FnrS RNA
| FnrS | |
|---|---|
 Konserverad sekundär struktur av FnrS RNA. Nukleotidernas färg indikerar deras bevarande inom familjen.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | FnrS |
| Rfam | RF01796 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen |
| Domän(er) | Enterobacteriaceae |
| PDB- strukturer | PDBe |
FnrS RNA är en familj av Hfq -bindande små RNA vars uttryck är uppreglerat som svar på anaeroba förhållanden. Den heter FnrS eftersom dess uttryck är starkt beroende av fumarat- och nitratreduktasregulator (FNR), en sensor för direkt syretillgänglighet .
En konserverad intergen region mellan generna ydaN och dbpA förutspåddes koda för ett sRNA, intill där ett annat icke-kodande RNA ( C0343 ) har identifierats. Northern blot- analys av denna 477 bp sekvens gav emellertid inga resultat. En efterföljande tiling array- analys som sekvenserade Hfq-bindande sRNA fann att Watson-strängen verkligen kodade för ett sRNA.
Genreglering
FnrS har visat sig nedreglera 32 olika mRNA i Enterobacteria , i 15 av dessa fall gör det det genom basparning med mRNA - transkriptet . Majoriteten av gener som nedregleras av FnrS krävs för aerob metabolism eller oxidativ stressrespons . Några av generna som nedregleras av FnrS är:
- adhP - ett alkoholdehydrogenas involverat i ämnesomsättningen
- cydD - zinkkänslig ATP -bindande komponent i cytokromrelaterad transport
- mqo - membranassocierat malat:kinonoxidoreduktas som verkar i citronsyracykeln
- sodB/A - ett superoxiddismutas som hjälper till med syreresistens
- ygiW - ett hypotetiskt yttre membranprotein
En studie som inkluderar jämförande målförutsägelse och efterföljande experimentell verifiering av utvalda förutsägelser, tyder på att FnrS kan vara en mer global regulator i Escherichia coli . Det förutspås kontrollera flera transkriptionsfaktorer. Dessa inkluderar de verifierade målen marA och IscR . MarA aktiverar gener involverade i motståndet mot superoxid, vilket kanske inte är nödvändigt vid de anaeroba förhållanden där FnrS uttrycks. IscR reglerar gener för proteiner som innehåller järn-svavel-kluster eller biogenes. FnrS kan vara involverat i det observerade O2- beroende uttrycket av IscR-regulonet. Ytterligare mål för FnrS är nagZ och sdhA .
Det finns också bevis som tyder på att uttrycket av FnrS regleras av RcsCDB-signalsystemet i Salmonella enterica .
Vidare läsning
- Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, et al. (maj 2010). "Experimentell upptäckt av små RNA i Staphylococcus aureus avslöjar en riboregulator av central metabolism. " Nucleic Acids Res . 38 (19): 6620–6636. doi : 10.1093/nar/gkq462 . PMC 2965222 . PMID 20511587 .
- Silveira AC, Robertson KL, Lin B, et al. (augusti 2010). "Identifiering av icke-kodande RNA i miljövibrios" . Mikrobiologi . 156 (Pt 8): 2452–2458. doi : 10.1099/mic.0.039149-0 . PMID 20447992 .