Isocaudomer

Isocaudomerer är par av restriktionsenzymer som har något olika igenkänningssekvenser , men som vid klyvning av DNA genererar identiska överhängande terminisekvenser . Dessa sekvenser kan ligeras till varandra, men bildar sedan en asymmetrisk sekvens som inte kan klyvas av ett restriktionsenzym.

Exempel

Till exempel är enzymerna Mbo I och BamH I isokaudomerer:

Mbo IN*GATC N N CTAG*N BamH I G*GATC C C CTAG*G

N representerar någon av de fyra nukleotiderna . Oberoende av vilken nukleotid som är närvarande vid klyvning med MboI, efter klyvning med endera enzymet, har alla terminaler den centrala tetranukleotiden - GATC . Detta tillåter fragment som genererats med ett enzym att hybridisera med fragment som genererats med det andra enzymet. Detta kan användas för eliminering av restriktionsställen från det resulterande DNA-fragmentet. Till exempel:

 
  Inte I  GC*GGCC GC  CG CCGG*CG  ​​Bsp120 I  G*GGCC C  C CCGG*G 

I exemplet ovan producerar båda enzymerna tetranukleotiderna CCGG som kan hybridisera till varandra. Den resulterande DNA-sekvensen kommer dock att vara:

 
  GC  GGCCC  CGCCGG  G 

där nukleotiderna som visas i kursiv stil härstammar från NotI-klippt ställe, och de i fetstil från Bsp120I-klippt ett. Observera att den resulterande sekvensen inte känns igen av något av de två enzymerna.

Andra exempel på isokaudomerer inkluderar:

BamHI/BclI/BglII/BstYI/DpnII NcoI/BspHI/FatI/PciI NdeI/AseI/BfaI/Csp6I/Msel XbaI/AvrII/NheI/SpeI/StyI XhoI/PspXI/SalI