Sirapprotein

TCOF1
Identifiers
	, MFD1, TCS, TCS1, sirap, sirap, ribosom biogenesfaktor 1
Externa ID:n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
	; ;
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Treacle-protein är ett protein som hos människor kodas av TCOF1 -genen .

Denna gen kodar för ett nukleolärt protein med en LIS1-homologidomän. Proteinet är involverat i ribosomal DNA-gentranskription genom dess interaktion med uppströms bindningsfaktor ( UBF). Mutationer i denna gen har associerats med Treacher Collins syndrom , en störning som inkluderar onormal kraniofacial utveckling. Alternativa transkriptionella splitsningsvarianter som kodar för olika isoformer har hittats för denna gen, men endast tre av dem har hittills karakteriserats.

TCOF1 är en gen som ger instruktioner för att göra ett protein som kallas sirap. Detta protein är aktivt under tidig embryonal utveckling i strukturer som blir ben och andra vävnader i ansiktet. Även om den exakta funktionen av detta protein är okänd, tror forskare att det spelar en avgörande roll i utvecklingen av ansiktsben och relaterade strukturer.

Studier tyder på att sirap är involverat i produktionen av en molekyl som kallas ribosomalt RNA (rRNA) i celler. Treacle är aktivt i nucleolus , som är en liten region inuti kärnan där rRNA produceras. Som en viktig komponent i cellstrukturer som kallas ribosomer , är rRNA väsentligt för sammansättningen av proteiner.

Bortsett från dess interaktion med UBF, har sirap varit inblandat i metyleringen av prekursorn till moget ribosomalt RNA genom interaktion med det nukleolära proteinet pNop56.

TCOF1-genen är lokaliserad på den långa (q) armen av kromosom 5 mellan positionerna 32 och 33.1, från baspar 149.717.427 till baspar 149.760.047.

Besläktade sjukdomar

Mer än 120 mutationer i TCOF-genen har identifierats hos personer med Treacher Collins syndrom . De flesta av dessa mutationer infogar eller tar bort ett litet antal DNA- byggstenar ( baspar ) i TCOF1-genen. TCOF1-mutationer leder till produktionen av en onormalt liten, icke-funktionell version av sirap eller hindrar cellen från att producera detta protein. Forskare spekulerar i att en förlust av sirap minskar produktionen av rRNA i delar av embryot som utvecklas till ben och vävnader i ansiktet. Det är inte känt hur förlust av sirapproteinet orsakar de specifika problem med ansiktsutveckling som finns vid Treacher Collins syndrom. Till exempel resulterar mutationer i TCOF-genen hos dessa individer ofta i en gomspalt .

Modellorganismer

Mutationer i denna gen hos Jindo- hundar har associerats med de observerade kraniella skillnaderna mellan Jindo- och boxerhundar .

Vidare läsning

Splendore A, Silva EO, Alonso LG, et al. (2000). "Hög mutationsdetekteringshastighet i TCOF1 bland Treacher Collins syndrompatienter avslöjar klustring av mutationer och 16 nya patogena förändringar" . Brum. Mutat . 16 (4): 315–22. doi : 10.1002/1098-1004(200010)16:4<315::AID-HUMU4>3.0.CO;2-H . PMID 11013442 . S2CID 36109746 .
Dixon MJ, Dixon J, Raskova D, et al. (1993). "Genetisk och fysisk kartläggning av Treacher Collins syndromlokus: förfining av lokaliseringen till kromosom 5q32-33.2". Brum. Mol. Genet . 1 (4): 249–53. doi : 10.1093/hmg/1.4.249 . PMID 1303194 .
Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
Dixon MJ, Dixon J, Houseal T, et al. (1993). "Begränsar positionen för Treacher Collins syndrom locus till ett litet intervall mellan tre nya mikrosatellitmarkörer vid 5q32-33.1" . Am. J. Hum. Genet . 52 (5): 907–14. PMC 1682053 . PMID 8488840 .
Dixon, Jill; Edwards, Sara J.; Gladwin, Amanda J.; Dixon, Michael J.; Loftus, Stacie K.; Bonner, Cynthia A.; Koprivnikar, Kathryn; Wasmuth, John J. (1996). "Positionell kloning av en gen involverad i patogenesen av Treacher Collins syndrom. The Treacher Collins Syndrome Collaborative Group". Nat. Genet . 12 (2): 130–6. doi : 10.1038/ng0296-130 . PMID 8563749 . S2CID 34312227 .
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalisering och subtraktion: två tillvägagångssätt för att underlätta genupptäckt" . Genome Res . 6 (9): 791-806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
Edwards SJ, Gladwin AJ, Dixon MJ (1997). "Mutationsspektrumet i Treacher Collins syndrom avslöjar en dominans av mutationer som skapar ett kodon för för tidig terminering. " Am. J. Hum. Genet . 60 (3): 515–24. PMC 1712503 . PMID 9042910 .
Dixon J, Edwards SJ, Anderson I, et al. (1997). "Identifiering av den fullständiga kodande sekvensen och genomisk organisation av Treacher Collins syndromgenen" . Genome Res . 7 (3): 223–34. doi : 10.1101/gr.7.3.223 . PMID 9074926 .
Wise CA, Chiang LC, Paznekas WA, et al. (1997). "TCOF1-genen kodar för ett förmodat nukleolärt fosfoprotein som uppvisar mutationer i Treacher Collins syndrom i hela dess kodande region" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 94 (7): 3110–5. Bibcode : 1997PNAS...94.3110W . doi : 10.1073/pnas.94.7.3110 . PMC 20330 . PMID 9096354 .
Paznekas WA, Zhang N, Gridley T, Jabs EW (1997). "Mus TCOF1 uttrycks brett, har motiv bevarade i nukleolära fosfoproteiner och mappar till kromosom 18" . Biochem. Biophys. Res. Commun . 238 (1): 1–6. doi : 10.1006/bbrc.1997.7229 . PMID 9299440 .
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
Marsh KL, Dixon J, Dixon MJ (1998). "Mutationer i Treacher Collins syndrom genen leder till fellokalisering av det nukleolära proteinet sirap" . Brum. Mol. Genet . 7 (11): 1795–800. doi : 10.1093/hmg/7.11.1795 . PMID 9736782 .
Winokur ST, Shiang R (1998). "Treacher Collins syndrom (TCOF1) genprodukt, treacle, riktas mot kärnan av signaler i dess C-terminal. " Brum. Mol. Genet . 7 (12): 1947–52. doi : 10.1093/hmg/7.12.1947 . PMID 9811939 .
Jones NC, Farlie PG, Minichiello J, Newgreen DF (1999). "Detektion av en lämplig kinasaktivitet i grenbågar I och II som sammanfaller med topputtryck av Treacher Collins syndrom-genprodukten, treacle" . Brum. Mol. Genet . 8 (12): 2239–45. doi : 10.1093/hmg/8.12.2239 . PMID 10545604 .
Isaac C, Marsh KL, Paznekas WA, et al. (2000). "Karakterisering av den nukleolära genprodukten, sirap, i Treacher Collins syndrom" . Mol. Biol. Cell . 11 (9): 3061–71. doi : 10.1091/mbc.11.9.3061 . PMC 14975 . PMID 10982400 .
Emes RD, Ponting CP (2002). "Ett nytt sekvensmotiv som länkar lissencefali, Treacher Collins och oral-facial-digital typ 1-syndrom, mikrotubulidynamik och cellmigration" . Brum. Mol. Genet . 10 (24): 2813–20. doi : 10.1093/hmg/10.24.2813 . PMID 11734546 .
Splendore A, Jabs EW, Passos-Bueno MR (2002). "Screening av TCOF1 hos patienter från olika populationer: bekräftelse av mutationella hot spots och identifiering av en ny missense-mutation som tyder på en viktig funktionell domän i proteinsirapen" . J. Med. Genet . 39 (7): 493–5. doi : 10.1136/jmg.39.7.493 . PMC 1735178 . PMID 12114482 .
Ohta S, Shiomi Y, Sugimoto K, et al. (2002). "Ett proteomiskt tillvägagångssätt för att identifiera prolifererande cellkärnantigen (PCNA)-bindande proteiner i humana cellysat. Identifiering av det humana CHL12/RFCs2-5-komplexet som ett nytt PCNA-bindande protein. " J. Biol. Chem . 277 (43): 40362–7. doi : 10.1074/jbc.M206194200 . PMID 12171929 .

externa länkar

GeneReviews/NCBI/NIH/UW-inlägg om Treacher Collins syndrom eller Mandibulofacial dysostosis
GeneCard
TCOF1+protein,+human vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
TCOF1 human genplacering i UCSC Genome Browser .
TCOF1 mänskliga gendetaljer i UCSC Genome Browser .