Nukleosomupprepningslängd

Nukleosomupprepningslängden ( NRL ) är det genomsnittliga avståndet mellan mitten av angränsande nukleosomer . NRL är en viktig fysikalisk kromatinegenskap som bestämmer dess biologiska funktion. NRL kan bestämmas genomomfattande för kromatinet i en given celltyp och tillstånd, eller lokalt för en tillräckligt stor genomisk region som innehåller flera nukleosomer .

I kromatin separeras angränsande nukleosomer av linker-DNA och i många fall även av linker- histonen H1 såväl som icke-histonproteiner. Eftersom storleken på nukleosomen vanligtvis är fixerad (146-147 baspar), bestäms NRL mestadels av storleken på länkregionen mellan nukleosomer. Alternativt kan partiell DNA-upptagning från histonoktameren eller partiell demontering av histonoktameren minska den effektiva nukleosomstorleken och därmed påverka NRL.

Tidigare studier som går tillbaka till 1970-talet visade att NRL i allmänhet är olika för olika arter och till och med för olika celltyper av samma organism. Dessutom rapporterade nya publikationer NRL-variationer för olika genomiska regioner av samma celltyp. Nya arbeten har jämfört NRL kring jästtranskriptionsstartställen (TSS) in vivo och det för det rekonstituerade kromatinet på samma DNA- sekvenser in vitro. Det visades att ordnad nukleosompositionering endast uppstår i närvaro av ATP -beroende kromatinremodellering . Dessutom rapporterades att NRL som bestäms kring jäst-TSS är ett oföränderligt värde som är universellt för en given vildtypsjäststam, även om det kan ändras när en av kromatinremodellerarna saknas. I allmänhet beror NRL på DNA-sekvensen, koncentrationer av histoner och icke-histonproteiner , såväl som långväga interaktioner mellan nukleosomer. NRL bestämmer geometriska egenskaper hos nukleosommatrisen, och därför den högre ordningens packning av DNA:t i kromatinfibern, vilket kan påverka genuttrycket .