Enzymkommissionsnummer
Enzyme Commission number ( EC-nummer ) är ett numeriskt klassificeringssystem för enzymer , baserat på de kemiska reaktioner som de katalyserar . Som ett system av enzymnomenklatur associeras varje EC-nummer med ett rekommenderat namn för motsvarande enzymkatalyserade reaktion.
EG-nummer anger inte enzymer utan enzymkatalyserade reaktioner. Om olika enzymer (till exempel från olika organismer) katalyserar samma reaktion, får de samma EG-nummer. Dessutom, genom konvergent evolution , kan helt olika proteinveck katalysera en identisk reaktion (dessa kallas ibland icke-homologa isofunktionella enzymer ) och skulle därför tilldelas samma EC-nummer. Däremot UniProt- identifierare ett protein genom dess aminosyrasekvens.
Talformat
Varje enzymkod består av bokstäverna "EC" följt av fyra siffror separerade med punkter. Dessa siffror representerar en progressivt finare klassificering av enzymet. Preliminära EG-nummer finns och har ett 'n' som en del av den fjärde (seriella) siffran (t.ex. EC 3.5.1.n3).
Till exempel har tripeptidaminopeptidaserna koden "EC 3.4.11.4", vars komponenter indikerar följande grupper av enzymer:
- EC 3- enzymer är hydrolasenzymer (enzymer som använder vatten för att bryta upp någon annan molekyl)
- EC 3.4 är hydrolaser som verkar på peptidbindningar
- EC 3.4.11 är de hydrolaser som klyver bort den aminoterminala aminosyran från en polypeptid
- EC 3.4.11.4 är de som klyver bort den aminoterminala änden från en tripeptid
Koder på högsta nivå
| Klass | Reaktionen katalyserades | Typisk reaktion | Enzymexempel med trivialnamn |
|---|---|---|---|
|
EC 1 Oxidoreduktaser |
Oxidations- /reduktionsreaktioner; överföring av H- och O-atomer eller elektroner från ett ämne till ett annat |
AH + B → A + BH ( reducerad ) A + O → AO ( oxiderad ) |
Dehydrogenas , oxidas |
|
EC 2 transferaser |
Överföring av en funktionell grupp från ett ämne till ett annat. Gruppen kan vara metyl-, acyl-, amino- eller fosfatgrupp | AB + C → A + BC | Transaminas , kinas |
|
EC 3 hydrolaser |
Bildning av två produkter från ett substrat genom hydrolys | AB + H2O → AOH + BH | Lipas , amylas , peptidas , fosfatas |
|
EC 4 lyaser |
Icke-hydrolytisk tillsats eller avlägsnande av grupper från substrat. CC-, CN-, CO- eller CS-bindningar kan klyvas | RCOCOOH → RCOH + CO 2 eller [X-A+BY] → [A=B + XY] | Dekarboxylas |
|
EC5- isomeraser |
Intramolekylomlagring, dvs isomeriseringsförändringar inom en enda molekyl | ABC → BCA | Isomeras , mutas |
|
EC 6 Ligaser |
Sammanfoga två molekyler genom syntes av nya CO-, CS-, CN- eller CC- bindningar med samtidig nedbrytning av ATP | X + Y + ATP → XY + ADP + Pi | Syntetas |
|
EC 7 Translokaser |
Katalysera rörelsen av joner eller molekyler över membran eller deras separation inom membran | Transportör |
Reaktionslikhet
Likhet mellan enzymatiska reaktioner kan beräknas genom att använda bindningsförändringar, reaktionscentra eller substrukturmått (tidigare EC-BLAST], nu EMBL-EBI Enzyme Portal).
Historia
Före utvecklingen av EG-nummersystemet namngavs enzymer på ett godtyckligt sätt, och namn som gammalt gult enzym och äppelenzym som ger liten eller ingen aning om vilken reaktion som katalyserades var vanliga. De flesta av dessa namn har fallit ur bruk, även om ett fåtal, särskilt proteolyiska enzymer med mycket låg specificitet, såsom pepsin och papain , fortfarande används, eftersom rationell klassificering på basis av specificitet har varit mycket svår.
På 1950-talet började kaoset bli outhärdligt, och efter att Hoffman-Ostenhof och Dixon och Webb hade föreslagit något liknande system för att klassificera enzymkatalyserade reaktioner, inrättade International Congress of Biochemistry i Bryssel Commission on Enzymes under ordförandeskap av Malcolm Dixon i 1955. Den första versionen publicerades 1961, och enzymkommissionen upplöstes vid den tiden, även om dess namn lever kvar i termen EG-nummer . Den nuvarande sjätte upplagan, publicerad av International Union of Biochemistry and Molecular Biology 1992 som den senaste versionen som publicerades som en tryckt bok, innehåller 3196 olika enzymer. Tillägg 1-4 publicerades 1993-1999. Efterföljande tillägg har publicerats elektroniskt på webbplatsen för Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology. I augusti 2018 IUBMB systemet genom att lägga till EC 7-kategorin på toppnivå som innehåller translokaser.
Se även
- Lista över EG-nummer
- Lista över enzymer
- TC-nummer (klassificering av membrantransportproteiner)
externa länkar
- Enzyme Nomenclature , auktoritativ webbplats av Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, upprätthålls av GP Moss
- Enzymnomenklaturdatabas — av ExPASy
- Lista över alla EG-nummer — av BRENDA
- Bläddra i PDB-strukturer efter EG-nummer
- Bläddra i SCOP-domäner efter EC-nummer — av dcGO
- Jämför EC-nummer med EC-Blast Archived 2019-05-30 på Wayback Machine
