HLA-B48
|
större histokompatibilitetskomplex (människa), klass I, B48
|
||
| Alleler |
B*4801 B*4802 B*4803 |
|
| Struktur (se HLA-B ) | ||
| Symbol(er) | HLA-B | |
| EBI-HLA | B*4801 | |
| EBI-HLA | B*4802 | |
| EBI-HLA | B*4803 | |
| Ställe | chr.6 6p21.31 | |
HLA-B48 (B48) är en HLA - B- serotyp . Serotypen identifierar de vanligare HLA-B*48-genprodukterna. B48 är vanligast längs västra Stillahavsområdet, Amerikas ursprungsbefolkningar och norra eurasier. B*4801 är en del av en grupp av alleler inklusive B*4201 som delar Intron 1-sekvens med B*0702, vilket är vanligt i västra och centrala Asien, och som har en fördelning som indikerar en tidig och lång närvaro hos eurasier. A*48 tycks vara resultatet av en rekombinationshändelse som inträffade tidigt i Centralasiens bosättningshistoria som sedan spred sig österut in i NW Stillahavskanten och Nya världen. (För terminologihjälp se: HLA -serotyphandledning )
Serotyp
| B*48 | B48 | Övrig | Prov |
| allel | % | % | storlek (N) |
| 4801 | 78 | 10 | 610 |
| 4802 | 3 | 60 | 39 |
| 4803 | 66 | 13 | 32 |
Alleler
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Ami (Taiwan) | 26,0 | |
| Lama ( Lamas , Peru) | 24.7 | |
| Chiriguanos (Argentina) | 21.7 | |
| Truku (Taiwan) | 19.1 | |
| Atayal (Taiwan) | 17,0 | |
| Pima (Arizona, USA) | 16.9 | |
| Nenets (Ryssland) | 15.7 | |
| Yup'ik (Alaska, USA) | 14.7 | |
| Toba Rosario (Argentina) | 13.4 | |
| Puyuma (Taiwan) | 12,0 | |
| Nivkh ( Sachalin , Ryssland) | 11.3 | |
| Samoaner (Samoa) | 10,0 | |
| Canoncito Navajo (New Mexico, USA) | 9.8 | |
| Tarahumara ( Chihuahua , Mexiko) | 9.1 | |
| Ivatan (Filippinerna) | 8,0 | |
| Ainu (Hokkaido, Japan) | 7,0 | |
| Rukai (Taiwan) | 7,0 | |
| Manchu (Harbin, Kina) | 5.8 | |
| Northern Han (Kina) | 5.7 | |
| Khalka (Mongoliet) | 5.7 | |
| Pazeh (Taiwan) | 5.5 | |
| Peking, Kina) | 5.3 | |
| Inre Mongoliet (Kina) | 4.9 | |
| Siraya (Taiwan) | 4.9 | |
| Tuvans (Ryssland) | 4.7 | |
| N. Koreanska (Harbin, Kina) | 4.5 | |
| Maya (Mexiko) | 4.5 | |
| Zapotec (Oaxaca, Mexiko) | 4.5 | |
| Japan (5) | 4.3 | |
| Tibet (Kina) | 4.1 | |
| Tao (Taiwan) | 4.0 | |
| Dzungar (Mongoliet) | 3.9 | |
| Sydkorea (3) | 3.4 | |
| Linqu County (Shandong, Kina) | 3.3 | |
| Seri (Sonora, Mexiko) | 3.0 | |
| Wanigela ( Papua Nya Guinea ) | 2.3 | |
| Lakota Sioux (South Dakota, USA) | 2.2 | |
| Madang ( Madang , Papua Nya Guinea) | 1.8 | |
| Kurder (Georgia Tbilisi) | 1.7 | |
| Södra Han (Kina) | 1.6 | |
| Rabaul (N. Storbritannien, PNG) | 1.3 | |
| Thailand | 1.1 | |
| Nordhinduer (Indien) | 1.0 | |
| Saomi ( Murmansk , Ryssland) | 1.0 | |
| Sindhi (Pakistan) | 0,5 |
Haplotyper
Det finns en känd haplotyp som täcker ett avstånd från Sydamerika till Sibirien
A *2402 : C *08 : B *4801 : DRB1 *08 : DQA1 *0401 : DQB1 *0402
och kanske ett tecken på den senaste långväga migrationen. Denna haplotyp finns i Peru, Mexiko, eskimåer. A *2402 : C *0801 : B *4801 finns också hos asiatiska amerikaner, latinamerikanska amerikaner, inhemska taiwaneser, norra Filippinerna, japaner, Orochon, tibetaner. A-Cw-B-komponenten i haplotypen verkar ha bevarats, men jämvikt av koppling till DR-DQ är mer uppenbart i asiatiska och indianpopulationer. Cw*0803-allelvarianten av denna haplotyp finns i Japan, eskimåer, asiatiska amerikaner, latinamerikanska amerikaner och Oaxacans. Det märkliga med fördelningen är att den kinesiska befolkningen, förutom Manchu i norra Kina, saknar de stora haplotyperna A24-B48 och A2-B48. Detta indikerar genflöde längs västra Stillahavskanten till den nya världen och över Sibirien som förbinder Tibet och Japan. B48 finns högre i Ainu och Nivkhi än japanska.
En annan haplotyp som visar långdistansförhållanden är A *0206 : C *0801 : B *4801 Denna haplotyp ses i befolkningen i Taiwans ursprungsbefolkning, Okinawan, japaner, asiatiska amerikaner, orochon, koreanska och latinamerikanska befolkningar. Denna haplotyp kan utökas med DRB1 *0407 : DQA1 *0301 : DQB1 *0302
Cw8-B48-DRB1*0407-DQB1*0302 finns i peru lama och japanska populationer. Men nivåer i Japan, med tanke på den minskande gradienten söderut, indikerar att dessa haplotyper är resultatet av blandning med Northern Jomon-populationer under post-Jomon-perioden.
B*48-haplotyperna indikerar att regionen Japanska havet var en trolig hotspot för både migration till söder och även till Nya världen.
Orochon, som har den högsta nivån av A*24-B*48, bor längs Amurfloden i nordöstra Kina och delar många likheter med Ainu på Hokkaido och Nivkhi på norra Sakalin Island. HLA B*48-haplotyper indikerar ett sätt att ta sig till den nya världen längs den sibiriska kusten, en möjlig landväg för passage genom Beringia eller senare med båt över Beringsundet in i den nya världen.