Retroviralt matrisprotein
Retrovirala matrisproteiner är komponenter i höljesassocierade kapsider av retrovirus . Dessa proteiner kantar den inre ytan av virala höljen och är associerade med virala membran.
Matrisproteiner produceras som N-terminala domäner av Gag - prekursorpolyproteiner . Gag -polyproteinet styr sammansättningen och frisättningen av viruspartiklar från infekterade celler. Gag-polyproteinet har tre domäner som krävs för aktivitet: en N-terminal membranbindande (M) domän (som motsvarar matrisproteinet) som leder Gag till plasmamembranet, en interaktionsdomän (I) involverad i Gag-aggregation, och en sen montering (L) domän som förmedlar spirandeprocessen . Under viral mognad spjälkas Gag-polyproteinet av det retrovirala proteaset till flera motsvarande strukturella proteiner, vilket ger matris (MA), kapsid (CA) och nukleokapsid (NC) proteiner, och några mindre peptider . Gag-härledda proteiner styr hela sammansättningen och frisättningen av viruspartiklarna, med matrisproteiner som spelar nyckelroller i Gag-stabilitet, kapsidmontering, transport och knoppning.
Familjer av retrovirala matrisproteiner
| Gag_MA | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktur av moloney murine leukemi virus matrix protein
| |||||||||
| Identifiers | |||||||||
| Symbol | Gag_MA | ||||||||
| Pfam | PF01140 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR000840 | ||||||||
| SCOP2 | 1mn8 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamilj | 42 | ||||||||
| OPM-protein | 1mn8 | ||||||||
| |||||||||
Även om matrisproteiner från olika virus verkar ha liknande funktioner och kan ha liknande strukturella veck, kan deras primära sekvenser vara mycket olika. Typiska matrisproteiner från retrovirus bildar en alfaspiralformad buntstruktur .
En familj av dessa proteiner representerar matrisproteiner från gammaretrovirus , såsom Moloney murint leukemivirus (MoMLV), felint leukemivirus (FLV) och felint sarkomvirus (FESV). Denna familj inkluderar även matrisproteiner från flera eukaryota endogena retrovirus , som uppstår när en eller flera kopior av det retrovirala genomet integreras i värdgenomet.
| Retro_M | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 m-domän från gag polyprotein av rous sarkomvirus, nmr, 20 strukturer
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | Retro_M | ||||||||
| Pfam | PF02813 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR004028 | ||||||||
| SCOP2 | 1a6s / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamilj | 42 | ||||||||
| OPM-protein | 1a6s | ||||||||
| |||||||||
En annan familj representerar M-domänen av Gag-polyproteinet som finns i fågelretrovirus. Det inkluderar Gag-polyproteiner från flera endogena fågelretrovirus.
| Gag_p10 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 lösningsstruktur för m-pmv vildtypsmatrisproteinet (p10)
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | Gag_p10 | ||||||||
| Pfam | PF02337 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR003322 | ||||||||
| OPM superfamilj | 44 | ||||||||
| OPM-protein | 2 lpy | ||||||||
| |||||||||
Matrisproteiner är också komponenter i beta-retrovirus såsom Mason-Pfizer apvirus (MPMV) och musbrösttumörvirus (MMTV). Denna post identifierar också matrisproteiner från flera eukaryota endogena retrovirus.
| Gag_p15 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 kristallstruktur hos hästinfektiös anemivirusmatrisantigen (eiav ma)
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | Gag_p15 | ||||||||
| Pfam | PF08723 | ||||||||
| InterPro | IPR014834 | ||||||||
| SCOP2 | 1hek / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamilj | 44 | ||||||||
| OPM-protein | 1 hekto | ||||||||
| |||||||||