Hfq-bindande sRNA

isrA Hfq-bindande RNA
Förutspådd sekundär struktur för isrA Hfq-bindande RNA-
identifierare
Symbol	isrA
Rfam	RF01385
Övriga uppgifter
RNA -typ	gen , sRNA
Domän(er)	Enterobacteriaceae
PDB- strukturer	PDBe

Hfq-protein från S. aureus med ett bundet sRNA.

Ett Hfq-bindande sRNA är ett sRNA som binder det bakteriella RNA-bindande proteinet som kallas Hfq . Ett antal bakteriella små RNA som har visat sig binda till Hfq har karakteriserats (se lista). Många av dessa RNA delar en liknande struktur som består av tre stamslingor . Flera studier har utökat denna lista och experimentellt validerat totalt 64 Hfq-bindande sRNA i Salmonella Typhimurium . En transkriptomomfattande studie på Hfq -bindningsställen i Salmonella kartlade 126 Hfq-bindningsställen inom sRNA. Genomisk SELEX har använts för att visa att Hfq-bindande RNA är berikade i sekvensmotivet 5′ -AAYAAYAA-3′. Genomomfattande studie identifierade 40 kandidat Hfq-beroende sRNA i växtpatogenen Erwinia amylovora . 12 av dem bekräftades med Northern blot.

Bakteriellt Hfq-bindande sRNA

• DicF RNA
• DsrA RNA
• FnrS RNA
• GadY RNA
• GcvB RNA
• IsrJ RNA
• MicA RNA/SraD RNA
• MicC RNA
• MicF RNA
• OmrA RNA / OmrB RNA / RygA RNA / RygB RNA / SraE RNA
• OxyS RNA
• Qrr RNA
• RmA RNA
• RprA RNA
• RybB RNA
• RydC RNA
• RyeB RNA
• CyaR RNA
• RågF
• RyhB RNA
• SgrS RNA
• Fläck 42 RNA
• SraH RNA
• SraJ RNA
• SroB RNA / MicM RNA / RybC
• SroC RNA

Vidare läsning

•    De Lay, N.; Schu, DJ; Gottesman, S. (2013). "Bakteriell liten RNA-baserad negativ reglering: Hfq och dess medbrottslingar" . Journal of Biological Chemistry . 288 (12): 7996–8003. doi : 10.1074/jbc.R112.441386 . PMC 3605619 . PMID 23362267 .
•    Peng, Y.; Soper, TJ; Woodson, SA (2013). "Positionella effekter av AAN-motiv i rpoS-reglering av sRNA och Hfq" . Journal of Molecular Biology . 426 (2): 275–285. doi : 10.1016/j.jmb.2013.08.026 . PMC 3947347 . PMID 24051417 .

externa länkar

• Rfam databas