Databas för eukaryota patogener

Eukaryotic Pathgen Database , eller EuPathDB , är en databas med bioinformatisk och experimentell data relaterad till en mängd olika eukaryota patogener. Det etablerades 2006 under ett National Institutes of Health- program för att skapa bioinformatikresurscenter för att underlätta forskning om patogener som kan utgöra hot mot bioförsvar. ^{[ citat behövs ]} EuPathDB lagrar data relaterade till dess organismer av intresse och tillhandahåller verktyg för att söka igenom och analysera data. Den består för närvarande av 14 komponentdatabaser, var och en dedikerad till ett visst forskningsämne. EuPathDB inkluderar: ^{[ citat behövs ]}

Genomicsresurser som täcker eukaryota protozoparasiter
Värdsvar på parasitinfektion (HostDB)
Ortologer (OrthoMCL)
Klinisk studiedata (ClinEpiDB)
Mikrobiomdata (MicrobiomeDB)

Historia

EuPathDB etablerades under programmet NIH Bioinformatics Resource Centers som ApiDB, en resurs avsedd att täcka Apicomplexan parasiter. ApiDB bestod ursprungligen av komponentplatser CryptoDB (för Cryptosporidium ), PlasmoDB (för Plasmodium ) och ToxoDB (för Toxoplasma gondii ). När ApiDB växte till att fokusera på eukaryota patogener bortom Apicomplexans, ändrades namnet till EuPathDB för att stödja dess utökade räckvidd. EuPathDB var resultatet av samarbete mellan många olika parasitologer, inklusive David Roos, Jessica Kissinger och Dyann Wirth .

Funktioner

Det är en integrerad databas som täcker de eukaryota patogenerna i flera släkten. Det gör det möjligt att få tillgång till detaljerad genominformation associerad med dessa patogener. EuPathDB var tidigare känt som ApiDB och var de integrerade resurserna för apicomplexanerna som täckte databaserna med associerade patogener, ToxoDB, PiroplasmDB och CryptoDB.

För närvarande täcker EuPathDB 11 databaser, det senaste tillskottet är Piroplasma som stöder Babesia och Theileria . Detta BRC är ett av fem centra som finansieras för att ge stöd till forskningsorgan. EuPath stödjer utredningen av eukaryota patogener, och de andra fyra centra stöder utredningen av andra sjukdomspatogener. Den har utvecklat ett sofistikerat söksystem som ger ovärderlig hjälp till forskare.

Komponentdatabaser

EuPathDB består av 14 komponentdatabaser, var och en med ett särskilt fokus:

AmoebaDB (patogen amöba)
CryptoDB ( Cryptosporidium- arter)
FungiDB (patogena svampar)
GiardiaDB ( Giardia -arter)
MicrosporidiaDB (Microsporidia-arter)
PiroplasmaDB (patogen Piroplasmida )
PlasmoDB ( Plasmodium- arter)
ToxoDB ( Toxoplasma gondii )
TrichDB ( Trichomonas- arter)
TriTrypDB (Kinetoplastida såsom Leishmania och Trypanosoma arter)
HostDB (värdens svar på parasitinfektion)
OrthoMCL (för ortologa proteinsekvenser)
ClinEpiDB (för kliniska studiedata)
MicrobiomeDB (för mikrobiomdata)