Jämförelse av nukleinsyrasimuleringsprogramvara

Detta är en lista över anmärkningsvärda datorprogram som används för nukleinsyror simuleringar.

namn	Visa 3D	Modellbyggd	Min	MD	MC	REM	Crt	Int	Exp	Imp	Lig	GPU	Kommentarer	Licens	Hemsida
Havsöra	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	DNA , proteiner , ligander	Fri	Agil molekyl
BÄRNSTEN	Nej	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Ja	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	AMBER kraftfält	Proprietär	ambermd.org
Ascalaph Designer	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Ja	Ja	Nej	BÄRNSTEN	Gratis, GPL	biomolecular-modeling.com
CHARMM	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Ja	Ja	Nej	CHARMM kraftfält	Proprietär	charmm.org
CP2K	Nej	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Ja		Gratis, GPL	cp2k.org
Forecaster (monterad)	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Liten molekyl dockning till nukleinsyror med vattenplacering	Gratis för akademin, proprietärt	Molekylär prognosmakare
ICM	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Global optimering	Proprietär	Molsoft
JUMNA	Nej	Ja	Ja	Nej	Nej	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej		Proprietär
MDynaMix	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Vanlig MD	Gratis, GPL	Stockholms universitet
Molecular Operating Environment (MOE)	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej		Proprietär	Chemical Computing Group
Nukleinsyrabyggare (NAB)	Nej	Ja	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Nej	Genererar modeller för ovanligt DNA, RNA	Gratis, GPL	New Jersey University
NAnoscale Molecular Dynamics ( NAMD )	Ja	Nej	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Ja	Snabb, parallell MD, CUDA	Fri	University of Illinois
oxDNA	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Grovkorniga modeller av DNA, RNA	Gratis, GPL	dna.physics.ox.ac.uk LAMPOR CG-DNA
QRNAS	Nej	Nej	Ja	Nej	Nej	Nej	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Nej	Högupplöst förfining av modeller av RNA , DNA och hybrider med hjälp av AMBER kraftfält .	Gratis, GPL	Genesilico Github
SimRNA	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Grovkornig modellering av RNA	Gratis för akademisk, proprietär	Genesilico
SimRNAweb	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Ja	Nej	Nej	Grovkornig modellering av RNA	Fri	Genesilico
YASARA	Ja	Ja	Ja	Ja	Nej	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Ja	Nej	Interaktiva simuleringar	Proprietär	www.YASARA.org

Se även