dnaQ

DNA pol III epsilon
underenhetsidentifierare
Organism	Escherichia coli (str. K-12 substr. MG1655)
Symbol	dnaQ
Entrez	946441
RefSeq (Prot)	NP_414751.1
UniProt	P03007
Övriga uppgifter
EG-nummer	2.7.7.7
Kromosom	genom: 0,24 - 0,24 Mb
Söka efter Strukturer Schweizisk modell Domäner InterPro

dnaQ är genen som kodar för ε-subenheten av DNA-polymeras III i Escherichia coli . ε-subenheten är ett av tre kärnproteiner i DNA-polymeraskomplexet. Det fungerar som ett 3'→5' DNA-riktat korrekturläsande exonukleas som tar bort felaktigt inkorporerade baser under replikering. dnaQ kan också kallas mutD .

Biologisk roll

Missense-mutationer i dnaQ -genen leder till induktion av SOS DNA-reparationsmekanismen . Att mutera den essentiella aminosyran i det katalytiska centret av ε-subenheten leder till fullständig funktionsförlust.

Överuttryck av ε-subenheten minskar förekomsten av mutationer vid exponering för UV, vilket bevisar att epsilon-subenheten har en väsentlig funktion i DNA-redigering och förhindrar initiering av SOS DNA-reparation.

ε-subenheten har också visat sig ha viss inverkan på tillväxthastigheten för E. coli. Tystnad av dnaQ -genen är korrelerad till signifikant minskad tillväxt.

Interaktioner

ε-subenheten stabiliseras av θ-subenheten inom det fullständiga polymeraskomplexet.

Genen kodar för två funktionella domäner: N-terminalen av genprodukten binder θ-subenheten och utför exonukleasfunktionen och C-terminalen binder a-subenheten som är ansvarig för polymerasaktivitet.

En Q-linker-peptid med 22 rester har identifierats som länkar α-subenheten till ε-subenheten, vilket ger flexibilitet som skiljer α:ε-komplexet från andra mer begränsade flerdomänkorrekturläsande polymeraser.

Det finns interaktion mellan missense-suppressorn glycin tRNA som kodas av mutA- genen som är korrelerad till signifikant ökad mutationshastighet i celler som uttrycker genen. Det oladdade MutA-tRNA:t har komplementaritet till en region i 5'-änden av dnaQ -mRNA:t. Detta gör att det kan agera som ett antisens-mRNA som styr nedbrytningen av dnaQ-transkriptet och därmed en lägre förekomst av subenheten och ökad mutationsfrekvens. På senare tid föreslogs det att tRNA styr ersättning av essentiella glutamatrester med glycin, vilket leder till avvikande ε-subenheter och resulterar i en ökning av mutationer. Studier med T4-bakteriofag och E. coli med defekta dnaQ- gener ger bevis för att mutA-tRNA kanske inte har någon effekt på transkriptionen av dnaQ -genen men kan påverka translationen av genprodukten.

Relaterade sekvenser

Sekvenser har hittats i andra organismer som kodar genprodukter med en liknande funktion som dnaQ :

I Mycobaterium tuberculosis kodar genen dnaE1 för en polymeras och histidinol-fosfatas (PHP) domän som utför 3'→5' exonukleas och korrekturläsningsfunktion.

TREX1 , det huvudsakliga 3'→5'-exonukleaset hos människor, kallades initialt DNas III eftersom det visade sekvenshomologi med dnaQ i E. coli och med eukaryotiskt DNA-polymeras epsilon och för att ha biokemiska egenskaper som associerar med förmågan till DNA-korrekturläsning. Det är ansvarigt för att metabolisera både enkelsträngat DNA (ssDNA) och dubbelsträngat DNA (dsDNA) med felmatchade 3'-ändar och styrs av endogena retroelement .

externa länkar

• dnaQ+protein,+E+coli vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)