Isoschizomer
Isoschizomerer är par av restriktionsenzymer som är specifika för samma igenkänningssekvens . Till exempel är SphI (CGTAC/G) och BbuI (CGTAC/G) isoschizomerer av varandra. Det första enzymet som känner igen en given sekvens är känt som prototypen ; alla senare identifierade enzymer som känner igen den sekvensen är isoschizomerer. Isoschizomerer isoleras från olika bakteriestammar och kan därför kräva olika reaktionsförhållanden .
I vissa fall kan bara en av ett par isoschizomerer känna igen både de metylerade och ometylerade formerna av restriktionsställen . Däremot kan det andra restriktionsenzymet endast känna igen den ometylerade formen av restriktionsstället. Denna egenskap hos vissa isoschizomerer möjliggör identifiering av metyleringstillståndet för restriktionsstället samtidigt som det isoleras från en bakteriestam . Till exempel är restriktionsenzymerna HpaII och MspI isoschizomerer, eftersom de båda känner igen sekvensen 5'-CCGG-3' när den är ometylerad. Men när det andra C i sekvensen är metylerat kan bara MspI känna igen det medan HpaII inte kan.
Ett enzym som känner igen samma sekvens men skär den annorlunda är en neoschizomer . Neoschizomerer är en specifik typ (undergrupp) av isoschizomer. Till exempel är Smal (CCC/GGG) och XmaI (C/CCGGG) neoschizomerer av varandra. På liknande sätt är KpnI (GGTAC/C) och Acc65I (G/GTACC) neoschizomerer av varandra. Ett enzym som känner igen en något annorlunda sekvens, men producerar samma ändar är en isocaudomer .