Nde I

Nde I är ett endonukleas isolerat från Neisseria denitrificans .

Inom molekylärbiologin används det vanligtvis som ett restriktionsenzym .

Igenkänningssekvens

Igenkänningssekvens för Nde I:

5'CATATG 3'GTATAC

Ändarna som genereras av Nde I digest:

5'---CA TATG---3' 3'---GTAT AC---5'

Användning inom molekylärbiologi

Nde I är ett specifikt typ II-restriktionsenzym som skär upp specifika målsekvenser, till skillnad från exonukleaser . Detta enzym används vid genkloning för att skära upp läsramar i plasmiden av vissa bakterier som E. coli och infoga en främmande gen, såsom gfpuv-genen som kodar för biofluorescens av maneten Aequorea victoria .

Ndel är användbar för att generera heterolog DNA-konstruktion eftersom den innehåller startkodonet ATG . Den kan därför användas i vissa expressionsvektorer , såsom de i pET-serien av vektorer, för ligering av starten av en gen när man gör en expressionskonstruktion. Notera dock att Nde I endast genererar ett tvåbasöverhäng och därför har en lägre smälttemperatur än andra restriktionsenzymer som genererar ett fyrbasöverhäng. Den har en lägre ligeringseffektivitet , eftersom ligering påverkas av ändarnas förmåga att härda och ett tvåbasigt överhäng har en betydligt lägre smälttemperatur jämfört med ett 4-basigt överhäng. Ligering av Nde I-genererade ändar utförs därför bäst med högre ligaskoncentration med längre ligeringstid, oavsett om det är vid rumstemperatur, 14-16 ^° C eller vid 4 ^° C.