Hfq protein
Hfq -proteinet (även känt som HF-I-protein ) som kodas av hfq -genen upptäcktes 1968 som en Escherichia coli- värdfaktor som var väsentlig för replikering av bakteriofagen Qβ . Det är nu klart att Hfq är ett rikligt bakteriellt RNA-bindande protein som har många viktiga fysiologiska roller som vanligtvis medieras genom att interagera med Hfq-bindande sRNA .
I E. coli visar Hfq-mutanter flera stressresponsrelaterade fenotyper. Hfq-proteinet är nu känt för att reglera translationen av två stora stresstranskriptionsfaktorer ( σS (RpoS) och σE (RpoE)) i Enterobakterier . Den reglerar också sRNA i Vibrio cholerae , ett specifikt exempel är MicX sRNA . Hos Salmonella typhimurium har Hfq visat sig vara en väsentlig virulensfaktor eftersom dess deletion försvagar förmågan hos S.typhimurium att invadera epitelceller , utsöndra virulensfaktorer eller överleva i odlade makrofager . I Salmonella är Hfq-deletionsmutanter också icke-rörliga och uppvisar kronisk aktivering av det sigmamedierade höljestresssvaret. En CLIP-Seq- studie av Hfq i Salmonella har avslöjat 640 bindningsställen över Salmonella- transkriptomet. Majoriteten av dessa bindningsställen hittades i mRNA och sRNA. Hos Photorhabdus luminescens orsakar en deletion av hfq -genen förlust av sekundär metabolitproduktion.
Hfq förmedlar dess pleiotropa effekter genom flera mekanismer. Det interagerar med regulatoriskt sRNA och underlättar deras antisens- interaktion med sina mål. Det verkar också oberoende för att modulera mRNA-sönderfall (styr mRNA-transkript för nedbrytning) och fungerar också som en repressor av mRNA- translation . Genomisk SELEX har använts för att visa att Hfq-bindande RNA är berikade i sekvensmotivet 5' -AAYAAYAA-3'. Hfq visade sig också verka på ribosombiogenes i E. coli , specifikt på 30S-subenheten. Hfq-mutanter ackumulerar högre nivåer av omogna små subenheter och minskad translationsnoggrannhet. Denna funktion på den bakteriella ribosomen kan också förklara den pleiotropa effekten som är typisk för Hfq-deletionsstammar.
Elektronmikroskopi avslöjar att, förutom den förväntade lokaliseringen av detta protein i cytoplasmatiska regioner och i nukleoiden, är en viktig del av Hfq belägen i närheten av membranet.
Kristallografiska strukturer
Sex kristallografiska strukturer av 4 olika Hfq-proteiner har hittills publicerats; E. coli Hfq (), P. aeruginosa Hfq i lågsalttillstånd () och högsalttillstånd (), Hfq från S. aureus med bundet RNA () och utan (), och Hfq( -liknande) protein från M. jannaschii ().
Alla sex strukturerna bekräftar den hexameriska ringformen av ett Hfq-proteinkomplex.
Se även
11. Mol Cell. 2002 Jan;9(1):23-30. Hfq: ett bakteriellt Sm-liknande protein som förmedlar RNA-RNA-interaktion.Møller T1, Franch T, Højrup P, Keene DR, Bächinger HP, Brennan RG, Valentin-Hansen P. 12. EMBO J. 2002 Jul 1;21(13) ):3546-56. Strukturer av den pleiotropa translationsregulatorn Hfq och ett Hfq-RNA-komplex: ett bakteriellt Sm-liknande protein. Schumacher MA1, Pearson RF, Møller T, Valentin-Hansen P, Brennan RG.
externa länkar
- hfq+Gene+Product vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)