Lista över skärplatser för restriktionsenzym: T–Z

Huvudartiklar: Lista över skärplatser för restriktionsenzym och restriktionsenzym
Legenden om nukleobaser
Koda Nukleotid representerad
A Adenin (A)
C Cytosin (C)
G Guanin (G)
T Tymin (T)
N A, C, G eller T
M A eller C
R A eller G
W A eller T
Y C eller T
S C eller G
K G eller T
H A, C eller T
B C, G eller T
V A, C eller G
D A, G eller T

Den här artikeln innehåller en lista över de mest studerade restriktionsenzymer vars namn börjar med T till och med Z. Den innehåller cirka 70 enzymer.

Följande information ges:

  • Enzym : Accepterat namn på molekylen , enligt den internationellt antagna nomenklaturen och bibliografiska referenser . (Mer läsning: se avsnittet " Nomenklatur " i artikeln " Restriktionsenzym ".)
  • PDB-kod : Kod som används för att identifiera strukturen av ett protein i PDB -databasen över proteinstrukturer. 3D-atomstrukturen hos ett protein ger mycket värdefull information för att förstå de intima detaljerna i dess verkningsmekanism.
  • Källa : Organism som naturligt producerar enzymet.
  • Igenkänningssekvens : Sekvens av DNA som känns igen av enzymet och till vilken det specifikt binder.
  • Skärning : Skärställe och DNA-produkter från snittet. Igenkänningssekvensen dussintals nukleotider bort från igenkänningsstället.
  • Isoschizomerer och neoschizomerer : En isoschizomer är ett enzym som känner igen samma sekvens som ett annat. En neoschizomer är en speciell typ av isoschizomer som känner igen samma sekvens som en annan, men skär på ett annat sätt. Ett maximalt antal av 8-10 vanligaste isoschizomerer är indikerade för varje enzym men det kan finnas många fler. Neoschizomerer visas med fet och grön typsnitt (t.ex.: BamHI ). När "Ingen på datum " anges betyder det att det inte fanns några registrerade isoschizomerer i databaserna det datumet med en tydligt definierad skärplats. Isoschizomerer indikerade med vitt teckensnitt och grå bakgrund motsvarar enzymer som inte finns med i de aktuella listorna:
som i detta ej listade enzym:  EcoR70I 


Hela listans navigering

Restriktionsenzymer

T

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
TaaI Thermus aquaticus Vn 4-311
5' ACNGT 3' TGNCA
  5' ---ACN GT--- 3'   3' ---TG NCA--- 5'
TaiI Thermus aquaticus cs1-331
5' ACGT 3' TGCA
  5' ---ACGT --- 3'   3' --- TGCA--- 5'
TaqI Thermus aquaticus
5' TCGA 3' AGCT
  5' ---T CGA--- 3'   3' ---AGC T--- 5'
TaqII Thermus aquaticus YTI
5' GACCGA 3' CTGGCT
  5' ---GACCGAN 8 NNN --- 3'   3' ---CTGGCTN 8 N NN--- 5'
Taq52I Thermus aquaticus YS52
5' GCWGC 3' CGWCG
  5' ---G CWGC--- 3'   3' ---CGWC G--- 5' 		AceI, ApeKI, SuiI, Tsel
TaqXI Thermus aquaticus
5' CCWGG 3' GGWCC
  5' ---CC WGG--- 3'   3' ---GGW CC--- 5' 		ApaORI, BseBI, BsiLI, BstNI, BstOI, Bst2UI, MvaI, SleI , SspAI
TasI Thermus aquaticus Vn 4-211
5' AATT 3' TTAA
  5' --- AATT--- 3'   3' ---TTAA --- 5'
TatI Thermus aquaticus CBA1-331
5' WGTACW 3' WCATGW
  5' ---W GTACW--- 3'   3' ---WCATG W--- 5'
TauI Thermus aquaticus
5' GCSGC 3' CGSCG
  5' ---GCSG C--- 3'   3' ---C GSCG--- 5'
TelI Tolypothrix elabens
5' GACNNNGTC 3' CTGNNNCAG
  5' ---GACN NNGTC--- 3'   3' ---CTGNN NCAG--- 5' 		Aspl, AtsI, PflFI, PsyI, Tth111I
TfiI Thermus filiformis
5' GAWTC 3' CTWAG
  5' ---G AWTC--- 3'   3' ---CTWA G--- 5'
ThaI Termoplasma acidophilum
5' CGCG 3' GCGC
  5' ---CG CG--- 3'   3' ---GC GC--- 5' 		Bpu95I, Bsh1236I, Bsp50I, BstFNI, BstUI, Csp68KVI, FalII, FnuDII
TliI Thermococcus litoralis
5' CTCGAG 3' GAGCTC
  5' ---C TCGAG--- 3'   3' ---GAGCT C--- 5' 		AbrI, BluI, BssHI, MavI, Sau3239I, Sfr274I, StrI, XhoI
Tru1I Thermus ruber RFL1
5' TTAA 3' AATT
  5' ---T TAA--- 3'   3' ---AAT T--- 5'
Tru9I Thermus ruber 9
5' TTAA 3' AATT
  5' ---T TAA--- 3'   3' ---AAT T--- 5'
Tru201I Thermus ruber 201
5' RGATCY 3' YCTAGR
  5' ---R GATCY--- 3'   3' ---YCTAG R--- 5'
Tscl Thermus sp. 491A
5' ACGT 3' TGCA
  5' ---ACGT --- 3'   3' --- TGCA--- 5'
TseI Thermus sp. 93170
5' GCWGC 3' CGWCG
  5' ---G CWGC--- 3'   3' ---CGWC G--- 5' 		AceI, ApeKI, SuiI, Taq52I
Tsp1I Thermus sp. 1
5' ACTGG 3' TGACC
  5' ---ACTGGN --- 3'   3' ---TGAC CN--- 5'
Tsp32I Thermus sp. 32
5' TCGA 3' AGCT
  5' ---T CGA--- 3'   3' ---AGC T--- 5'
Tsp32II Thermus sp. 32
5' TCGA 3' AGCT
  5' ---T CGA--- 3'   3' ---AGC T--- 5'
Tsp45I Thermus sp. YS45
5' GTSAC 3' CASTG
  5' --- GTSAC--- 3'   3' ---CASTG --- 5'
Tsp49I Thermus sp.
5' ACGT 3' TGCA
  5' ---ACGT --- 3'   3' --- TGCA--- 5'
Tsp509I Thermus sp.
5' AATT 3' TTAA
  5' --- AATT--- 3'   3' ---TTAA --- 5'
TspBI Termofila sp.
5' CCRYGG 3' GGYRCC
  5' ---C CRYGG--- 3'   3' ---GGYRC C--- 5'
Tsp4CI Thermus sp. 4C
5' ACNGT 3' TGNCA
  5' ---ACN GT--- 3'   3' ---TG NCA--- 5'
TspDTI Thermus sp. DT
5' ATGAA 3' TACTT
  5' ---ATGAAN 8 NNN --- 3'   3' ---TACTTN 8 N NN--- 5' 		 — Inga i maj 2010 —
TspEI Thermus sp. 1E
5' AATT 3' TTAA
  5' --- AATT--- 3'   3' ---TTAA --- 5'
Tsp8EI Thermus sp. 8E
5' GCCN 5 GGC 3' CGGN 5 CCG
  5' ---GCCNNNN NGGC--- 3'   3' ---CGGN NNNNCCG--- 5'
TspGWI Thermus sp. GW
5' ACGGA 3' TGCCT
  5' ---ACGGAN 8 NNN --- 3'   3' ---TGCCTN 8 N NN--- 5'
TspMI = UthSI Oidentifierad termofil
5' CCCGGG 3' GGGCCC
  5' ---C CCGGG--- 3'   3' ---GGGCC C--- 5' 		AhyI, Cfr9I, EaeAI, EclRI, PaeBI , PspAI, SmaI , XcyI, XmaI, XmaCI
TspRI Thermus sp. R
5' CASTGNN 3' GTSAC
  5' ---CASTGNN --- 3'   3' --- GTSACNN--- 5'
Tth111I Thermus thermophilus 111
5' GACNNNGTC 3' CTGNNNCAG
  5' ---GACN NNGTC--- 3'   3' ---CTGNN NCAG--- 5' 		AspI, AtsI, PflFI, PsyI, TelI
Tth111II Thermus thermophilus 111
5' CAARCA 3' GTTYGT
  5' ---CAARCAN 8 NNN --- 3'   3' ---GTTYGTN 8 N NN--- 5'
TthHB8I Thermus thermophilus HB8
5' TCGA 3' AGCT
  5' ---T CGA--- 3'   3' ---AGC T--- 5'

U

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
Uba4009I Oidentifierad bakterie A
5' GGATCC 3' CCTAGG
  5' ---G GATCC--- 3'   3' ---CCTAG G--- 5' 		AccEBI, AliI, ApaCI, AsiI, BamHI , BnaI, BspAAIII, RspLKII, SolI
Uba153AI Oidentifierad bakterie 153A
5' CAGCTG 3' GTCGAC
  5' ---CAG CTG--- 3'   3' ---GTC GAC--- 5'
UbaM39I Oidentifierad bakterie M39
5' CAGCTG 3' GTCGAC
  5' ---CAG CTG--- 3'   3' ---GTC GAC--- 5'
UnbI Oidentifierad bakterie #8
5' GGNCC 3' CCNGG
  5' --- GGNCC--- 3'   3' ---CCNGG --- 5' 		AvcI , BavAII , Bce22I , Bsp1894I , Bsu54I , FmuI , NspIV , UnbI
Uur960I Ureaplasma urealyticum 960
5' GCNGC 3' CGNCG
  5' ---GC NGC--- 3'   3' ---CGN CG--- 5'

V

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
Van91I Vibrio anguillarum RFL91
5' CCAN 5 TGG 3' GGTN 5 ACC
  5' ---CCANNN NTGG--- 3'   3' ---GGTN NNNNACC--- 5' 		AccB7I, AcpII, Asp10HII, BasI, Esp1396I, PflBI, PflMI
Vha464I Vibrio harveyi 464
5' CTAAG 3' GAATTC
  5' ---C TTAAG--- 3'   3' ---GAATT C--- 5'
VneI Vibrio neris 18
5' GTGCAC 3' CACGTG
  5' ---G TGCAC--- 3'   3' ---CACGT G--- 5' 		Alw44I, ApaLI, SnoI
VpaK32I Vibrio parahaemolyticus 4387-61
5' GCTCTTC 3' CGAGAAG
  5' ---GCTCTTCN NNN--- 3'   3' ---CGAGAAGNNNN --- 5'
VpaK11AI Vibrio parahaemolyticus 1743
5' GGWCC 3' CCWGG
  5' --- GGWCC--- 3'   3' ---CCWGG --- 5' 		Bme216I , CauI , EagMI , FdiI , HgiBI , HgiHIII , SinI , VpaK11BI
VpaK11BI Vibrio parahaemolyticus 1743-1
5' GGWCC 3' CCWGG
  5' ---G GWCC--- 3'   3' ---CCWG G--- 5' 		BsrAI, CauI, EagMI, FdiI, HgiBI, HgiJI, SinI, VpaK11AI
VspI Vibrio sp. 343
5' ATTAAT 3' TAATTA
  5' ---AT TAAT--- 3'   3' ---TAAT TA--- 5' 		AseI, AsnI, BpoAI, PshBI, Sru4DI

X

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
XagI Xanthobacter agilis Vs 18-132
5' CCTN 5 AGG 3' GGAN 5 TCC
  5' ---CCTNN NNNAGG--- 3'   3' ---GGANNN NNTCC--- 5'
XapI Xanthomonas ampelina Slo 51-021
5' RAATTY 3' YTTAAR
  5' ---R AATTY--- 3'   3' ---YTTAA R--- 5'
AcsI, ApoI,  CfaI,  FsiI
XbaI Xanthomonas badrii
5' TCTAGA 3' AGATCT
  5' ---T CTAGA--- 3'   3' ---AGATC T--- 5'
XcaI Xanthomonas campestris
5' GTATAC 3' CATATG
  5' ---GTA TAC--- 3'   3' ---CAT ATG--- 5'
Xcel Xanthomonas campestris Ast 40-024
5' RCATGY 3' YGTACR
  5' ---RCATG Y--- 3'   3' ---Y GTACR--- 5'
XciI Xanthomonas citri
5' GTCGAC 3' CAGCTG
  5' ---G TCGAC--- 3'   3' ---CAGCT G--- 5'
XcmI Xanthomonas campestris
5' CCAN 9 TGG 3' GGTN 9 ACC
  5' ---CCANNNNN NNNNTGG--- 3'   3' ---GGTNNNN NNNNNACC--- 5'
XcyI Xanthomonas cyanopsidis 13D5
5' CCCGGG 3' GGGCCC
  5' ---C CCGGG--- 3'   3' ---GGGCC C--- 5' 		CfrJ4I , EaeAI, EclRI, Pac25I, PspAI, TspMI, XmaI, XmaCI
XhoI Xanthomonas holcicola
5' CTCGAG 3' GAGCTC
  5' ---C TCGAG--- 3'   3' ---GAGCT C--- 5' 		AbrI, BluI, BssHI, PanI, Sau3239I, Sfr274I, TliI, XpaI
XhoII Xanthomonas holcicola
5' RGATCY 3' YCTAGR
  5' ---R GATCY--- 3'   3' ---YCTAG R--- 5'
XmaI Xanthomonas malvacearum
5' CCCGGG 3' GGGCCC
  5' ---C CCGGG--- 3'   3' ---GGGCC C--- 5' 		AhyI, Cfr9I, EaeAI, EclRI, PaeBI , PspAI, TspMI, XcyI, XmaCI
XmaIII Xanthomonas malvacearum
5' CGGCCG 3' GCCGGC
  5' ---C GGCCG--- 3'   3' ---GCCGG C--- 5' 		AaaI, BseX3I, BstZI, EagI, EclXI, Eco52I, SenPT16I
XmaCI Xanthomonas malvacearum C
5' CCCGGG 3' GGGCCC
  5' ---C CCGGG--- 3'   3' ---GGGCC C--- 5' 		AhyI, Cfr9I, EaeAI, EclRI, PaeBI , Pac25I, PspAI, TspMI, XcyI, XmaI
XmaJI Xanthomonas maltophilia Jo 85-025
5' CCTAGG 3' GGATCC
  5' ---C CTAGG--- 3'   3' ---GGATC C--- 5' 		AspA2I, AvrII, AvrBII, BlnI, BspA2I
XmiI Xanthomonas maltophilia Jo 21-021
5' GTMKAC 3' CAKMTG
  5' ---GT MKAC--- 3'   3' ---CAKM TG--- 5' 		AccI, FblI
XmnI Xanthomonas manihotis 7AS1
5' GAAN 4 TTC 3' CTTN 4 AAG
  5' ---GAANN NNTTC--- 3'   3' ---CTTNN NNAAG--- 5' 		Asp700I, BbvAI, MroXI, Pdml
XorII Xanthomonas oryzae
5' CGATCG 3' GCTAGC
  5' ---CGAT CG--- 3'   3' ---GC TAGC--- 5' 		Afa16RI, BspCI, EagBI, ErhB9I, MvrI, Ple19I, PvuI, RshI
XpaI Xanthomonas papavericola
5' CTCGAG 3' GAGCTC
  5' ---C TCGAG--- 3'   3' ---GAGCT C--- 5' 		BssHI, MavI, PanI, SauLPII, Sbi68I, Sol10179I, StrI, XhoI
XspI Xanthomonas sp. YK1
5' CTAG 3' GATC
  5' ---C TAG--- 3'   3' ---GAT C--- 5'

Y

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
YenI Yersinia enterocolitica 08 A2635
5' CTGCAG 3' GACGTC
  5' ---CTGCA G--- 3'   3' ---G ACGTC--- 5' 		Asp713I, BsuBI, CfrA4I, Ecl37kI, Psp23I, PstI, SalPI, SflI, Sst12I

Z

Enzym PDB-kod Källa Igenkänningssekvens Skära Isoschizomerer
ZanI Zymomonas anaerobia
5' CCWGG 3' GGWCC
  5' ---CC WGG--- 3'   3' ---GGW CC--- 5' 		ApaORI, BseBI, BspNI, BstNI, Bst2UI, CthII, EcoRII , MvaI, SspAI
ZhoI Zymomonas holcicola
5' ATCGAT 3' TAGCTA
  5' ---AT CGAT--- 3'   3' ---TAGC TA--- 5' 		BanIII, BbvAII, BscI, BspJI, ClaI, LcaI, Pgal, SpmI, Ssp27144I
ZraI Zoogloea ramigera 11
5' GACGTC 3' CTGCAG
  5' ---GAC GTC--- 3'   3' ---CTG CAG--- 5' 		AatII, Ssp5230I
ZrmI Zoogloea ramigera SCA
5' AGTACT 3' TCATGA
  5' ---AGT ACT--- 3'   3' ---TCA TGA--- 5'
Acc113I, AssI,  BmcAI, Bpa34I, 
Dpal, Eco255I, RflFII, Scal
Zsp2I Zoogloea sp. 2
5' ATGCAT 3' TACGTA
  5' ---ATGCA T--- 3'   3' ---T ACGTA--- 5' 		BfrBI, Csp68KIII, EcoT22I, NsiI, PinBI, Ppu10I, SepI, SspD5II

Anteckningar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_restriction_enzyme_cutting_sites:_T–Z&oldid=1134675815 "