SgrS RNA
| SgrS RNA | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av SgrS-
| |
| identifierare | |
| Symbol | SgrS |
| Rfam | RF00534 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen ; antisense |
| Domän(er) | Bakterie |
| GÅ | GO:0032057 GO:0043488 GO:0030371 |
| SÅ | SO:0000655 |
| PDB- strukturer | PDBe |
SgrS ( su g a r transportrelaterat s RNA, tidigare benämnt ryaA ) är ett 227 nukleotider litet RNA som aktiveras av SgrR i Escherichia coli under glukos -fosfatstress. Typen av glukos-fosfatstress är inte helt klarlagd, men är korrelerad med intracellulär ackumulering av glukos-6-fosfat . SgrS hjälper celler att återhämta sig från glukos-fosfatstress genom basparning med ptsG - mRNA (som kodar för glukostransportören) och orsakar dess nedbrytning på ett RNase E-beroende sätt. Basparning mellan SgrS och ptsG mRNA kräver också Hfq , en RNA-chaperon som ofta krävs av små RNA som påverkar deras mål genom basparning. Oförmågan hos celler som uttrycker sgrS att skapa nya glukostransportörer leder till mindre glukosupptag och minskade nivåer av glukos-6-fosfat . SgrS är ett ovanligt litet RNA genom att det också kodar för en funktionell polypeptid med 43 aminosyror , SgrT, som hjälper celler att återhämta sig från glukos-fosfatstress genom att förhindra glukosupptag. Aktiviteten av SgrT påverkar inte nivåerna av ptsG- mRNA av PtsG-protein. Det har föreslagits att SgrT utövar sina effekter genom reglering av glukostransportören, PtsG.
SgrS upptäcktes ursprungligen i E. coli men homologer har sedan dess identifierats i andra Gammaproteobacteria som Salmonella enterica och medlemmar av släktet Citrobacter . En jämförande genomikbaserad målförutsägelsemetod som använder dessa homologer har utvecklats och användes för att förutsäga SgrS-målet, ptsI (b2416), som därefter verifierades experimentellt.
Vidare läsning
- Vanderpool CK (april 2007). "Fysiologiska konsekvenser av liten RNA-medierad reglering av glukos-fosfatstress". Aktuell åsikt i mikrobiologi . 10 (2): 146–51. doi : 10.1016/j.mib.2007.03.011 . PMID 17383224 .
- Aiba H (april 2007). "Mekanism för RNA-tystnad av Hfq-bindande små RNA". Aktuell åsikt i mikrobiologi . 10 (2): 134–9. doi : 10.1016/j.mib.2007.03.010 . PMID 17383928 .
- Sun Y, Vanderpool CK (november 2013). "Fysiologiska konsekvenser av reglering av flera mål av det lilla RNA SgrS i Escherichia coli" . Journal of Bakteriologi . 195 (21): 4804–15. doi : 10.1128/JB.00722-13 . PMC 3807494 . PMID 23873911 .
- Bobrovskyy M, Vanderpool CK (2014). "Det lilla RNA SgrS: roller i metabolism och patogenes av enteriska bakterier" . Gränser i cellulär och infektionsmikrobiologi . 4 : 61. doi : 10.3389/fcimb.2014.00061 . PMC 4021124 . PMID 24847473 .
- Papenfort K, Sun Y, Miyakoshi M, Vanderpool CK, Vogel J (april 2013). "Små RNA-medierad aktivering av sockerfosfatas-mRNA reglerar glukoshomeostas" . Cell . 153 (2): 426–37. doi : 10.1016/j.cell.2013.03.003 . PMC 4151517 . PMID 23582330 .