Retroviralt aspartylproteas
| Retroviralt aspartylproteas | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 HIV-1-proteasdimer i vitt och grått, med peptidsubstrat i svart och aspartat -sidokedjor i rött. ()
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | RVP | ||||||||
| Pfam | PF00077 | ||||||||
| InterPro | IPR001995 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00128 | ||||||||
| MEROPS | A2 | ||||||||
| SCOP2 | 1ida / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamilj | 100 | ||||||||
| OPM-protein | 2q63 | ||||||||
| Membran | 532 | ||||||||
| |||||||||
Retrovirala aspartylproteaser eller -retropepsiner är endomän aspartylproteaser från retrovirus , retrotransposoner och badnavirus (växt- dsDNA- virus). Dessa proteaser är i allmänhet en del av ett större pol- eller gag -polyprotein . Retrovirala proteaser är homologa med en enda domän av de eukaryota aspartylproteaserna med två domäner , såsom pepsiner , katepsiner och reniner ( Pfam PF00026 ; MEROPS A1). Retropepsins är medlemmar av MEROPS A2, klan AA. Alla kända medlemmar är endopeptidaser .
Enzymet är endast aktivt som en homodimer , eftersom var och en motsvarar hälften av det eukaryota tvålobsenzymet. De två delarna bidrar vardera med en katalytisk aspartylrest.
Retroviralt aspartylproteas syntetiseras som en del av pol-polyproteinet som innehåller ett aspartylproteas , ett omvänt transkriptas , RNase H och integras . pol-polyprotein genomgår specifik enzymatisk klyvning för att ge de mogna proteinerna.
Inte alla retrovirala aspartylproteaser som genereras från pol är retropepsiner i strikt mening. Spumapepsin från skummande virus är tillräckligt divergent för att få sin egen familj, MEROPS A9. Många andra exempel finns i klanen AA.
