OmrA-B RNA
| OmrA-B RNA | |
|---|---|
 En representation av den bakteriella OmrA-B sekundära strukturen inklusive ett färgschema som indikerar graden av sekvenskonservering.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | OmrA-B |
| Alt. Symboler | OmrA, OmrB, SraE, RygA, RygB |
| Rfam | RF00079 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen |
| Domän(er) | Bakterier ; Enterobacteriaceae |
| PDB- strukturer | PDBe |
OmrA -B RNA- genfamiljen (även känd som SraE RNA , RygA och RygB och OmrA och OmrB ) är ett par homologa OmpR-reglerade små icke-kodande RNA som upptäcktes i E. coli under två storskaliga screeningar. OmrA-B är mycket rikligt i stationär fas, men låga nivåer kunde också detekteras i exponentiellt växande celler. RygB ligger intill RygA, ett närbesläktat RNA. Dessa RNA binder till Hfq-proteinet och reglerar genuttryck genom antisensbindning. De reglerar uttrycket negativt av flera gener som kodar för yttre membranproteiner, inklusive cirA, CsgD , fecA, fepA och ompT genom att binda i närheten av Shine-Dalgarno-sekvensen , vilket tyder på att kontrollen av dessa mål är beroende av Hfq-protein och RNase E. Sammantaget tyder dessa data på att OmrA-B deltar i regleringen av det yttre membranets sammansättning och svarar på miljöförhållanden.
Tillsammans med RNA-chaperonen Hfq , kontrollerar OmrA-B positivt bakteriell motilitet och kontrollerar negativt produktionen av sur exopolysackarid amylovoran i växtpatogenen Erwinia amylovora .