1I , HsoI , HspAI , SciNI

CfrI Citrobacter freundii RFL2 5' YGGCCR 3' RCCGGY 5' ---Y GGCCR--- 3' 3' ---RCCGG Y--- 5'

Cfr6I Citrobacter freundii RFL6 5' CAGCTG 3' GTCGAC 5' ---CAG CTG--- 3' 3' ---GTC GAC--- 5'

Cfr9I Citrobacter freundii 5' CCCGGG 3' GGGCCC 5' ---C CCGGG--- 3' 3' ---GGGCC C--- 5' AhyI, EaeAI, EclRI, Pac25I, PspAI, TspMI, XcyI, XmaI, XmaCI

CfrlOI 1CFR Citrobacter freundii RFL10 5' RCCGGY 3' YGGCCR 5' ---R CCGGY--- 3' 3' ---YGGCC R--- 5'

Cfr13I Citrobacter freundii RFL13 5' GGNCC 3' CCNGG 5' ---G GNCC--- 3' 3' ---CCNG G--- 5' Asul, Bal228I, BavBII, BsiZI, BspF4I, Fmul , Nsp7121I, PspPI

Cfr42I Citrobacter freundii RFL42 5' CCGCGG 3' GGCGCC 5' ---CCGC GG--- 3' 3' ---GG CGCC--- 5' SacII, Cscl, Hgal

CfrA4I Citrobacter freundii A4 5' CTGCAG 3' GACGTC 5' ---CTGCA G--- 3' 3' ---G ACGTC--- 5' AjoI, BloHII, CflI, CstI, Ecl2zI, PaePI, PstI, SalPI, Srl5DI, Sst12I

CfrBI Citrobacter freundii 4111 5' CCWWGG 3' GGWWCC 5' ---C CWWGG--- 3' 3' ---GGWWC C--- 5'

CfrJ4I Citrobacter freundii J4 5' CCCGGG 3' GGGCCC 5' ---CCC GGG--- 3' 3' ---GGG CCC--- 5' AhyI, CfrJ4I , EaeAI, EclRI, Pac25I, SmaI , TspMI, XcyI, XmaI

CfuI Caulobacter fusiformis BC-25 5' GATC 3' CTAG 5' ---GA TC--- 3' 3' ---CT AG--- 5'

CfuII Caulobacter fusiformis BC-25 5' CTGCAG 3' GACGTC 5' ---CTGCA G--- 3' 3' ---G ACGTC--- 5' AjoI, AliAJI, CfuII, HallII, PaePI, Psp23I, PstI, SalPI, Srl5DI, YenI

ChaI Corynebacterium halofytica 5' GATC 3' CTAG 5' ---GATC --- 3' 3' --- CTAG--- 5' BfuCI , Bsp2095I , BspKT6I BtkII , FnuCI , MboI , NmeCI , SsiAI

CjeI Campylobacter jejuni P37 5' CCAN ₆ GT 3' GGTN ₆ CA 5' ---CCAN ₆ GTN ₈ NNNNNNN --- 3' 3' ---GGTN ₆ CAN ₈ N NNNNNN--- 5' — Inga i maj 2010 —

CjePI Campylobacter jejuni P116 5' CCAN ₇ TC 3' GGTN ₇ AG 5' ---CCAN ₇ TCN ₇ NNNNNNN --- 3' 3' ---GGTN ₇ AGN ₇ N NNNNNN--- 5' — Inga i maj 2010 —

ClaI Caryophanon latum L 5' ATCGAT 3' TAGCTA 5' ---AT CGAT--- 3' 3' ---TAGC TA--- 5' AagI, BanIII, BavCI, Bsa29I, BseCI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI

CltI Caryophanon latum 5' GGCC 3' CCGG 5' ---GG CC--- 3' 3' ---CC GG--- 5'

CpfI Clostridium perfringens 5' GATC 3' CTAG 5' --- GATC--- 3' 3' ---CTAG --- 5' AspMDI, Bsp67I, Bst19II, CcyI, FnuCI, MboI, NphI, SauMI

CpoI Caseobacter polymorphus 5' CGGWCCG 3' GCCWGGC 5' ---CG GWCCG--- 3' 3' ---GCCWG GC--- 5'

CscI Calothrix scopulorum 5' CCGCGG 3' GGCGCC 5' ---CCGC GG--- 3' 3' ---GG CGCC--- 5' Cfr42I, SacII, Hgal

CsiAI

Corynebacterium sp. A

5' ACCGGT 3' TGGCCA

5' ---A CCGGT--- 3' 3' ---TGGCC A--- 5'

AgeI, AsiaAI,	AsiGI,	BshTI
CspAI, PinAI

CsiBI Corynebacterium sp. B 5' GCGGCCGC 3' CGCCGGCG 5' ---GC GGCCGC--- 3' 3' ---CGCCGG CG--- 5'

CspI Corynebacterium sp. 5' CGGWCCG 3' GCCWGGC 5' ---CG GWCCG--- 3' 3' ---GCCWG GC--- 5'

Csp6I Corynebacterium sp. RFL6 5' GTAC 3' CATG 5' ---G TAC--- 3' 3' ---CAT G--- 5' AfaI , CviQI, CviRII, HpyBI , PabI, PlaAII , RsaI , RsaNI,

Csp45I Clostridium sporogenes 5' TTCGAA 3' AAGCTT 5' ---TT CGAA--- 3' 3' ---AAGC TT--- 5' Asp10HI, Bim19I, BsiCI, BspT104I, FspII, LspI, NspV, SspRFI

CspAI

Corynebacterium sp. 301

5' ACCGGT 3' TGGCCA

5' ---A CCGGT--- 3' 3' ---TGGCC A--- 5'

AgeI, AsiaAI,	AsiGI,	BshTI
CsiAI, PinAI

CspBI Corynebacterium sp. B 5' GCGGCCGC 3' CGCCGGCG 5' ---GC GGCCGC--- 3' 3' ---CGCCGG CG--- 5'

CspCI Citrobacter sp. 2144 5' CAAN ₄ NGTGG 3' GTTN ₄ NCACC 5' ---CAAN ₅ GTGGN ₈ NNNN --- 3' 3' ---GTTN ₅ CACCN ₈ NN NN--- 5' — Inga i maj 2010 —

Csp68KI Cyanothece sp. BH68K 5' GGWCC 3' CCWGG 5' ---G GWCC--- 3' 3' ---CCWG G--- 5' BamNxI, BcuAI, BsrAI, Eco47I, FspMSI, HgiCII, Kzo49I, SmuEI

Csp68KII Cyanothece sp. BH68K 5' TTCGAA 3' AAGCTT 5' ---TT CGAA--- 3' 3' ---AAGC TT--- 5' Asp10HI, Bim19I, BsiCI, BstBI, Csp45I, LspI, PlaII, SviI

Csp68KIII Cyanothece sp. BH68K 5' ATGCAT 3' TACGTA 5' ---ATGCA T--- 3' 3' ---T ACGTA--- 5' BfrBI, EcoT22I, Mph1103I, NsiI, PinBI, Ppu10I, SspD5II, Zsp2I

Csp68KVI Cyanothece sp. BH68K 5' CGCG 3' GCGC 5' ---CG CG--- 3' 3' ---GC GC--- 5' Bepl, Bpu95I, Bsp123I, BstFNI, BstUI, BtkI, FalII, SelI , Thal

CspKVI Cyanothece sp. BH68K 5' CGCG 3' GCGC 5' ---CG CG--- 3' 3' ---GC GC--- 5'

CstI Clostridium sticklandii 5' CTGCAG 3' GACGTC 5' ---CTGCA G--- 3' 3' ---G ACGTC--- 5' AjoI, AliAJI, CfrA4I, HallII, MhaAI, Pfl21I, PstI, SflI, Srl5DI, YenI

CstMI Corynebacterium striatum M82B 5' AAGGAG 3' TTCCTC 5' ---AAGGAGN ₁₇ NNN --- 3' 3' ---TTCCTCN ₁₇ N NN--- 5' — Inga i maj 2010 —

CthII Clostridium thermocellum 5' CCWGG 3' GGWCC 5' ---CC WGG--- 3' 3' ---GGW CC--- 5' ApaORI, BseBI, Bse24I, Bst2UI, BstNI, BstM6I, EcoRII , MvaI

CviAI Chlorella NC64A (PBCV-1) 5' GATC 3' CTAG 5' --- GATC--- 3' 3' ---CTAG --- 5' Bme12I, Bsp67I, Bst19II, CcyI, FnuCI, MgoI, NphI, SauMI

CviAII Chlorella NC64A (PBCV-1) 5' CATG 3' GTAC 5' ---C ATG--- 3' 3' ---GTA C--- 5'

CviBI Chlorella NC64A (NC-1A) 5' GANTC 3' CTNAG 5' ---G ANTC--- 3' 3' ---CTNA G--- 5'

CviJI Chlorella NC64A (IL-3A) 5' RGCY 3' YCGR 5' ---RG CY--- 3' 3' ---YC GR--- 5'

CviQI Chlorella NC64A (NY-2A) 5' GTAC 3' CATG 5' ---G TAC--- 3' 3' ---CAT G--- 5' AfaI , Csp6I, CviRII, HpyBI , PabI, PlaAII , RsaI , RsaNI,

CviRI Chlorella NC64A (XZ-6E) 5' TGCA 3' ACGT 5' ---TG CA--- 3' 3' ---AC GT--- 5'

CviRII Chlorella NC64A (XZ-6E) 5' GTAC 3' CATG 5' ---G TAC--- 3' 3' ---CAT G--- 5' AfaI , Csp6I, CviQI, HpyBI , PabI, PlaAII , RsaI , RsaNI,

CviTI Chlorella NC64A (CA-1A) 5' RGCY 3' YCGR 5' ---RG CY--- 3' 3' ---YC GR--- 5'

CvnI Chromatium vinosum 5' CCTNAGG 3' GGANTCC 5' ---CC TNAGG--- 3' 3' ---GGANT CC--- 5' AocI, AxyI, Bse21I, Bsu36I, Eco81I, MstII, SauI, SshAI

D

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer

DdeI

Desulfovibrio desulfuricans

5' CTNAG 3' GANTC

5' ---C TNAG--- 3' 3' ---GANT C--- 5'

BstDEI,

HpyF3I

DmaI Deleya småbåtshamn 5' CAGCTG 3' GTCGAC 5' ---CAG CTG--- 3' 3' ---GTC GAC--- 5'

DpaI

Deleya pacifica

5' AGTACT 3' TCATGA

5' ---AGT ACT--- 3' 3' ---TCA TGA--- 5'

Acc113I, AssI,	BmcAI, Bpa34I,
Eco255I, RflFII, Scal, Zrml

DpnI Diplococcus pneumoniae G41 5' GATC 3' CTAG 5' ---GA TC--- 3' 3' ---CT AG--- 5'

DpnII Diplococcus pneumoniae G41 5' GATC 3' CTAG 5' --- GATC--- 3' 3' ---CTAG --- 5' AspMDI, Bsp105I, BspFI, BstMBI, CpfI, Kzo9I, NdeII, Sth368I

DraI Deinococcus radiophilus 5' TTTAAA 3' AAATTT 5' ---TTT AAA--- 3' 3' ---AAA TTT--- 5' AhaIII, PauAII, SruI

DraII Deinococcus radiophilus 5' RGGNCCY 3' YCCNGGR 5' ---RG GNCCY--- 3' 3' ---YCCNG GR--- 5'

DraIII Deinococcus radiophilus 5' CACNNNGTG 3' GTGNNNCAC 5' ---CACNNN GTG--- 3' 3' ---GTG NNNCAC--- 5' Adel, BstIZ316I

DrdI Deinococcus radiodurans 5' GACN ₆ GTC 3' CTGN ₆ CAG 5' ---GACNNNN NNGTC--- 3' 3' ---CTGNN NNNNCAG--- 5' AasI, DseDI

DriI

Dactylococcopsis salina

5' GACN ₅ GTC 3' CTGN ₅ CAG

5' ---GACNNN NNGTC--- 3' 3' ---CTGNN NNNCAG--- 5'

AhdI, AspEI,	BmeRI,	BspOVI,
Eam1105I, EclHKI, NruGI

DsaI Dactylococcopsis salina 5' CCRYGG 3' GGYRCC 5' ---C CRYGG--- 3' 3' ---GGYRC C--- 5'

DsaII Dactylococcopsis salina 5' GGCC 3' CCGG 5' ---GG CC--- 3' 3' ---CC GG--- 5'

DsaIII Dactylococcopsis salina 5' RGATCY 3' YCTAGR 5' ---R GATCY--- 3' 3' ---YCTAG R--- 5'

DsaIV Dactylococcopsis salina 5' GGWCC 3' CCWGG 5' ---G GWCC--- 3' 3' ---CCWG G--- 5' BamNxI, BcuAI, BsrAI, Eco47I, FspMSI, HgiEI, Kzo49I, SmuEI

DsaV Dactylococcopsis salina 5' CCNGG 3' GGNCC 5' --- CCNGG--- 3' 3' ---GGNCC --- 5'

DseDI Deinococcus sp. Dx 5' GACN ₆ GTC 3' CTGN ₆ CAG 5' ---GACNNNN NNGTC--- 3' 3' ---CTGNN NNNNCAG--- 5' AasI, DrdI

Anteckningar

Restriktionsmodifieringssystem : restriktionsenzym
Grundläggande koncept	Isoschizomer Neoschizomer Isocaudomer
Igenkänningssekvens 4bp	Taq I Sau3A AluI* Hae III* Dpn II Nla III Hpa II
Igenkänningssekvens 5bp	Eco RII Fok jag
Igenkänningssekvens 6bp	Aaa jag Bgl II PovII* Eco RV* Eco RI Bam HI Hind III Xba I Xho I Sac I Pst I Nde I
Igenkänningssekvens 8bp	Inte jag
Listor	A Ba–Bc Bd–Bp Bsa–Bso Bsp–Bss Bst–Bv CD EF GK LN ELLER S TZ
* betyder att klyvningen ger trubbiga ändar