Klorobium
|
|
| Klorob | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | |
| Provins: | |
| Klass: |
" klorobi "
|
| Beställa: | |
| Familj: | |
| Släkte: |
Klorobium
Nadson 1906
|
| Typ art | |
|
Chlorobium limicola Nadson 1906
|
|
| Vissa arter | |
|
|
| Synonymer | |
|
|
Klorob är ett släkte av gröna svavelbakterier . De är fotolitotrofa oxidationsmedel av svavel och använder framför allt en icke-cyklisk elektrontransportkedja för att reducera NAD+ . Fotosyntes uppnås med användning av ett typ 1-reaktionscenter med användning av bakterioklorofyll (BChl) a . Två fotosyntetiska antennkomplex hjälper till med ljusabsorption: Fenna-Matthews-Olson-komplexet ("FMO", även innehållande BChl a ), och klorosomerna som använder mestadels BChl c , d eller e . Svavelväte används som en elektronkälla och koldioxid dess kolkälla.
Klorobiumarter uppvisar en mörkgrön färg ; i en Winogradsky-kolumn består det ofta observerade gröna lagret av Chlorobium . Detta släkte lever i strikt anaeroba förhållanden under ytan av en vattenkropp, vanligtvis den anaeroba zonen i en eutrofisk sjö .
Chlorobium aggregatum är en art som existerar i ett symbiotiskt förhållande med en färglös, icke-fotosyntetisk bakterie. Denna art ser ut som ett knippe gröna bakterier, fästa vid en central stavliknande cell som kan röra sig med ett flagellum . De gröna, yttre bakterierna använder ljus för att oxidera sulfid till sulfat . Den inre cellen, som inte kan utföra fotosyntes , reducerar sulfatet till sulfid. Dessa bakterier delar sig unisont, vilket ger strukturen ett flercelligt utseende vilket är mycket ovanligt hos bakterier.
Klorobiumarter tros ha spelat en viktig roll i massutrotningshändelser på jorden. Om haven blir anoxiska (på grund av att havscirkulationen stängs av) skulle klorobium kunna konkurrera ut andra fotosyntetiska liv. De skulle producera enorma mängder metan och svavelväte som skulle orsaka global uppvärmning och surt regn . Detta skulle få enorma konsekvenser för andra oceaniska organismer och även för landlevande organismer. Bevis för rikliga klorobefolkningar tillhandahålls av kemiska fossiler som hittats i sediment avsatta vid kritas massutrotning .
Molekylära signaturer för Chlorobiota
Jämförande genomisk analys har lett till identifieringen av 2 konserverade signaturindelar som finns unikt i medlemmar av phylum Chlorobiota (tidigare Chlorobi) och är således karakteristiska för phylum. Den första indelen är en insättning av 28 aminosyror i DNA-polymeras III och den andra är en insättning av 12 till 14 aminosyror i alanyl-tRNA-syntetas . Dessa indelar finns inte i några andra bakterier och fungerar därför som molekylära markörer för fylum. Förutom den konserverade signaturen indels, 51 proteiner som finns unikt i medlemmar av phylum Chlorobiota . 65 andra proteiner har identifierats som är unika för Chlorobiota- filumen, men dessa proteiner saknas i flera Chlorobiota- arter och är inte fördelade i hela filumen med något tydligt mönster. Detta betyder att betydande genförlust kan ha inträffat, eller att närvaron av dessa proteiner kan vara ett resultat av horisontell genöverföring . Av dessa 65 proteiner finns 8 endast i Chlorobium luteolum och Chlorobium phaeovibrioides . Dessa två arter bildar en starkt stödd klädsel i fylogenetiska träd och en nära relation mellan dessa arter stöds ytterligare av den unika delning av dessa 8 proteiner.
Släktskap mellan Chlorobiota och Bacteroidota och Fibrobacterota phyla
Arter från Bacteroidota (tidigare Bacteroidetes) och Chlorobiota phyla förgrenar sig mycket nära varandra i fylogenetiska träd, vilket indikerar ett nära släktskap. Genom användning av jämförande genomisk analys har 3 proteiner identifierats som unikt delas av praktiskt taget alla medlemmar av Bacteroidota och Chlorobiota phyla. Delingen av dessa 3 proteiner är signifikant eftersom andra än dessa 3 proteiner, inga proteiner från vare sig Bacteroidota- eller Chlorobiota - filan delas av några andra grupper av bakterier. Flera bevarade signaturindelar har också identifierats som unikt delas av medlemmar av Bacteroidota och Chlorobiota phyla. Närvaron av dessa molekylära signaturer stöder det nära förhållandet mellan Bacteroidota och Chlorobiota phyla. Dessutom indikeras att phylum Fibrobacterota (tidigare Fibrobacteres) är specifikt relaterad till dessa två phyla. En kladd bestående av dessa tre phyla stöds starkt av fylogenetiska analyser baserade på ett antal olika proteiner. Dessa phyla förgrenar sig också i samma position baserat på konserverade signaturindelar i ett antal viktiga proteiner. Slutligen och viktigast av allt har två konserverade signaturindelar (i RpoC-proteinet och i serinhydroximetyltransferas ) och ett signaturprotein PG00081 identifierats som unikt delas av alla arterna från dessa tre phyla. Alla dessa resultat ger övertygande bevis för att arterna från dessa tre phyla delade en gemensam förfader exklusive alla andra bakterier och det har föreslagits att de alla ska erkännas som en del av en enda "FCB"-superfylum.
Fylogeni
Den för närvarande accepterade taxonomin är baserad på listan över prokaryota namn med Standing in Nomenclature (LPSN) och National Center for Biotechnology Information (NCBI)
| 16S rRNA-baserad LTP _01_2022 | 120 markörproteiner baserade GTDB 07-RS207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|