MicA RNA
| SraD RNA | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av SraD-
| |
| identifierare | |
| Symbol | SraD |
| Alt. Symboler | sraD |
| Rfam | RF00078 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen ; sRNA |
| Domän(er) | Bakterie |
| SÅ | SO:0000655 |
| PDB- strukturer | PDBe |
MicA RNA (även känt som SraD ) är ett litet icke-kodande RNA som upptäcktes i E. coli under en storskalig screening. Uttryck av SraD är mycket rikligt i stationär fas , men låga nivåer kunde också detekteras i exponentiellt växande celler.
Fungera
Detta RNA binder Hfq-proteinet och reglerar nivåer av genuttryck genom en antisensmekanism . Det är känt att rikta in sig på OmpA-genen i E. coli och blockera ribosombindningsstället. Under förhållanden med höljestress induceras micA-transkription. MicA, RybB RNA och MicL RNA- transkription är under kontroll av sigmafaktorn sigma(E). I E.coli interagerar SraD också i cis och trans med mRNA-arterna, luxS , ompA respektive phoP . Denna observation beskriver MicA som det första kända sRNA:t som utför antisensreglering i båda strukturella konfigurationerna. MicA är känt för att interagera med mRNA som kodar för kvorumavkännande syntashomolog, LuxS i E.coli, och båda RNA:n bearbetas av det dubbelsträngade RNA-endonukleaset, RNas III. Baserat på dess bevarande är detta förmodligen fallet i nära släktingar och kan fungera som en lång svårfångad länk mellan höljestress och kvorumavkänning.
PhoPQ- tvåkomponentsystemet är undertryckt av MicA. RNA:t parar sig antagligen med det ribosomala bindningsstället för phoP-mRNA, och inhiberar därigenom translation. Detta kopplar micA till cellulära processer såsom Mg(2+)-transport , virulens , LPS-modifieringar och resistens mot antimikrobiella peptider.
Hos S. typhimurium har MicA visat sig vara involverad i biofilmbildning . Det observeras att luxS- mutant biofilmbildningsprocessen visar sig vara beroende av MicA i fall där genens kodande region är raderad, men det är fortfarande inte känt i vilken utsträckning MicA är involverad i denna mekanism.
Platsriktad mutagenes har använts för att konstruera muterade former av MicA-former för att undersöka de RNA-determinanter som är viktiga för dess stabilitet och funktion. Varje "domän" som undersöktes (5'linjär domän, den strukturerade regionen med två stamslingor, den A/U-rika sekvensen och 3' poly(U)-svansen) ändrades utan att påverka den övergripande sekundära strukturen av MicA, men varje "domän" visade sig ha en annan inverkan på stabiliteten och förmågan hos MicA att reglera sina multipla mål.
Vidare läsning
- Karavolos MH, Bulmer DM, Spencer H, Rampioni G, Schmalen I, Baker S, et al. (mars 2011). "Salmonella Typhi känner värd för neuroendokrina stresshormoner och frisätter toxinet hemolysin E" . EMBO-rapporter . 12 (3): 252–8. doi : 10.1038/embor.2011.4 . PMC 3059909 . PMID 21331094 .
- Moores A, Chipper-Keating S, Sun L, McVicker G, Wales L, Gashi K, Blomfield IC (januari 2014). "RfaH undertrycker liten RNA MicA-hämning av fimB-uttryck i Escherichia coli K-12" . Journal of Bakteriologi . 196 (1): 148–56. doi : 10.1128/JB.00912-13 . PMC 3911127 . PMID 24163336 .