Bakteriell taxonomi

Life Domain Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species
Hierarkin av biologisk klassificerings åtta stora taxonomiska rangordningar . Mellanliggande mindre rankningar visas inte.

Bakteriell taxonomi är ett underområde av taxonomi som ägnas åt klassificeringen av bakterieprover i taxonomiska led.

I den vetenskapliga klassificeringen som fastställts av Carl Linnaeus hänförs varje art till ett släkte vilket resulterar i ett tvådelat namn. Detta namn betecknar de två lägsta nivåerna i en hierarki av rangordnar , allt större grupperingar av arter baserade på gemensamma egenskaper. Av dessa rangordnar domäner den mest allmänna kategoriseringsnivån. För närvarande klassificerar forskare allt liv i bara tre domäner , eukaryoter , bakterier och arkéer .

Bakteriell taxonomi är klassificeringen av stammar inom domänen Bakterier i hierarkier av likhet. Denna klassificering liknar den för växter , däggdjur och andra taxonomier. Men biologer som specialiserat sig på olika områden har utvecklat olika taxonomiska konventioner över tiden. Till exempel namnger bakterietaxonomer typer baserat på beskrivningar av stammar. Zoologer använder bland annat ett typexemplar istället.

Mångfald

Huvudartikel: Bakterier

Bakterier ( prokaryoter , tillsammans med Archaea) delar många gemensamma drag. Dessa gemensamma drag inkluderar avsaknaden av kärnmembran, unicellularitet, division genom binär klyvning och i allmänhet liten storlek. De olika arterna kan särskiljas genom jämförelse av flera egenskaper, vilket möjliggör identifiering och klassificering. Exempel inkluderar:

Historia

Första beskrivningarna

Bakterier observerades första gången av Antonie van Leeuwenhoek 1676, med hjälp av ett enlinsmikroskop av hans egen design. Han kallade dem " djurkulor " och publicerade sina observationer i en serie brev till Royal Society .

Tidiga beskrivna släkten av bakterier inkluderar Vibrio och Monas , av OF Müller (1773, 1786), sedan klassificerade som Infusoria (dock många arter som tidigare ingick i dessa släkten betraktas idag som protister); Polyangium , av HF Link (1809), den första bakterien som fortfarande känns igen idag; Serratia , av Bizio (1823); och Spirillum , Spirochaeta and Bacterium , av Ehrenberg (1838).

Termen Bacterium , introducerad som ett släkte av Ehrenberg 1838, blev en catch-all för stavformade celler.

Tidiga formella klassificeringar

Huvudartikel: Monera
Livets träd i Generelle Morphologie der Organismen (1866)

Bakterier klassificerades först som växter som utgör klassen Schizomycetes , som tillsammans med Schizophyceae (blågröna alger/ cyanobakterier ) bildade phylumen Schizophyta .

Haeckel placerade 1866 gruppen i phylum Moneres (av μονήρης: enkel) i kungariket Protista och definierar dem som helt strukturlösa och homogena organismer, bestående endast av en bit plasma. Han delade upp filumet i två grupper:

  • die Gymnomoneren (inget kuvert)
    • Protogenes – som Protogenes primordialis , nu klassad som en eukaryot och inte en bakterie
    • Protamaeba – nu klassad som en eukaryot och inte en bakterie
    • Vibrio – ett släkte av kommaformade bakterier som beskrevs första gången 1854)
    • Bacterium – ett släkte av stavformade bakterier som först beskrevs 1828, som senare gav sitt namn till medlemmarna i Monera, tidigare kallade "a moneron" (plural "monera") på engelska och " eine Moneren "(fem. pl ) . " Moneres ") på tyska
    • Bacillus – ett släkte av sporbildande stavformade bakterier som beskrevs första gången 1835
    • Spirochaeta – tunna spiralformade bakterier som beskrevs första gången 1835
    • Spirillum – spiralformade bakterier som beskrevs första gången 1832
    • etc.
  • die Lepomoneren (med kuvert)
    • Protomonas – klassas nu som en eukaryot och inte en bakterie. Namnet återanvändes 1984 för ett icke-relaterat släkte av bakterier
    • Vampyrella – nu klassad som en eukaryot och inte en bakterie

Klassificeringen av Ferdinand Cohn (1872) var inflytelserik under artonhundratalet och kände igen sex släkten: Micrococcus , Bacterium , Bacillus , Vibrio , Spirillum och Spirochaeta .

Gruppen omklassificerades senare som prokaryoterna av Chatton .

Klassificeringen av cyanobakterier (i vardagligt talat "blågröna alger") har bekämpats mellan att vara alger eller bakterier (till exempel Haeckel klassificerade Nostoc i filum Archephyta of Algae).

drog i en studie 1913 slutsatsen att alla arter av bakterierna borde falla in i släktena Planococcus , Streptococcus , Klebsiella , Merista , Planomer , Neisseria , Sarcina , Planosarcina , Metabacterium , Clostridium , Serratia , Bacterium och Spirillum .

Cohn kände igen fyra stammar : Spherobacteria, Microbacteria, Desmobacteria och Spirobacteria. Stanier och van Neil kände igen kungariket Monera med två phyla, Myxophyta och Schizomycetae, den senare innefattade klasserna Eubacteriae (tre ordningar), Myxobacteriae (en ordning) och Spirochetae (en ordning). Bisset särskiljde 1 klass och 4 ordnar: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales och Flexibacteriales. Walter Migulas system, som var det mest accepterade systemet på sin tid och omfattade alla då kända arter men endast var baserat på morfologi, innehöll de tre grundgrupperna Coccaceae, Bacillaceae och Spirillaceae, men även Trichobacterinae för trådformiga bakterier. Orla-Jensen etablerade två ordnar: Cephalotrichinae (sju familjer) och Peritrichinae (förmodligen med bara en familj). Bergey et al. presenterade en klassificering som i allmänhet följde 1920 års slutrapport från Society of American Bacteriologists Committee (Winslow et al.), som delade upp klass Schizomycetes i fyra ordnar: Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales och Eubacteriales, med en femte grupp som var fyra släkten som anses vara mellanliggande mellan bakterier och protozoer: Spirocheta , Cristospira , Saprospira och Treponema .

Men olika författare omklassificerade ofta släktena på grund av bristen på synliga egenskaper att gå efter, vilket resulterade i ett dåligt tillstånd som sammanfattades 1915 av Robert Earle Buchanan. Då fick hela gruppen olika rang och namn av olika författare, nämligen:

  • Schizomycetes (Naegeli 1857)
  • Bacteraceae (Cohn 1872 a)
  • Bakterier (Cohn 1872 b)
  • Schizomycetaceae (DeToni och Trevisan 1889)

Dessutom ändrades familjerna som klassen delades in i från författare till författare och för vissa, som Zipf, var namnen på tyska och inte på latin.

Den första upplagan av den bakteriologiska koden 1947 löste flera problem. [ exempel behövs ]

AR Prévots system) hade fyra subphyla och åtta klasser, enligt följande:

  • Eubacteriales (klasser Asporulales och Sporulales)
  • Mycobacteriales (klasser Actinomycetales, Myxobacteriales och Azotobacteriales)
  • Algobacteriales (klasser Siderobacteriales och Thiobacteriales)
  • Protozoobacteriales (klass Spirochetales)

Linné 1735
Haeckel 1866
Chatton 1925
Copeland 1938
Whittaker 1969
Woese et al. 1990
Cavalier-Smith 1998
Cavalier-Smith 2015
2 kungadömen 3 kungadömen 2 imperier 4 kungadömen 5 kungadömen 3 domäner 2 imperier, 6 kungadömen 2 imperier, 7 kungadömen
(ej behandlad) Protista Prokaryota Monera Monera Bakterie Bakterie Bakterie
Archaea Archaea
Eukaryota Protoctista Protista Eucarya Protozoer Protozoer
Chromista Chromista
Vegetabilia Plantae Plantae Plantae Plantae Plantae
Svampar Svampar Svampar
Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia
Huvudartikel: Kingdom (biologi) § Sammanfattning

Informella grupper baserade på Gramfärgning

Trots att det inte råder någon överenskommelse om de viktigaste undergrupperna av bakterierna , användes Gram-färgningsresultat oftast som ett klassificeringsverktyg. Följaktligen, fram till tillkomsten av molekylär fylogeni , delades kungariket Prokaryota upp i fyra divisioner, ett klassificeringsschema som fortfarande formellt följs av Bergeys manual för systematisk bakteriologi för tomeordning

  • Gracilicutes (gramnegativa)
    • Fotobakterier (fotosyntetiska): klass Oxyphotobacteriae (vatten som elektrondonator, inkluderar ordningen Cyanobacteriales =blågröna alger, nu phylum Cyanobacteria ) och klass Anoxyphotobacteriae (anaeroba fototrofer, ordningar: Rhodospirillales och Chlorobiales
    • Scotobakterier (icke-fotosyntetiska, nu proteobakterier och andra gramnegativa icke-fotosyntetiska phyla)
  • Firmacutes [sic] (gram-positiv, senare korrigerad till Firmicutes )
    • flera ordnar såsom Bacillales och Actinomycetales (nu i fylum Actinobacteria )
  • Mollikuter (gramvariabel, t.ex. Mycoplasma )
  • Mendocutes (ojämn gramfläck, "metanogena bakterier", nu känd som Archaea )

Molekylär era

"Arkaiska bakterier" och Woeses omklassificering

Huvudartikel: Archaea
Euryarchaeota Nanoarchaeota Thermoproteota Protozoa Algae Plant Slime molds Animal Fungus Gram-positive bacteria Chlamydiota Chloroflexota Actinomycetota Planctomycetota Spirochaetota Fusobacteriota Cyanobacteria Thermophiles Acidobacteriota Pseudomonadota
Fylogenetiskt träd som visar förhållandet mellan arkean och andra livsformer. Eukaryoter är färgade röda, archaea grön och bakterier blå. Anpassad från Ciccarelli et al.

Woese hävdade att bakterierna, arkéerna och eukaryoterna representerar separata härkomstlinjer som tidigt avvek från en förfäders koloni av organismer. Men några biologer hävdar att Archaea och Eukaryota uppstod från en grupp bakterier. I vilket fall som helst tros det att virus och arkéer började släktskapa för ungefär två miljarder år sedan, och att samevolution kan ha skett mellan medlemmar av dessa grupper. Det är möjligt att den sista gemensamma förfadern till bakterierna och archaea var en termofil, vilket ökar möjligheten att lägre temperaturer är "extrema miljöer" i arkeala termer, och organismer som lever i kallare miljöer dök upp först senare. Eftersom Archaea och Bakterierna inte är mer släkt med varandra än de är till eukaryoter, är termen prokaryots enda överlevande betydelse "inte en eukaryot", vilket begränsar dess värde .

Med förbättrade metoder blev det tydligt att de metanogena bakterierna var djupt olika och (felaktigt) ansågs vara kvarlevor av forntida bakterier, så Carl Woese , betraktad som föregångaren till revolutionen för molekylär fylogeni, identifierade tre primära härkomstlinjer: Archaebacteria , Eubakterier och urkaryoter , de senare representerade nu av den nukleocytoplasmatiska komponenten av eukaryoterna . Dessa linjer formaliserades till rangdomänen ( regio på latin) som delade upp livet i 3 domäner: Eukaryota , Archaea och Bakterierna .

Underavdelningar

Huvudartikel: Bakteriell phyla

1987 delade Carl Woese upp Eubakterierna i 11 divisioner baserade på 16S ribosomala RNA (SSU)-sekvenser, som med flera tillägg används än idag.

Opposition

Medan systemet med tre domäner är allmänt accepterat, har vissa författare motsatt sig det av olika anledningar.

En framstående vetenskapsman som motsätter sig systemet med tre domäner är Thomas Cavalier-Smith , som föreslog att Archaea och eukaryoterna ( Neomura ) härstammar från grampositiva bakterier ( Posibacteria ), som i sin tur härrör från gramnegativa bakterier ( Negibacteria ) baserat på flera logiska argument, som är mycket kontroversiella och allmänt ignoreras av molekylärbiologiska samfundet ( jfr granskarnas kommentarer om t.ex. Eric Bapteste är "agnostisk" angående slutsatserna) och nämns ofta inte i recensioner ( t.ex. ) på grund av den subjektiva karaktären hos de antaganden som gjorts.

Men trots att det finns en uppsjö av statistiskt underbyggda studier mot rotsättningen av livets träd mellan bakterierna och neomuran med hjälp av en mängd olika metoder, inklusive några som är ogenomträngliga för accelererad evolution - vilket Cavalier-Smith hävdar att vara källan till den förmodade felaktigheten i molekylära metoder – det finns några studier som har dragit olika slutsatser, av vilka några placerar roten i filum Firmicutes med kapslade arkéer.

Radhey Guptas molekylära taxonomi, baserad på bevarade signatursekvenser av proteiner, inkluderar en monofyletisk Gram-negativ kladd, en monofyletisk Gram-positiv klad och en polyfyletisk Archeota härledd från Gram-positiva. Hori och Osawas molekylära analys visade på en koppling mellan Metabacteria (=Archeota) och eukaryoter. De enda kladistiska analyserna för bakterier baserade på klassiska bevis bekräftar till stor del Guptas resultat (se omfattande megataxonomi ) .

James Lake presenterade ett arrangemang med 2 primära rike (Parkaryotae + eukaryoter och eocyter + Karyotae) och föreslog ett schema för 5 primära rike (Eukaryota, Eocyta, Methanobacteria, Halobacteria och Eubacteria) baserat på ribosomal struktur och ett schema med 4 primära rike (Eukaryota, Eocyta ) , Metanobacteria och Photocyta), bakterier klassificeras enligt tre stora biokemiska innovationer: fotosyntes (Photocyta), metanogenes (Metanobacteria) och svavelandning ( Eocyta ). Han har också upptäckt bevis för att gramnegativa bakterier uppstod från en symbios mellan 2 grampositiva bakterier.

Myndigheterna

Se även: International Code of Nomenclature of Bacteria och LPSN

Klassificering är grupperingen av organismer i progressivt mer inkluderande grupper baserade på fylogeni och fenotyp, medan nomenklatur är tillämpningen av formella regler för namngivning av organismer.

Nomenklaturmyndigheten

Huvudartikel: Bakteriologisk kod

Trots att det inte finns någon officiell och fullständig klassificering av prokaryoter regleras namnen (nomenklaturen) som ges till prokaryoter av International Code of Nomenclature of Bacteria ( Bacteriological Code ), en bok som innehåller allmänna överväganden, principer, regler och olika anteckningar, och ger råd på liknande sätt som nomenklaturkoderna för andra grupper.

Klassificeringsmyndigheter

När taxa förökade sig utvecklades datorstödda taxonomiska system. Tidig icke-nätverksidentifieringsprogramvara som kom in i utbredd användning producerades av Edwards 1978, Kellogg 1979, Schindler, Duben och Lysenko 1979, Beers och Lockhard 1962, Gyllenberg 1965, Holmes och Hill 1985, Lapage et al 1970 och Lapage et al 1970 och Lapage et al.

Huvudartikel: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology

Idag granskas de taxa som har beskrivits korrekt i Bergeys manual of Systematic Bacteriology, som syftar till att hjälpa till med identifiering av arter och anses vara den högsta myndigheten. En onlineversion av den taxonomiska översikten av bakterier och arkéer (TOBA) är tillgänglig [1] .

Huvudartikel: LPSN

Lista över prokaryota namn med Standing in Nomenclature ( LPSN) är en onlinedatabas som för närvarande innehåller över två tusen accepterade namn med deras referenser, etymologier och olika anteckningar.

Beskrivning av nya arter

Huvudartikel: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

International Journal of Systematic Bacteriology/International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology ( IJSB/IJSEM) är en peer reviewed tidskrift som fungerar som det officiella internationella forumet för publicering av nya prokaryota taxa. Om en art publiceras i en annan tidskrift för peer review, kan författaren skicka in en begäran till IJSEM med lämplig beskrivning, som om den är korrekt kommer den nya arten att finnas med i IJSEM:s valideringslista.

Distribution

Huvudartikel: Kultursamling

Mikrobiella kultursamlingar är depåer av stammar som syftar till att skydda dem och distribuera dem. De viktigaste är:

Samling akronym namn Plats
ATCC American Type Culture Collection Manassas , Virginia
NCTC Nationell samling av typkulturer Folkhälsa England , Storbritannien
BCCM Belgien samordnad insamling av mikroorganismer Gent , Belgien
CIP Collection d'Institut Pasteur Paris , Frankrike
DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen Braunschweig , Tyskland
JCM Japan samling av mikroorganismer Saitama , Japan
NCCB Nederländerna kultursamling av bakterier Utrecht , Nederländerna
NCIMB Nationell samling av industriella, livsmedel och marina bakterier Aberdeen , Skottland
ICMP Internationell samling av mikroorganismer från växter Auckland , Nya Zeeland
CECT Spansk typkultursamling Valencia , Spanien

Analyser

Bakterier klassificerades först baserat enbart på deras form (vibrio, bacillus, coccus etc.), närvaro av endosporer, gramfärgning, aeroba förhållanden och rörlighet. Detta system förändrades med studiet av metaboliska fenotyper, där metaboliska egenskaper användes. Nyligen, med tillkomsten av molekylär fylogeni, används flera gener för att identifiera arter, varav den viktigaste är 16S rRNA- genen, följt av 23S , ITS-regionen, gyrB och andra för att bekräfta en bättre upplösning. Det snabbaste sättet att identifiera för att matcha en isolerad stam med en art eller ett släkte idag görs genom att amplifiera dess 16S-gen med universella primrar och sekvensera 1,4 kb-amplikonet och skicka in det till en specialiserad webbaserad identifieringsdatabas, nämligen antingen Ribosomal Database Project [ 2] , som anpassar sekvensen till andra 16S-sekvenser med hjälp av infernal, en sekundär struktur baserar global anpassning, eller ARB SILVA, som ställer in sekvenser via SINA (SILVA inkrementell aligner), som gör en lokal anpassning av ett frö och förlänger det [3 ] .

Det finns flera identifieringsmetoder:

Ny art

Minimikraven för att beskriva en ny art beror på vilken grupp arten tillhör. jfr

Kandidat

Huvudartikel: candidatus

Candidatus är en del av det taxonomiska namnet för en bakterie som inte kan upprätthållas i en Bakteriologisk kultursamling. Det är en interimistisk taxonomisk status för icke-odlingsbara organismer. t.ex. " Candidatus Pelagibacter ubique "

Art koncept

Huvudartikel: Artproblem

Bakterier delar sig asexuellt och uppvisar för det mesta inte regionalism (" Allt finns överallt "), därför blir artbegreppet, som fungerar bäst för djur, helt och hållet en bedömningsfråga.

Antalet namngivna arter av bakterier och arkéer (cirka 13 000) är förvånansvärt litet med tanke på deras tidiga evolution, genetiska mångfald och bosättning i alla ekosystem. Anledningen till detta är skillnaderna i artbegrepp mellan bakterierna och makroorganismerna, svårigheterna att växa/karakterisera i renkultur (en förutsättning för att namnge nya arter, se ovan ) och omfattande horisontell genöverföring som suddar ut artskillnaden.

Den vanligast accepterade definitionen är den polyfasiska artdefinitionen, som tar hänsyn till både fenotypiska och genetiska skillnader. En snabbare diagnostisk ad hoc- tröskel för att separera arter är dock mindre än 70 % DNA–DNA-hybridisering, vilket motsvarar mindre än 97 % 16S DNA-sekvensidentitet. Det har noterats att om detta tillämpades på djurklassificering skulle ordningen primater vara en enda art. Av denna anledning har strängare artdefinitioner baserade på hela genomsekvenser föreslagits.

Patologi vs fylogeni

Helst bör taxonomisk klassificering spegla taxans evolutionära historia, dvs fylogenin. Även om vissa undantag finns när fenotypen skiljer sig mellan gruppen, särskilt ur medicinsk synvinkel. Några exempel på problematiska klassificeringar följer.

Escherichia coli : alltför stor och polyfyletisk

Huvudartikel: Escherichia coli

I familjen Enterobacteriaceae av klassen Gammaproteobacteria är arterna i släktet Shigella ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) ur evolutionär synvinkel stammar av arten Escherichia coli (polyfyletisk), men på grund av genetiska skillnader orsaka olika medicinska tillstånd i fallet med de patogena stammarna. Förvirrande nog finns det också E. coli- stammar som producerar Shigatoxin som kallas STEC .

Escherichia coli är en dåligt klassificerad art eftersom vissa stammar bara delar 20% av sitt genom. Eftersom det är så mångsidigt bör det ges en högre taxonomisk rankning. Men på grund av de medicinska tillstånd som är förknippade med arten kommer den inte att ändras för att undvika förvirring i medicinska sammanhang.

Bacillus cereus grupp: nära och polyfyletisk

Huvudartikel: Bacillus cereus

På liknande sätt kan Bacillus- arterna (=phylum Firmicutes ) som tillhör " B. cereus -gruppen" ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis och B. medusa ) har 99-100% liknande 16S rRNA-sekvens (97% är en vanligen citerad adekvat art cut-off) och är polyfyletiska, men av medicinska skäl (mjältbrand etc.) förblir separata.

Yersinia pestis : extremt ny art

Huvudartikel: Yersinia pestis

Yersinia pestis är i själva verket en stam av Yersinia pseudotuberculosis , men med en patogenicitetsö som ger en drastiskt annorlunda patologi (svartpest respektive tuberkulosliknande symptom) som uppstod för 15 000 till 20 000 år sedan.

Häckade släkten i Pseudomonas

Huvudartikel: Azotobacter

I den gammaproteobakteriella ordningen Pseudomonadales är släktet Azotobacter och arten Azomonas macrocytogenes faktiskt medlemmar av släktet Pseudomonas , men var felklassificerade på grund av kvävefixerande förmåga och den stora storleken på släktet Pseudomonas vilket gör klassificering problematisk. Detta kommer förmodligen att rättas till inom en snar framtid.

Kapslade släkten i Bacillus

Huvudartikel: Bacillus

Ett annat exempel på ett stort släkte med kapslade släkten är släktet Bacillus , där släktena Paenibacillus och Brevibacillus är kapslade clades. Det finns för närvarande otillräckliga genomiska data för att fullständigt och effektivt korrigera taxonomiska fel i Bacillus .

Agrobacterium : resistens mot namnbyte

Huvudartikel: Agrobacterium

Baserat på molekylära data visades det att släktet Agrobacterium är kapslat i Rhizobium och att Agrobacterium -arterna överförts till släktet Rhizobium (vilket resulterar i följande komp. nov.: Rhizobium radiobacter (tidigare känd som A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R . rubi , R. undicola och R. vitis ) Med tanke på den växtpatogena naturen hos Agrobacterium -arter föreslogs det att bibehålla släktet Agrobacterium och det senare argumenterades mot

Nomenklatur

Huvudartikel: Binomial Nomenclature
Se även: latinsk grammatik och antikgrekisk grammatik

Taxonomiska namn skrivs i kursiv stil (eller understrukna när de är handskrivna) med en storslagen första bokstav med undantag för epitet för arter och underarter. Trots att det är vanligt inom zoologi tautonymer (t.ex. bisonbison ) inte acceptabla och namn på taxa som används inom zoologi, botanik eller mykologi kan inte återanvändas för bakterier (botanik och zoologi delar namn).

Nomenklatur är den uppsättning regler och konventioner som styr namnen på taxa. Skillnaden i nomenklatur mellan de olika kungadömena/domänerna går igenom i.

För Bakterier måste giltiga namn ha ett latinskt eller neolatinskt namn och kan endast använda grundläggande latinska bokstäver (w och j inklusive, se Historia om det latinska alfabetet för dessa), följaktligen accepteras inte bindestreck, accenter och andra bokstäver och bör translittereras korrekt (t.ex. ß=ss). Forntida grekiska skrivs i det grekiska alfabetet, måste translittereras till det latinska alfabetet.

När sammansatta ord skapas behövs en kopplingsvokal beroende på ursprunget till det föregående ordet, oavsett vilket ord som följer, om inte det senare börjar med en vokal i vilket fall ingen kopplingsvokal läggs till. Om den första sammansättningen är latin är den anslutande vokalen en -i-, medan om den första sammansättningen är grekiska är den anslutande vokalen en -o-.

Se LPSN för etymologier av namn .

Regler för högre taxa

För en jämförelse med andra nomenklaturkoder, se Taxonomisk rangordning § Uppsägningar av namn .

För prokaryoter ( bakterier och arkéer ) används inte rangriket (även om vissa författare hänvisar till phyla som kungadömen)

Om en ny eller ändrad art placeras i nya led, bildas namnet enligt regel 9 i bakteriologiska koden genom tillägg av ett lämpligt suffix till stammen av namnet på typsläktet. För underklass och klass följs rekommendationen från i allmänhet, vilket resulterar i en neutral plural, dock följer några namn inte detta och tar istället hänsyn till grekisk-latinsk grammatik (t.ex. kvinnliga pluralformerna Thermotogae , Aquificae och Chlamydiae , de manliga pluralformerna Chloroflexi , Baciller och Deinococci och de grekiska pluralformerna Spirochaetes , Gemmatimonadetes och Chrysiogenetes ).

Rang Ändelse Exempel
Släkte Elusimicrobium
Subtribe (nedgången) -inae ( Elusimicrobiinae )
Stam (nedlagd) -eae ( Elusimicrobiieae )
Underfamilj -oideae ( Elusimicrobioideae )
Familj -aceae Elusimicrobiaceae
Underordning -ineae ( Elusimicrobineae )
Beställa -ale Elusimicrobiales
Underklass -idae ( Elusimicrobidae )
Klass -ia Elusimicrobia
Provins -ota Elusimicrobiota

Phyla-slut

Se även: Bakteriefila

Fram till 2021 omfattades phyla inte av den bakteriologiska koden , så de namngavs informellt. Detta resulterade i en mängd olika sätt att namnge phyla. Vissa phyla, som Firmicutes, namngavs enligt särdrag som delas över hela phylum. Andra, som Chlamydiae, namngavs med ett klassnamn eller släktnamn som stam (t.ex. Chlamydia ). År 2021 togs beslutet att ta med namn under bakteriologiska balken. Följaktligen uppdaterades många filumnamn enligt de nya nomenklaturreglerna. De högre taxa som föreslagits av Cavalier-Smith ignoreras i allmänhet av den molekylära fylogenigemenskapen ( t.ex. ) ( se ovan ).

Enligt de nya reglerna kommer namnet på en filum från typsläktet:

Namn efter personer

Huvudartiklar: Lista över bakteriesläkten uppkallade efter personnamn och Lista över bakteriesläkten uppkallade efter mytologiska figurer

Flera arter är uppkallade efter människor, antingen upptäckaren eller en känd person inom mikrobiologin, till exempel är Salmonella efter DE Salmon, som upptäckte den (om än som "Bacillus typhi").

För det generiska epitetet måste alla namn som härrör från personer vara i kvinnligt nominativ, antingen genom att ändra ändelsen till -a eller till diminutiv -ella, beroende på namnet.

För det specifika epitetet kan namnen omvandlas till antingen adjektivform (tillägg -nus (m.), -na (f.), -num (n.) enligt släktnamnets kön) eller genitiv för Latiniserat namn.

Namn efter platser

Huvudartiklar: Lista över bakteriesläkten uppkallade efter geografiska namn och Lista över bakteriesläkten uppkallade efter institutioner

Många arter (det specifika epitetet) är uppkallade efter platsen där de finns eller finns (t.ex. Thiospirillum jenense). Deras namn skapas genom att bilda ett adjektiv genom att förena ortens namn med ändelsen -ensis (m. eller f.) eller ense (n.) i överensstämmelse med släktnamnets kön, om det inte finns ett klassiskt latinskt adjektiv för platsen . Platsnamn bör dock inte användas som substantiv i genitiv.

Folkspråksnamn

Se även: Vanligt namn

Trots att vissa hetero/homogena kolonier eller biofilmer av bakterier har namn på engelska (t.ex. dental plaque eller Star jelly ), har ingen bakterieart ett folkspråk/trivialt/vanligt namn på engelska.

För namn i singularform kan plural inte göras ( singular tantum ) eftersom det skulle innebära flera grupper med samma etikett och inte flera medlemmar av den gruppen (i analogi, på engelska, är stolar och bord typer av möbler som inte kan användas i pluralformen "möbler" för att beskriva båda medlemmarna), omvänt namn pluralform är pluralia tantum. Ett partiellt undantag från detta görs dock genom användningen av folkspråksnamn. Men för att undvika upprepning av taxonomiska namn som bryter flödet av prosa, används och rekommenderas ofta folkliga namn på medlemmar av ett släkte eller högre taxa, dessa bildas genom att skriva namnet på taxan i satscase roman ("standard" i MS Office), behandlar därför egennamnet som ett engelskt substantiv (t.ex. salmonellas), även om det finns en viss debatt om grammatiken i plural, som antingen kan vara vanlig plural genom att lägga till -(e)s (salmonellas) eller använder den antika grekiska eller latinska pluralformen ( oregelbundna pluraler ) av substantivet (salmonellae); det senare är problematiskt eftersom pluralen av - bacter skulle vara -bacteres, medan pluralen av myces (NL masc. n. från Gr. masc. n. mukes) är mycetes.

Seder är närvarande för vissa namn, såsom de som slutar på -monas omvandlas till -monad (en pseudomonad, två aeromonader och inte -monader).

Bakterier som är den etiologiska orsaken till en sjukdom hänvisas ofta till med sjukdomsnamnet följt av ett beskrivande substantiv (bakterie, bacill, coccus, agens eller namnet på deras filum) t.ex. kolerabakterie (Vibrio cholerae) eller borreliaspiroket ( Borrelia ) burgdorferi ), notera även rickettsialpox ( Rickettsia akari ) (för mer se).

Treponema omvandlas till treponeme och plural är treponemes och inte treponemata.

Vissa ovanliga bakterier har speciella namn som Quin's oval ( Quinella ovalis ) och Walsby's square ( Haloquadratum walsbyi ) .

Före tillkomsten av molekylär fylogeni hade många högre taxonomiska grupper bara triviala namn, som fortfarande används idag, av vilka några är polyfyletiska, såsom Rhizobacteria. Några högre taxonomiska trivialnamn är:

Terminologi

  • Förkortningen för art är sp. (plural spp. ) och används efter ett generiskt epitet för att indikera en art av det släktet. Används ofta för att beteckna en stam av ett släkte för vilket arten inte är känd heller eftersom organismen ännu inte har beskrivits som en art eller otillräckliga tester utfördes för att identifiera den. Till exempel Halomonas sp. GFAJ-1
  • Om en bakterie är känd och välstuderad men inte odlingsbar får den termen Candidatus i sitt namn
  • En basonym är det ursprungliga namnet på en ny kombination, nämligen det första namnet som gavs till ett taxon innan det omklassificerades
  • En synonym är ett alternativt namn för ett taxon, dvs ett taxon beskrevs felaktigt två gånger
  • När ett taxon överförs blir det en ny kombination (comb. nov.) eller nytt namn (nom. nov.)
  • paraphyly , monophyly och polyphyly

Se även

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bacterial_taxonomy&oldid=1139917924 "