HLA-A33
| HLA-A33 | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ( MHC Klass I , A cellytantigen) | ||||||||||||||||
 HLA-A33
| ||||||||||||||||
| Om | ||||||||||||||||
| Protein | transmembranreceptor / ligand | |||||||||||||||
| Strukturera | aP- heterodimer | |||||||||||||||
| Underenheter | HLA-A *33--, p2 - mikroglobulin | |||||||||||||||
| Undertyper | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
| Alleler länkar ut till IMGT/HLA databas på EBI | ||||||||||||||||
HLA-A33 (A33) är en serotyp av human leukocytantigen inom HLA-A- serotypgruppen. Serotypen bestäms av antikroppsigenkänning av a33- underuppsättning av HLA-A-a-kedjor. För A33 kodas alfa-"A"-kedjan av HLA-A *33 -allelgruppen och p-kedjan kodas av B2M - lokus . A33 och A *33 är nästan synonyma i betydelse. A33 är ett delat antigen av den breda antigenserotypen A19 . A33 är en systerserotyp av A29 , A30 , A31 , A32 och A74 .
A33 är vanligare i Afrika söder om Sahara .
Serotyp
| A*33 | A33 | En 19 | Prov |
| allel | % | % | storlek (N) |
| *3301 | 87 | 3 | 687 |
| *3303 | 95 | 0 | 807 |
A33 har en dålig serotypningshastighet.
A33 frekvenser
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Pakistan Karachi Parsi | 12.2 | |
| Portugal norr | 7.6 | |
| Tunisien | 6.1 | |
| Marocko Nador Metalsa | 5.5 | |
| Mongoliet Buriat | 4.6 | |
| Guinea Bissau | 4.6 | |
| Jordan Amman | 3.5 | |
| Kap Verde NW Islands | 3.2 | |
| Portugal Center | 3.0 | |
| Iran Baloch | 2.8 | |
| Pakistan Baloch | 2.4 | |
| Frankrike sydöstra | 2.3 | |
| sudanesiska | 1.8 | |
| Japan Okinawa Ryukyuan | 1.8 | |
| Mali Bandiagara | 1.8 | |
| Bulgarien | 1.8 | |
| Pakistan Kalash | 1.7 | |
| Uganda Kampala | 1.5 | |
| Georgia Svaneti | 1.3 | |
| Kenya Luo | 1.3 | |
| oman | 1.3 | |
| Zambia Lusaka | 1.2 | |
| Kina Guangdong Meizhou | 1.0 | |
| rumänska | 1.0 | |
| Kroatien | 1.0 | |
| Kina Qinghai Hui | 0,9 | |
| Tjeckien | 0,9 | |
| Kenya | 0,7 | |
| Irland norra | 0,7 | |
| Singapore kinesiska | 0,6 | |
| Kamerun Bamileke | 0,6 | |
| Indien norra Delhi | 0,5 | |
| Georgien Tbilisi | 0,5 | |
| Belgien | 0,5 | |
| Kamerun Beti | 0,3 | |
| Kenya Nandi | 0,2 |
A33 visar två olika fördelningar som kan särskiljas genom subtypningsförmåga hos SSP-PCR .
A*3301 distribution
Den första fördelningen verkar ha en västerländsk utbredning som tränger in i Europa som ett resultat av de postneolitiska perioderna. Det förekommer vanligtvis i kopplingsojämvikt inom haplotypen A*3301-Cw*0802-B*1402 som kan utökas till DRB1 och DQB1 i vissa fall (se nedan). Källan till dess allmänna expansion verkar vara Mellanöstern eller levanten, som den finns i den palestinska befolkningen. B14 delas upp i B64 (B*1401) och B65 (B*1402) men det enda arabiska folket som visar båda antigenerna är Förenade Arabemiraten. [ citat behövs ]
A*3303 distribution
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Kamerun Baka | 25,0 | |
| Kamerun Sawa | 23.1 | |
| Indien West Bhils | 18,0 | |
| Pakistan Burusho | 17.9 | |
| Sydkorea (3) | 16.3 | |
| Indien West Parsis | 14,0 | |
| Singapore Thai | 13.3 | |
| Indien Mumbai Marathas | 13,0 | |
| Japan | 12.8 | |
| Pakistan Baloch | 12.7 | |
| Kina södra Han | 11.5 | |
| Singapore Riau Malay | 10.9 | |
| Singapore kinesiska | 10.1 | |
| Hong Kong kinesiska | 10,0 | |
| Chaoshan | 9.8 | |
| Mali Bandiagara | 9.4 | |
| Kina Inre Mongoliet | 9.3 | |
| Singapore kinesiska Han | 9.3 | |
| Singapore Javan | 9,0 | |
| Indien norra hinduer | 8.7 | |
| Guinea Bissau | 8.5 | |
| Taiwan Minnan | 8.3 | |
| Taiwan Hakka | 8.2 | |
| Senegal Mandenka | 8.1 | |
| Pakistan Brahui | 8,0 | |
| Pakistan Sindhi | 7.6 | |
| Ryssland Tuvan | 7.1 | |
| Pakistan Pathan | 7.1 | |
| Sydafrika Natal Tamil | 7,0 | |
| Pakistan Karachi Parsi | 6.7 | |
| Indien Tamil Nadu Nadar | 6.6 | |
| Israel judar | 6.4 | |
| Indien Andhra Pradesh Golla | 6.3 | |
| Kina North Han | 6.2 | |
| Kina Peking Tianjian | 6.2 | |
| Indien New Delhi | 6.1 | |
| Pakistan Kalash | 5.8 | |
| Iran Baloch | 5.6 | |
| Kina Qinghai Hui | 5.5 | |
| Kina Guangzhou | 5.4 | |
| Kamerun Bamileke | 4.5 | |
| Kina Yunnan Nu | 4.4 | |
| Kina Guangxi Maonan | 4.2 | |
| Kina Guangdong Meizhou | 4.0 | |
| Kap Verde SW öarna | 4.0 | |
| Taiwan Pazeh | 3.6 | |
| Uganda Kampala | 3.1 | |
| Kina Peking | 3.0 | |
| Indien Khandesh Pawra | 3.0 | |
| Kamerun Yaounde | 2.8 | |
| sudanesiska | 2.5 | |
| Zimbabwe Harare Shona | 2.4 | |
| Kap Verde NW Islands | 2.4 | |
| Kamerun Beti | 2.3 | |
| oman | 2.1 | |
| Kina Tibet | 1.6 | |
| Kroatien | 1.3 | |
| rumänska | 1.2 | |
| Kina Yunnan Lisu | 1.1 | |
| Arab Druse | 1.0 | |
| Georgien Tbilisi | 1.0 | |
| Belgien | 1.0 | |
| Kenya Luo | 0,9 | |
| Lakota Sioux | 0,5 | |
| australiensisk indig. Cape York | 0,5 | |
| Tunisien | 0,5 | |
| Sydafrikanska Natal Zulu | 0,5 | |
| Kenya | 0,3 | |
| Irland norra | 0,3 | |
| Kenya Nandi | 0,2 |
Vissa alleler förvirrar populationshistorier. Överst på den listan är A*3303. Denna allel verkar hoppa, bildligt talat, ut från Västafrika till Sydasien. Ursprungspunkten är Afrika, troligen centrala eller västra Afrika med tanke på de låga nivåerna i Östafrika (även om mycket av Östafrika är undersamplad). I vissa testade populationer i Mellanöstern är nivån för A*3303 antingen mycket låg eller obefintlig. Inom Östafrika verkar Sudan vara högst med cirka 2 %. Frekvensen för A*3303 börjar stiga i östra Arabien (Oman, Förenade Arabemiraten) och stiger sedan markant i Brahui och Balochi i Pakistan. En haplotyp sticker ut, A33-B58-DR3-DQ2-haplotypen som finns i Västafrika, i Sudan och Pakistan, utspridda längs Västindiens kust, de turkiska republikerna och verkar nyligen ha inträngt i Korea (efter Yayoi period av Japan) och Kina. Så nyligen anlände till Asien att nivån på HLA DR3-DQ2 i Korea på 2,9%. Korea är den senaste källan till japanska gener, av Yayoi-perioden som varade från 3000 till 1600 år sedan ungefär 3/4 av den japanska genetiska sammansättningen tillskrivs denna migration. Och ändå finns det spår DR3-DQ2 på japanska, ingen i Ainu eller många andra inhemska sibiriska grupper.
A33 Haplotyper
A33-Cw8-B14-DR1-DQ5
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Parsis (Pakistan) | 4.4 | |
| sardiska | 3.0 | |
| Indiens västkust Parsis | 3.3 | |
| portugisiska | 2.7 | |
| armeniska | 2.5 | |
| indiska | 2.0 | |
| putsa | 2.0 | |
| Ashkenazi judar | 1.8 | |
| franska | 1.8 | |
| spanska | 1.7 | |
| albanska | 1.5 | |
| tysk | 1.5 | |
| Toscana | 1.3 | |
| grekisk | 1.1 | |
| Marathans | 1.1 | |
| italienska | 1.0 |
När man har att göra med haplotyper, om man antar att kopplingsojämvikt är slumpmässigt, så kan man uppskatta tiden för jämvikt baserat på storleken på haplotypen, AB-DR-haplotypen är över 2 miljoner nukleotider lång. Med tanke på denna längd är det osannolikt att det spred sig under den neolitiska perioden. En mer liknande gissning om när det spred sig var den tidiga historiska perioden, med spridningen av den feniciska och mykenska kulturen över hela Medelhavet . Dess närvaro i Indien , särskilt norra Indien, indikerar möjlig spridning av denna haplotyp inom Svartahavsområdet före migrationen av indo-arisk kultur över Indusfloden. Den specifika nomenklaturen för denna typ är:
A *3301 : C *0802 : B *1402 : DRB1 *0102 : DQA1 *0102 : DQB1 *0501
A33-B44
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| Iyers | 9.6 | |
| Korea | 8,0 | |
| Japan | 6.1 | |
| thailändare | 4.7 | |
| Parsis (Pakistan) | 4.4 | |
| Bharghavas | 4.0 | |
| Java | 3.7 | |
| Tribals (Indien) | 3.0 | |
| kinesiska (Thailand) | 2.8 | |
| vietnamesiska | 2.7 |
Denna haplotyp verkar föregå A33-B58 i Asien, vilket för med sig haplotypen DR7-DQ2. Det finns två versioner av haplotypen, möjligen av olika ursprung. Det är ett bra skäl till varför man inte kan lita på enbart serotypning. Den första haplotypen är A33-Cw14-B44-DR13-DQ6.4
A *3303 : C *1403 : B *4403 : DRB1 *1302 : DQA1 *0102 : DQB1 *0604 : DPB1 *0401
Denna haplotyp finns i Japan och Korea, och det är den vanligaste 5 locus HLA-typen i Korea, hög på 4,2 %, 25 gånger högre än i Kina. I Japan är den 4,8 % och kan utökas till DPB1 på 3,6 %. Även om den tydligt inte visar nivån av ojämvikt för Super B8-haplotypen, är nivån av ojämvikt hög, vilket indikerar en expansiv migration till dessa regioner någon gång under det senaste förflutna, troligen under perioden före Yayoi-perioden i Japan.
A *3303 : C *0701 : B *4403 : DRB1 *0701 : DQA1 *0201? : DQB1 *0202
Den andra haplotypen, som A33-B58, finns i Korea men inte i Japan. Denna haplotyp bär den andra vanliga DQ2-haplotypen, DQ2.2. Cw*0701 finns i A*33-B58-haplotypen och är som resultatet av en rekombination mellan A33-Cw7 och en annan B44-DR7-haplotyp. Dessa haplotyper indikerar att tolkning av populationsförhållanden med hjälp av allel eller till och med lågupplöst haplotypinformation är felbenägen och antyder behovet av multigenhaplotypstudier med hög upplösning.
A33-Cw3-B58-DR3-DQ2
| frekv | ||
| ref. | Befolkning | (%) |
| kinesiska (Thailand) | 12.6 | |
| Baloch (Pakistan) | 11.1 | |
| Chaoshan (Kina) | 8.1 | |
| kinesiska (Singapore) | 5.5 | |
| Burusho (Pakistan) | 4.6 | |
| Hui | 4.0 | |
| mongoliska | 3.7 | |
| Kalash (Pakistan) | 3.6 | |
| Korea | 3.5 | |
| Yaku | 3.2 | |
| Panthan (Pakistan) | 3.0 | |
| Tribals (Indien) | 3.0 | |
| Baloch (SE Iran) | 2.9 | |
| Brahui (Pakistan) | 2.9 | |
| Södra Han | 2.8 | |
| thailändare | 2.5 | |
| vietnamesiska | 2.3 | |
| Inre mongoliska | 2.2 | |
| Miao | 2.1 | |
| västafrikansk | 2.1 | |
| sydafrikanska | 1.9 | |
| oman | 1.6 | |
| Sindhi (Pakistan) | 1.5 | |
| Manchu | 1.2 | |
| Sudan | 1.2 | |
| Kamerun Yaounde | 1.1 |
Inom östra Asien är A*3303 i kopplingsojämvikt med haplotyp i synnerhet, den specifika genetiska sammansättningen är:
A *3303 : C *0302 : B *5801 : DRB1 *0301 : DQA1 *0501 : DQB1 *0201
Det är intressant att Cw-allelen i den pakistanska befolkningen är densamma som allelen i den östasiatiska populationen C*0302. 8,3 av 11,1% av A33-B58 i Baloch pakistanska burken är kopplad till DR3 och förmodligen DQ2.5 (Det finns få undantag utanför Afrika). Detta förlänger en haplotyp och bildar en halvcirkel runt den indiska subkontinenten, vilket indikerar ett väsentligt och relativt nyligen genetiskt förhållande. Parsis i Pakistan saknar A33-B58, som med grupper längst väster om Pakistan. Haplotypen A33-B58-DR3-DQ2 verkar ha sitt ursprung i sin helhet från Västafrika, med nuvarande möjligheter för Sudan eller norra Etiopien som utgångspunkter från Afrika och en migration av Indiska oceanen till den västra sidan av Indusfloden.
A33-Cw7-B58-DR13-DQ6
Inom östra Asien är A*3303 i kopplingsojämvikt med haplotyp i synnerhet, den specifika genetiska sammansättningen är:
A *3303 : C *0701 : B *5801 : DRB1 *1302 : DQA1 *0102 : DQB1 *0609
Denna haplotyp är sammansatt av gener som är vanligast förekommande i delar av västra Afrika. Detta inkluderar A*3303, B*5801, DRB1*1302 och DQB1*0609. DRB1*0609 haplotypen i nodal i östra/centrala Afrika i Uganda, Rwanda, Kongo, Kamerun, medan allelen finns vid låga frekvenser i Västeuropa, och dess distribution är också förenlig med en migration från östra Afrika direkt till Nedre Indusfloden .