HLA-B46
|
större histokompatibilitetskomplex (människa), klass I, B46
|
||
| Alleler | B*4601 |
|
| Struktur (se HLA-B ) | ||
| Symbol(er) | HLA-B | |
| EBI-HLA | B*4601 | |
| Ställe | chr.6 6p21.31 | |
HLA-B46 (B46) är en HLA - B- serotyp . Serotypen identifierar genprodukterna av HLA-B*4601-allelen. B*4601 resulterade från en sällsynt interlocus- genomvandling mellan B62 , troligen B*1501, och en HLA-C- allel. B*4601 är den vanligaste HLA-B-allelen som inte har ett ursprung i Afrika, och uppskattningsvis 400 miljoner människor i östra Asien bär på en B46-allel. När B*4601 hittas segregeras med endast 2 HLA-Cw- alleler, ett begränsat antal HLA-A- och HLA-DRB1- alleler, vilket tyder på att allelen nyligen expanderat från en begränsad storleksgrupp inom Sydostasien. Extremt låga frekvenser utanför östra Asien är indikatorer på en nyligen genomförd expansion av B46 från en nyligen liten befolkning. Frekvensfördelningen antyder att den förfäders B46-populationen var i SE-Kina, eller potentiellt Burma (Myanmar eller Laos, oprövad). B46 i Asien korrelerar med våtrisodling . Undantagen är anmärkningsvärda, den har hittats i Nivkhi på nordöstra Sakalin Island, Ainu och den Nivkhi-relaterade (genetiskt) Tlinglet-populationen i Alaska på spårnivåer.
Serotyp
| B*46 | B46 | Övrig | Prov |
| allel | % | % | storlek (N) |
| 4601 | 59 | 29 | 1487 |
Serotypningen är dålig för B*4601 och det är att föredra att använda SSP- PCR . B*46:01 är en av de fyra B-alleler som reagerar med varken Bw4 eller Bw6. De övriga är B*18:06 , B*55:03 och B*73:01 .
B*4601 Allelfrekvenser
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Buyei ( Kina ) | 21.6 | |
| Miao (Kina) | 18.4 | |
| Han (2) ( Yunnan , Kina ) | 17.9 | |
| Thai (i Singapore) | 17.2 | |
| södra kinesiska (i Taiwan) | 17.2 | |
| kinesiska (i Hongkong ) | 16.3 | |
| Hakka (2)(Taiwan) | 15.6 | |
| Guangzhou (Kina) | 15.5 | |
| nordöstra Thailand | 15.1 | |
| Minnan (genomsnitt 1 och 2) (Taiwan) | 15,0 | |
| Mellankinesiska (i Taiwan) | 15,0 | |
| Hakka (Taiwan) | 13.6 | |
| Wuhan ( Kina ) | 13.5 | |
| Maonan ( Guangxi , Kina) | 13.4 | |
| kinesiska (i Singapore) | 13.4 | |
| vietnamesiska | 13.2 | |
| Södra Han (Kina) | 11.5 | |
| Shanghai, Kina) | 11.2 | |
| Meizhou Han (Guangdong, Kina) | 10,0 | |
| Shijiazhuang Tianjian Han (Peking) | 9.6 | |
| Guangzhou Han (Kina) | 9.4 | |
| Thailand | 9.2 | |
| Nu ( Yunnan , Kina) | 9,0 | |
| Nordkineser (i Taiwan) | 8.6 | |
| Pazeh (Taiwan) | 8.2 | |
| Aichi ( Japan ) | 7.6 | |
| Lisu (Yunnan, Kina) | 7.2 | |
| Peking, Kina) | 6.8 | |
| Naxi (Yunnan, Kina) | 6.1 | |
| Hui ( Qinghai , Kina) | 5.9 | |
| Northern Han (Kina) | 5.7 | |
| Japan (3) | 5.0 | |
| Hyogo (Japan) | 4.7 | |
| Sydkorea (3) | 4.4 | |
| Man (Harbin City, Kina) | 4.1 | |
| Siraya (Taiwan) | 3.9 | |
| Centrala Japan | 3.6 | |
| Linqu County ( Shandong , Kina) | 3.3 | |
| timoresiska | 2.6 | |
| Inre Mongoliet (Kina) | 2.0 | |
| javanesiska (i Singapore) | 2.0 | |
| Oold (Mongolien) | 1.9 | |
| Nivkhi (Sakhalin I, Ryssland) sland | 1.9 | |
| Thao (Taiwan) | 1.7 | |
| Riau Malay (i Singapore) | 1.5 | |
| Tuva (2) (Ryssland) | 1.4 | |
| Tibetansk (Kina) | 1.3 | |
| Khalkh ( Ulaanbaatar , Mongoliet ) | 1.2 | |
| Ainu ( Hokkaidō , Japan) | 1.0 | |
| Okinawa (på Hawaii, USA) | 1.0 | |
| Ursprungsbefolkning (Taiwan) | 0,9 | |
| Khalkha (Mongoliet) | 0,5 | |
| Brahui (Pakistan) | 0,5 |
A2-Cwll(1)-B46
Denna haplotyp är unik i flera avseenden, först och viktigast av allt är B46-serotypen inte från Afrika, detta skiljer den från alla andra kända B-serotyper. Det är resultatet av en rekombinationshändelse mellan B62(B*1501) och en HLA-C-allel i Asien. Denna händelse inträffade nyligen eftersom det bara finns en stor allel och mindre alleler har spårfrekvenser. Det har förekommit viss rekombination mellan denna haplotyp, A24- och A11-bärande alleler, troligen i en lokal (eller stampopulation). B46 finns överallt där asiatiska våtrisodlare har rest och finns i låga frekvenser i ursprungsgrupper som inte odlar jordbruk. Det enda undantaget är Ninhvet i Sibirien och östra Tlinglet i Alaska. Detta B46-bidrag verkar ha varit nyligen. På grund av antalet personer som representeras av urvalsgrupperna, och dess relativt höga frekvens i dessa, är A2-B46 en av de vanligaste, om inte den vanligaste AB-haplotypen i världen, även om den saknas i ursprungsbefolkningen. av de flesta människor i världen.
| frekv | Rank in | |||
| ref. | Befolkning | (%) | Pop. | |
| Buyi | 16.6 | 1 | 1 | |
| Miao | 13.6 | 1 | ||
|
Singapore (kinesiska) |
11.4 | 2 | ||
| Chaoshan | 10.1 | 1 | ||
| Södra Han | 7.8 | 2 | ||
| Vietnam | 7.8 | 1 | ||
| Thai | 7.2 | 1 | ||
| thailändsk kinesisk | 4.0 | |||
| japanska | 3.3 | 4 | ||
| Li | 3.0 | |||
| Korea | 2.8 | |||
| Uygar | 2.7 | |||
| Manchu | 2.6 | |||
| Inre Mong. | 1.9 | |||
| Norra Han | 1.8 | |||
| 1 högsta frekvens. AB hap i Asien. | ||||
Denna haplotyp är unik i flera avseenden, först och främst är B46-serotypen inte från Afrika, detta skiljer den från alla andra större B-serotyper utom B*48 . Det är resultatet av en rekombinationshändelse mellan B62 ( B*1501 ) och en HLA-C- allel i Asien. Denna händelse inträffade nyligen eftersom det bara finns en stor allel och mindre alleler har spårfrekvenser. Det har förekommit viss rekombination mellan denna haplotyp, A24- och A11-bärande alleler, troligen i en lokal (eller stampopulation). B46 finns överallt där asiatiska våtrisodlare har rest och finns i låga frekvenser i ursprungsgrupper som inte odlar jordbruk. Det enda undantaget är Ninhvet i Sibirien och östra Tlinglet i Alaska. Detta B46-bidrag verkar ha varit nyligen. På grund av antalet personer som representeras av urvalsgrupperna, och dess relativt höga frekvens i dessa, är A2-B46 en av de vanligaste, om inte den vanligaste AB-haplotypen i världen, även om den saknas i ursprungsbefolkningen. av de flesta människor i världen.
Den vanligaste haplotypen, och förmodligen den förfäders haplotypen med tanke på dess utbredning från Ninhivet till Indonesien är:
A *0207 : C *0102 : B *4601 : DRB1 *0901 : DQA1 *0302 : DQB1 *0303
En annan haplotyp som är vanligare i Korea och Japan är
A *0207 : C *0102 : B *4601 : DRB1 *0803 : DQA1 *0103 : DQB1 *0601
B46, eller en nära kopplad allel kan ha varit under positivt urval hos risodlare i Asien.