DsrA RNA

DsrA RNA
DsrA RNA
	Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av DsrA
-identifierare
Symbol	DsrA
Rfam	RF00014
Övriga uppgifter
RNA -typ	Gen ; sRNA
Domän(er)	Bakterie
SÅ	SO:0000378
PDB- strukturer	PDBe

DsrA RNA är ett icke-kodande RNA som reglerar både transkription , genom att övervinna transkriptionell tystnad av det nukleoidassocierade H-NS-proteinet , och translation , genom att främja effektiv translation av stress sigma-faktorn, RpoS . Dessa två aktiviteter av DsrA kan separeras genom mutation: den första av tre stamslingor av 85 nukleotiders RNA är nödvändig för RpoS-translation men inte för anti-H-NS-verkan, medan den andra stamslingan är väsentlig för antitystnad och mindre avgörande för RpoS-översättning. Den tredje stamslingan, som beter sig som en transkriptionsterminator, kan ersättas med trp -transkriptionsterminatorn utan förlust av någon av DsrA-funktionerna. Sekvensen för den första stamslingan av DsrA är komplementär med uppströmsledardelen av RpoS-budbärar-RNA, vilket tyder på att parning av DsrA med RpoS-meddelandet kan vara viktigt för translationell reglering. Strukturerna för DsrA och DsrA/rpoS-komplex studerades med NMR . Studien drog slutsatsen att sRNA innehåller en dynamisk konformationell jämvikt för sin andra stam-loop, vilket kan vara en viktig mekanism för DsrA för att reglera översättningarna av dess multipla mål-mRNA.

Det finns bevis för att DsrA RNA kan självmontera till nanostrukturer genom antisense interaktioner av tre självkomplementära regioner.

Mål för DsrA

Det finns experimentella bevis som tyder på att DsrA interagerar med de proteinkodande generna hns, rbsD, argR , ilvI och rpoS via en antisensmekanism .

DsrA viks till en struktur med tre hårnålar . Den andra av dessa ( nukleotiderna 23–60) binder till Hfq .

Vidare läsning

Santillano, D.; Boetius, A.; Ramette, A. (2010). "Förbättrad dsrA-baserad terminal restriktionsfragmentlängdpolymorfismanalys av sulfatreducerande bakterier" . Tillämpad och miljömikrobiologi . 76 (15): 5308–5311. doi : 10.1128/AEM.03004-09 . PMC 2916486 . PMID 20543035 .
Vecerek, B.; Beich-Frandsen, M.; Resch, A.; Blasi, U. (2009). "Translationell aktivering av rpoS-mRNA av det icke-kodande RNA:t DsrA och Hfq kräver inte ribosombindning" . Nukleinsyraforskning . 38 (4): 1284–1293. doi : 10.1093/nar/gkp1125 . PMC 2831331 . PMID 19969548 .
Leduc, I.; Olsen, B.; Elkins, C. (2008). "Lokalisering av domänerna av Haemophilus ducreyi Trimeric Autotransporter DsrA involverad i serumresistens och bindning till de extracellulära matrisproteinerna fibronektin och vitronektin" . Infektion och immunitet . 77 (2): 657–666. doi : 10.1128/IAI.00819-08 . PMC 2632028 . PMID 19015257 .
Soper, J.; Woodson, A. (sep 2008). "rpoS mRNA-ledaren rekryterar Hfq för att underlätta hybridisering med DsrA sRNA" ( fri fulltext) . RNA . 14 (9): 1907–1917. doi : 10.1261/rna.1110608 . ISSN 1355-8382 . PMC 2525945 . PMID 18658123 .
Li, H.; Granat, A.; Stewart, V.; Gillespie, JR (2008). "RpoS, H-NS och DsrA påverkar EHEC hemolysin operon (ehxCABD) transkription i Escherichia coliO157:H7 stam EDL933" . FEMS mikrobiologibrev . 285 (2): 257–262. doi : 10.1111/j.1574-6968.2008.01240.x . PMID 18616595 .
Leduc, I.; Vit, CD; Nepluev, I.; Throm, RE; Spinola, SM; Elkins, C. (2008). "Yttermembranprotein DsrA är den huvudsakliga fibronektinbindande determinanten för Haemophilus ducreyi" . Infektion och immunitet . 76 (4): 1608–1616. doi : 10.1128/IAI.00994-07 . PMC 2292853 . PMID 18212073 .
Resch, A.; Afonyushkin, T.; Lombo, TB; McDowall, KJ; Blasi, U.; Kaberdin, VR (2008). "Translationell aktivering av det icke-kodande RNA DsrA involverar alternativ RNas III-bearbetning i rpoS 5'-ledaren" . RNA . 14 (3): 454–459. doi : 10.1261/rna.603108 . PMC 2248258 . PMID 18192613 .
Ben-Dov, E.; Brenner, A.; Kushmaro, A. (2007). "Kvantifiering av sulfatreducerande bakterier i industriellt avloppsvatten, genom realtidspolymeraskedjereaktion (PCR) med användning av dsrA- och apsA-gener". Mikrobiell ekologi . 54 (3): 439–451. doi : 10.1007/s00248-007-9233-2 . PMID 17351812 . S2CID 20554316 .
Koleva, R.; Austin, C.; Kowaleski, J.; Neems, D.; Wang, L.; Vari, C.; Schlax, P. (2006). "Interaktioner av ribosomalt protein S1 med DsrA och rpoS mRNA☆". Biokemisk och biofysisk forskningskommunikation . 348 (2): 662–668. doi : 10.1016/j.bbrc.2006.07.102 . PMID 16890206 .
Jones, AM; Goodwill, A.; Elliott, T. (2006). "Begränsad roll för DsrA- och RprA-reglerande RNA i rpoS-reglering i Salmonella enterica" . Journal of Bakteriologi . 188 (14): 5077–5088. doi : 10.1128/JB.00206-06 . PMC 1539969 . PMID 16816180 .
Sun, X.; Wartell, RM (2006). "Escherichia coliHfq binder A18- och DsrA-domän II med liknande 2:1 Hfq6/RNA-stökiometri med användning av olika ytplatser†". Biokemi . 45 (15): 4875–4887. doi : 10.1021/bi0523613 . PMID 16605255 .
Rolle, K.; Zywicki, M.; Wyszko, E.; Barciszewska, MZ; Barciszewski, J. (2006). "Utvärdering av den dynamiska strukturen av DsrA RNA från E. Coli och dess funktionella konsekvenser". Journal of Biochemistry . 139 (3): 431–438. doi : 10.1093/jb/mvj045 . PMID 16567408 .
Abdullah, M.; Nepluev, I.; Afonina, G.; Ram, S.; Rice, P.; Cade, W.; Elkins, C. (2005). "Dödande av dsrA-mutanter av Haemophilus ducreyi av normalt humant serum sker via den klassiska komplementvägen och initieras av immunglobulin M-bindning" . Infektion och immunitet . 73 (6): 3431–3439. doi : 10.1128/IAI.73.6.3431-3439.2005 . PMC 1111860 . PMID 15908371 .
Vit, CD; Leduc, I.; Olsen, B.; Jeter, C.; Harris, C.; Elkins, C. (2005). "Haemophilus ducreyi yttre membrandeterminanter, inklusive DsrA, definierar två klonala populationer" . Infektion och immunitet . 73 (4): 2387–2399. doi : 10.1128/IAI.73.4.2387-2399.2005 . PMC 1087395 . PMID 15784585 .
Lease, RA; Woodson, SA (2004). "Cykling av det Sm-liknande proteinet Hfq på DsrA Small Regulatory RNA". Journal of Molecular Biology . 344 (5): 1211–1223. doi : 10.1016/j.jmb.2004.10.006 . PMID 15561140 .
Mikulecky, PJ; Kaw, MK; Brescia, CC; Takach, JC; Sledjeski, DD; Feig, AL (2004). "Escherichia coli Hfq har distinkta interaktionsytor för DsrA, rpoS och poly(A) RNA. " Naturens strukturella & molekylära biologi . 11 (12): 1206–1214. doi : 10.1038/nsmb858 . PMC 3071270 . PMID 15531892 .
Lease, RA; Smith, D.; McDonough, K.; Belfort, M. (2004). "Det lilla icke-kodande DsrA RNA är en syraresistensregulator i Escherichia coli" . Journal of Bakteriologi . 186 (18): 6179–6185. doi : 10.1128/JB.186.18.6179-6185.2004 . PMC 515158 . PMID 15342588 .
Repoila, F.; Gottesman, S. (2003). "Temperature Sensing by the dsrA Promoter" . Journal of Bakteriologi . 185 (22): 6609–6614. doi : 10.1128/JB.185.22.6609-6614.2003 . PMC 262114 . PMID 14594834 .
Worhunsky, DJ; Godek, K.; Litsch, S.; Schlax, PJ (2003). "Interaktioner mellan det icke-kodande RNA DsrA och RpoS mRNA med 30 S ribosomal subenhet" . Journal of Biological Chemistry . 278 (18): 15815–15824. doi : 10.1074/jbc.M301684200 . PMID 12600997 .
Cole, LE; Kawula, TH; Toffer, KL; Elkins, C. (2002). "Haemophilus ducreyi serumresistensantigen DsrA ger vidhäftning till mänskliga keratinocyter" . Infektion och immunitet . 70 (11): 6158–6165. doi : 10.1128/IAI.70.11.6158-6165.2002 . PMC 130365 . PMID 12379693 .
Repoila, F.; Gottesman, S. (2001). "Signaltransduktionskaskad för reglering av RpoS: temperaturreglering av DsrA" . Journal of Bakteriologi . 183 (13): 4012–4023. doi : 10.1128/JB.183.13.4012-4023.2001 . PMC 95285 . PMID 11395466 .
Sledjeski, DD; Whitman, C.; Zhang, A. (2001). "Hfq är nödvändigt för reglering av det oöversatta RNA DsrA" . Journal of Bakteriologi . 183 (6): 1997–2005. doi : 10.1128/JB.183.6.1997-2005.2001 . PMC 95095 . PMID 11222598 .
Bong, CTH; Throm, RE; Fortney, KR; Katz, BP; Huva, AF; Elkins, C.; Spinola, SM (2001). "DsrA-defekt mutant av Haemophilus ducreyi är nedsatt i sin förmåga att infektera mänskliga frivilliga" . Infektion och immunitet . 69 (3): 1488–1491. doi : 10.1128/IAI.69.3.1488-1491.2001 . PMC 98046 . PMID 11179317 .
Lease, RA; Belfort, M. (2000). "Riboreglering av DsrA RNA: transaktioner för global ekonomi" . Molekylär mikrobiologi . 38 (4): 667–672. doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02162.x . PMID 11115103 .
Lease, RA; Belfort, M. (2000). "Ett transagerande RNA som en kontrollväxel i Escherichia coli: DsrA modulerar funktion genom att bilda alternativa strukturer" . Proceedings of the National Academy of Sciences . 97 (18): 9919–9924. Bibcode : 2000PNAS...97.9919L . doi : 10.1073/pnas.170281497 . PMC 27626 . PMID 10954740 .
Elkins, C.; Morrow Jr, KJ; Olsen, B. (2000). "Serumresistens i Haemophilus ducreyi kräver yttre membranprotein DsrA" . Infektion och immunitet . 68 (3): 1608–1619. doi : 10.1128/IAI.68.3.1608-1619.2000 . PMC 97321 . PMID 10678980 .
Majdalani, N.; Cunning, C.; Sledjeski, D.; Elliott, T.; Gottesman, S. (1998). "DsrA RNA reglerar translation av RpoS-meddelanden genom en anti-antisensmekanism, oberoende av dess verkan som en antisilencer av transkription" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 95 (21): 12462–12467. Bibcode : 1998PNAS...9512462M . doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID 9770508 .
Lease, RA; Cusick, MIG; Belfort, M. (1998). "Riboreglering i Escherichia coli: DsrA-RNA verkar genom RNA:RNA-interaktioner vid flera loci" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 95 (21): 12456–12461. Bibcode : 1998PNAS...9512456L . doi : 10.1073/pnas.95.21.12456 . PMC 22852 . PMID 9770507 .
Klauck, E; Böhringer, J; Hengge-Aronis, R (1997). "Den LysR-liknande regulatorn LeuO i Escherichia coli är involverad i translationsregleringen av rpoS genom att påverka uttrycket av det lilla regulatoriska DsrA-RNA" . Molekylär mikrobiologi . 25 (3): 559–569. doi : 10.1046/j.1365-2958.1997.4911852.x . PMID 9302018 .
Sledjeski, DD; Gupta, A.; Gottesman, S. (1996). "Det lilla RNA:t, DsrA, är väsentligt för lågtemperaturuttrycket av RpoS under exponentiell tillväxt i Escherichia coli" . EMBO Journal . 15 (15): 3993–4000. doi : 10.1002/j.1460-2075.1996.tb00773.x . PMC 452119 . PMID 8670904 .
Geinguenaud, F; Gesson, M; Arluison, V (22 januari 2014). "Termodynamiska aspekter av självmontering av DsrA, ett litet icke-kodande RNA från Escherichia coli" . Acta Biochimica Polonica . 61 (1): 179–184. doi : 10.18388/abp.2014_1941 . PMID 24455758 .
Hämmerle, H; Večerek, B; Resch, A; Bläsi, U (1 dec 2013). "Duplexbildning mellan sRNA DsrA och rpoS mRNA är inte tillräcklig för effektiv RpoS-syntes vid låg temperatur" . RNA-biologi . 10 (12): 1834–1841. doi : 10.4161/rna.27100 . PMC 3917986 . PMID 24448230 .
Hämmerle, H; Večerek, B; Resch, A; Bläsi, U (1 dec 2013). "Duplexbildning mellan sRNA DsrA och rpoS mRNA är inte tillräcklig för effektiv RpoS-syntes vid låg temperatur" . RNA-biologi . 10 (12): 1834–1841. doi : 10.4161/rna.27100 . PMC 3917986 . PMID 24448230 .

externa länkar