Lista över plastidgenom vars DNA-sekvens är känd
Den kraftigt reducerade plastomkartan på 27 kb över den parasitära
Hydnora visseri .
En plastom genomet av en plastid , en typ av organell som finns i växter och i en mängd olika protoktister . Antalet kända plastidgenomsekvenser växte snabbt under det första decenniet av det tjugoförsta århundradet . Till exempel sekvenserades 25 kloroplastgenom för en molekylär fylogenetisk studie.
De blommande växterna är särskilt väl representerade i kompletta kloroplastgenom. Från och med januari 2017 är alla deras beställningar representerade utom Commelinales , Picramniales , Huerteales , Escalloniales , Bruniales och Paracryphiales .
En sammanställning av alla tillgängliga kompletta plastidgenom upprätthålls av NCBI i ett offentligt arkiv.
Växter
Bryophytes sl
Ormbunkar och lykofyter
Gymnospermer
Blommande växter
Denna sorterbara tabell förväntas sammanställa kompletta plastidgenom som representerar det största utbudet av storlekar, antal gener och angiospermfamiljer.
Sekvenserade plastomer med fullständig genomstorlek, antal unika gener, referens och publiceringsår.
Arter
Storlek ( bp )
Gener
Referens
År
Familj
Anteckningar
Acorus americanus
153,819
2007
Acoraceae
Agrostis stolonifera
135,584
110
2010
Poaceae
Alniphyllum eberhardtii
155,384
113
2017
Styracaceae
Alstroemeria aurea
155 510
112
2013
Alstroemeriaceae
Amborella trichopoda
162,686
2003
Amborellaceae
Anethum graveolens
153,356
2007
Apiaceae
Arabidopsis thaliana
154,478
1999
Brassicaceae
Atropa belladonna
156,687
2002
Solanaceae
Brachypodium distachyon
135 199
110
2010
Poaceae
Buxus microphylla
159 010
113
2007
Buxaceae
Calycanthus floridus glaucus
153,337
115
2003
Calycanthaceae
Carpinus tientaiensis
160,104
114
2017
Betulaceae
Chloranthus spicatus
157,772
113
2007
Chloranthaceae
Citrus sinensis
155,189
2006
Rutaceae
Cocos nucifera
154,731
130
2013
Arecaceae
Kaffe arabica
155,189
2007
Rubiaceae
Coix lacryma-jobi
140,745
2009
Poaceae
Conopholis americana
45,673
42
2013
Orobanchaceae
Icke-fotosyntetisk parasit
Cucumis sativus
155 293
2007
Cucurbitaceae
Cuscuta exaltata
125,373
2007
Convolvulaceae
Cuscuta gronovii
86,744
86
2007
Convolvulaceae
Cuscuta reflexa
121,521
98
2007
Convolvulaceae
Cypripedium formosanum
178,131
2015
Orchidaceae
Cytinus hypocistis
19 400
23
2016
Cytinaceae
Holoparasitisk
Daucus carota
155 911
2006
Apiaceae
Dioscorea elephantipes
152 609
112
2007
Dioscoreaceae
Drimys granadensis
160 604
113
2006
Winteraceae
Epifagus virginiana
70 028
42
1992
Orobanchaceae
Epipogium aphyllum
30 650
27
2015
Orchidaceae
Mykoheterotrofisk
Epipogium roseum
19 047
29
2015
Orchidaceae
Mykoheterotrofisk
Erodium carvifolium
116 935
107
2016
Geraniaceae
Erodium krysantum
168,946
96
2016
Geraniaceae
Erodium texanum
130 812
106
2011
Geraniaceae
Eucalyptus globulus globulus
160 286
2005
Myrtaceae
Fagopyrum esculentum förfäder
159 599
2008
Polygonaceae
Pelargon palmatum
155,794
105
2011
Geraniaceae
Glycin max
152,218
2005
Fabaceae
Gossypium barbadense
160 317
114
2006
Malvaceae
Gossypium hirsutum
160 301
2006
Malvaceae
Helianthus annuus
151,104
2007
Asteraceae
Hordeum vulgare vulgärt
136,482
110
2010
Poaceae
Hydnora visseri
27.233
24
2016
Aristolochiaceae
Icke-fotosyntetisk holoparasit
Illicium oligandrum
148,552
113
2007
Schisandraceae ( sensu APG III )
Ipomoea purpurea
162 046
2007
Convolvulaceae
Jasminum nudiflorum
165,121
2007
Oleaceae
Juglans regia
160 367
129
2017
Juglandaceae
Lactuca sativa
152,765
2007
Asteraceae
Lemna moll
165 955
2008
Araliaceae
Licania alba
162,467
112
2014
Chrysobalanaceae
Lilium longiflorum
152,793
114
2013
Liliaceae
Liriodendron tulipifera
159,866
2006
Magnoliaceae
Lolium perenne
135,282
110
2010
Poaceae
Lonicera japonica
155 078
2010
Caprifoliaceae
Lotus japonicus
150 519
2000
Fabaceae
Manihot esculenta
161,453
2008
Euphorbiaceae
Monotropa hypopities
35,336
45
2016
Ericaceae
Mykoheterotrofisk
Monsonia speciosa
128,787
106
2011
Geraniaceae
Morus indica
156 599
2006
Moraceae
Musa balbisiana
169 503
113
2016
Musaceae
Nandina domestica
156 599
2006
Berberidaceae
Neottia nidus-avis
92 060
56
2011
Orchidaceae
Mykoheterotrofisk
Nelumbo nucifera
163,330
2010
Nelumbonaceae
Nicotiana tabacum
155 943
113
1986
Solanaceae
Nuphar advena
160 866
117
2007
Nymphaeaceae
Nymphaea alba
159 930
2004
Nymphaeaceae
Oenothera argillicola
165 055
113
2008
Onagraceae
Oenothera biennis
164 807
113
2008
Onagraceae
Oenothera elata hookeri stam johansen Standard
165,728
113
2008
Onagraceae
Oenothera glazioviana r / r -lamarckiana Sverige
165 225
113
2008
Onagraceae
Oenothera parviflora
163,365
113
2008
Onagraceae
Oryza sativa indica 93-11
134,496
2005
Poaceae
Oryza sativa japonica Nipponbare
134,551
110
1989
Poaceae
Oryza sativa japonica PA64S
134,551
2005
Poaceae
Osyris alba
147,253
101
2015
Santalaceae
Hemiparasitisk
Panax ginseng
156,318
2004
Araliaceae
Pelargonium × hortorum
217,942
2006
Geraniaceae
Petrosavia stellaris
103,835
58
2014
Petrosaviaceae
Mykoheterotrofisk
Phalaenopsis afrodite formosana
148,964
2006
Orchidaceae
Phaseolus vulgaris
150 285
2007
Fabaceae
Pilostyles aethiopica
11 348
5
2016
Apodanthaceae
Endo-holoparasit
Pilostyles hamiltonii
15,167
5
2016
Apodanthaceae
Endo-holoparasit
Piper cenocladum
160 624
113
2006
Piperaceae
Platanus occidentalis
161,791
2006
Platanaceae
Populus alba
156 505
2006
Salicaceae
Ranunculus macranthus
155,158
117
2007
Ranunculaceae
Rhizanthella gardneri
59 190
33
2011
Orchidaceae
Underjordisk mykoheterotrof
Saccharum officinarum
141,182
110
2010
Poaceae
Sciaphila densiflora
21,485
28
2015
Triuridaceae
Mykoheterotrofisk
Solanum tuberosum
155 298
2006
Solanaceae
Sorghum bicolor
140,754
110
2010
Poaceae
Spinacia oleracea
150 725
2001
Amaranthaceae
Trachelium caeruleum
162,321
2008
Campanulaceae
Trifolium subterraneum
144,763
111
2008
Fabaceae
Triticum aestivum
134,545
110
2000
Poaceae
Typha latifolia
165,572
113
2010
Typhaceae
Vaccinium macrocarpon
176 045
147
2013
Ericaceae
Viscum album
128,921
96
2015
Viscaceae
Hemiparasitisk
Viscum minimum
131 016
99
2015
Viscaceae
Hemiparasitisk
Vitis vinifera
160 928
2006
Vitaceae
Yucca schidigera
156,158
2005
Asparagaceae ( sensu APG III )
Zea mays
140,384
110
2010
Poaceae
Grönalger
Sekvenserade plastomer
Arter
Mängd
Storlek ( bp )
Gener
Referens
Bryopsis plumosa
106 859
115
Chaetosphaeridium globosum
131,183
124
Chara vulgaris
Chlamydomonas reinhardtii
203,395
99
Chlorella vulgaris
150 613
209
Chlorokybus atmophyticus
201,763
70
Dunaliella salina
CCAP 19/18
269 044
102
Emiliania huxleyi
105 309
150
Helicosporidium
37,454
54
Leptosira terrestris
195 081
117
Mesostigma viride
42,424
Monomastix
114,528
94
Nephroselmis olivacea
200 799
127
Oedogonium cardiacum
196,547
103
Oltmannsiellopsis viridis
151,933
105
Ostreococcus tauri
71,666
86
Pseudendoclonium akinetum
195,867
105
Pycnococcus provasolii
80,211
98
Pyramimonas parkeae
101 605
110
Scenedesmus obliquus
161,452
96
Stauratrum punctulatum
Stigeoclonium helveticum
223,902
97
Tydemania expeditionis
105 200
125
Ulva sp.
UNA00071828
99,983
102
Volvox carteri
420 650
91
Zygnema circumcarinatum
Sekvenserade plastomer
Arter
Mängd
Storlek ( bp )
Gener
Referens
År
Taxon
Anteckningar
Ahnfeltia plicata
190,451
205 (kodning)
2016
Ahnfeltiales
Apophlaea sinclairii
182,437
189 (kodning)
2016
Hildenbrandiales
Asparagopsis taxiformis
177 091
203 (kodning)
2016
Bangiopsis subsimplex
204,784
194 (kodning)
2016
Calliarthron tuberculosum
178,981
238
2013
Ceramium japonicum
171,634
199 (kodning)
2016
Chondrus crispus
180 086
240
2013
Gigartinaler
Cyanidioschyzon merolae
10D
149 987
243
2003
Cyanidiumcaldarium
RK1
164,921
230
2000
Erythrotrichia carnea
210,691
191 (kodning)
2016
Galdieria sulphuraria
074W
167,741
233
2015
Gelidium elegans
174,748
234
2016
Gelidium sinicola
UC276620
177 095
232
2019
Kan vara synonymt med G. coulteri
Gelidium vagum
179,853
234
2016
Gracilaria changii
183 855
231
2018
Gracilariales
Gracilaria chorda
182,459
201 (kodning)
2016
Gracilariales
Gracilaria salicornia
179,757
235
2014
Gracilariales
Gracilaria tenuistipitata
var. liui
183,883
238
2004
Gracilariales
Gracilaria vermiculophylla
180 254
239
opublicerad
Gracilariales
Grateloupia filicina
195 990
265
opublicerad
Grateloupia taiwanensis
191 270
266
2013
Hildenbrandia rivularis
189,725
184 (kodning)
2016
Hildenbrandia rubra
180,141
190 (kodning)
2016
Kumanoa americana
184 025
234
2018
Palmaria palmata
192 960
245
2018
Plocamium cartilagineum
171,392
197 (kodning)
2016
Porphyra pulchra
194,175
251
2016
Bangiales
Porphyra purpurea
191 028
253
1993
Bangiales
Porphyra umbilicalis
190,173
250
2017
Bangiales
Porphyridium purpureum
NIES 2140
217 694
260
2014
Porphyridium sordidum
259,429
227
2016
Pyropia fucicola
187,282
2015
Partiellt genom
Pyropia haitanensis
PH 38
195 597
254
2013
Pyropia kanakaensis
189,931
2015
Partiellt genom
Pyropia perforata
189,789
247
2015
Pyropia yezoensis
191 952
264
2013
Rhodochaete parvula
221,665
195 (kodning)
2016
Rhodymenia pseudopalmata
194,153
201 (kodning)
2016
Riquetophycus sp.
180,384
202 (kodning)
2016
Schimmelmannia schousboei
181 030
202 (kodning)
2016
Schizymenia dubyi
183 959
204 (kodning)
2016
Sebdenia flabellata
192,140
205 (kodning)
2016
Sporolithon durum
191,464
239
2016
Thorea hispida
175,193
228
2018
Vertebrata lanosa
167,158
192
2015
Även tilldelad släktet Polysiphonia
Glaukofyter
Meta-alger och apicomplexans
Meta-alger är organismer med fotosyntetiska organeller av sekundärt eller tertiärt endosymbiotiskt ursprung, och deras nära icke-fotosyntetiska, plastidbärande, släktingar. Apicomplexans är en sekundärt icke-fotosyntetisk grupp av kromalveoater som bibehåller en reducerad plastidorganell.
Fotosyntetiska kromalveolater
Dinoflagellatplastidgenom är inte organiserade i en enda cirkulär DNA-molekyl som andra plastidgenom, utan i en rad minicirklar.
Klorarachniofyter
Apicomplexans
Nukleomorfa genom
Hos vissa fotosyntetiska organismer förvärvades den förmågan via symbios med en encellig grönalg ( klorofyt ) eller rödalg ( rodofyt ). I vissa sådana fall behåller inte bara kloroplasten från den tidigare encelliga algen sitt eget genom, utan också en rest av algen. När detta behåller en kärna och ett kärngenom kallas det en nukleomorf .
Sekvenserade nukleomorfa genom
Arter
Mängd
Storlek ( bp )
Gener
Referens
Amorphochlora amoebiformis
373,958
340
Bigelowiella natans
CCMP 621
442 036
426 (344-proteinkodning)
Chroomonas mesostigmatica
CCMP1168
702,852
581 (505 proteinkodning)
Cryptomonas paramecium
487 066
519 (466 proteinkodning)
Guillardia theta
672,788
743 (632 proteinkodning)
Hemiselmis andersenii
571,872
525 (471 proteinkodning)
Lotharella oceanica
612,592
654 (608 proteinkodning)
Lotharella vacuolata
431,876
359
Cyanelle genom
Den encelliga eukaryoten Paulinella chromatophora cyanellen ) som representerar ett oberoende fall av förvärvet av fotosyntes genom cyanobakteriell endosymbios. (Obs: termen cyanell används också för plastider av glaukofyter.)
Se även
externa länkar
^ Dennis, RD (januari 1976). "Insekts morfogenetiska hormoner och utvecklingsmekanismer i nematoden, Nematospiroides dubius". Jämförande biokemi och fysiologi. A, jämförande fysiologi . 53 (1): 53–56. doi : 10.1016/s0300-9629(76)80009-6 . ISSN 0300-9629 . PMID 184 .
