ArcZ RNA
| ArcZ RNA | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av ArcZ RNA-
| |
| identifierare | |
| Symbol | ArcZ RNA |
| Rfam | RF00081 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen ; sRNA |
| Domän(er) | Bakterie |
| SÅ | SO:0000655 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Inom molekylärbiologi är ArcZ RNA (även känt som RyhA och SraH ) ett litet icke-kodande RNA (ncRNA). Det är den funktionella produkten av en gen som inte översätts till protein . ArcZ är ett Hfq -bindande RNA som fungerar som en antisensregulator för ett antal proteinkodande gener.
Upptäckt
Detta icke-kodande RNA upptäcktes i bakterien Escherichia coli under en storskalig beräkningsscreening för transkriptionssignaler och genomiska egenskaper hos kända små RNA-kodande gener. Under denna screening identifierades 14 nya ncRNA-gener, inklusive GlmZ , SraB , SraC och SraD . Uttrycket av SraH bekräftades experimentellt genom Northern blotting . Dess uttryck är mycket rikligt i stationär tillväxtfas men låga nivåer av uttryck kan fortfarande detekteras i exponentiellt växande celler .
Bearbetning
Även om ArcZ initialt transkriberas som ett transkript av ~120 nukleotider. Denna prekursor är instabil och bearbetas till ett rikligt fragment ~58 nukleotider som representerar 3'-änden av det initiala transkriptet. Stabiliteten och förekomsten av det kortare 3'-transkriptet bekräftas i både Northern blotting och djupsekvenseringsanalys.
Fungera
ArcZ har visat sig starkt binda det globala post-transkriptionella regulatorproteinet Hfq . I Salmonella har det visat sig undertrycka uttrycket av proteinkodande gener sdaCB (involverad i serinupptag ) och tpx (involverad i oxidativ stress ) gener, och av den horisontellt förvärvade genen metylaccepterande kemotaxiprotein (MCP). Både sdaCB och STM3216 regleras av ArcZ som binder ribosombindningsstället , tpx-mRNA:t riktas mot den kodande sekvensen (CDS). ArcZ stimulerar positivt uttryck av RpoS stationär fas sigmafaktor. Hos växtpatogenen Erwinia amylovora ArcZ visades sig positivt kontrollera typ III-sekretionssystemet (T3SS), amylovoran exopolysackaridproduktion, biofilmbildning och bakteriell motilitet, men det reglerar negativt bakteriell vidhäftning.
förordning
ArcZ är negativt reglerad av ArcB/ArcA tvåkomponentsregulatorer. ArcA undertrycker arcZ anaerobt men inte aerobt.