Termoproteota

Thermoproteota
Archaea Sulfolobus infekterad med specifikt virus STSV-1 .
Vetenskaplig klassificering
Domän:	Archaea
Rike:	Proteoarchaeota
Superfylum:	TACK grupp
Provins:	Thermoproteota Garrity & Holt 2021
Klass
Thermoprotei
Synonymer
"Crenarchaeota" Garrity och Holt 2001 "Thermoproteaeota" Oren et al. 2015 "Thermoproteota" Whitman et al. 2018

Thermoproteota (även känd som crenarchaea ) är archaea som har klassificerats som en filum av Archaea-domänen . Ursprungligen ansågs Thermoproteota vara svavelberoende extremofiler , men nyare studier har identifierat karakteristiskt Thermoproteota-miljö- rRNA som indikerar att organismerna kan vara den vanligaste arkean i den marina miljön. Ursprungligen var de separerade från de andra arkéerna baserat på rRNA-sekvenser; andra fysiologiska egenskaper, såsom brist på histoner , har stött denna uppdelning, även om vissa crenarchaea befanns ha histoner. Fram till nyligen hade alla odlade Thermoproteota varit termofila eller hypertermofila organismer, av vilka några har förmågan att växa vid upp till 113 °C. Dessa organismer färgar gramnegativa och är morfologiskt olika och har stav-, kocker- , filamentösa och konstigt formade celler.

Sulfolobus

En av de bäst karakteriserade medlemmarna av Crenarchaeota är Sulfolobus solfataricus . Denna organism isolerades ursprungligen från geotermiskt uppvärmda svavelkällor i Italien och växer vid 80 °C och pH 2–4. Sedan dess första karaktärisering av Wolfram Zillig, en pionjär inom termofil och arkeisk forskning, har liknande arter i samma släkt hittats runt om i världen. Till skillnad från de allra flesta odlade termofiler, växer Sulfolobus aerobt och kemoorganotrofiskt (får sin energi från organiska källor som sockerarter). Dessa faktorer tillåter en mycket lättare tillväxt under laboratorieförhållanden än anaeroba organismer och har lett till att Sulfolobus har blivit en modellorganism för studier av hypertermofiler och en stor grupp av olika virus som replikerar inom dem.

Rekombinationell reparation av DNA-skador

Bestrålning av S. solfataricus -celler med ultraviolett ljus inducerar starkt bildning av typ IV pili som sedan kan främja cellulär aggregation. Ultraviolett ljus-inducerad cellulär aggregation visades av Ajon et al. för att förmedla högfrekvent intercellulärt kromosommarkörutbyte . Kulturer som inducerades av ultraviolett ljus hade rekombinationshastigheter som översteg de för oinducerade kulturer med så mycket som tre storleksordningar. S. solfataricus- celler kan bara aggregera med andra medlemmar av sin egen art. Frols et al. och Ajon et al. ansåg att den ultravioletta ljusinducerbara DNA-överföringsprocessen, följt av homolog rekombinationell reparation av skadat DNA , är en viktig mekanism för att främja kromosomintegritet. Denna DNA-överföringsprocess kan betraktas som en primitiv form av sexuell interaktion .

Marina arter

Med början 1992 publicerades data som rapporterade sekvenser av gener som tillhör Thermoproteota i marina miljöer. ^, Sedan dess har analys av de rikliga lipiderna från Thermoproteotas membran tagna från det öppna havet använts för att bestämma koncentrationen av dessa "lågtemperatur Crenarchaea" (Se TEX-86 ). Baserat på dessa mätningar av deras signaturlipider, tros Thermoproteota vara mycket rikligt och en av de främsta bidragsgivarna till bindningen av kol . DNA-sekvenser från Thermoproteota har också hittats i jord- och sötvattenmiljöer, vilket tyder på att denna filum är allestädes närvarande i de flesta miljöer.

År 2005 publicerades bevis på den första odlade "lågtemperatur Crenarchaea". Den heter Nitrosopumilus maritimus och är en ammoniakoxiderande organism isolerad från en marin akvariumtank och odlad vid 28 °C.

Se även

• Euryarchaeota

Vidare läsning

Vetenskapliga tidskrifter

•   Cavalier-Smith, T (2002). "Arkaebakteriers neomuranursprung, den negibakteriella roten av det universella trädet och bakteriell megaklassificering" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318 .
•   Stackebrandt, E; Frederiksen W; Garrity GM; Grimont PA; Kampfer P; Maiden MC; Nesme X; Rossello-Mora R; Gungor J; Truper HG; Vauterin L; Avdelning AC; Whitman WB (2002). "Betänkande från ad hoc-kommittén för omvärdering av artdefinitionen inom bakteriologi". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 52 (Pt 3): 1043–1047. doi : 10.1099/ijs.0.02360-0 . PMID 12054223 .
•   Gurtler, V; Mayall BC (2001). "Genomiska metoder för typning, taxonomi och utveckling av bakterieisolat". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 1): 3–16. doi : 10.1099/00207713-51-1-3 . PMID 11211268 .
•   Dalevi, D; Hugenholtz P; Blackall LL (2001). "Ett tillvägagångssätt med flera utgrupper för att lösa fylogenetiska relationer på divisionsnivå med hjälp av 16S rDNA-data" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 385–391. doi : 10.1099/00207713-51-2-385 . PMID 11321083 .
•   Keswani, J; Whitman WB (2001). "Släktskap mellan 16S rRNA-sekvenslikhet med DNA-hybridisering i prokaryoter" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 667–678. doi : 10.1099/00207713-51-2-667 . PMID 11321113 .
•   Young, JM (2001). "Konsekvenser av alternativa klassificeringar och horisontell genöverföring för bakteriell taxonomi". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 3): 945–953. doi : 10.1099/00207713-51-3-945 . PMID 11411719 .
•   Christensen, H; Bisgaard M; Frederiksen W; Mutters R; Kuhnert P; Olsen JE (2001). "Är karakterisering av ett enskilt isolat tillräckligt för giltig publicering av ett nytt släkte eller art? Förslag om ändring av rekommendation 30b i den bakteriologiska koden (1990 revision)" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 6): 2221–2225. doi : 10.1099/00207713-51-6-2221 . PMID 11760965 .
•   Christensen, H; Angen O; Mutters R; Olsen JE; Bisgaard M (2000). "DNA-DNA-hybridisering bestäms i mikrobrunnar med användning av kovalent bindning av DNA" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1095–1102. doi : 10.1099/00207713-50-3-1095 . PMID 10843050 .
•   Xu, HX; Kawamura Y; Li N; Zhao L; Li TM; Li ZY; Shu S; Ezaki T (2000). "En snabb metod för att bestämma G+C-innehållet i bakteriella kromosomer genom att övervaka fluorescensintensiteten under DNA-denaturering i ett kapillärrör" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1463–1469. doi : 10.1099/00207713-50-4-1463 . PMID 10939651 .
•   Young, JM (2000). "Förslag för att undvika pågående förvirring från den bakteriologiska koden" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1687–1689. doi : 10.1099/00207713-50-4-1687 . PMID 10939677 .
•   Hansmann, S; Martin W (2000). "Fylogeni av 33 ribosomala och sex andra proteiner kodade i ett gammalt genkluster som är bevarat över prokaryota genom: påverkan av att utesluta dåligt justerbara platser från analys" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1655–1663. doi : 10.1099/00207713-50-4-1655 . PMID 10939673 .
•   Tindall, BJ (1999). "Förslag till ändring av regeln som styr beteckningen av typstammar som deponerats under kultursamlingsnummer tilldelade för patentändamål" . Int. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1317–1319. doi : 10.1099/00207713-49-3-1317 . PMID 10490293 .
•   Tindall, BJ (1999). "Förslag till ändring av regel 18a, regel 18f och regel 30 för att begränsa de retroaktiva konsekvenserna av ändringar som accepteras av ICSB" . Int. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1321–1322. doi : 10.1099/00207713-49-3-1321 . PMID 10425797 .
•   Tindall, BJ (1999). "Att missförstå den bakteriologiska koden" . Int. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1313–1316. doi : 10.1099/00207713-49-3-1313 . PMID 10425796 .
•   Tindall, BJ (1999). "Förslag att uppdatera och göra ändringar i bakteriologiska koden" . Int. J. Syst. Bakteriol . 49 (3): 1309–1312. doi : 10.1099/00207713-49-3-1309 . PMID 10425795 .
•   Burggraf, S; Huber H; Stetter KO (1997). "Omklassificering av crenarchael-order och familjer i enlighet med 16S rRNA-sekvensdata" . Int. J. Syst. Bakteriol . 47 (3): 657–660. doi : 10.1099/00207713-47-3-657 . PMID 9226896 .
•   Palys, T; Nakamura LK; Cohan FM (1997). "Upptäckt och klassificering av ekologisk mångfald i bakterievärlden: rollen för DNA-sekvensdata" . Int. J. Syst. Bakteriol . 47 (4): 1145–1156. doi : 10.1099/00207713-47-4-1145 . PMID 9336922 .
•   Euzeby, JP (1997). "Lista över bakterienamn med stående i nomenklaturen: en mapp tillgänglig på Internet" . Int. J. Syst. Bakteriol . 47 (2): 590–592. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . PMID 9103655 .
•   Clayton, RA; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bult C; Fält C (1995). "Intraspecifik variation i rRNA-sekvenser med små underenheter i GenBank: varför enstaka sekvenser kanske inte representerar prokaryota taxa tillräckligt" . Int. J. Syst. Bakteriol . 45 (3): 595–599. doi : 10.1099/00207713-45-3-595 . PMID 8590690 .
•   Murray, RG; Schleifer KH (1994). "Taxonomiska anteckningar: ett förslag för att registrera egenskaperna hos förmodade taxa av prokaryoter" . Int. J. Syst. Bakteriol . 44 (1): 174–176. doi : 10.1099/00207713-44-1-174 . PMID 8123559 .
•   Winker, S; Woese CR (1991). "En definition av domänerna Archaea, Bacteria och Eucarya i termer av små subenhets ribosomala RNA-egenskaper". Syst. Appl. Microbiol . 14 (4): 305–310. doi : 10.1016/s0723-2020(11)80303-6 . PMID 11540071 .
•    Woese, CR; Kandler O; Wheelis ML (1990). "Mot ett naturligt system av organismer: förslag för domänerna Archaea, Bacteria och Eucarya" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 87 (12): 4576–4579. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .
•   Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). "Den ribosomala genens spacer-region i arkebakterier". Syst. Appl. Microbiol . 10 (3): 211–214. doi : 10.1016/s0723-2020(88)80002-x . PMID 11542149 .
•   McGill, TJ; Jurka J; Sobieski JM; Pickett MH; Woese CR; Fox GE (1986). "Karakteristiska arkebakteriella 16S rRNA-oligonukleotider". Syst. Appl. Microbiol . 7 (2–3): 194–197. doi : 10.1016/S0723-2020(86)80005-4 . PMID 11542064 .
•   Woese, CR; Gupta R; Hahn CM; Zillig W; Tu J (1984). "De fylogenetiska förhållandena mellan tre svavelberoende arkebakterier". Syst. Appl. Microbiol . 5 : 97-105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID 11541975 .
•   Woese, CR; Olsen GJ (1984). "De fylogenetiska förhållandena mellan tre svavelberoende arkebakterier". Syst. Appl. Microbiol . 5 : 97-105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID 11541975 .
•    Woese, CR; Fox GE (1977). "Fylogenetisk struktur av den prokaryota domänen: de primära kungadömena" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 74 (11): 5088–5090. Bibcode : 1977PNAS...74.5088W . doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104 . PMID 270744 .

Vetenskapliga böcker

•   Garrity GM, Holt JG (2001). "Fylum AI. Crenarchaeota phy. nov." . I DR Boone, RW Castenholz (red.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria ( 2nd ed.). New York: Springer Verlag. s. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .

externa länkar

• Crenarchaeota från University of Wisconsin Virtual Microbiology site.
• Jämförande analys av Crenarchaeal genom (vid DOE:s IMG-system )