PSMC4

PSMC4
Tillgängliga strukturer PDB Ortologisk sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, MIP224, RPT3, S6, TBP-7, TBP7, proteasom 26S subenhet, ATPase 4
Externa IDs
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

26S proteasregulatorisk subenhet 6B , även känd som 26S proteasom AAA-ATPas subenhet Rpt3, är ett enzym som hos människor kodas av PSMC4 - genen . Detta protein är en av de 19 väsentliga subenheterna i ett komplett sammansatt 19S proteasomkomplex Sex 26S proteasom AAA-ATPas subenheter ( Rpt1 , Rpt2 , Rpt3 (detta protein), Rpt4 , Rpt5 och Rpt6 ) tillsammans med fyra icke-ATPase subenheter ( Rpn1 ) Rpn2 , Rpn10 och Rpn13 ) bildar bassubkomplexet av 19S regulatorisk partikel för proteasomkomplex .

Gen

Genen PSMC4 kodar för en av ATPase-subenheterna, en medlem av trippel-A-familjen av ATPaser som har en chaperonliknande aktivitet. Denna subenhet har visat sig interagera med en föräldralös medlem av den nukleära hormonreceptorsuperfamiljen som är starkt uttryckt i levern, och med gankyrin, ett leveronkoprotein. Två transkriptvarianter som kodar för olika isoformer har identifierats. Den humana PSMC3 -genen har 11 exoner och lokaliseras i kromosombandet 19q13.11-q13.13.

Protein

Den humana proteinet 26S proteasregulatoriska subenheten 6B är 47 kDa stor och består av 418 aminosyror. Det beräknade teoretiska pl för detta protein är 5,09.

Komplex montering

26S proteasomkomplex består vanligtvis av en 20S kärnpartikel (CP eller 20S proteasom) och en eller två 19S regulatoriska partiklar (RP, eller 19S proteasom) på endera sidan eller båda sidor av den tunnformade 20S. CP och RP avser distinkta strukturella egenskaper och biologiska funktioner. I korthet presenterar 20S subkomplex tre typer av proteolytiska aktiviteter, inklusive kaspasliknande, trypsinliknande och kymotrypsinliknande aktiviteter. Dessa proteolytiska aktiva ställen belägna på insidan av en kammare bildad av 4 staplade ringar av 20S subenheter, förhindrar slumpmässigt möte mellan proteiner och enzymer och okontrollerad proteinnedbrytning. 19S regulatoriska partiklar kan känna igen ubiquitin-märkt protein som nedbrytningssubstrat, veckla ut proteinet till linjärt, öppna porten för 20S kärnpartikel och styra substaten in i den proteolytiska kammaren. För att möta sådan funktionell komplexitet innehåller 19S regulatorisk partikel minst 18 konstitutiva subenheter. Dessa subenheter kan kategoriseras i två klasser baserat på ATP-beroendet av subenheter, ATP-beroende subenheter och ATP-oberoende subenheter. Enligt proteininteraktionen och topologiska egenskaperna hos detta multisubunit-komplex, är den regulatoriska 19S-partikeln sammansatt av en bas och ett locksubkomplex. Basen består av en ring av sex AAA ATPaser (underenhet Rpt1-6, systematisk nomenklatur) och fyra icke-ATPas subenheter ( Rpnl , Rpn2 , Rpn10 och Rpn13). Således är 26S proteasregulatorisk subenhet 4 (Rpt2) en väsentlig komponent för att bilda bassubkomplexet av 19S regulatorisk partikel. För sammansättningen av 19S bassubkomplex identifierades fyra uppsättningar av pivotala monteringsförband (Hsm3/S5b, Nas2/P27, Nas6/P28 och Rpn14/PAAF1, nomenklatur i jäst/däggdjur) av fyra grupper oberoende. Dessa 19S regulatoriska partikelbasdedikerade chaperoner binder alla till individuella ATPas-subenheter genom de C-terminala regionerna. Till exempel binder Hsm3/S5b till underenheten Rpt1 och Rpt2 (detta protein), Nas2/p27 till Rpt5 , Nas6/p28 till Rpt3 (detta protein) respektive Rpn14/PAAAF1 till Rpt6 . Därefter bildas tre mellanliggande monteringsmoduler enligt följande, Nas6/p28-Rpt3-Rpt6-Rpn14/PAAF1-modulen, Nas2/p27-Rpt4-Rpt5-modulen och Hsm3/S5b-Rpt1-Rpt2-Rpn2-modulen. Så småningom sätts dessa tre moduler samman för att bilda den heterohexameriska ringen av 6 atlaser med Rpn1. Det sista tillägget av Rpn13 indikerar slutförandet av 19S bas subkomplex montering. Dessutom indikerade bevis att C-terminalen av Rpt3 krävdes för cellulär sammansättning av denna subenhet till 26S-proteasom.

Fungera

Som nedbrytningsmaskineriet som är ansvarigt för ~70% av intracellulär proteolys, spelar proteasomkomplex (26S-proteasom) en avgörande roll för att upprätthålla homeostasen av cellulärt proteom. Följaktligen måste felveckade proteiner och skadat protein kontinuerligt avlägsnas för att återvinna aminosyror för ny syntes; parallellt uppfyller vissa regulatoriska nyckelproteiner sina biologiska funktioner via selektiv nedbrytning; dessutom spjälkas proteiner till peptider för MHC klass I-antigenpresentation. För att möta sådana komplicerade krav i biologisk process via rumslig och tidsmässig proteolys måste proteinsubstrat kännas igen, rekryteras och så småningom hydrolyseras på ett väl kontrollerat sätt. Således har 19S regulatoriska partiklar en serie viktiga förmågor för att hantera dessa funktionella utmaningar. För att känna igen protein som betecknat substrat har 19S-komplexet subenheter som är kapabla att känna igen proteiner med en speciell nedbrytande tagg, ubiquitinylering. Den har också subenheter som kan binda till nukleotider (t.ex. ATP) för att underlätta associeringen mellan 19S- och 20S-partiklar, samt för att orsaka bekräftelseförändringar av alfa-subenhets C-terminaler som bildar substatsingången till 20S-komplexet.

ATPas-subenheterna sätts samman till en sexledad ring med en sekvens av Rpt1–Rpt5–Rpt4–Rpt3–Rpt6–Rpt2, som interagerar med den sjuledade alfaringen av 20S kärnpartikel och etablerar ett asymmetriskt gränssnitt mellan 19S RP och 20S CP. Tre C-terminala svansar med HbYX-motiv av distinkta Rpt ATPaser infogas i fickor mellan två definierade alfa-subenheter av CP och reglerar portöppningen av de centrala kanalerna i CP-alfaringen. Bevis visade att ATPase-subenhet Rpt5, tillsammans med andra ubuiqintinerade 19S-proteasomsubenheter ( Rpn13 , Rpn10 ) och det deubiquitinerande enzymet Uch37, kan ubiquitineras in situ av proteasomassocierade ubiquitineringsenzymer. Ubiquitination av proteasomsubenheter kan reglera proteasomal aktivitet som svar på förändringen av cellulära ubiquitinationsnivåer.

Interaktioner

PSMC4 har visat sig interagera med:

• PSMC2 ,
• PSMC5 ,
• PSMD10 och
• PSMD13 .

Vidare läsning

•    Goff SP (2003). "Död genom deaminering: ett nytt värdrestriktionssystem för HIV-1" . Cell . 114 (3): 281–3. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00602-0 . PMID 12914693 . S2CID 16340355 .
•   Nelbock P, Dillon PJ, Perkins A, Rosen CA (1990). "Ett cDNA för ett protein som interagerar med det mänskliga immunbristviruset Tat-transaktivatorn". Vetenskap . 248 (4963): 1650–3. Bibcode : 1990Sci...248.1650N . doi : 10.1126/science.2194290 . PMID 2194290 .
•   Dubiel W, Ferrell K, Rechsteiner M (1994). "Tat-bindande protein 7 är en subenhet av 26S-proteaset". Biol. Chem. Hoppe-Seyler . 375 (4): 237–40. doi : 10.1515/bchm3.1994.375.4.237 . PMID 8060531 .
•   Matoba R, Okubo K, Hori N, Fukushima A, Matsubara K (1994). "Tillägget av 5'-kodande information till ett 3'-riktat cDNA-bibliotek förbättrar analysen av genuttryck". Gene . 146 (2): 199–207. doi : 10.1016/0378-1119(94)90293-3 . PMID 8076819 .
•   Shaw DR, Ennis HL (1993). "Molekylär kloning och utvecklingsreglering av Dictyostelium discoideum homologer av humant och jäst HIV1 Tat-bindande protein". Biochem. Biophys. Res. Commun . 193 (3): 1291–6. doi : 10.1006/bbrc.1993.1765 . PMID 8323548 .
•    Ohana B, Moore PA, Ruben SM, Southgate CD, Green MR, Rosen CA (1993). "Tat-bindande protein för humant immunbristvirus av typ 1 är en transkriptionell aktivator som tillhör en ytterligare familj av evolutionärt konserverade gener. " Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 90 (1): 138–42. Bibcode : 1993PNAS...90..138O . doi : 10.1073/pnas.90.1.138 . PMC 45615 . PMID 8419915 .
•    Dubiel W, Ferrell K, Rechsteiner M (1993). "Peptidsekvensering identifierar MSS1, en modulator av HIV Tat-medierad transaktivering, som subenhet 7 av 26 S-proteaset" . FEBS Lett . 323 (3): 276–8. doi : 10.1016/0014-5793(93)81356-5 . PMID 8500623 . S2CID 26726988 .
•   Seeger M, Ferrell K, Frank R, Dubiel W (1997). "HIV-1 tat hämmar 20S-proteasomen och dess 11S-regulatormedierade aktivering" . J. Biol. Chem . 272 (13): 8145–8. doi : 10.1074/jbc.272.13.8145 . PMID 9079628 .
•   Nakamura T, Tanaka T, Takagi H, Sato M (1998). "Klonning och heterogent uttryck in vivo av Tat-bindande protein-1 (TBP-1) i musen". Biochim. Biophys. Acta . 1399 (1): 93–100. doi : 10.1016/s0167-4781(98)00105-5 . PMID 9714759 .
•    Madani N, Kabat D (1998). "En endogen hämmare av humant immunbristvirus i humana lymfocyter övervinns av det virala Vif-proteinet" . J. Virol . 72 (12): 10251–5. doi : 10.1128/JVI.72.12.10251-10255.1998 . PMC 110608 . PMID 9811770 .
•    Simon JH, Gaddis NC, Fouchier RA, Malim MH (1998). "Bevis för en nyupptäckt cellulär anti-HIV-1-fenotyp". Nat. Med . 4 (12): 1397–400. doi : 10.1038/3987 . PMID 9846577 . S2CID 25235070 .
•   Mulder LC, Muesing MA (2000). "Nedbrytning av HIV-1-integras genom N-end-regelvägen" . J. Biol. Chem . 275 (38): 29749–53. doi : 10.1074/jbc.M004670200 . PMID 10893419 .
•    Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (2001). "Klonning och funktionell analys av cDNA med öppna läsramar för 300 tidigare odefinierade gener uttryckta i CD34+ hematopoetiska stam-/föräldrarceller" . Genome Res . 10 (10): 1546–60. doi : 10.1101/gr.140200 . PMC 310934 . PMID 11042152 .
•   Hartmann-Petersen R, Tanaka K, Hendil KB (2001). "Kvaternär struktur av ATPase-komplexet av humana 26S-proteasomer bestämt genom kemisk tvärbindning". Båge. Biochem. Biofys . 386 (1): 89–94. doi : 10.1006/abbi.2000.2178 . PMID 11361004 .
•   Ishizuka T, Satoh T, Monden T, Shibusawa N, Hashida T, Yamada M, Mori M (2001). "Humant immunbristvirus typ 1 Tat-bindande protein-1 är en transkriptionell koaktivator specifik för TR" . Mol. Endokrinol . 15 (8): 1329–43. doi : 10.1210/mend.15.8.0680 . PMID 11463857 .
•   Dawson S, Apcher S, Mee M, Higashitsuji H, Baker R, Uhle S, Dubiel W, Fujita J, Mayer RJ (2002). "Gankyrin är ett ankyrin-repeterande onkoprotein som interagerar med CDK4-kinas och S6-ATPas från 26S-proteasomen" . J. Biol. Chem . 277 (13): 10893–902. doi : 10.1074/jbc.M107313200 . PMID 11779854 .
•    Sheehy AM, Gaddis NC, Choi JD, Malim MH (2002). "Isolering av en mänsklig gen som hämmar HIV-1-infektion och undertrycks av det virala Vif-proteinet". Naturen . 418 (6898): 646–50. Bibcode : 2002Natur.418..646S . doi : 10.1038/nature00939 . PMID 12167863 . S2CID 4403228 .
•   Huang X, Seifert U, Salzmann U, Henklein P, Preissner R, Henke W, Sijts AJ, Kloetzel PM, Dubiel W (2002). "RTP-platsen som delas av HIV-1 Tat-proteinet och 11S-regulatorsubenheten alfa är avgörande för deras effekter på proteasomfunktionen inklusive antigenbearbetning". J. Mol. Biol . 323 (4): 771–82. doi : 10.1016/S0022-2836(02)00998-1 . PMID 12419264 .