Restriktionsplats
Restriktionsställen , eller restriktionsigenkänningsställen , är belägna på en DNA- molekyl som innehåller specifika (4-8 baspar långa) sekvenser av nukleotider , som känns igen av restriktionsenzymer . Dessa är i allmänhet palindromiska sekvenser (eftersom restriktionsenzymer vanligtvis binder som homodimerer ), och ett särskilt restriktionsenzym kan skära sekvensen mellan två nukleotider inom dess igenkänningsställe, eller någonstans i närheten.
Fungera
känner det vanliga restriktionsenzymet EcoRI igen den palindroma sekvensen GAATTC och skär mellan G och A på både den övre och nedre strängen. Detta lämnar ett överhäng (en änddel av en DNA -sträng utan något fäst komplement) som kallas en klibbig ände på varje ände av AATT. Överhänget kan sedan användas för att ligera in (se DNA-ligas ) en bit av DNA med ett komplementärt överhäng (en annan EcoRI-skuren bit, till exempel).
Vissa restriktionsenzymer skär DNA vid ett restriktionsställe på ett sätt som inte lämnar något överhäng, kallat en trubbig ände. Trubbiga ändar är mycket mindre benägna att ligeras av ett DNA-ligas eftersom den trubbiga änden inte har det överhängande basparet som enzymet kan känna igen och matcha med ett komplementärt par. Klibbiga ändar av DNA är dock mer benägna att framgångsrikt binda med hjälp av ett DNA-ligas på grund av de exponerade och oparade nukleotiderna. Till exempel är det mer sannolikt att en klibbig ände som följer med AATTG binder med ett ligas än en trubbig ände där både 5'- och 3'-DNA-strängarna är parade. I fallet med exemplet skulle AATTG ha ett komplementärt par av TTAAC som skulle reducera funktionaliteten hos DNA-ligasenzymet.
Ansökningar
Restriktionsställen kan användas för flera tillämpningar inom molekylärbiologi, såsom identifiering av restriktionsfragmentlängdpolymorfismer ( RFLP ).
Databaser
Det finns flera databaser för restriktionsställen och enzymer, varav den största icke-kommersiella databasen är REBASE. Nyligen har det visat sig att statistiskt signifikanta nullomerer (dvs korta frånvarande motiv som i hög grad förväntas existera) i virusgenom är restriktionsställen som indikerar att virus förmodligen har blivit av med dessa motiv för att underlätta invasion av bakterievärdar. Nullomers Database innehåller en omfattande katalog av minimala frånvarande motiv, av vilka många potentiellt kan vara okända restriktionsmotiv.