Hae III
| Typ-2-restriktionsenzym HaeIII | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Kristallstrukturen av HaeIII-enzymet som är konvalent komplexbundet till DNA: ett extraheliskt cytosin och omarrangerad basparning.
| |||||||
| Identifierare | |||||||
| Organism | |||||||
| Symbol | haeIIIR | ||||||
| RefSeq (Prot) | WP_006996034.1 | ||||||
| UniProt | O68584 | ||||||
| Övriga uppgifter | |||||||
| EG-nummer | 3.1.21.4 | ||||||
| Kromosom | Genomisk: 0,7 - 0,7 Mb | ||||||
| |||||||
| HaeIIIR- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||
| Symbol | RE_HaeIII | ||||||||
| Pfam | PF09556 | ||||||||
| InterPro | IPR019059 | ||||||||
| |||||||||
Hae III är ett av många restriktionsenzymer ( endonukleaser ) en typ av prokaryot DNA som skyddar organismer från okänt, främmande DNA. Det är ett restriktionsenzym som används i molekylärbiologiska laboratorier. Det var det tredje endonukleaset som isolerades från Haemophilus aegyptius -bakterien . Enzymets igenkänningsställe - platsen där det skär DNA- molekyler - är GGCC- nukleotidsekvensen , vilket betyder att det klyver DNA vid platsen 5'-GG/CC-3. Igenkänningsstället är vanligtvis runt 4-8 bps. Detta enzyms gen har sekvenserats och klonats. Detta görs för att göra DNA-fragment i trubbiga ändar. HaeIII är inte effektivt för enkelsträngad DNA-klyvning.
Egenskaper
Hae III har en molekylvikt på 37126. Efter att en 2-10-faldig Hae III har ägt rum sker översmältning av ett DNA-substrat. Detta resulterar i att 100% skärs, mer än 50% av fragmenten ligeras och mer än 95% skärs om. Värmeinaktivering sker vid cirka 80 °C i 20 minuter. Lokuset för Hae III-enzymet är på AF05137 och är linjärt med 957 baspar.
Historia
Hae III tillsammans med andra restriktionsenzymer upptäcktes 1970 av Werner Arber och Matthew Meselson. Hae III-metyltransferaset även känt som MTas-genen från Haemophilus aegyptius (igenkänningssekvens: 5'-GGCC-3') gjordes till Escherichia coli (E.coli) i plasmidvektorn pBR322. Genen extraherades från ett enda EcoRI -fragment och ett enda Hindlll -enzymfragment. Kloner som bär ytterligare intilliggande fragment visade sig koda för Hae III-restriktionsenzymet.
Fungera
Enzymet klyver DNA vid de positioner där GGCC-sekvensen finns. Klyvningen sker mellan den andra och den tredje nukleotiden ( G och C ). De resulterande DNA-fragmenten är kända som restriktionsfragment . HaeIII skär båda DNA-strängarna på samma plats, vilket ger restriktionsfragment med trubbiga ändar . Värmedenaturering sker vid 80°C efter 20 minuter.
Metylas
Haemophilus aegyptius bär också på ett metylas kallat HaeIIIM () som metylerar de interna cytosinerna i GGCC-sekvensen. Det skyddar sekvenser från att skäras av HaeIII och bildar ett restriktionsmodifieringssystem . HaeIII-enzymet kommer från en E. coli- stam som bär den klonade HaeIII-modifieringsgenen från Haemophilus aegyptius.
Vidare läsning
- Rawn JD (1989). Biokemi (International ed.). ISBN 0-89278-405-9 .
- Slatko BE, Croft R, Moran LS, Wilson GG (december 1988). "Kloning och analys av HaeIII- och HaeII-metyltransferasgener". Gene . 74 (1): 45–50. doi : 10.1016/0378-1119(88)90248-x . PMID 3248732 .
- Blakesley RW, Dodgson JB, Nes IF, Wells RD (oktober 1977). "Duplexregioner i "enkelsträngat" phiX174-DNA klyvs av ett restriktionsendonukleas från Haemophilus aegyptius" . Journal of Biological Chemistry . 252 (20): 7300–6. doi : 10.1016/S0021-9258(19)66969-3 . PMID 71298 .
- Hoffman JL (juli 1986). "Kromatografisk analys av den kirala och kovalenta instabiliteten hos S-adenosyl-L-metionin". Biokemi . 25 (15): 4444–9. doi : 10.1021/bi00363a041 . PMID 3530324 .