MDynaMix
 DNA-simulering på MDynaMix
| |
| Originalförfattare | Aatto Laaksonen, Alexander Lyubartsev |
|---|---|
| Utvecklare | Stockholms universitet , Institutionen för material- och miljökemi, Avdelningen för fysikalisk kemi |
| Initial release | 1993 |
| Stabil frisättning | 5.3.0 / 15 januari 2019
|
| Skrivet i | Fortran 77-90 |
| Operativ system | Unix , Unix-liknande , Linux , Windows |
| Plattform | x86 , x86-64 , Cray |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Molekylär dynamik |
| Licens | GPL |
| Hemsida | |
Molecular Dynamics of Mixtures ( MDynaMix ) är ett mjukvarupaket för allmän molekylär dynamik för att simulera blandningar av molekyler, som interagerar med AMBER- och CHARMM - liknande kraftfält under periodiska randförhållanden . Algoritmer ingår för NVE, NVT, NPT, anisotropa NPT-ensembler och Ewald-summering för att behandla elektrostatiska interaktioner. Koden skrevs i en blandning av Fortran 77 och 90 (med Message Passing Interface (MPI) för parallell exekvering). Paketet körs på Unix- och Unix-liknande ( Linux ) arbetsstationer, kluster av arbetsstationer och på Windows i sekventiellt läge.
MDynaMix är utvecklat vid avdelningen för fysikalisk kemi, Institutionen för material- och miljökemi, Stockholms universitet . Den släpps som öppen källkod under en GNU General Public License (GPL).
Program
- md är det huvudsakliga MDynaMix-blocket
- makemol är ett verktyg som hjälper till att skapa filer som beskriver molekylstrukturen och kraftfältet
- tranal är en uppsättning verktyg för att analysera banor
- mdee är en version av programmet som implementerar utökad ensemblemetod för att beräkna fri energi och kemisk potential (är inte parallelliserad)
- mge tillhandahåller ett grafiskt användargränssnitt för att konstruera molekylära modeller och övervaka dynamikprocessen
Användningsområde
- Termodynamiska egenskaper hos vätskor
- Nukleinsyra - joner interaktion
- Modellering av lipiddubbelskikt
- Polyelektrolyter
- Joniska vätskor
- Röntgenspektra av flytande vatten
- Force Field utveckling
