Lista över OBO Foundry-ontologier

Detta är en lista över ontologier som ingår i OBO Foundry från och med januari 2020.

OBO Foundry ontologier

Titel	Prefix	Beskrivning	Officiell sida
Agronomi ontologi	AGRO	Ontologi av begrepp som är relevanta för agronomiska experiment.	[1]
En ontologi av ekologiska kärnor	ECOCORE	En ontologi för ekologiska enheter.	[2]
Anatomisk Entity Ontologi	AEO	Ontologi av anatomiska strukturer som expanderar CARO, Common Anatomy Reference Ontology.	[3]
Antibiotikaresistensontologi	ARO	Ontologi för antibiotikaresistensgener och mutationer.	[4]
Apollo strukturerade ordförråd	APOLLO-SV	Ontologi för att möjliggöra interoperabilitet mellan epidemimodeller och programvara för folkhälsoapplikationer.	[5]
Ascomycete fenotyp ontologi	APO	En strukturerad kontrollerad vokabulär för fenotyperna av Ascomycete- svampar.	[6]
Grundläggande formell ontologi	BFO	Den överordnade ontologin som OBO Foundry-ontologier bygger på.	[7]
Beta Cell Genomics Ontologi	BCGO	En applikationsontologi byggd för genomiska studier av betaceller .	[8]
Biologiska samlingar Ontologi	BCO	En ontologi för data om biologisk mångfald.	[9]
Biologiska avbildningsmetoder Ontologi	FBBI	Ontologi för metoder involverade i biomedicinsk avbildning, inklusive förberedelse och förvärv.	[10]
Biologisk rumslig ontologi	BSPO	En ontologi för att representera rumsliga begrepp som används inom biologi.	[11]
BRENDA vävnad / enzymkälla	BTO	En ontologi för källan till enzymer.	[12]
C. elegans utvecklingsontologi (se WormBase )	WBLS	En ontologi för utvecklingen av Caenorhabditis elegans .	[13]
C. elegans Gross Anatomy Ontology (se WormBase )	WBBT	En ontologi för anatomin hos Caenorhabditis elegans .	[14]
C. elegans fenotyp (se WormBase )	WBPHENOTYPE	En ontologi för fenotyperna av Caenorhabditis elegans .	[15]
Kardiovaskulär sjukdomsontologi	CVDO	En ontologi för begrepp relaterade till hjärt-kärlsjukdomar .	[16] [17]
Celllinjeontologi	CLO	Ontologi för att beskriva cellinjer .	[18] [19]
Cellontologi	CL	Ontologi för metazoancelltyper .	[20] [21]
Kemiska enheter av biologiskt intresse	CHEBI	Ontologi för små molekylära enheter av biologiskt intresse.	[22]
Kemisk Information Ontologi	CHEMINF	Ontologi för deskriptorer som används i kemoinformatikdatabaser.	[23] [24]
Kemiska metoder Ontologi	CHMO	En ontologi för de metoder som används i kemiska experiment.	[25]
Klinisk laboratorieontologi	LABO	En ontologi av recept och rapporter i kliniska laboratorier.	[26]
Klinisk mätning ontologi	CMO	Ontologi för att klassificera kliniska mätningar av försöksdjur.	[27]
Gemensam anatomisk referensontologi	CARO	En ontologi för att förbättra interoperabiliteten mellan anatomiska ontologier för olika organismer.	[28]
Jämförande dataanalys ontologi	CDAO	Ontologi av begrepp och relationer relevanta för evolutionär jämförande analys, såsom fylogenetiska träd .	[29] [30]
Ontologi för förtroendeinformation	CIO	En ontologi för att beskriva konfidensinformation i sekvenskommentarer .	[31]
Bidragsroll Ontologi	CRO	En ontologi för de olika rollerna bakom en vetenskaplig forskningsartikel .	[32] [33]
Ctenophorontologi	CTENO	En anatomisk och utvecklingsmässig ontologi för ktenoforer (kamgeléer).	[34]
Dictyostelium discoideum anatomi	DDANAT	En strukturerad kontrollerad vokabulär av anatomin hos slemmögeln Dictyostelium discoideum .	[35]
Dictyostelium discoideum fenotypontologi	DDPHENO	En ontologi för fenotyper av slemmögeln Dictyostelium discoideum .	[36]
Drosophila utveckling	FBDV	En ontologi av utvecklingen av Drosophila melanogaster .	[37]
Drosophila grov anatomi	FBBT	Drosophila melanogasters . anatomi	[38]
Drosophila fenotypontologi	FBCV	En ontologi av vanliga Drosophila -fenotyper.	[39]
Läkemedelsinteraktion och Läkemedelsinteraktionsbevis Ontologi	DIDEO	Ontologi för bevis för läkemedel-läkemedelsinteraktion .	[40]
Evidens & slutsats Ontologi	ECO	En ontologi för typer av bevis som används för att stödja vetenskapliga påståenden .	[41]
eagle-i resursontologi	ERO	En ontologi av forskningsutrustning, protokoll och förbrukningsmaterial.	[42] [43]
Känsloontologi	MFOEM	En ontologi av känslor , stämningar och andra typer av känslor.	[44]
Miljöontologi	ENVO	Ontologi för miljöegenskaper och livsmiljöer .	[45]
Experimentell tillståndsontologi	XCO	En ontologi för de olika förhållanden under vilka experimentella mätningar görs.	[46]
Exponeringsontologi	EXO	Ontologi för att beskriva exponering för miljöfaktorer (som cigarettrök ) som kan påverka kliniska resultat.	[47]
Fission jäst fenotyp ontologi	FYPO	En ontologi av fenotyper av fissionsjäst.	[48] ​​[49]
Flora fenotyp ontologi	FLOPO	En ontologi för egenskaper och fenotyper hos blommande växter .	[50]
FlyBase kontrollerat ordförråd	FBCV	En ontologi för att stödja FlyBase -projektet.	[51]
Matontologi	FOODON	En ontologi för att representera enheter som spelar en matroll eller relaterade till livsmedel.	[52]
Grundläggande modell för anatomisk ontologi (undergrupp)	FMAO	Delmängd av den grundläggande modellen för anatomisk ontologi.	[53]
Svampanatomi ontologi	FAO	svamparnas anatomi .	[54]
Gazetteer	GAZ	En ontologi som fungerar som en gazetteer (geografisk ordbok).	[55]
Genontologi	GÅ	En ontologi för att beskriva funktionen hos gener och genprodukter.	[56] [57]
Genomisk epidemiologi Ontologi	GENEPIO	En ontologi för livsmedelsburna patogener och associerade utbrott.	[58]
Genotyp ontologi	GENO	En ontologi för genotyper och deras relaterade fenotyper och sjukdomar.	[59]
Geografisk enhetsontologi	GEO	En ontologi av geografiska enheter.	[60]
Glycan Naming Ontologi	GNOME	En ontologi för glykaner baserad på GlyTouCan.	[61]
Homologi Ontologi	HOM	En ontologi för begrepp relaterade till homologi .	[62]
Human Ancestry Ontologi	HANCESTRO	En ontologi av härkomstbegrepp som används i NHGRI-EBI-katalogen över publicerade genomomfattande associationsstudier .	[63]
Mänskliga utvecklingsstadier	HSAPDV	En ontologi av stadier av det mänskliga livet.	[64]
Ontologi för mänskliga sjukdomar	DO	En ontologi för att beskriva mänskliga sjukdomar.	[65]
Människans fenotypontologi	HPO	En ontologi för mänskliga fenotyper vid ärftliga och icke-ärftliga sjukdomar.	[66] [67]
HUPO-PSI tvärbindnings- och derivatiseringsreagenser kontrollerade ordförråd	PSI-MS	En ontologi för reagens som används för att tvärbinda molekyler i masspektrometriexperiment.	[68]
Hymenoptera Anatomy Ontologi	HAO	En ontologi av anatomin hos Hymenoptera (bin, getingar och myror).	[69]
Hypertoni ontologi	HTN	En ontologi för kliniska data om hypertoni .	[70]
Ontologi för infektionssjukdomar	JAG GÖR	En uppsättning ontologier relaterade till infektionssjukdomar .	[71]
Informationsartefaktontologi	IAO	En ontologi av informationsenheter.	[72]
Ontologi för informerat samtycke	ICO	En ontologi för begrepp relaterade till informerat samtycke , såsom formulär och policyer.	[73]
Integrativ och konjugativ elementontologi	ICEO	En ontologi av bakteriella integrativa och konjugativa element (ICEs).	[74]
Interaktionsnätverk ontologi	INO	En ontologi för gen-geninteraktioner.	[75]
Malaria ontologi	IDOMAL	En ontologi för begrepp relaterade till malaria .	[76]
Däggdjurs matande muskelontologi	MFMO	En ontologi för däggdjursmusklerna som spelar en roll i ätbeteendet .	[77]
Ontologi för däggdjursfenotyp	MP	Standardtermer för att kommentera fenotypdata från däggdjur.	[78]
Masspektrometri ontologi	MI	En ontologi för begrepp för att beskriva masspektrometri i proteomiksammanhang .	[79]
Mätmetod ontologi	MMO	En ontologi för metoder för kliniska och laboratoriemätningar.	[80]
Medaka utvecklingsstadier	OlatDv	En ontologi av livsstadier för medakafisken .	[81]
Ontologi för psykiska sjukdomar	MFOMD	En ontologi för psykiska sjukdomar .	[82]
Mentalt fungerande ontologi	MFO	En ontologi för begrepp relaterade till mental funktion.	[83] [84]
MHC-restriktionsontologi	MRO	En ontologi för Major Histocompatibility Complex (MHC) begränsning i experiment.	[85]
MIAPA ontologi	MIAPA	En ontologi för fylogenetiska data.	[86]
Mikrobiella tillstånd Ontologi	MCO	En ontologi för mikrobiella tillväxtförhållanden.	[87]
Minsta PDDI Information Ontologi	MPIO	En ontologi av minsta möjliga information för att beskriva läkemedel-läkemedelsinteraktioner .	[88]
Molekylära interaktioner kontrollerade ordförråd	MI	En ontologi för begrepp relaterade till studiet av protein-proteininteraktioner .	[89]
Mondo sjukdomsontologi	MONDO	En ontologi för integrering av information om sjukdom.	[90]
Mygga gross anatomi ontologi ( VectorBase )	TGMA	myggornas anatomi .	[91]
Mus vuxen grov anatomi ontologi	EMAPA	En ontologi för den vuxna anatomin hos musen (Mus).	[92]
Utvecklingsstadier för mus	MmusDv	En ontologi av stadier av musens (Mus) liv.	[93]
Musens grova anatomi och utveckling, tidsinställd	EMAP	Ontologi av anatomiska strukturer hos musen (Mus musculus).	[94]
Muspatologi ontologi	MPATH	En ontologi av muspatologiska fenotyper.	[95]
Namnreaktionsontologi	RXNO	En ontologi för organiska reaktioner i organisk syntes.	[96]
NCBI organismklassificering	NCBITaxon	En ontologisk representation av NCBI -organismtaxonomien.	[97]
Neurobeteendeontologi	NBO	En ontologi av beteendefenotyper hos djur.	[98]
NOMEN - En nomenklaturell ontologi för biologiska namn	INGA MÄN	En ontologi av nomenklaturreglerna för biologiska namn .	[99]
Icke-kodande RNA-ontologi	NCRO	En ontologi för icke-kodande RNA- funktion.	[100]
Ontologiserad MIABIS	OMIABIS	En ontologisk version av MIABIS (Minimum Information About BIObank data Sharing).	[101]
Ontologi för biobanking	OBIB	En ontologi för begrepp relaterade till biobanker .	[102]
Ontologi för biomedicinska undersökningar	OBI	En ontologi som beskriver biologiska processer, cellulära komponenter och molekylära funktioner i levande organismer.	[103]
Ontologi för allmänmedicinsk vetenskap	OGMS	En ontologi för allmänna aspekter av medicin, med fokus på cancer.	[104]
Ontologi för parasitens livscykel	OPL	En referensontologi för parasiters livscykelstadier.	[105]
Ontologi för biverkningar	OAE	En ontologi för biverkningar av läkemedelsregimer.	[106]
Ontologi för leddjurs cirkulationssystem	OARCS	En ontologi för leddjurs cirkulationssystem .	[107]
Ontologi för biologisk och klinisk statistik	OBCS	En ontologi för att beskriva statistiska verktyg och metoder som används i biomedicinsk undersökning.	[108]
Ontologi av biologiska attribut	OBA	En ontologi för biologiska egenskaper.	[109]
Ontologi för medicinskt relaterade sociala enheter	OMRSE	En ontologi för entiteter (roller och organisationer) relaterade till hälso- och sjukvård.	[110] [111]
Ontologi av mikrobiella fenotyper	OMP	En ontologi av fenotyper av mikroorganismer .	[112]
Ontologi av organisatoriska strukturer för traumacenter och traumasystem	OOSTT	traumacenters och traumasystems organisatoriska strukturer .	[113]
Ontologi för precisionsmedicin och utredning	OPMI	En ontologi för begrepp relaterade till precisionsmedicin .	[114]
Ontologi av prokaryota fenotypiska och metaboliska karaktärer	MIKRO	En ontologi av prokaryota fenotypiska och metaboliska karaktärer.	[115]
Ontologi för RNA-sekvensering	ORNASEQ	En ontologi för att kommentera RNA-sekvenseringsexperiment .	[116]
Ontologi av vaccinbiverkningar	OVAE	En ontologi för biverkningar av vacciner .	[117] [118]
Patogen Värdinteraktion Fenotypontologi	PHIPO	En ontologi av fenotyper som förekommer i patogen-värdinteraktioner.	[119]
Patogen Transmission Ontologi	TRANS	En ontologi för sjukdomsöverföringsprocesser .	[120]
Banas ontologi	PW	En ontologi för att kommentera genprodukter till vägar.	[121]
Prestandasammanfattning Visa ontologi	PSDO	En ontologi för begrepp relaterade till prestationsinformation för team och organisationer.	[122]
Fenotyp och dragontologi	FOBI	FOBI (Food-Biomarker Ontology) är en ontologi för att representera födointagsdata och associera dem med metabolomiska data.	[123]
Planaria ontologi	PLANA	En ontologi för planarias anatomi och utvecklingsstadier ( Schmidtea mediterranea) .	[124]
Planarisk fenotypontologi	PLANERA	En ontologi för fenotyper av planaria ( Schmidtea mediterranea) .	[125]
Plantexperimentella förhållanden Ontologi	PECO	En ontologi för begrepp relaterade till växtbiologiska experiment.	[126]
Plantontologi	PO	En ontologi- och databasresurs som länkar växtegenskaper till genomikdata.	[127]
Växtfenologi ontologi	PPO	En ontologi för att beskriva växternas cykliska fenomen .	[128]
Plantegenskapsontologi	TILL	En ontologi för fenotypiska egenskaper hos växter.	[129]
Platynereis utvecklingsstadier	PDUMDV	En ontologi för livsstadier av annelid Platynereis dumerilii .	[130]
Populations- och samhällsontologi	PCO	En ontologi för att beskriva grupper av interagerande organismer.	[131]
Porifera ontologi	PORO	En ontologi för svamparnas anatomi ( Porifera )	[132]
Proteinmodifiering	MOD	En ontologi för proteinkemiska modifieringar.	[133]
Proteinontologi	PROFFS	En ontologisk representation av proteinrelaterade enheter.	[134]
Råttstammens ontologi	RS	En ontologi för laboratorieråttstammar .	[135]
Relationsontologi	RO	En ontologi för relationer mellan termer i ontologierna.	[136]
Vetenskapliga bevis och härkomstinformation ontologi	SEPIO	En ontologi för uppkomsten av vetenskapliga påståenden och stödjande bevis.	[137]
Sekvenstyper och funktioner ontologi	SÅ	En ontologi för annotering av sekvenser.	[138]
Programvaruontologi	SWO	En ontologi för att beskriva mjukvaruapplikationer med fokus på bioinformatikverktyg .	[139]
Spindelontologi	SPD	En ontologi för anatomi och beteende hos spindlar såväl som produkter härledda från spindel .	[140]
Symptomontologi	SYMP	En ontologi av sjukdomssymptom .	[141]
Taxonomisk rangordförråd	TAXRANK	En ontologi av taxonomiska rangordnar i systematik.	[142]
Teleost taxonomi ontologi	TTO	teleostfiskens taxonomi .	[143]
Dataanvändningsontologin	DUO	Ontologi för villkor för dataanvändning.	[144]
Läkemedelsontologin	DRON	En ontologi för läkemedelsprodukter .	[145]
Ontologin av gener och genom	OGG	En ontologi av gener och genom från biologiska organismer.	[146]
Oral Health and Disease Ontology	OHD	En ontologi för innehållet i tandrelaterade hälsojournaler .	[147]
Prescription of Drugs Ontologi	PDRO	En ontologi för begrepp relaterade till förskrivning av läkemedel.	[148]
Den statistiska metodontologin	STATO	En ontologi för statistiska metoder, såsom tester och experimentella konstruktioner .	[149]
Markera Anatomy Ontology	TADS	En ontologi för anatomin hos fästingfamiljerna Ixodidae och Argasidae .	[150]
Uberon multi-arts anatomi ontologi	UBERON	En integrerande, artöverskridande ontologi för anatomiska termer.	[151]
Unified fenotype ontology (uPheno)	UPHENO	En ontologi för enhetliga fenotypiska beskrivningar.	[152]
Måttenheter ontologi	UO	En ontologi av metriska enheter, kopplad till PATO-ontologin.	[153]
Vaccination Informed Consent Ontologi	VICO	En ontologi av kliniskt informerade samtycken fokuserade på vaccinationsprocedurer.	[154]
Vaccinontologi	VO	En ontologi för begrepp relaterade till vacciner och vaccination .	[155]
Vertebrat Taxonomy Ontology	VTO	En ontologi för taxonomi av ryggradsdjur.	[156]
Ontologi för ryggradsdrag	VT	En ontologi för egenskaper som täcker ryggradsdjur	[157]
VEuPathDB ontologi	EUPATH	En ontologi för stöd av den eukaryota patogenen, värd- och vektorgenomikresursen.	[158]
Xenopus Anatomy Ontologi	XAO	Ontologi av anatomin hos den afrikanska klogrodan ( Xenopus laevis ).	[159]
Xenopus fenotyp ontologi	XPO	En ontologi för anatomiska, cellulära och genfunktionsfenotyper i afrikanska grodor ( Xenopus laevis) .	[160]
Zebrafiskens anatomi och utvecklingsontologi	ZFA	Ontologi för zebrafiskens anatomi och utveckling ( Danio rerio ) .	[161]
Zebrafisk utvecklingsstadier ontologi	ZFS	En ontologi för utvecklingsstadier för zebrafisken ( Danio rerio ) .	[162]
Zebrafisk experimentella förhållanden ontologi	ZECO	En ontologi för experimentella förhållanden som används i zebrafiskforskning och beskrivs i ZFIN .	[163]
Zebrafisk fenotyp ontologi	Z P	En ontologi för zebrafiskens fenotyper ( Danio rerio ) .	[164]