Lista över programvara för förutsägelse av RNA-struktur

Denna lista över RNA-strukturförutsägelseprogramvara är en sammanställning av mjukvaruverktyg och webbportaler som används för RNA-strukturförutsägelse .

Förutsägelse av sekundär struktur i en sekvens.

namn	Beskrivning	Knutar	Länkar
CentroidFold	Sekundär strukturförutsägelse baserad på generaliserad tyngdpunktsuppskattare	Nej	källkodswebbserver _
CentroidHomfold	Sekundär strukturförutsägelse genom att använda homolog sekvensinformation	Nej	källkodswebbserver _
Sammanhang Vik	En programvara för förutsägelse av sekundär struktur för RNA baserad på funktionsrika utbildade poängmodeller.	Nej	källkodswebbserver _
KONTRAfold	Metod för förutsägelse av sekundär struktur baserad på villkorade log-linjära modeller (CLLM), en flexibel klass av probabilistiska modeller som generaliserar på SCFG:er genom att använda diskriminerande träning och funktionsrik poängsättning.	Nej	källkodswebbserver _
Skrynkla ihop	Enkel, renskriven programvara för att producera hela uppsättningen av möjliga sekundära strukturer för en sekvens, givet valfria begränsningar.	Nej	källkod
CyloFold	Metod för förutsägelse av sekundär struktur baserad på placering av helixar som tillåter komplexa pseudoknoter.	Ja	webbserver
E2Efold	En djupinlärningsbaserad metod för att effektivt förutsäga sekundär struktur genom att differentiera genom en begränsad optimeringslösare, utan att använda dynamisk programmering.	Ja	källkod
EternaFold	En multitask-lärande-baserad modell tränad på data från Eterna-projektet.	Nej	källkodswebbserver _
GTFold	Snabb och skalbar flerkärnig kod för att förutsäga sekundär RNA-struktur.	Nej	länk källkod
IPknot	Snabb och exakt förutsägelse av sekundära RNA-strukturer med pseudoknoter med heltalsprogrammering.	Ja	källkodswebbserver _
KineFold	Vikningskinetik för RNA-sekvenser inklusive pseudoknoter genom att inkludera en implementering av partitionsfunktionen för knutar.	Ja	linuxbinary , webbserver
Mfold	MFE (Minimum Free Energy) RNA-struktur förutsägelsealgoritm.	Nej	källkod , webbserver
pKiss	En dynamisk programmeringsalgoritm för förutsägelse av en begränsad klass (H-typ och kyssande hårnålar) av RNA-pseudoknoter.	Ja	källkod , webbserver
Pknots	En dynamisk programmeringsalgoritm för optimal RNA-pseudoknot-förutsägelse med hjälp av närmaste grannenergimodell.	Ja	källkod
PknotsRG	En dynamisk programmeringsalgoritm för förutsägelse av en begränsad klass (H-typ) av RNA-pseudoknoter.	Ja	källkod , webbserver
RNA123	Sekundär strukturförutsägelse via termodynamisk baserade vikningsalgoritmer och ny strukturbaserad sekvensanpassning specifik för RNA.	Ja	webbserver
RNAfold	MFE RNA-struktur förutsägelsealgoritm. Inkluderar en implementering av partitionsfunktionen för beräkning av basparsannolikheter och cirkulär RNA-vikning.	Nej	källkod , webbserver
RNA-former	MFE RNA-strukturförutsägelse baserad på abstrakta former. Formabstraktion behåller närliggande och kapsling av strukturella egenskaper, men bortser från helixlängder, vilket minskar antalet suboptimala lösningar utan att förlora betydande information. Dessutom representerar former klasser av strukturer för vilka sannolikheter baserade på Boltzmann-vägda energier kan beräknas.	Nej	källkod & binärer , webbserver
RNA-struktur	Ett program för att förutsäga lägsta fria energistrukturer och basparsannolikheter för RNA- eller DNA-sekvenser. Program finns också tillgängliga för att förutsäga maximal förväntad noggrannhetsstruktur och dessa kan inkludera pseudoknoter. Strukturförutsägelse kan begränsas med hjälp av experimentella data, inklusive SHAPE, enzymatisk klyvning och kemisk modifieringstillgänglighet. Grafiska användargränssnitt är tillgängliga för Windows, Mac OS X, Linux. Program finns också tillgängliga för användning med Unix-stil textgränssnitt. Ett bibliotek i klass C++ är också tillgängligt.	Ja	källkod & binärer , webbserver
SARNA-förutsäga	RNA Metod för förutsägelse av sekundär struktur baserad på simulerad glödgning. Den kan också förutsäga struktur med pseudoknoter.	Ja	länk
seqfold	Förutsäg den minsta fria energistrukturen för nukleinsyror. seqfold är en implementering av Zuker, 1981 dynamisk programmeringsalgoritm, grunden för UNAFold/mfold, med energifunktioner från SantaLucia, 2004 (DNA) och Turner, 2009 (RNA). MIT-licens. Python CLI eller modul.	Nej	länk & källa
Skjutbara fönster & montering	Skjutfönster och montering är en verktygskedja för att vika långa serier av liknande hårnålar.	Nej	källkod
SPOT-RNA	SPOT-RNA är den första RNA-sekundära strukturprediktorn som kan förutsäga alla slags baspar (kanoniska, icke-kanoniska, pseudoknoter och bastripletter).	Ja	källkod webbserver
SwiSpot	Kommandoradsverktyg för att förutsäga alternativa (sekundära) konfigurationer av riboswitchar . Den är baserad på förutsägelsen av den så kallade omkopplingssekvensen, för att därefter begränsa vikningen av de två funktionella strukturerna.	Nej	källkod
UFold	UFold: snabb och exakt förutsägelse av sekundär RNA-struktur med djup inlärning	Ja	källkod , webbserver
UNAFold	Kommandoradsverktyg för att förutsäga alternativa (sekundära) konfigurationer av riboswitchar . Den är baserad på förutsägelsen av den så kallade omkopplingssekvensen, för att därefter begränsa vikningen av de två funktionella strukturerna.	Nej	källkod
vsfold/vs subopt	Viker och förutsäger RNA-sekundär struktur och pseudoknoter med hjälp av en entropimodell härledd från polymerfysik. Programmet vs_subopt beräknar suboptimala strukturer baserat på det fria energilandskapet som härrör från vsfold5.	Ja	webbserver
Anteckningar

En sekvens förutsägelse av tertiär struktur

namn	Beskrivning	Knutar	Länkar
BARNAKEL	Ett Python-bibliotek för probabilistisk provtagning av RNA-strukturer som är kompatibla med en given nukleotidsekvens och som är RNA-liknande på en lokal längdskala.	Ja	källkod
FARFAR2	Automatiserad de novo förutsägelse av infödda-liknande RNA tertiära strukturer.	Ja	webbserver
iFoldRNA	tredimensionell RNA-struktur förutsägelse och veckning	Ja	webbserver
MC-Fold MC-Sym Pipeline	Termodynamik och nukleotidcykliska motiv för algoritm för förutsägelse av RNA-struktur. 2D- och 3D-strukturer.	Ja	källkod , webbserver
NAST	Grovkornig modellering av stora RNA-molekyler med kunskapsbaserade potentialer och strukturella filter	Okänd	körbara filer
MMB	Förvandla begränsad experimentell information till 3D-modeller av RNA	Okänd	källkod
RNA123	Integrerad plattform för de novo- och homologimodellering av RNA 3D-strukturer, där koordinatfilinmatning, sekvensredigering, sekvensanpassning, strukturförutsägelse och analysfunktioner alla nås från ett intuitivt grafiskt användargränssnitt.	Ja
RNAComposer	Helt automatiserad förutsägelse av stora RNA 3D-strukturer.	Ja	webbserver webbserver
Anteckningar

Jämförande metoder

Enkelsekvensmetoderna som nämns ovan har ett svårt jobb att detektera ett litet urval av rimliga sekundära strukturer från ett stort utrymme av möjliga strukturer. Ett bra sätt att minska storleken på utrymmet är att använda evolutionära tillvägagångssätt. Strukturer som har bevarats av evolutionen är mycket mer sannolikt att vara den funktionella formen. Metoderna nedan använder detta tillvägagångssätt.

namn	Beskrivning	Antal sekvenser	Inriktning	Strukturera	Knutar	Länk
Carnac	Jämförande analys kombinerad med MFE-vikning.	några	Nej	Ja	Nej	källkod , webbserver
CentroidAlifold	Vanlig sekundär strukturförutsägelse baserad på generaliserad tyngdpunktsuppskattare	några	Nej	Ja	Nej	källkod
CentroidAlign	Snabb och exakt multipla aligner för RNA-sekvenser	några	Ja	Nej	Nej	källkod
CMfinder	en förväntningsmaximeringsalgoritm som använder kovariansmodeller för motivbeskrivning. Använder heuristik för effektiv motivsökning och ett Bayesianskt ramverk för strukturförutsägelse som kombinerar vikningsenergi och sekvenssamvariation.	$3\leq seqs\leq 60$	Ja	Ja	Nej	källkod , webbserver , webbplats
CONSAN	implementerar en fast Sankoff-algoritm för samtidig parvis RNA-anpassning och konsensusstrukturförutsägelse.	2	Ja	Ja	Nej	källkod
DAFS	Samtidig anpassning och veckning av RNA-sekvenser via dubbel nedbrytning.	några	Ja	Ja	Ja	källkod
Dynalign	en algoritm som förbättrar noggrannheten i strukturförutsägelse genom att kombinera fri energiminimering och jämförande sekvensanalys för att hitta en struktur med låg fri energi som är gemensam för två sekvenser utan att kräva någon sekvensidentitet.	2	Ja	Ja	Nej	källkod
Vik in	En algoritm som kan göra både lokala och globala parvisa strukturella anpassningar av RNA. Baserat på en kombination av energiminimering av den konserverade strukturen och sekvenslikhet med ribosumliknande poängmatriser. För lokala linjer kan mer än en justering returneras.	2	Ja	Ja	Nej	källkod , webbserver , webbplats
FoldalignM	En multipel RNA strukturell RNA-anpassningsmetod, till stor del baserad på PMcomp-programmet.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
FRUUT	Ett parvis RNA-strukturell anpassningsverktyg baserat på jämförelsen av RNA-träd. Överväger anpassningar där de jämförda träden kan rotas på olika sätt (med avseende på standard "extern loop" motsvarande rötter), och/eller permuteras med avseende på förgreningsordning.	några	Ja	inmatning	Nej	källkod , webbserver
GraphClust	Snabb RNA strukturell klustringsmetod för lokala RNA sekundära strukturer. Förutspådda kluster förfinas med LocARNA och CMsearch. På grund av den linjära tidskomplexiteten för klustring är det möjligt att analysera stora RNA-datauppsättningar.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
KNetFold	Beräknar en konsensus-RNA-sekundär struktur från en RNA-sekvensanpassning baserad på maskininlärning.	några	inmatning	Ja	Ja	linuxbinary , webbserver
LARA	Producera en global veckning och anpassning av ncRNA-familjer med hjälp av heltals linjär programmering och Lagrangian relaxation.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
LocaRNA	LocaRNA är efterföljaren till PMcomp med en förbättrad tidskomplexitet. Det är en variant av Sankoffs algoritm för samtidig vikning och anpassning, som tar som indata förberäknade basparsannolikhetsmatriser från McCaskills algoritm som produceras av RNAfold -p. Således kan metoden också ses som ett sätt att jämföra sannolikhetsmatriser för baspar.	några	Ja	Ja	Nej	källkod , webbserver
MASTR	En provtagningsmetod med användning av Markov-kedjan Monte Carlo i en simulerad glödgningsram, där både struktur och inriktning optimeras genom att göra små lokala förändringar. Poängen kombinerar log-sannolikheten för anpassningen, en samvariationsterm och basparssannolikheterna.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
Multilign	Denna metod använder flera Dynalign-beräkningar för att hitta en struktur med låg fri energi som är gemensam för ett valfritt antal sekvenser. Det kräver ingen sekvensidentitet.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
Murlet	ett multipelanpassningsverktyg för RNA-sekvenser med iterativ anpassning baserat på Sankoffs algoritm med kraftigt reducerad beräkningstid och minne.	några	Ja	Ja	Nej	webbserver
MXSCARNA	ett multipelanpassningsverktyg för RNA-sekvenser som använder progressiv anpassning baserat på parvis strukturell anpassningsalgoritm för SCARNA.	några	Ja	Ja	Nej	webbserverns källkod
pAliKiss	pAliKiss förutsäger sekundära RNA-strukturer för fixerade RNA-multipelsekvensanpassningar, med särskild uppmärksamhet för strukturer med pseudoknot. Detta program är en avkomma till hybridiseringen av RNAalishapes och pKiss.	några	inmatning	Ja	Ja	webbserverns källkod
DELAR	En metod för gemensam förutsägelse av anpassning och gemensamma sekundära strukturer av två RNA-sekvenser med användning av en probabilistisk modell baserad på pseudofria energier erhållna från förberäknad basparning och anpassningssannolikheter.	2	Ja	Ja	Nej	källkod
Pfold	Viker anpassningar med hjälp av en SCFG tränad på rRNA-anpassningar.	$\leq 40$	inmatning	Ja	Nej	webbserver
PETfold	Integrerar formellt både de energibaserade och evolutionsbaserade tillvägagångssätten i en modell för att förutsäga veckningen av flera inriktade RNA-sekvenser genom en maximal förväntad noggrannhetspoäng. De strukturella sannolikheterna beräknas av RNAfold och Pfold.	några	inmatning	Ja	Nej	källkod
PhyloQFold	Metod som drar fördel av den evolutionära historien för en grupp av justerade RNA-sekvenser för provtagning av konsensus sekundära strukturer, inklusive pseudoknoter, enligt deras ungefärliga bakre sannolikhet.	några	inmatning	Ja	Ja	källkod
PMcomp/PMmulti	PMcomp är en variant av Sankoffs algoritm för samtidig vikning och justering, som tar som indata förberäknade basparsannolikhetsmatriser från McCaskills algoritm som produceras av RNAfold -p. Således kan metoden också ses som ett sätt att jämföra sannolikhetsmatriser för baspar. PMmulti är ett omslagsprogram som gör progressiva multipla justeringar genom att upprepade gånger anropa pmcomp	$2\leq seqs\leq 6$	Ja	Ja	Nej	källkod , webbserver
RNAG	En Gibbs provtagningsmetod för att bestämma en konserverad struktur och den strukturella inriktningen.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
R-KAFFE	använder RNAlpfold för att beräkna den sekundära strukturen för de tillhandahållna sekvenserna. En modifierad version av T-Coffee används sedan för att beräkna multipelsekvensinriktningen som har den bästa överensstämmelsen med sekvenserna och strukturerna. R-Coffee kan kombineras med vilken befintlig sekvensjusteringsmetod som helst.	några	Ja	Ja	Nej	källkod , webbserver
TurboFold	Denna algoritm förutsäger konserverade strukturer i valfritt antal sekvenser. Den använder probabilistisk anpassning och partitionsfunktioner för att kartlägga konserverade par mellan sekvenser, och itererar sedan partitionsfunktionerna för att förbättra strukturförutsägelsens noggrannhet	några	Nej	Ja	Ja	källkod
R-scape	Verifiera konserverad sekundär struktur genom att mäta samvarierande baspar och deras statistiska signifikans jämfört med ren fylogeni. Kommer att föreslå en mest bevarad ("optimerad") om ingen sekundär struktur ges.	några	inmatning	Ja	Ja	startsida
RNA123	Inkluderad strukturbaserad sekvensanpassningsalgoritm (SBSA) använder en ny suboptimal version av Needleman-Wunschs globala sekvensanpassningsmetod som fullt ut tar hänsyn till sekundär struktur i mallen och frågan. Den använder också två separata substitutionsmatriser optimerade för RNA-helixar och enkelsträngade regioner. SBSA-algoritmen ger >90 % exakta sekvensanpassningar även för strukturer så stora som bakteriellt 23S rRNA: ~2 800 nts.	några	Ja	Ja	Ja	webbserver
RNAalifold	Viker förberäknade justeringar med en blandning av fri energi och samvariationsåtgärder. Skickas med ViennaRNA-paketet .	några	inmatning	Ja	Nej	hemsida
RNAalisformer	Verktyg för förutsägelse av sekundär struktur för förberäknade anpassningar med en blandning av fri energi och samvariationsmått. Utdata kan sållas av konceptet abstrakta former för att fokusera på stora skillnader i suboptimala resultat.	några	inmatning	Ja	Nej	källkod , webbserver
RNAcast	räknar upp det nästan optimala abstrakta formutrymmet och förutspår som konsensus en abstrakt form som är gemensam för alla sekvenser, och för varje sekvens, den termodynamiskt bästa strukturen som har denna abstrakta form.	några	Nej	Ja	Nej	källkod , webbserver
RNAforester	Jämför och anpassa RNA-sekundära strukturer via en "skogsanpassningsmetod".	några	Ja	inmatning	Nej	källkod , webbserver
RNAmin	Frequent stam pattern miner från ojusterade RNA-sekvenser är ett mjukvaruverktyg för att extrahera de strukturella motiven från en uppsättning RNA-sekvenser.	några	Nej	Ja	Nej	webbserver
RNASampler	En probabilistisk samplingsmetod som kombinerar intrasekvensbasparningssannolikheter med intersekvensbasanpassningssannolikheter. Detta används för att ta prov på möjliga stammar för varje sekvens och jämföra dessa stammar mellan alla sekvenspar för att förutsäga en konsensusstruktur för två sekvenser. Metoden utökas för att förutsäga den gemensamma strukturen som bevaras bland flera sekvenser genom att använda en konsistensbaserad poäng som innehåller information från alla parvisa strukturella anpassningar.	några	Ja	Ja	Ja	källkod
SCARNA	Stem Candidate Aligner för RNA (Scarna) är ett snabbt, bekvämt verktyg för strukturell anpassning av ett par RNA-sekvenser. Den sammanställer två RNA-sekvenser och beräknar likheterna mellan dem, baserat på de uppskattade vanliga sekundära strukturerna. Det fungerar även för sekundära strukturer med pseudoknot.	2	Ja	Ja	Nej	webbserver
SimulFold	samtidigt härleda RNA-strukturer inklusive pseudoknoter, anpassningar och träd med användning av ett Bayesian MCMC-ramverk.	några	Ja	Ja	Ja	källkod
Stemloc	ett program för parvis RNA-strukturell anpassning baserat på probabilistiska modeller av RNA-struktur känd som Pair stokastiska kontextfria grammatiker .	några	Ja	Ja	Nej	källkod
StrAl	ett anpassningsverktyg utformat för att tillhandahålla flera anpassningar av icke-kodande RNA efter en snabb progressiv strategi. Den kombinerar den termodynamiska basparningsinformationen härledd från RNAfold-beräkningar i form av basparningssannolikhetsvektorer med informationen om den primära sekvensen.	$\leq 50$	Ja	Nej	Nej	källkod , webbserver
TFold	Ett verktyg för att förutsäga icke-kodande sekundära RNA-strukturer inklusive pseudoknoter. Den tar in en inriktning av RNA-sekvenser och returnerar den eller de förutsagda sekundära strukturerna. Den kombinerar kriterier för stabilitet, bevarande och samvariation för att söka efter stammar och pseudoknoter. Användare kan ändra olika parametrar värden, sätta (eller inte) några kända stammar (om det finns) som tas i beaktande av systemet, välja att få flera möjliga strukturer eller bara en, söka efter pseudoknoter eller inte, etc.	några	Ja	Ja	Ja	webbserver
KRIG	en webbserver som gör det möjligt att samtidigt använda ett antal toppmoderna metoder för att utföra multipel anpassning och förutsägelse av sekundär struktur för icke-kodande RNA-sekvenser.	$2\leq seqs\leq 50$	Ja	Ja	Nej	webbserver
Xrate	ett program för analys av multipla sekvensanpassningar med användning av fylogenetiska grammatiker , som kan ses som en flexibel generalisering av "Pfold"-programmet.	några	Ja	Ja	Nej	källkod
Alifreefold/AlifreefoldMulti	ett anpassningsfritt tillvägagångssätt för att förutsäga sekundär struktur från homologa RNA-sekvenser. Den beräknar en representativ struktur från en uppsättning homologa RNA-sekvenser med användning av suboptimala sekundära strukturer genererade för varje sekvens. Den är baserad på en vektorrepresentation av suboptimala strukturer som fångar strukturkonserveringssignaler genom att vikta strukturella motiv enligt deras bevarande över de suboptimala strukturerna.	>5	Nej	Ja	Nej	källkods källkod webbserver
Anteckningar

Förutsägelse av tillgänglighet för RNA-lösningsmedel

namn (År)	Beskrivning	Länk
RNAsnap2 (2020)	RNAsnap2 använder ett dilaterat faltningsneuralt nätverk med evolutionära egenskaper genererade från BLAST + INFERNAL (samma som RNAsol) och förutspådda basparningssannolikheter från LinearPartition som en indata för förutsägelse av RNA-lösningsmedels tillgänglighet. Dessutom kan enkelsekvensversionen av RNAsnap2 förutsäga lösningsmedelstillgängligheten för en given ingående RNA-sekvens utan att använda evolutionär information.	källkod webbserver
RNAsol (2019)	RNAsol-prediktorn använder en enkelriktad LSTM-djupinlärningsalgoritm med evolutionär information genererad från BLASTN + INFERNAL och förutspådd sekundär struktur från RNAfold som en input för förutsägelse av RNA-lösningsmedels tillgänglighet.	källkod webbserver
RNAsnap (2017)	RNAsnap-prediktorn använder en SVM-maskininlärningsalgoritm och evolutionär information genererad från BLASTN som en indata för att förutsäga tillgängligheten för RNA-lösningsmedel.	källkod

Intermolekylära interaktioner: RNA-RNA

Många ncRNA fungerar genom att binda till andra RNA . Till exempel, miRNA reglerar proteinkodande genuttryck genom att binda till 3' UTR , små nukleolära RNA styr post-transkriptionella modifieringar genom att binda till rRNA , U4 spliceosomal RNA och U6 spliceosomal RNA binder till varandra och bildar en del av spliceosomen och många små bakteriella RNA. reglera genuttryck genom antisens-interaktioner, t.ex. GcvB , OxyS och RyhB .

namn	Beskrivning	Intramolekylär struktur	Jämförande	Länk
RNApredator	RNApredator använder en dynamisk programmeringsmetod för att beräkna RNA-RNA-interaktionsplatser.	Ja	Nej	webbserver
GUUGle	Ett verktyg för snabb bestämning av RNA-RNA-matchningar med perfekt hybridisering via AU-, CG- och GU-basparning.	Nej	Nej	webbserver
IntaRNA	Effektiv målförutsägelse som inkluderar tillgängligheten för målwebbplatser.	Ja	Nej	källkodswebbserver _
CopraRNA	Verktyg för sRNA-målförutsägelse. Den beräknar hela genomet förutsägelser genom en blandning av distinkta hela genomet IntaRNA förutsägelser.	Ja	Ja	källkodswebbserver _
MYNTA	Automatiskt verktyg för att analysera tredimensionella strukturer av RNA- och DNA-molekyler, deras helatoms molekylära dynamikbanor eller andra konformationsuppsättningar (t.ex. röntgen- eller NMR-härledda strukturer). För varje RNA- eller DNA-konformation bestämmer MINT vätebindningsnätverket genom att lösa basparningsmönstren, identifierar sekundära strukturmotiv (spiraler, korsningar, loopar, etc.) och pseudoknoter. Uppskattar också energin för stapling och fosfatanjon-basinteraktioner.	Ja	Nej	källkodswebbserver _
NUPACK	Beräknar den fullständiga partitionsfunktionen utan pseudoknot för interagerande strängar i utspädd lösning. Beräknar koncentrationer, mfes och basparningssannolikheter för de ordnade komplexen under en viss komplexitet. Beräknar också partitionsfunktionen och basparningen av enstaka strängar inklusive en klass av pseudoknutstrukturer. Möjliggör även design av beställda komplex.	Ja	Nej	NUPACK
OligoWalk/RNAstruktur	Förutsäger bimolekylära sekundära strukturer med och utan intramolekylär struktur. Förutsäger även hybridiseringsaffiniteten för en kort nukleinsyra till ett RNA-mål.	Ja	Nej	[1]
piRNA	Beräknar partitionsfunktionen och termodynamiken för RNA-RNA-interaktioner. Den tar hänsyn till alla möjliga gemensamma sekundära strukturer av två interagerande nukleinsyror som inte innehåller pseudoknoter, interaktionspseudoknoter eller sicksackar.	Ja	Nej	linuxbinär
piRNAPred	ett integrerat ramverk för piRNA-förutsägelse som använder hybridfunktioner som k-mer-nukleotidsammansättning, sekundär struktur, termodynamiska och fysikalisk-kemiska egenskaper.	Ja	Nej	[2]
RNAripalign	Beräknar partitionsfunktionen och termodynamiken för RNA-RNA-interaktioner baserat på strukturella anpassningar. Stöder även RNA-RNA-interaktionsförutsägelse för enstaka sekvenser. Den ger suboptimala strukturer baserade på Boltzmann-distribution. Den tar hänsyn till alla möjliga gemensamma sekundära strukturer av två interagerande nukleinsyror som inte innehåller pseudoknoter, interaktionspseudoknoter eller sicksackar.	Ja	Nej	[3]
RactIP	Snabb och exakt förutsägelse av RNA-RNA-interaktion med hjälp av heltalsprogrammering.	Ja	Nej	källkodswebbserver _
RNAaliduplex	Baserat på RNAduplex med bonusar för samvarierande platser	Nej	Ja	källkod
RNAcofold	Fungerar ungefär som RNAfold, men gör det möjligt att specificera två RNA-sekvenser som sedan tillåts bilda en dimerstruktur.	Ja	Nej	källkod
RNAduplex	Beräknar optimala och suboptimala sekundära strukturer för hybridisering. Beräkningen förenklas genom att endast tillåta intermolekylära baspar.	Nej	Nej	källkod
RNAhybrid	Verktyg för att hitta den minimala hybridiseringen av fri energi av ett långt och ett kort RNA (≤ 30 nt).	Nej	Nej	källkod , webbserver
RNAup	Beräknar termodynamiken för RNA-RNA-interaktioner. RNA-RNA-bindning sönderdelas i två steg. (1) Först beräknas sannolikheten för att ett sekvensintervall (t.ex. ett bindningsställe) förblir oparat. (2) Sedan beräknas bindningsenergin givet att bindningsstället är oparat som det optimala över alla möjliga typer av bindningar.	Ja	Nej	källkod

Intermolekylära interaktioner: MikroRNA: vilket RNA som helst

Tabellen nedan inkluderar interaktioner som inte är begränsade till UTR:er.

namn	Beskrivning	Cross-arts	Intramolekylär struktur	Jämförande	Länk
comTAR	Ett webbverktyg för förutsägelse av miRNA-mål som huvudsakligen är baserat på bevarandet av den potentiella regleringen i växtarter.	Ja	Nej	Nej	Webbverktyg
RNA22	Den första länken (förberäknade förutsägelser) ger RNA22-förutsägelser för alla proteinkodande transkript hos människa, mus, rundmask och fruktfluga. Det gör det möjligt att visualisera förutsägelserna i en cDNA-karta och även hitta transkript där flera miR:s är av intresse. Den andra webbplatslänken (interaktiva/anpassade sekvenser) hittar först förmodade mikroRNA-bindningsställen i sekvensen av intresse och identifierar sedan det riktade mikroRNA:t. Båda verktygen tillhandahålls av Computational Medicine Center vid Thomas Jefferson University .	Ja	Nej	Nej	förberäknade förutsägelser interaktiva/anpassade sekvenser
RNAhybrid	Verktyg för att hitta minsta fri energihybridisering av ett långt och ett kort RNA (≤ 30 nt).	Ja	Nej	Nej	källkod , webbserver
miRBooking	Simulerar det stökiometriska verkningssättet för mikroRNA med hjälp av ett derivat av Gale-Shapley-algoritmen för att hitta en stabil uppsättning duplex. Den använder kvantifieringar för att korsa uppsättningen av mRNA- och mikroRNA-par och frökomplementaritet för att rangordna och tilldela platser.	Ja	Nej	Nej	källkod , webbserver

Intermolekylära interaktioner: MikroRNA:UTR

MikroRNA reglerar proteinkodande genuttryck genom att binda till 3' UTR , det finns verktyg speciellt utformade för att förutsäga dessa interaktioner. För en utvärdering av målprediktionsmetoder på experimentell data med hög genomströmning, se (Baek et al. , Nature 2008), (Alexiou et al. , Bioinformatics 2009) eller (Ritchie et al., Nature Methods 2009)

namn	Beskrivning	Cross-arts	Intramolekylär struktur	Jämförande	Länk
Amor	Metod för samtidig förutsägelse av miRNA-målinteraktioner och deras förmedlade konkurrerande endogena RNA (ceRNA) interaktioner . Det är ett integrerat tillvägagångssätt som avsevärt förbättrar miRNA-målförutsägelsens noggrannhet, bedömd av både mRNA- och proteinnivåmätningar i bröstcancercellinjer. Cupid implementeras i 3 steg: Steg 1: omvärdera kandidat miRNA-bindningsställen i 3' UTR. Steg 2: interaktioner förutsägs genom att integrera information om utvalda platser och det statistiska beroendet mellan uttrycksprofilerna för miRNA och förmodade mål. Steg 3: Cupid bedömer om antagna mål konkurrerar om förutspådda miRNA-regulatorer.	mänsklig	Nej	Ja	programvara (MATLAB)
Diana-microT	Version 3.0 är en algoritm baserad på flera parametrar som beräknas individuellt för varje mikroRNA och den kombinerar konserverade och icke-konserverade mikroRNA-igenkänningselement till en slutlig förutsägelsepoäng.	människa, mus	Nej	Ja	webbserver
MicroTar	Ett verktyg för förutsägelse av miRNA-mål för djur baserat på miRNA-målkomplementaritet och termodynamiska data.	Ja	Nej	Nej	källkod
miTarget	mikroRNA-målgenförutsägelse med hjälp av en stödvektormaskin.	Ja	Nej	Nej	webbserver
spegel	Baserat på föreställningen om en kombinatorisk reglering av en ensemble av miRNA eller gener. mirror integrerar förutsägelser från ett dussin miRNA-resurser som är baserade på komplementära algoritmer i ett enhetligt statistiskt ramverk	Ja	Nej	Nej	webbserver
PicTar	Kombinatoriska mikroRNA-målförutsägelser.	8 ryggradsdjur	Nej	Ja	förutsägelser
PITA	Inkorporerar rollen som målplatstillgänglighet, som bestäms av basparande interaktioner inom mRNA:t, i mikroRNA-måligenkänning.	Ja	Ja	Nej	körbar , webbserver , förutsägelser
RNA22	Den första länken (förberäknade förutsägelser) ger RNA22-förutsägelser för alla proteinkodande transkript hos människa, mus, rundmask och fruktfluga. Det gör det möjligt att visualisera förutsägelserna i en cDNA-karta och även hitta transkript där flera miR:s är av intresse. Den andra webbplatslänken (interaktiva/anpassade sekvenser) hittar först förmodade mikroRNA-bindningsställen i sekvensen av intresse och identifierar sedan det riktade mikroRNA:t. Båda verktygen tillhandahålls av Computational Medicine Center vid Thomas Jefferson University .	Ja	Nej	Nej	förberäknade förutsägelser interaktiva/anpassade sekvenser
RNAhybrid	Verktyg för att hitta den minimala hybridiseringen av fri energi av ett långt och ett kort RNA (≤ 30 nt).	Ja	Nej	Nej	källkod , webbserver
Sylamer	Metod för att hitta signifikant över- eller underrepresenterade ord i sekvenser enligt en sorterad genlista. Används vanligtvis för att hitta betydande anrikning eller utarmning av mikroRNA- eller siRNA-frösekvenser från mikroarray-expressionsdata.	Ja	Nej	Nej	källkodswebbserver _
TARAF	TARget REFiner (TAREF) förutsäger mikroRNA-mål på basis av information om flera funktioner som härrör från de flankerande regionerna av de förutspådda målplatserna där traditionella strukturförutsägelsemetoder kanske inte är framgångsrika för att bedöma öppenheten. Det ger också ett alternativ att använda kodat mönster för att förfina filtreringen.	Ja	Nej	Nej	server/källkod
p-TARF	plant TARget REFiner (p-TAREF) identifierar växtmikroRNA-mål på basis av multipelfunktionsinformation härledd från de flankerande regionerna av de förutspådda målplatserna där traditionella strukturförutsägelsemetoder kanske inte är framgångsrika för att bedöma öppenheten. Det ger också ett alternativ att använda kodat mönster för att förfina filtreringen. Den använde för första gången kraften i maskininlärningsmetod med poängschema genom stödvektorregression (SVR) samtidigt som man övervägde strukturella och anpassningsaspekter av inriktning i anläggningar med anläggningsspecifika modeller. p-TAREF har implementerats i samtidig arkitektur i server- och fristående form, vilket gör det till ett av de mycket få tillgängliga målidentifieringsverktygen som kan köras samtidigt på enkla stationära datorer samtidigt som den utför enorma transkriptomnivåanalyser exakt och snabbt. Ger också möjlighet att experimentellt validera de förutsagda målen, på plats, med hjälp av uttrycksdata, som har integrerats i dess back-end, för att skapa förtroende för förutsägelse tillsammans med SVR-poäng. och jämfört med andra verktyg för identifiering av mål för växt miRNA. p-TAREF visade sig fungera bättre.	Ja	Nej	Nej	server/fristående
TargetScan	Förutsäger biologiska mål för miRNA genom att söka efter närvaron av platser som matchar fröregionen för varje miRNA. Hos flugor och nematoder rangordnas förutsägelser baserat på sannolikheten för deras evolutionära bevarande. I zebrafisk rangordnas förutsägelser baserat på platsnummer, platstyp och webbplatskontext, vilket inkluderar faktorer som påverkar målplatsens tillgänglighet. Hos däggdjur kan användaren välja om förutsägelserna ska rangordnas baserat på sannolikheten för deras bevarande eller på platsnummer, typ och sammanhang. Hos däggdjur och nematoder kan användaren välja att utöka förutsägelser utöver bevarade platser och överväga alla platser.	ryggradsdjur, flugor, nematoder	utvärderas indirekt	Ja	källkod , webbserver

programvara för ncRNA-genförutsägelse

namn	Beskrivning	Antal sekvenser	Inriktning	Strukturera	Länk
Alifoldz	Bedömning av en multipelsekvensinriktning för förekomsten av en ovanlig stabil och konserverad sekundär RNA-struktur.	några	inmatning	Ja	källkod
EvoFold	en jämförande metod för att identifiera funktionella RNA-strukturer i flera sekvenser. Den är baserad på en probabilistisk modellkonstruktion som kallas en phylo-SCFG och utnyttjar de karakteristiska skillnaderna i substitutionsprocessen i stamparande och oparade regioner för att göra sina förutsägelser.	några	inmatning	Ja	linuxbinär
GraphClust	Snabb RNA strukturell klustringsmetod för att identifiera vanliga (lokala) RNA sekundära strukturer. Förutspådda strukturella kluster presenteras som anpassning. På grund av den linjära tidskomplexiteten för klustring är det möjligt att analysera stora RNA-datauppsättningar.	några	Ja	Ja	källkod
MSARi	heuristisk sökning efter statistiskt signifikant bevarande av sekundär RNA-struktur i djupa multipla sekvensanpassningar.	några	inmatning	Ja	källkod
QRNA	Detta är koden från Elena Rivas som medföljer ett inskickat manuskript " Noncoding RNA gene detection using comparative sequence analysis" . QRNA använder jämförande genomsekvensanalys för att detektera konserverade sekundära RNA-strukturer, inklusive både ncRNA-gener och cis-regulatoriska RNA-strukturer.	2	inmatning	Ja	källkod
RNAz	program för att förutsäga strukturellt konserverade och termodynamiskt stabila sekundära RNA-strukturer i multipla sekvensanpassningar. Det kan användas i genom-vida skärmar för att detektera funktionella RNA-strukturer, som finns i icke-kodande RNA och cis-verkande regulatoriska element i mRNA.	några	inmatning	Ja	källkod , webbserver RNAz 2
ScanFold	Ett program för att förutsäga unika lokala RNA-strukturer i stora sekvenser med ovanligt stabil veckning.	1	Ingen	Ja	källkodswebbserver _
Xrate	ett program för analys av multipla sekvensanpassningar med användning av fylogenetiska grammatiker , som kan ses som en flexibel generalisering av "Evofold"-programmet.	några	Ja	Ja	källkod
Anteckningar

Programvara för familjespecifik genförutsägelse

namn	Beskrivning	Familj	Länk
ARAGORN	ARAGORN detekterar tRNA och tmRNA i nukleotidsekvenser.	tRNA tmRNA	webbserverkälla _
miReader	miReader är den första i sitt slag för att upptäcka mogna miRNA utan beroende av genomiska eller referenssekvenser. Hittills var det endast möjligt att upptäcka miRNA med arter för vilka genomiska eller referenssekvenser skulle vara tillgängliga eftersom de flesta av miRNA-upptäcktsverktygen förlitade sig på att rita pre-miRNA-kandidater. På grund av detta blev miRNA-biologin begränsad till mestadels modellorganismer. miReader tillåter direkt urskiljning av mogna miRNA från små RNA-sekvenseringsdata, utan behov av genomiska referenssekvenser. Den har utvecklats för många Phyla och arter, från ryggradsdjur till växtmodeller. Dess noggrannhet har visat sig vara konsekvent >90 % i tunga validerande tester.	moget miRNA	webbserver/källa webbserver/källa
miRNAminer	Med en sökfråga identifieras kandidathomologer med BLAST-sökning och testas sedan för deras kända miRNA-egenskaper, såsom sekundär struktur, energi, anpassning och bevarande, för att bedöma deras trohet.	MicroRNA	webbserver
RISCbinder	Förutsägelse av guidesträng av mikroRNA.	Moget miRNA	webbserver
RNAmicro	Ett SVM-baserat tillvägagångssätt som, i kombination med ett icke-stringent filter för sekundära konsensusstrukturer, kan känna igen mikroRNA-prekursorer i flera sekvensanpassningar.	MicroRNA	hemsida
RNAmmer	RNAmmer använder HMMER för att kommentera rRNA- gener i genomsekvenser. Profiler byggdes med hjälp av anpassningar från den europeiska ribosomala RNA-databasen och 5S Ribosomal RNA Database.	rRNA	webbserverkälla _
SnoReport	Använder en blandning av förutsägelse av sekundär RNA-struktur och maskininlärning som är utformad för att känna igen de två huvudklasserna av snoRNA, box C/D och box H/ACA snoRNA, bland ncRNA-kandidatsekvenser.	snoRNA	källkod
SnoScan	Sök efter C/D-box-metyleringsguide snoRNA-gener i en genomisk sekvens.	C/D-box snoRNA	källkod , webbserver
tRNAscan-SE	ett program för detektion av överförings-RNA-gener i genomisk sekvens.	tRNA	källkod , webbserver
miRNAFold	En snabb ab initio-mjukvara för att söka efter mikroRNA-prekursorer i genom.	mikroRNA	webbserver

Sökprogramvara för RNA-homologi

namn	Beskrivning	Länk
DECIPHER (programvara)	FindNonCoding tar ett mönsterutvinningssätt för att fånga de väsentliga sekvensmotiven och hårnålsslingor som representerar en icke-kodande RNA-familj och snabbt identifiera matchningar i genom. FindNonCoding är designad för enkel användning och hittar exakt icke-kodande RNA med en låg falsk upptäcktsfrekvens.	källkod
ERPIN	"Easy RNA Profile IdentificationN" är ett sökprogram för RNA-motiv som läser en sekvensanpassning och sekundär struktur och härleder automatiskt en statistisk "sekundär strukturprofil" (SSP). En original algoritm för dynamisk programmering matchar sedan denna SSP till valfri måldatabas, och hittar lösningar och deras tillhörande poäng.	källkodswebbserver _
Infernalisk	"INFERence of RNA Alignment" är för att söka i DNA-sekvensdatabaser efter RNA-struktur och sekvenslikheter. Det är en implementering av ett specialfall av profilstokastiska kontextfria grammatiker som kallas kovariansmodeller (CM).	källkod
GraphClust	Snabb RNA strukturell klustringsmetod för att identifiera vanliga (lokala) RNA sekundära strukturer. Förutspådda strukturella kluster presenteras som anpassning. På grund av den linjära tidskomplexiteten för klustring är det möjligt att analysera stora RNA-datauppsättningar.	källkod
PHMMTS	"par dolda Markov-modeller på trädstrukturer" är en förlängning av par dolda Markov-modeller definierade på trädens linjer.	källkod , webbserver
RaveNnA	Ett långsamt och rigoröst eller snabbt och heuristiskt sekvensbaserat filter för kovariansmodeller.	källkod
FORSKNING	Tar en RNA-sekvens med dess sekundära struktur och använder en lokal anpassningsalgoritm för att söka i en databas efter homologa RNA.	källkod
Strukturator	Ultrasnabb mjukvara för att söka efter RNA-strukturmotiv med hjälp av en innovativ indexbaserad dubbelriktad matchningsalgoritm kombinerat med en ny strategi för snabb fragmentkedjning.	källkod
RaligNator	Snabba online- och indexbaserade algoritmer för ungefärlig sökning av RNA-sekvensstrukturmönster	källkod

Riktmärken

namn	Beskrivning	Strukturera	Inriktning	Fylogeni	Länkar
BRalibase I	En omfattande jämförelse av jämförande RNA-strukturförutsägelsesmetoder	Ja	Nej	Nej	data
BRalibase II	Ett riktmärke för flera sekvensanpassningsprogram på strukturella RNA	Nej	Ja	Nej	data
BRalibase 2.1	Ett riktmärke för flera sekvensanpassningsprogram på strukturella RNA	Nej	Ja	Nej	data
BRalibase III	En kritisk bedömning av prestandan hos homologisökningsmetoder på icke-kodande RNA	Nej	Ja	Nej	data
CompaRNA	En oberoende jämförelse av enkelsekvens och jämförande metoder för RNA sekundär struktur förutsägelse	Ja	Nej	Nej	AMU-spegel eller IIMCB-spegel
EternaBench	Databas som innehåller de olika strukturella data med hög genomströmning som samlats in genom det crowdsourcede RNA-designprojektet Eterna	Ja	Nej	Nej	data
RNAconTest	Ett test av RNA-multipelsekvensanpassningar helt baserat på kända tredimensionella RNA-strukturer	Ja	Ja	Nej	data
Anteckningar

Justera tittare, redaktörer

namn	Beskrivning	Inriktning	Strukturera	Länk
4 rea	Ett verktyg för synkron RNA-sekvens och sekundär strukturjustering och redigering	Ja	Ja	källkod
Colorstock, SScolor, Raton	Colorstock, ett kommandoradsskript som använder ANSI-terminalfärg; SScolor, ett Perl -skript som genererar statiska HTML-sidor; och Raton, en Ajax- webbapplikation som genererar dynamisk HTML. Varje verktyg kan användas för att färga RNA-justeringar genom sekundär struktur och för att visuellt markera kompensatoriska mutationer i stjälkar.	Ja	Ja	källkod
Integrated Genome Browser (IGB)	Multiple alignment viewer skriven i Java .	Ja	Nej	källkod
Jalview	Flera anpassningsredigerare skriven i Java .	Ja	Nej	källkod
RALE	ett huvudläge för Emacs textredigerare. Den tillhandahåller funktionalitet för att underlätta visning och redigering av multipla sekvensanpassningar av strukturerade RNA.	Ja	Ja	källkod
SARSE	En grafisk sekvensredigerare för att arbeta med strukturella anpassningar av RNA.	Ja	Ja	källkod
Anteckningar

Omvänd vikning, RNA-design

namn	Beskrivning	Länk
	Single state design
EteRNA /EteRNABot	Ett RNA-vikningsspel som utmanar spelare att göra sekvenser som vikas till en mål-RNA-struktur. De bästa sekvenserna för ett givet pussel syntetiseras och deras strukturer undersöks genom kemisk kartläggning. Sekvenserna poängsätts sedan genom att data överensstämmer med målstrukturen och feedback ges till spelarna. EteRNABot är en mjukvaruimplementering baserad på designregler som lämnats in av EteRNA-spelare.	EteRNA-spel EteRNABot webbserver
RNAinvers	ViennaRNA -paketet tillhandahåller RNAinverse, en algoritm för att designa sekvenser med önskad struktur.	Webbserver
RNAiFold	En komplett RNA-inversvikningsmetod baserad på begränsningsprogrammering och implementerad med hjälp av OR-verktyg som möjliggör specifikation av ett brett spektrum av designbegränsningar. RNAiFold-mjukvaran tillhandahåller två algoritmer för att lösa det omvända vikningsproblemet: i) RNA-CPdesign utforskar hela sökutrymmet och ii) RNA-LNSdesign baserat på den stora grannskapssökningsmetaeuristiken är lämplig för att designa stora strukturer. Programvaran kan också designa interagerande RNA-molekyler med hjälp av RNAcofold från ViennaRNA-paketet . En fullt fungerande, tidigare implementering att använda COMET är tillgänglig.	Webbserverns källkod
RNA-SSD/RNA-designer	RNA-SSD-metoden (RNA Secondary Structure Designer) tilldelar först baser probabilistiskt till varje positionsbaserad probabilistiska modeller. Därefter används en stokastisk lokal sökning för att optimera denna sekvens. RNA-SSD är allmänt tillgänglig under namnet RNA Designer på RNASoft webbsida	Webbserver
INFO-RNA	INFO-RNA använder en dynamisk programmeringsmetod för att generera en energioptimerad startsekvens som sedan förbättras ytterligare genom en stokastisk lokal sökning som använder en effektiv grannvalsmetod.	Webbserverns källkod
RNAexinv	RNAexinv är en förlängning av RNAinverse för att generera sekvenser som inte bara viker sig till en önskad struktur, utan de bör också uppvisa utvalda attribut som termodynamisk stabilitet och mutationell robusthet. Detta tillvägagångssätt ger inte nödvändigtvis en sekvens som perfekt passar ingångsstrukturen, utan en formabstraktion, dvs den behåller närliggande och kapsling av strukturella element, men bortser från helixlängder och det exakta antalet oparade positioner av den.	Källkod
RNA-fänrik	Detta tillvägagångssätt tillämpar en effektiv global samplingsalgoritm för att undersöka mutationslandskapet under strukturella och termodynamiska begränsningar. Författarna visar att den globala samplingsmetoden är mer robust, lyckas oftare och genererar mer termodynamiskt stabila sekvenser än vad lokala metoder gör.	Källkod
Inkarnation	Efterträdare till RNA-fänrik som specifikt kan designa sekvenser med ett specificerat GC-innehåll med hjälp av en GC-vägd Boltzmann-ensemble och stokastisk backtracking	Källkod
DSS-Opt	Dynamics in Sequence Space Optimization (DSS-Opt) använder newtonsk dynamik i sekvensutrymmet, med en negativ designterm och simulerad glödgning för att optimera en sekvens så att den vikas in i den önskade sekundära strukturen.	Källkod
MODENA	Detta tillvägagångssätt tolkar RNA omvänd veckning som ett multi-objektiv optimeringsproblem och löser det med hjälp av en genetisk algoritm. I sin utökade version kan MODENA designa pseudoknoterade RNA-strukturer med hjälp av IPknot.	Källkod
ERD	Evolutionär RNA-design ( ERD ) kan användas för att designa RNA-sekvenser som viker sig in i en given målstruktur. Varje sekundär RNA-struktur innehåller olika strukturella komponenter, var och en med olika längd. Därför rekonstrueras i det första steget RNA-subsekvenserna (poolerna) som motsvarar olika komponenter med olika längd. Med användning av dessa pooler rekonstruerar ERD en initial RNA-sekvens som är kompatibel med den givna målstrukturen. Sedan använder ERD en evolutionär algoritm för att förbättra kvaliteten på de delsekvenser som motsvarar komponenterna. De viktigaste bidragen från ERD är att använda de naturliga RNA-sekvenserna, en annan metod för att utvärdera sekvenserna i varje population och en annan hierarkisk nedbrytning av målstrukturen i mindre substrukturer.	Webbserverns källkod
antaRNA	Använder en underliggande myrkoloni som söker heuristisk terrängmodellering för att lösa det omvända vikningsproblemet. De designade RNA-sekvenserna visar hög överensstämmelse med indatastruktur- och sekvensrestriktioner. Mest framträdande är att även GC-värdet för den designade sekvensen kan regleras med hög precision. GC-värdesfördelningsprovtagning av lösningsuppsättningar är möjlig och sekvensdomänspecifik definition av flera GC-värden inom en enhet. På grund av den flexibla utvärderingen av de mellanliggande sekvenserna med hjälp av underliggande program som RNAfold, pKiss, eller även HotKnots och IPKnot, är sekundära RNA-kapslade strukturer och även pseudoknot-strukturer av H- och K-typ möjliga att lösa med detta tillvägagångssätt.	Webbserverns källkod
	Dual state design
switch.pl	ViennaRNA -paketet tillhandahåller ett Perl -skript för att designa RNA-sekvenser som kan anta två tillstånd. Till exempel RNA-termometer , som ändrar sitt strukturella tillstånd beroende på omgivningstemperaturen, har framgångsrikt designats med detta program.	Man Page källkod
RiboMaker	Avsedd att designa små RNA (sRNA) och deras mål-mRNA:s 5'UTR. sRNA:t är utformat för att aktivera eller undertrycka proteinuttryck av mRNA:t. Det är också möjligt att designa bara en av de två RNA-komponenterna förutsatt att den andra sekvensen är fixerad.	Webbserverns källkod
	Multi state design
RNAblueprint	Detta C++-bibliotek är baserat på RNAdesign-algoritmen för sampling av flera mål. Det ger ett SWIG- gränssnitt för Perl och Python som möjliggör en enkel integration i olika verktyg. Därför kan provtagning av flera målsekvenser kombineras med många optimeringstekniker och objektiva funktioner.	Källkod
RNAdesign	Den underliggande algoritmen är baserad på en blandning av graffärgning och heuristisk lokal optimering för att hitta sekvenser som kan anpassa flera föreskrivna konformationer. Programvaran kan också använda RNAcofold för att designa interagerande RNA-sekvenspar.	Källkod ^{[ permanent död länk ]}
Frnakenstein	Frnakenstein tillämpar en genetisk algoritm för att lösa det omvända RNA-vikningsproblemet.	Källkod
ARDesigner	Allosteric RNA Designer (ARDesigner) är ett webbaserat verktyg som löser det omvända vikningsproblemet genom att införliva mutationell robusthet. Förutom en lokal sökning har mjukvaran utrustats med en simulerad glödgningsmetod för att effektivt söka efter bra lösningar. Verktyget har använts för att designa RNA-termometer .	[4] ^{[ död länk ]}

Anteckningar

Sekundär struktur tittare, redaktörer

namn	Beskrivning	Länk
PseudoViewer	Automatisk visualisering av RNA-pseudoknotstrukturer som plana grafer.	webbapp/binär
RNA-filmer	bläddra sekventiella vägar genom RNA sekundära strukturlandskap	källkod
RNA-DV	RNA-DV syftar till att tillhandahålla ett lättanvänt GUI för att visualisera och designa sekundära RNA-strukturer. Det tillåter användare att interagera direkt med RNA-strukturen och utföra operationer som att ändra innehållet i primärsekvensen och ansluta/koppla bort nukleotidbindningar. Den integrerar också termodynamiska energiberäkningar inklusive fyra stora energimodeller. RNA-DV känner igen tre inmatningsformat inklusive CT, RNAML och dot bracket (dp).	källkod
RNA2D3D	Program för att generera, visa och jämföra 3-dimensionella modeller av RNA	binär
RNA-struktur	RNAstructure har en viewer för strukturer i ct-filer. Den kan också jämföra förutspådda strukturer med hjälp av cirkeldiagramprogrammet. Strukturer kan matas ut som postscript-filer.	källkod
RNAView/RnamlView	Använd RNAView för att automatiskt identifiera och klassificera de typer av baspar som bildas i nukleinsyrastrukturer. Använd RnamlView för att ordna RNA-strukturer.	källkod
RILogo	Visualiserar den intra-/intermolekylära basparningen av två interagerande RNA:n med sekvenslogotyper i en plan graf.	webbserver/källkod
VARNA	Ett verktyg för automatiserad ritning, visualisering och anteckning av den sekundära strukturen av RNA, ursprungligen designad som en följeslagare programvara för webbservrar och databaser	webbapp/källkod
forna	En webbaserad visningsprogram för att visa sekundära RNA-strukturer med hjälp av den kraftriktade graflayouten som tillhandahålls av visualiseringsbiblioteket d3.js. Den är baserad på fornac, en javascript-behållare för att helt enkelt rita en sekundär struktur på en webbsida.	webapp fornac källa forna källa
R2R	Program för att rita estetiska RNA-konsensusdiagram med automatisk igenkänning av parkovarians. Rfam använder detta program både för att rita den mänskligt kommenterade SS och den R-scape kovariansoptimerade strukturen.	källa

Se även