Enkelsträngat bindande protein
| SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Kristallstruktur av PriB- ett primosomalt DNA-replikationsprotein av Escherichia coli-
| |||||||||
| identifierare | |||||||||
| Symbol | SSB | ||||||||
| Pfam | PF00436 | ||||||||
| Pfam klan | CL0021 | ||||||||
| InterPro | IPR000424 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1kaw / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
| |||||||||
Enkelsträngade bindande proteiner ( SSB ) är en klass av proteiner som har identifierats i både virus och organismer från bakterier till människor.
Viral SSB
| Viral_DNA_bp | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Enkelsträngat DNA-bindande protein (icp8) från herpes simplex virus-1
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | Viral_DNA_bp | ||||||||
| Pfam | PF00747 | ||||||||
| InterPro | IPR000635 | ||||||||
| |||||||||
Även om den övergripande bilden av humant cytomegalovirus (HHV-5) DNA-syntes förefaller vara typisk för herpesvirus, dyker några nya egenskaper fram.
Strukturera
I ICP8, herpes simplex-viruset (HSV-1) enkelsträngat DNA-bindande protein (ssDNA-bindande protein (SSB)), består huvudet av de åtta alfaspiralerna . Framsidan av halsregionen består av ett femsträngat beta-ark och två alfa-helixar, medan baksidan är ett tresträngat beta-sheet. Skulderdelen av den N-terminala domänen innehåller en alfa-helix och beta- arkregion. Herpes simplex-viruset (HSV-1) SSB, ICP8, är ett nukleärt protein som tillsammans med andra replikationsproteiner krävs för viral DNA-replikation under lytisk infektion.
Mekanism
Sex herpesvirus-grupp-gemensamma gener kodar för proteiner som sannolikt utgör replikationsgaffelmaskineriet , inklusive ett DNA-polymeras med två subenheter, ett Helicase-primaskomplex och ett enkelsträngat DNA-bindande protein. Det humana herpesvirus 1 (HHV-1 ) enkelsträngade DNA-bindande proteinet ICP8 är ett 128 kDa zinkmetalloprotein . Fotoaffinitetsmärkning har visat att regionen som omfattar aminosyraresterna 368-902 innehåller det enkelsträngade DNA-bindningsstället för ICP8. HHHV-1 UL5-, UL8- och UL52- generna kodar för ett essentiellt heterotrimert DNA-helikas-primas som är ansvarigt för åtföljande DNA-avveckling och primersyntes vid den virala DNA-replikationsgaffeln. ICP8 kan stimulera DNA-avveckling och möjliggöra bypass av cisplatinskadat DNA genom att rekrytera helikas-primaset till DNA:t.
Bakteriell SSB
SSB-proteindomäner i bakterier är viktiga för att upprätthålla DNA-metabolism, mer specifikt DNA-replikation , reparation och rekombination. Den har en struktur av tre beta-strängar till ett enda sexsträngat beta-ark för att bilda en dimer .
Eukaryot replikationsprotein A
| Replikationsprotein A | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (heterotrimer) | |||||||||||||
 Detta är en bild av mänskligt replikationsprotein A. Från <a i=3>Proteopedia Proteopedia protein A Replikationsprotein A
| |||||||||||||
| Fungera | skadad DNA-bindning, enkelsträngad DNA-bindning | ||||||||||||
| |||||||||||||
Replikationsprotein A är den funktionella motsvarigheten till SSB i kärnan av eukaryota celler, även om det inte finns någon sekvenshomologi.
Eukaryot mitokondriell SSB
Mitokondrierna i eukaryota celler innehåller sitt eget enkelsträngade DNA-bindande protein. Human mitokondriell SSB (mtSSB) binder till enkelsträngat mitokondriellt DNA som en tetramer och har sekvenslikhet med bakteriell SSB. Humant mtSSB kodas av SSBP1 -genen. I jäst kodas den av RIM1-genen.
Roll i genomreparation och anti-aging
Nyligen har det visat sig att det 1. Hjälper till att skydda genomet, 2. är avgörande för stamceller och 3. är involverat i att bibehålla telomerlängden.
Se även
externa länkar
- Enkelsträngade+DNA+bindande+proteiner vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
- SSB i PFAM