Lista över programvara för förutsägelse av proteinstruktur

Ingående aminosyror kan analyseras för att förutsäga sekundär, tertiär och kvartär proteinstruktur.

Den här listan med programvara för förutsägelse av proteinstruktur sammanfattar anmärkningsvärda använda mjukvaruverktyg för förutsägelse av proteinstruktur , inklusive homologimodellering , proteintrådning , ab initio -metoder, förutsägelse av sekundär struktur och förutsägelse av transmembranhelix och signalpeptid.

Programvara lista

Nedan finns en lista som separerar program enligt metoden som används för strukturprediktion.

Homologimodellering

namn	Metod	Beskrivning
IntFOLD	Ett enhetligt gränssnitt för: tertiär strukturprediktion/3D-modellering, 3D-modellkvalitetsbedömning, förutsägelse av inneboende störningar, domänprediktion, förutsägelse av protein-ligandbindande rester	Automatiserad webbserver och några nedladdningsbara program
RaptorX	fjärrhomologidetektion, protein 3D-modellering, förutsägelse av bindningsställe	Automatiserad webbserver och nedladdningsbart program
Biskit	lindar in externa program i ett automatiserat arbetsflöde	BLAST -sökning, T-Coffee- justering och MODELLER -konstruktion
ESyPred3D	Malldetektering, justering, 3D-modellering	Automatiserad webbserver
FoldX	Energiberäkningar och proteindesign	Nedladdningsbart program
Phyre och Phyre2	Fjärravkänning av mallar, justering, 3D-modellering, multimallar, ab initio	Webbserver med jobbhanterare, automatiskt uppdaterat vikbibliotek, genomsökning och andra faciliteter
HHpred	Malldetektering, justering, 3D-modellering	Interaktiv webbserver med hjälpfunktion
MODELLER	Tillfredsställelse av rumsliga begränsningar	Fristående program främst i Fortran och Python
KONFOLD	Tillfredsställelse av kontakt och avståndsbegränsningar	Fristående program främst i Fortran och Perl
MOE (Molecular Operating Environment)	Mallidentifiering, användning av flera mallar och redovisning av andra miljöer (t.ex. uteslutna ligandvolymer), loopmodellering, rotamerbibliotek för sidokedjekonformationer, relaxation med MM-kraftfält.	Proprietär plattform, stöds på Windows, Linux och Mac
ROBETTA	Rosetta-homologimodellering och ab initio-fragmentsammansättning med Ginzu-domänprediktion	Webbserver
BHAGEERATH-H	Kombination av ab initio-vikning och homologimetoder	Protein tertiär struktur förutsägelser
SCHWEIZISK MODELL	Lokal likhet/fragmentmontering	Automatiserad webbserver (baserad på ProModII)
Yasara	Detektering av mallar, uppriktning, modellering inkl. ligander och oligomerer, hybridisering av modellfragment	Grafiskt gränssnitt eller textläge (kluster)
AWSEM-svit	Molekylär dynamiksimulering baserad på mallstyrda, co-evolutionärt förbättrade optimerade viklandskap	Automatiserad webbserver

Tråd-/veckigenkänning

namn	Metod	Beskrivning
IntFOLD	Ett enhetligt gränssnitt för: tertiär strukturprediktion/3D-modellering, 3D-modellkvalitetsbedömning, förutsägelse av inneboende störningar, domänprediktion, förutsägelse av protein-ligandbindande rester	Automatiserad webbserver och några nedladdningsbara program
RaptorX	Fjärravkänning av mallar, trådning av en mall och flera mallar, helt annorlunda än och mycket bättre än det gamla programmet RAPTOR designat av samma grupp	Webbserver med jobbhanterare, automatiskt uppdaterat vikbibliotek
HHpred	Malldetektering, justering, 3D-modellering	Interaktiv webbserver med hjälpfunktion
Phyre och Phyre2	Fjärravkänning av mallar, justering, 3D-modellering, multimallar, ab initio	Webbserver med jobbhanterare, automatiskt uppdaterat vikbibliotek, genomsökning och andra faciliteter
I-TASSER	Återmontering av gängfragmentstruktur	Onlineserver för proteinmodellering

Ab initio strukturförutsägelse

namn	Metod	Beskrivning
trRosetta	trRosetta är en algoritm för snabb och exakt förutsägelse av de novo-proteinstruktur. Den bygger proteinstrukturen baserat på direkta energiminimering med en återhållen Rosetta. Begränsningarna inkluderar avstånds- och orienteringsfördelningar mellan resterna, förutspådda av ett djupt kvarvarande neuralt nätverk.	Webbserver och källkoder. Det tar ungefär en timme att vika proteiner med ~300 AA
ROBETTA	Rosetta-homologimodellering och ab initio-fragmentsammansättning med Ginzu-domänprediktion	Webbserver
Rosetta@home	Distribuerad datorimplementering av Rosetta-algoritmen	Nedladdningsbart program
Havsöra	Molecular Dynamics vikning	Program
C-QUARK	C-QUARK är en metod för ab initio proteinstruktur förutsägelse. Baserat på djupinlärningsbaserade kontaktkartförutsägelser i fragmentsammansättningssimuleringarna.	Webbserver

Förutsägelse av sekundär struktur

Detaljerad lista över program finns på Lista över program för förutsägelse av sekundär struktur för protein

Se även

Extern länk

bio.tools , hitta fler verktyg