Lista över programvara för sekvensjustering
Denna lista över sekvensanpassningsprogram är en sammanställning av mjukvaruverktyg och webbportaler som används i parvis sekvensanpassning och multipelsekvensanpassning . Se programvara för strukturell anpassning för strukturell anpassning av proteiner.
Endast databassökning
| namn | Beskrivning | Sekvenstyp* | Författare | År |
|---|---|---|---|---|
| KUL | Lokal sökning med snabb k-tuple-heuristik (Basic Local Alignment Search Tool) | Både | Altschul SF , Gish W , Miller W , Myers EW , Lipman DJ | 1990 |
| HPC-BLAST | NCBI-kompatibel multinod- och multicore BLAST-omslag. Distribuerad med den senaste versionen av BLAST, underlättar detta omslag parallellisering av algoritmen på moderna hybridarkitekturer med många noder och många kärnor inom varje nod. | Protein | Burdyshaw CE, Sawyer S, Horton MD, Brook RG, Rekapalli B | 2017 |
| CS-BLAST | Sekvenskontextspecifik BLAST, känsligare än BLAST, FASTA och SSEARCH. Positionsspecifik iterativ version CSI-BLAST känsligare än PSI-BLAST | Protein | Angermueller C, Biegert A, Soeding J | 2013 |
| CUDASW++ | GPU-accelererad Smith Waterman-algoritm för flera delade värd-GPU:er | Protein | Liu Y, Maskell DL och Schmidt B | 2009/2010 |
| DIAMANT | BLASTX och BLASTP aligner baserad på dubbel indexering | Protein | Buchfink B, Xie C, Huson DH, Reuter K, Drost HG | 2015/2021 |
| FASTA | Lokal sökning med snabb k -tupel heuristik, långsammare men känsligare än BLAST | Både | ||
| GGSEARCH, GLSEARCH | Global:Global (GG), Global:Local (GL) anpassning till statistik | Protein | ||
| Genomtrollkarl | Programvara för ultrasnabb lokal DNA-sekvensmotivsökning och parvis anpassning för NGS-data (FASTA, FASTQ). | DNA | Hepperle D (www.sequentix.de) | 2020 |
| Genoogle | Genoogle använder indexerings- och parallellbearbetningstekniker för att söka efter DNA- och proteinsekvenser. Den är utvecklad i Java och öppen källkod. | Både | Albrecht F | 2015 |
| HMMER | Lokal och global sökning med profilen Hidden Markov-modeller, känsligare än PSI-BLAST | Både | Durbin R , Eddy SR , Krogh A , Mitchison G | 1998 |
| HH-svit | Parvis jämförelse av profil Hidden Markov-modeller; väldigt känslig | Protein | Söding J | 2005/2012 |
| IDF | Omvänd dokumentfrekvens | Både | ||
| Infernalisk | Profil SCFG- sökning | RNA | Eddy S | |
| KLAST | Högpresterande sökverktyg för sekvenslikhet för allmänna ändamål | Både | 2009/2014 | |
| LAMBDA | Högpresterande lokal aligner kompatibel med BLAST, men mycket snabbare; stöder SAM/BAM | Protein | Hannes Hauswedell, Jochen Singer, Knut Reinert | 2014 |
| MMseqs2 | Programsvit för att söka och gruppera enorma sekvensuppsättningar. Liknande känslighet för BLAST och PSI-BLAST men storleksordningar snabbare | Protein | Steinegger M, Mirdita M, Galiez C, Söding J | 2017 |
| ANVÄNDASÖKNING | Ultrasnabbt sekvensanalysverktyg | Både | Edgar, RC (2010). "Sök och gruppera storleksordningar snabbare än BLAST" . Bioinformatik . 26 (19): 2460–2461. doi : 10.1093/bioinformatics/btq461 . PMID 20709691 . offentliggörande | 2010 |
| OSVALD | OpenCL Smith-Waterman på Alteras FPGA för stora proteindatabaser | Protein | Rucci E, García C, Botella G, De Giusti A, Naiouf M, Prieto-Matías M | 2016 |
| parasail | Snabb Smith-Waterman-sökning med SIMD-parallellisering | Både | Dagligen J | 2015 |
| PSI-BLAST | Positionsspecifik iterativ BLAST, lokal sökning med positionsspecifika poängmatriser , mycket känsligare än BLAST | Protein | Altschul SF , Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W , Lipman DJ | 1997 |
| PSI-sökning | Kombinera Smith-Waterman-sökalgoritmen med PSI-BLAST- profilkonstruktionsstrategin för att hitta avlägset relaterade proteinsekvenser och förhindra homologa överextensionsfel. | Protein | Li W, McWilliam H, Goujon M, Cowley A, Lopez R, Pearson WR | 2012 |
| R&R | Retrieve and Relate (R&R) är en högpresterande men ändå känslig sökmotor för flera databaser, som kan söka parallellt genom DNA-, RNA- och proteinsekvenser. | Både | 2019 | |
| ScalaBLAST | Mycket parallell skalbar BLAST | Både | Oehmen et al. | 2011 |
| Sequilab | Länka och profilera sekvensanpassningsdata från NCBI-BLAST-resultat med större sekvensanalysservrar/tjänster | Nukleotid, peptid | 2010 | |
| SAM | Lokal och global sökning med profilen Hidden Markov-modeller, känsligare än PSI-BLAST | Både | Karplus K , Krogh A | 1999 |
| SÖK | Smith-Waterman-sökning, långsammare men känsligare än FASTA | Både | ||
| SWAPHI | Första parallelliserade algoritmen som använder den framväxande Intel Xeon Phis för att accelerera Smith-Waterman proteindatabassökning | Protein | Liu Y och Schmidt B | 2014 |
| SWAPHI-LS | Första parallella Smith-Waterman-algoritmen som utnyttjar Intel Xeon Phi-kluster för att påskynda anpassningen av långa DNA-sekvenser | DNA | Liu Y, Tran TT, Lauenroth F, Schmidt B | 2014 |
| SIMM | Smith-Waterman implementering för Intel Multicore och Manycore arkitekturer | Protein | Rucci E, García C, Botella G, De Giusti A, Naiouf M och Prieto-Matías M | 2015 |
| SWIMM2.0 | Förbättrad Smith-Waterman på Intels multicore- och Manycore-arkitekturer baserade på AVX-512 vektortillägg | Protein | Rucci E, García C, Botella G, De Giusti A, Naiouf M och Prieto-Matías M | 2018 |
| HÅRT SLAG | Snabb Smith-Waterman-sökning med SIMD-parallellisering | Både | Rognes T | 2011 |
* Sekvenstyp: protein eller nukleotid
Parvis inriktning
| namn | Beskrivning | Sekvenstyp* | Inriktningstyp** | Författare | År |
|---|---|---|---|---|---|
| ACANA | Snabb heuristisk ankarbaserad parvis inriktning | Både | Både | Huang, Umbach, Li | 2005 |
| AlignMe | Inriktningar för membranproteinsekvenser | Protein | Både | M. Stamm, K. Khafizov, R. Staritzbichler, LR Forrest | 2013 |
| ALLALIGN | För DNA-, RNA- och proteinmolekyler upp till 32MB, justerar alla sekvenser av storlek K eller större. Liknande justeringar grupperas tillsammans för analys. Automatiskt repetitivt sekvensfilter. | Både | Lokal | E. Wachtel | 2017 |
| Bioconductor Biostrings::pairwiseAlignment | Dynamisk programmering | Både | Båda + Slutfri | P. Aboyoun | 2008 |
| BioPerl dpAlign | Dynamisk programmering | Både | Båda + Slutfri | YM Chan | 2003 |
| BLASTZ, LASTZ | Seeded mönster-matchning | Nukleotid | Lokal | Schwartz et al. | 2004,2009 |
| CUDAlign | DNA-sekvensanpassning av obegränsad storlek i enstaka eller flera GPU:er | Nukleotid | Lokalt, SemiGlobalt, Globalt | E. Sandes | 2011-2015 |
| DNADot | Webbaserat dot-plot-verktyg | Nukleotid | Global | R. Bowen | 1998 |
| DOTLET | Java-baserat dot-plot-verktyg | Både | Global | M. Pagni och T. Junier | 1998 |
| FEST | Posteriort baserad lokal förlängning med beskrivande evolutionsmodell | Nukleotid | Lokal | AK Hudek och DG Brown | 2010 |
| Genome Compiler Genome Compiler | Justera kromatogramfiler (.ab1, .scf) mot en mallsekvens, lokalisera fel och korrigera dem direkt. | Nukleotid | Lokal | Genome Compiler Corporation | 2014 |
| G-PAS | GPU-baserad dynamisk programmering med backtracking | Både | Lokalt, SemiGlobalt, Globalt | W. Frohmberg, M. Kierzynka et al. | 2011 |
| GapMis | Gör parvis sekvensinriktning med ett gap | Både | SemiGlobal | K. Frousios, T. Flouri, CS Iliopoulos, K. Park, SP Pissis, G. Tischler | 2012 |
| Genomtrollkarl | Programvara för ultrasnabb lokal DNA-sekvensmotivsökning och parvis anpassning för NGS-data (FASTA, FASTQ). | DNA | Lokalt, SemiGlobalt, Globalt | Hepperle D (www.sequentix.de) | 2020 |
| GGSEARCH, GLSEARCH | Global:Global (GG), Global:Local (GL) anpassning till statistik | Protein | Global i fråga | W. Pearson | 2007 |
| JAligner | Java -implementering med öppen källkod av Smith-Waterman | Både | Lokal | A. Moustafa | 2005 |
| K*Sync | Proteinsekvens till strukturanpassning som inkluderar sekundär struktur, strukturell bevarande, strukturhärledda sekvensprofiler och konsensusjusteringspoäng | Protein | Både | D. Chivian & D. Baker | 2003 |
| LALIGN | Multipel, icke-överlappande, lokal likhet (samma algoritm som SIM) | Både | Lokal icke-överlappande | W. Pearson | 1991 (algoritm) |
| NW-justera | Standard Needleman-Wunsch dynamisk programmeringsalgoritm | Protein | Global | Y Zhang | 2012 |
| baktala | modellering inriktning; modellerar informationsinnehållet i sekvenserna | Nukleotid | Både | D. Powell, L. Allison och TI Dix | 2004 |
| matchare | Waterman-Eggert lokal anpassning (baserat på LALIGN) | Både | Lokal | I. Longden (modifierad från W. Pearson) | 1999 |
| MCALIGN2 | explicita modeller av indel evolution | DNA | Global | J. Wang et al. | 2006 |
| MegAlign Pro (Lasergene Molecular Biology) | Programvara för att justera DNA, RNA, protein eller DNA + proteinsekvenser via parvisa och multipla sekvensanpassningsalgoritmer inklusive MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson och Dotplot-analys. | Både | Både | DNASTAR | 1993-2016 |
| MUMMER | suffix träd baserat | Nukleotid | Global | S. Kurtz et al. | 2004 |
| nål | Needleman-Wunsch dynamisk programmering | Både | SemiGlobal | A. Bleasby | 1999 |
| Ngila | logaritmiska och affina gapkostnader och explicita modeller för indel-evolution | Både | Global | R. Cartwright | 2007 |
| NW | Needleman-Wunsch dynamisk programmering | Både | Global | ACR Martin | 1990-2015 |
| parasail | C/C++/Python/Java SIMD dynamiskt programmeringsbibliotek för SSE, AVX2 | Både | Globalt, Slutfritt, Lokalt | J. Daily | 2015 |
| Väg | Smith-Waterman på proteinbakåtöversättningsgraf ( upptäcker ramförskjutningar på proteinnivå ) | Protein | Lokal | M. Gîrdea et al. | 2009 |
| PatternHunter | Seeded mönster-matchning | Nukleotid | Lokal | B. Ma et al. | 2002–2004 |
| ProbA (även propA) | Stokastisk partitionsfunktionssampling via dynamisk programmering | Både | Global | U. Mückstein | 2002 |
| PyMOL | "align"-kommandot justerar sekvensen och tillämpar den på struktur | Protein | Globalt (genom urval) | WL DeLano | 2007 |
| REPuter | suffix träd baserat | Nukleotid | Lokal | S. Kurtz et al. | 2001 |
| SABELTAND | Justering med förutspådda anslutningsprofiler | Protein | Global | F. Teichert, J. Minning, U. Bastolla och M. Porto | 2009 |
| Satsuma | Parallella syntenyjusteringar av hela genomet | DNA | Lokal | MG Grabherr et al. | 2010 |
| SEQALN | Diverse dynamisk programmering | Både | Lokalt eller globalt | MS Waterman och P. Hardy | 1996 |
| SIM, GAP, NAP, LAP | Lokal likhet med varierande gapbehandlingar | Både | Lokalt eller globalt | X. Huang och W. Miller | 1990-6 |
| SIM | Lokal likhet | Både | Lokal | X. Huang och W. Miller | 1991 |
| SPA: Super parvis inriktning | Snabb parvis global anpassning | Nukleotid | Global | Shen, Yang, Yao, Hwang | 2002 |
| SÖK | Lokal ( Smith-Waterman ) anpassning till statistik | Protein | Lokal | W. Pearson | 1981 (algoritm) |
| Sequences Studio | Java-applet som visar olika algoritmer från | Generisk sekvens | Lokalt och globalt | A.Meskauskas | 1997 (uppslagsbok) |
| SWIFOLD | Smith-Waterman Acceleration på Intels FPGA med OpenCL för långa DNA-sekvenser | Nukleotid | Lokal | E. Rucci | 2017-2018 |
| SWIFT kostym | Snabb lokal anpassningssökning | DNA | Lokal | K. Rasmussen, W. Gerlach | 2005,2008 |
| bår | Minnesoptimerad Needleman-Wunsch dynamisk programmering | Både | Global | I. Longden (modifierad från G. Myers och W. Miller) | 1999 |
| transalign | Justerar nukleinsyrasekvenser givet en proteininriktning | Nukleotid | NA | G. Williams (modifierad från B. Pearson) | 2002 |
| UGENE | Opensource Smith-Waterman för SSE/CUDA, Suffix array-baserad upprepningssökare och punktplot | Både | Både | UniPro | 2010 |
| vatten | Smith-Waterman dynamisk programmering | Både | Lokal | A. Bleasby | 1999 |
| wordmatch | k -tuppel parvis matchning | Både | NA | I. Longden | 1998 |
| YASS | Seeded mönster-matchning | Nukleotid | Lokal | L. Noe och G. Kucherov | 2004 |
* Sekvenstyp: protein eller nukleotid ** Justeringstyp: lokal eller global
Multipelsekvensinriktning
| namn | Beskrivning | Sekvenstyp* | Inriktningstyp** | Författare | År | Licens |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ABA | A-Bruijn inriktning | Protein | Global | B. Raphael et al. | 2004 | Proprietär , gratisprogram för utbildning, forskning, ideell verksamhet |
| ALE | manuell justering ; viss mjukvaruhjälp | Nukleotider | Lokal | J. Blandy och K. Fogel | 1994 (senaste versionen 2007) | Gratis, GPL 2 |
| ALLALIGN | För DNA-, RNA- och proteinmolekyler upp till 32MB, justerar alla sekvenser av storlek K eller större, MSA eller inom en enda molekyl. Liknande justeringar grupperas tillsammans för analys. Automatiskt repetitivt sekvensfilter. | Både | Lokal | E. Wachtel | 2017 | Fri |
| EN KARTA | Sekvensglödgning | Både | Global | A. Schwartz och L. Pachter | 2006 | |
| anon. | snabb, optimal anpassning av tre sekvenser med hjälp av linjära gapkostnader | Nukleotider | Global | D. Powell, L. Allison och TI Dix | 2000 | |
| BAli-Phy | Träd+multijustering; probabilistisk-bayesiansk; gemensam uppskattning | Båda + kodoner | Global | BD Redelings och MA Suchard | 2005 (senaste versionen 2018) | Gratis, GPL |
| Bas för bas | Java-baserad redigerare för multipelsekvensjustering med integrerade analysverktyg | Både | Lokalt eller globalt | R. Brodie et al. | 2004 | Proprietär , gratisprogram , måste registreras |
| KAOS, DIALIGN | Iterativ justering | Både | Lokalt (föredraget) | M. Brudno och B. Morgenstern | 2003 | |
| Clustal W | Progressiv anpassning | Både | Lokalt eller globalt | Thompson et al. | 1994 | Gratis, LGPL |
| CodonCode Aligner | Multi-inriktning; Support för ClustalW och Phrap | Nukleotider | Lokalt eller globalt | P. Richterich et al. | 2003 (senaste versionen 2009) | |
| Kompass | Jämförelse av multipla proteinsekvensanpassningar med bedömning av statistisk signifikans | Protein | Global | RI Sadrejev, et al. | 2009 | |
| DECHIFFRERA | Progressiv-iterativ anpassning | Både | Global | Erik S. Wright | 2014 | Gratis, GPL |
| DIALIGN-TX och DIALIGN-T | Segmentbaserad metod | Både | Lokalt (föredraget) eller globalt | ASUbramanian | 2005 (senaste versionen 2008) | |
| DNA-justering | Segmentbaserad metod för intraspecifika anpassningar | Både | Lokalt (föredraget) eller globalt | A. Roehl | 2005 (senaste versionen 2008) | |
| DNA Baser Sequence Assembler | Multi-inriktning; Helautomatisk sekvensjustering; Automatisk tvetydighetskorrigering; Intern basanropare; Kommandoradsföljande justering | Nukleotider | Lokalt eller globalt | Heracle BioSoft SRL | 2006 (senaste versionen 2018) | Kommersiell (vissa moduler är gratisprogram) |
| DNADynamo | kopplat DNA till protein multipel anpassning med MUSCLE , Clustal och Smith-Waterman | Både | Lokalt eller globalt | DNADynamo | 2004 (senaste versionen 2017) | |
| EDNA | Energibaserad multipelsekvensjustering för DNA-bindningsställen | Nukleotider | Lokalt eller globalt | Salama, RA. et al. | 2013 | |
| FAMSA | Progressiv anpassning för extremt stora proteinfamiljer (hundratusentals medlemmar) | Protein | Global | Deorowicz et al. | 2016 | Gratis, GPL 3 |
| FSA | Sekvensglödgning | Både | Global | RK Bradley et al. | 2008 | |
| Genialiskt | Progressiv-Iterativ anpassning; ClustalW-plugin | Både | Lokalt eller globalt | AJ Drummond et al. | 2005 (senaste versionen 2017) | |
| Kalign | Progressiv anpassning | Både | Global | T. Lassmann | 2005 | |
| MAFFT | Progressiv-iterativ anpassning | Både | Lokalt eller globalt | K. Katoh et al. | 2005 | Gratis, BSD |
| MARNA | Multi-alignment av RNA | RNA | Lokal | S. Siebert et al. | 2005 | |
| MAVID | Progressiv anpassning | Både | Global | N. Bray och L. Pachter | 2004 | |
| MegAlign Pro (Lasergene Molecular Biology) | Programvara för att justera DNA, RNA, protein eller DNA + proteinsekvenser via parvisa och multipla sekvensanpassningsalgoritmer inklusive MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson och Dotplot-analys. | Både | Lokalt eller globalt | DNASTAR | 1993-2016 | |
| MSA | Dynamisk programmering | Både | Lokalt eller globalt | DJ Lipman et al. | 1989 (modifierad 1995) | |
| MSAProbs | Dynamisk programmering | Protein | Global | Y. Liu, B. Schmidt, D. Maskell | 2010 | |
| MULTALIN | Dynamisk programmering-klustring | Både | Lokalt eller globalt | F. Corpet | 1988 | |
| Multi-LAGAN | Progressiv dynamisk programmeringsinriktning | Både | Global | M. Brudno et al. | 2003 | |
| MUSKEL | Progressiv-iterativ anpassning | Både | Lokalt eller globalt | R. Edgar | 2004 | |
| Opal | Progressiv-iterativ anpassning | Både | Lokalt eller globalt | T. Wheeler och J. Kececioglu | 2007 (senaste stall 2013, senaste beta 2016) | |
| Pekannöt | Probabilistisk-konsistens | DNA | Global | B. Paten et al. | 2008 | |
| Phylo | Ett mänskligt datorramverk för jämförande genomik för att lösa multipel anpassning | Nukleotider | Lokalt eller globalt | McGill bioinformatik | 2010 | |
| PMFastR | Progressiv strukturmedveten anpassning | RNA | Global | D. DeBlasio, J Braund, S Zhang | 2009 | |
| Pralin | Progressiv-iterativ-konsistens-homologi-utvidgad anpassning med förprofilering och förutsägelse av sekundär struktur | Protein | Global | J. Heringa | 1999 (senaste versionen 2009) | |
| PicXAA | Icke-progressiv, maximal förväntad noggrannhetsjustering | Både | Global | SME Sahraeian och BJ Yoon | 2010 | |
| POA | Delordning/dold Markov-modell | Protein | Lokalt eller globalt | C. Lee | 2002 | |
| Probalign | Probabilistisk/överensstämmelse med partitionsfunktionssannolikheter | Protein | Global | Roshan och Livesay | 2006 | Gratis, allmän egendom |
| ProbCons | Sannolikhet/konsistens | Protein | Lokalt eller globalt | C. Do et al. | 2005 | Gratis, allmän egendom |
| PROMALS3D | Progressiv uppriktning/dold Markov-modell/Sekundär struktur/3D-struktur | Protein | Global | J. Pei et al. | 2008 | |
| PRRN/PRRP | Iterativ justering (särskilt förfining) | Protein | Lokalt eller globalt | Y. Totoki (baserat på O. Gotoh) | 1991 och senare | |
| PSAlign | Inriktning som bevarar icke-heuristisk | Både | Lokalt eller globalt | SH Sze, Y. Lu, Q. Yang. | 2006 | |
| RevTrans | Kombinerar DNA- och proteinanpassning genom att återöversätta proteinanpassningen till DNA. | DNA/protein (speciellt) | Lokalt eller globalt | Wernersson och Pedersen | 2003 (senaste versionen 2005) | |
| SAGA | Sekvensjustering med genetisk algoritm | Protein | Lokalt eller globalt | C. Notredame et al. | 1996 (ny version 1998) | |
| SAM | Dold Markov-modell | Protein | Lokalt eller globalt | A. Krogh et al. | 1994 (senaste versionen 2002) | |
| Täta | Manuell inriktning | Både | Lokal | A. Rambaut | 2002 | |
| StatAlign | Bayesiansk samuppskattning av anpassning och fylogeni (MCMC) | Både | Global | A. Novak et al. | 2008 | |
| Stemloc | Multipel inriktning och förutsägelse av sekundär struktur | RNA | Lokalt eller globalt | I. Holmes | 2005 | Gratis, GPL 3 (parte de DART) |
| T-kaffe | Mer känslig progressiv uppriktning | Både | Lokalt eller globalt | C. Notredame et al. | 2000 (senaste versionen 2008) | Gratis, GPL 2 |
| UGENE | Stöder flera justeringar med MUSCLE , KAlign, Clustal och MAFFT plugins | Både | Lokalt eller globalt | UGENE-teamet | 2010 (nyaste versionen 2020) | Gratis, GPL 2 |
| VectorFriends | VectorFriends Aligner, MUSCLE plugin och Clustal W plugin | Både | Lokalt eller globalt | BioFriends team | 2013 | Proprietär , gratisprogram för akademiskt bruk |
| GLProbs | Adaptivt par-Hidden Markov Modellbaserad tillvägagångssätt | Protein | Global | Y. Ye et al. | 2013 |
* Sekvenstyp: protein eller nukleotid. ** Inriktningstyp: lokal eller global
Genomisk analys
| namn | Beskrivning | Sekvenstyp* | |
|---|---|---|---|
| ÖRN | Ett ultrasnabbt verktyg för att hitta relativt frånvarande ord i genomisk data | Nukleotid | |
| ACT (Artemis Comparison Tool) | Synteny och jämförande genomik | Nukleotid | |
| IVRIG | Parvis global anpassning med hela genom | Nukleotid | |
| BLAT | Justering av cDNA-sekvenser till ett genom. | Nukleotid | |
| DECHIFFRERA | Justering av omarrangerade genom med användning av 6-ramars translation | Nukleotid | |
| FLAK | Fuzzy hela genomet anpassning och analys | Nukleotid | |
| GMAP | Justering av cDNA-sekvenser till ett genom. Identifierar skarvställen med hög noggrannhet. | Nukleotid | |
| Splign | Justering av cDNA-sekvenser till ett genom. Identifierar skarvställen med hög noggrannhet. Kunna känna igen och separera gendupliceringar. | Nukleotid | |
| Mauve | Multipel anpassning av omarrangerade genom | Nukleotid | |
| MGA | Multiple Genome Aligner | Nukleotid | |
| Mulan | Lokala multipla anpassningar av genomlängdssekvenser | Nukleotid | |
| Multiz | Multipel anpassning av genom | Nukleotid | |
| PLAST-ncRNA | Sök efter ncRNA i genom genom lokal anpassning av partitionsfunktioner | Nukleotid | |
| Sequerome | Profilering av sekvensanpassningsdata med större servrar/tjänster | Nukleotid, peptid | |
| Sequilab | Profilering av sekvensanpassningsdata från NCBI-BLAST resultat med stora servrar-tjänster | Nukleotid, peptid | |
| Blanda-LAGAN | Parvis glokal anpassning av färdiga genomregioner | Nukleotid | |
| SIBsim4, Sim4 | Ett program utformat för att anpassa en uttryckt DNA-sekvens med en genomisk sekvens, vilket möjliggör introner | Nukleotid | |
| SLAM | Genfynd, anpassning, annotering (identifiering av homologi mellan människa och mus) | Nukleotid | |
| SRPRISM | En effektiv aligner för sammansättningar med explicita garantier, justering av läsningar utan skarvar | Nukleotid |
* Sekvenstyp: protein eller nukleotid
Motivfynde
| namn | Beskrivning | Sekvenstyp* |
|---|---|---|
| PMS | Motivsökning och upptäckt | Både |
| FMM | Motivsökning och upptäckt (kan även få positiva och negativa sekvenser som input för berikad motivsökning) | Nukleotid |
| BLOCKAR | Oupplåst motividentifiering från BLOCKS databas | Både |
| eMOTIF | Utdrag och identifiering av kortare motiv | Både |
| Gibbs motivprovtagare | Stokastisk motivextraktion genom statistisk sannolikhet | Både |
| HMMTOP | Förutsägelse av transmembranspiraler och topologi för proteiner | Protein |
| I-sajter | Lokal struktur motiv bibliotek | Protein |
| JCoils | Förutsägelse av Coiled coil och Leucine Zipper | Protein |
| MEME /MAST | Motivupptäckt och sökande | Både |
| CUDA-MEME | GPU-accelererad MEME (v4.4.0)-algoritm för GPU-kluster | Både |
| MERCI | Diskriminerande motiv upptäckt och sökning | Både |
| PHI-Blast | Verktyg för motivsökning och justering | Både |
| Phyloscan | Verktyg för motivsökning | Nukleotid |
| PRATT | Mönstergenerering för användning med ScanProsite | Protein |
| ScanProsite | Sökverktyg för motivdatabas | Protein |
| TEIRESIAS | Motivextraktion och databassökning | Både |
| BASALT | Sök efter flera motiv och reguljära uttryck | Både |
* Sekvenstyp: protein eller nukleotid
Benchmarking
| namn | Författare |
|---|---|
| PFAM 30.0 (2016) | |
| SMART (2015) | Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork |
| BAliBASE 3 (2015) | Thompson, Plewniak, Poch |
| Oxbench (2011) | Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton |
| Benchmark-samling (2009) | Edgar |
| HOMSTRAD (2005) | Mizuguchi |
| PREFAB 4.0 (2005) | Edgar |
| SABmark (2004) | Van Walle, Lasters, Wyns |
Justera tittare, redaktörer
Se Lista över programvara för inriktningsvisualisering .
Kortläst sekvensjustering
| namn | Beskrivning | alternativet för parad ände | Använd FASTQ-kvalitet | Glappade | Flertrådig | Licens | Referens | År |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Arioc | Beräknar Smith-Waterman gapade justeringar och mappningskvaliteter på en eller flera GPU:er. Stöder BS-seq-justeringar. Bearbetar 100 000 till 500 000 läsningar per sekund (varierar med data, hårdvara och konfigurerad känslighet). | Ja | Nej | Ja | Ja | Gratis, BSD | 2015 | |
| Barracuda | Ett GPGPU-accelererat Burrows–Wheeler-transformation (FM-index) kortläsningsprogram baserat på BWA, stöder inriktning av indelar med gapöppningar och förlängningar. | Ja | Nej | Ja | Ja, POSIX-trådar och CUDA | Gratis, GPL | ||
| BBmap | Använder en kort kmers för att snabbt indexera genomet; ingen storleks- eller ställningsgräns. Högre känslighet och specificitet än Burrows–Wheeler aligners, med liknande eller högre hastighet. Utför affin-transform-optimerad global anpassning, som är långsammare men mer exakt än Smith-Waterman. Hanterar Illumina, 454, PacBio, Sanger och Ion Torrent-data. Skarvmedveten; kapabel att bearbeta långa indelar och RNA-seq. Ren Java; körs på vilken plattform som helst. Används av Joint Genome Institute . | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, BSD | 2010 | |
| FAST | Explicit avvägning mellan tid och noggrannhet med en tidigare noggrannhetsuppskattning, stödd av indexering av referenssekvenserna. Komprimerar index optimalt. Kan hantera miljarder korta läsningar. Kan hantera infogningar, raderingar, SNP:er och färgfel (kan kartlägga ABI SOLiD-färgrymdsläsningar). Utför en fullständig Smith Waterman-justering. | Ja, POSIX-trådar | Gratis, GPL | 2009 | ||||
| BigBWA | Kör Burrows–Wheeler Aligner -BWA på ett Hadoop- kluster. Den stöder algoritmerna BWA-MEM, BWA-ALN och BWA-SW, och arbetar med parade och enstaka läsningar. Det innebär en viktig minskning av beräkningstiden när man kör i ett Hadoop-kluster, vilket lägger till skalbarhet och feltolerans. | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Ja | Gratis, GPL 3 | 2015 | |
| BLASTN | BLASTs nukleotidanpassningsprogram, långsamt och inte exakt för korta läsningar, och använder en sekvensdatabas (EST, Sanger-sekvens) snarare än ett referensgenom. | |||||||
| BLAT | Tillverkad av Jim Kent . Kan hantera en missmatchning i det första inriktningssteget. | Ja, klient-server | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | 2002 | ||||
| Fluga | Använder en Burrows–Wheeler-transform för att skapa ett permanent, återanvändbart index av genomet; 1,3 GB minnesfotavtryck för mänskligt genom. Justerar mer än 25 miljoner Illumina-läsningar på 1 CPU-timme. Stöder Maq-liknande och SOAP-liknande anpassningspolicyer | Ja | Ja | Nej | Ja, POSIX-trådar | Gratis, konstnärlig | 2009 | |
| BWA | Använder en Burrows–Wheeler-transform för att skapa ett index över genomet. Den är lite långsammare än Bowtie men tillåter indels inriktning. | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Ja | Gratis, GPL | 2009 | |
| BWA-PSSM | En probabilistisk kortläsningsinriktning baserad på användningen av positionsspecifika poängmatriser (PSSM). Justeraren är anpassningsbar i den meningen att den kan ta hänsyn till kvalitetspoängen för läsningarna och modellerna av dataspecifika fördomar, såsom de som observeras i forntida DNA, PAR-CLIP-data eller genom med partiska nukleotidkompositioner. | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL | 2014 | |
| CASHX | Kvantifiera och hantera stora mängder kortläst sekvensdata. CASHX pipeline innehåller en uppsättning verktyg som kan användas tillsammans eller separat som moduler. Denna algoritm är mycket exakt för perfekta träffar på ett referensgenom. | Nej | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | |||||
| Skyfall | Kortläst kartläggning med Hadoop MapReduce | Ja, Hadoop MapReduce | Gratis, konstnärlig | |||||
| CUDA-EC | Kortläst justering av felkorrigering med GPU:er. | Ja, GPU aktiverad | ||||||
| CUSHAW | En CUDA-kompatibel kortläst aligner till stora genom baserad på Burrows–Wheeler-transform | Ja | Ja | Nej | Ja (GPU-aktiverad) | Gratis, GPL | 2012 | |
| CUSHAW2 | Gappad kortläst och långläst justering baserat på maximala exakt matchande frön. Denna aligner stöder både bas-rymd (t.ex. från Illumina, 454, Ion Torrent och PacBio-sequencers) och ABI SOLiD-färgrymdsläsjusteringar. | Ja | Nej | Ja | Ja | Gratis, GPL | 2014 | |
| CUSHAW2-GPU | GPU-accelererad CUSHAW2 kortläst aligner. | Ja | Nej | Ja | Ja | Gratis, GPL | ||
| CUSHAW3 | Känslig och exakt kortavläsning av basutrymme och färgrymd med hybridsådd | Ja | Nej | Ja | Ja | Gratis, GPL | 2012 | |
| drFAST | Läsmappningsprogramvara som implementerar cacheminne för att minimera huvud-/cacheminnesöverföringar som mrFAST och mrsFAST, dock utformad för SOLiD-sekvenseringsplattformen (färgrymdsavläsningar). Den returnerar också alla möjliga kartplatser för förbättrad upptäckt av strukturella variationer. | Ja | Ja, för strukturell variation | Ja | Nej | Gratis, BSD | ||
| ELAND | Implementerad av Illumina. Inkluderar opåverkad justering med en ändlig läslängd. | |||||||
| ERNE | Utökad randomiserad numerisk alignEr för exakt justering av NGS-avläsningar. Den kan kartlägga bisulfitbehandlade läsningar. | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Multithreading och MPI-aktiverad | Gratis, GPL 3 | ||
| GASSST | Hittar globala anpassningar av korta DNA-sekvenser mot stora DNA-banker | Multithreading | CeCILL version 2-licens. | 2011 | ||||
| PÄRLA | Högkvalitativ uppriktningsmotor (uttömmande kartläggning med ersättningar och indelar). Mer exakt och flera gånger snabbare än BWA eller Bowtie 1/2. Många fristående biologiska applikationer (kartläggning, delad kartläggning, kartläggning och annat) tillhandahålls. | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL 3 | 2012 | |
| Genalice KARTA | Ultrasnabb och omfattande NGS-läsjustering med hög precision och litet lagringsutrymme. | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Ja | Proprietär , kommersiell | ||
| Genial montör | Snabb, exakt överlappssamlare med förmågan att hantera vilken kombination av sekvenseringsteknik som helst, läslängd, valfri parningsorientering, med valfri spacerstorlek för parningen, med eller utan referensgenom. | Ja | Proprietär , kommersiell | |||||
| GensearchNGS | Komplett ramverk med användarvänligt GUI för att analysera NGS-data. Den integrerar en egenutvecklad högkvalitativ anpassningsalgoritm och insticksmöjlighet för att integrera olika publika aligner i ett ramverk som gör det möjligt att importera korta läsningar, anpassa dem, upptäcka varianter och generera rapporter. Den är gjord för återsekvensering av projekt, nämligen i en diagnostisk miljö. | Ja | Nej | Ja | Ja | Proprietär , kommersiell | ||
| GMAP och GSNAP | Robust, snabb kortavläsningsuppriktning. GMAP: längre läsningar, med flera indelar och skarvar (se posten ovan under Genomicsanalys); GSNAP: kortare läsningar, med en indel eller upp till två skarvar per läsning. Användbar för digitalt genuttryck, SNP och indel genotypning. Utvecklad av Thomas Wu på Genentech. Används av National Center for Genome Resources (NCGR) i Alpheus. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||
| GNUMAP | Utför noggrant gapad anpassning av sekvensdata erhållna från nästa generations sekvenseringsmaskiner (särskilt från Solexa-Illumina) tillbaka till ett genom av valfri storlek. Inkluderar adaptertrimning, SNP-anrop och Bisulfite-sekvensanalys. | Ja, stöder även Illumina *_int.txt- och *_prb.txt-filer med alla fyra kvalitetspoäng för varje bas | Multithreading och MPI-aktiverad | 2009 | ||||
| HIVE-hexagon | Använder en hashtabell och blommatris för att skapa och filtrera potentiella positioner på genomet. För högre effektivitet används korslikhet mellan korta läsningar och undviker att omjustera icke-unika redundanta sekvenser. Det är snabbare än Bowtie och BWA och tillåter indels och divergerande känsliga justeringar på virus, bakterier och mer konservativa eukaryota justeringar. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , gratisprogram för akademiska och icke-kommersiella användare registrerade på HIVE-distributionsinstansen | 2014 | |
| IMOS | Förbättrad Meta-aligner och Minimap2 On Spark. En långläst distribuerad aligner på Apache Spark-plattformen med linjär skalbarhet i förhållande till exekvering av en enda nod. | Ja | Ja | Ja | Fri | |||
| Isaac | Använder fullt ut all datorkraft som finns tillgänglig på en servernod; sålunda skalar den över ett brett spektrum av hårdvaruarkitekturer, och anpassningsprestanda förbättras med hårdvaruförmågor | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL | ||
| SISTA | Använder adaptiva frön och klarar mer effektivt repeteringsrika sekvenser (t.ex. genom). Till exempel: den kan anpassa läsningar till genom utan att upprepa maskering, utan att bli överväldigad av repetitiva träffar. | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL | 2011 | |
| MAQ | Ouppspelad anpassning som tar hänsyn till kvalitetspoäng för varje bas. | Gratis, GPL | ||||||
| mrFAST, mrFAST | Gapped (mrFAST) och ohapped (mrsFAST) justeringsprogramvara som implementerar cacheminneslöshet för att minimera huvud-/cacheminnesöverföringar. De är designade för Illumina-sekvenseringsplattformen och de kan returnera alla möjliga kartplatser för förbättrad upptäckt av strukturella variationer. | Ja | Ja, för strukturell variation | Ja | Nej | Gratis, BSD | ||
| MAMMA | MOM eller maximal oligonukleotidmappning är ett frågematchningsverktyg som fångar en maximal längdmatchning inom den korta läsningen. | Ja | ||||||
| MOSAIK | Snabbt gapad aligner och referensstyrd assembler. Justerar läsningar med en bandad Smith-Waterman- algoritm seedad av resultat från ett k-mer-hashningsschema. Stöder läsningar i storlek från mycket kort till mycket lång. | Ja | ||||||
| MPscan | Snabb aligner baserad på en filtreringsstrategi (ingen indexering, använd q-gram och bakåt nondeterministisk DAWG -matchning) | 2009 | ||||||
| Novoalign & NovoalignCS | Gappad justering av enkel ände och parad ände Illumina GA I & II, ABI Color space & ION Torrent läser. Hög känslighet och specificitet, med baskvaliteter i alla steg i anpassningen. Inkluderar adaptertrimning, baskvalitetskalibrering, Bi-Seq-justering och alternativ för att rapportera flera justeringar per läsning. Användning av tvetydiga IUPAC-koder som referens för vanliga SNP kan förbättra SNP-återkallelse och ta bort allelisk bias. | Ja | Ja | Ja | Flertråds- och MPI-versioner tillgängliga med betald licens | Proprietär , gratis enkelgängad version för akademisk och icke-kommersiell användning | ||
| NextGENe | Utvecklad för användning av biologer som utför analys av nästa generations sekvenseringsdata från Roche Genome Sequencer FLX, Illumina GA/HiSeq, Life Technologies Applied BioSystems SOLiD System, PacBio och Ion Torrent-plattformar. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , kommersiell | ||
| NextGenMap | Flexibelt och snabbt avläst kartprogram (dubbelt så snabbt som BWA), uppnår en kartläggningskänslighet jämförbar med Stampy. Internt använder en minneseffektiv indexstruktur (hash-tabell) för att lagra positioner för alla 13-merer som finns i referensgenomet. Kartläggningsområden där parvisa justeringar krävs bestäms dynamiskt för varje läsning. Använder snabba SIMD-instruktioner (SSE) för att påskynda inriktningsberäkningar på CPU. Om tillgängligt, beräknas justeringar på GPU (med OpenCL/CUDA), vilket ytterligare minskar körtiden med 20-50%. | Ja | Nej | Ja | Ja, POSIX-trådar , OpenCL/ CUDA , SSE | Fri | 2013 | |
| Omixon Variant Toolkit | Innehåller mycket känsliga och mycket exakta verktyg för att upptäcka SNP:er och indelar. Det erbjuder en lösning för att kartlägga NGS korta avläsningar med ett måttligt avstånd (upp till 30 % sekvensavvikelse) från referensgenom. Det innebär inga begränsningar för storleken på referensen, vilket i kombination med dess höga känslighet gör Variant Toolkit väl lämpad för riktade sekvenseringsprojekt och diagnostik. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , kommersiell | ||
| PALMapper | Beräknar effektivt både skarvade och oskarvade uppriktningar med hög noggrannhet. Genom att förlita sig på en maskininlärningsstrategi kombinerat med en snabb kartläggning baserad på en bandad Smith-Waterman-liknande algoritm, anpassar den cirka 7 miljoner avläsningar per timme på en CPU. Den förfinar den ursprungligen föreslagna QPALMA-metoden. | Ja | Gratis, GPL | |||||
| Partek Flow | För användning av biologer och bioinformatiker. Den stöder oavslutad, gapad och skarvövergångsinriktning från enkel- och paradändsläsningar från Illumina, Life technologies Solid TM, Roche 454 och Ion Torrent rådata (med eller utan kvalitetsinformation). Den integrerar kraftfull kvalitetskontroll på FASTQ/Qual nivå och på anpassade data. Ytterligare funktionalitet inkluderar trimning och filtrering av råavläsningar, SNP- och InDel-detektion, mRNA- och mikroRNA-kvantifiering och fusionsgendetektion. | Ja | Ja | Ja | Multiprocessor-core, klient-server installation möjlig | Proprietär , kommersiell , gratis testversion | ||
| PASSERA | Indexerar genomet och utökar sedan frön med hjälp av förberäknade justeringar av ord. Fungerar med basutrymme, färgrymd (SOLID) och kan anpassa genomiska och splitsade RNA-seq-läsningar. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||
| PerM | Indexerar genomet med periodiska frön för att snabbt hitta anpassningar med full känslighet upp till fyra felmatchningar. Den kan kartlägga Illumina- och SOLiD-läsningar. Till skillnad från de flesta kartprogram ökar hastigheten för längre läslängder. | Ja | Gratis, GPL | |||||
| PRIMEX | Indexerar genomet med en k-mer-uppslagstabell med full känslighet upp till ett justerbart antal felmatchningar. Det är bäst för att kartlägga 15-60 bp sekvenser till ett genom. | Nej | Nej | Ja | Nej, flera processer per sökning | [1] | 2003 | |
| QPalma | Kan använda kvalitetspoäng, intronlängder och beräkningssplitsplatsförutsägelser för att utföra och utföra en opartisk anpassning. Kan tränas till detaljerna i ett RNA-seq experiment och genom. Användbar för upptäckt av skarvställen/introner och för att bygga genmodeller. (Se PALMapper för en snabbare version). | Ja, klient-server | Gratis, GPL 2 | |||||
| RazerS | Ingen läslängdsbegränsning. Hamming eller redigera avståndskartläggning med konfigurerbara felfrekvenser. Konfigurerbar och förutsägbar känslighet (runtime/sensitivity tradeoff). Stöder parad läsmapping. | Gratis, LGPL | ||||||
| RIKTIGT, VERKLIGT | REAL är ett effektivt, exakt och känsligt verktyg för att justera korta avläsningar som erhålls från nästa generations sekvensering. Programmet kan hantera en enorm mängd single-end-läsningar som genereras av nästa generations Illumina/Solexa Genome Analyzer. cREAL är en enkel förlängning av REAL för att anpassa korta avläsningar från nästa generations sekvensering till ett genom med cirkulär struktur. | Ja | Ja | Gratis, GPL | ||||
| RMAP | Kan kartläsa med eller utan felsannolikhetsinformation (kvalitetspoäng) och stöder läsavläsningar i par eller bisulfitbehandlad avläsning. Det finns inga begränsningar för läslängden eller antalet felmatchningar. | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL 3 | |||
| rNA | En randomiserad numerisk justering för exakt justering av NGS-avläsningar | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Multithreading och MPI-aktiverad | Gratis, GPL 3 | ||
| RTG-utredare | Extremt snabb, tolerant mot höga indel- och substitutionsvärden. Inkluderar fullständig läsjustering. Produkten inkluderar omfattande pipelines för variantdetektion och metagenomisk analys med valfri kombination av Illumina-, Complete Genomics- och Roche 454-data. | Ja | Ja, för variantsamtal | Ja | Ja | Proprietär , gratisprogram för individuell utredare | ||
| Segemehl | Kan hantera infogningar, borttagningar, felmatchningar; använder utökade suffixarrayer | Ja | Nej | Ja | Ja | Proprietär , gratisprogram för icke-kommersiellt bruk | 2009 | |
| SeqMap | Upp till 5 blandade substitutioner och insättningar-deletioner; olika inställningsalternativ och ingångs-utgångsformat | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||||||
| Shrec | Kort läsfelkorrigering med en suffixträddatastruktur | Ja, Java | ||||||
| Räka | Indexerar referensgenomet från och med version 2. Använder masker för att generera möjliga nycklar. Kan kartlägga ABI SOLiD färgrymdsavläsningar. | Ja | Ja | Ja | Ja, OpenMP | Gratis, [[BSD-licenser| style="background: #DFF; vertical-align: middle; text-align: center; " class="free table-free"|Free, BSD ] ] derivativ |
|
2009-2011 |
| SLIDER | Slider är en applikation för Illumina Sequence Analyzer-utgången som använder "sannolikhet"-filerna istället för sekvensfilerna som en ingång för anpassning till en referenssekvens eller en uppsättning referenssekvenser. | Ja | Ja | Nej | Nej | 2009-2010 | ||
| SOAP, SOAP2, SOAP3, SOAP3-dp | TVÅL: robust med ett litet (1-3) antal luckor och oöverensstämmelse. Hastighetsförbättring jämfört med BLAT, använder en hashtabell på 12 bokstäver. SOAP2: använder dubbelriktad BWT för att bygga referensindexet, och det är mycket snabbare än den första versionen. SOAP3: GPU-accelererad version som kunde hitta alla 4-felmatchningar på tiotals sekunder per en miljon läsningar. SOAP3-dp, även GPU-accelererad, stöder godtyckliga antal felmatchningar och luckor enligt affin gap penalty-poäng. | Ja | Nej | Ja, SOAP3-dp | Ja, POSIX-trådar ; SOAP3, SOAP3-dp behöver GPU med CUDA- stöd | Gratis, GPL | ||
| SOCS | För ABI SOLiD-teknologier. Betydande ökning av tiden till kartläsning med felmatchningar (eller färgfel). Använder en iterativ version av Rabin-Karps strängsökningsalgoritm. | Ja | Gratis, GPL | |||||
| SparkBWA | Integrerar Burrows–Wheeler Aligner (BWA) på ett Apache Spark- ramverk som körs ovanpå Hadoop . Version 0.2 från oktober 2016, stöder algoritmerna BWA-MEM, BWA-backtrack och BWA-ALN. Alla av dem fungerar med enkelläsningar och parade läsningar. | Ja | Bastrimning av låg kvalitet | Ja | Ja | Gratis, GPL 3 | 2016 | |
| SSAHA, SSAHA2 | Snabbt för ett litet antal varianter | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||||||
| Stampy | För Illumina läser. Hög specificitet och känslig för läsningar med indelar, strukturella varianter eller många SNP. Långsamt, men hastigheten ökade dramatiskt genom att använda BWA för första inriktningspasset. | Ja | Ja | Ja | Nej | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | 2010 | |
| Storm | För Illumina eller ABI SOLiD läsningar, med SAM native output. Mycket känslig för läsningar med många fel, indels (full från 0 till 15, utökat stöd annars). Använder spridda frön (single hit) och ett mycket snabbt SSE - SSE2 - AVX2 - AVX-512 banded alignment filter. Endast för läsning med fast längd rekommenderar författare SHRiMP2 annars. | Nej | Ja | Ja | Ja, OpenMP | Fri | 2010 | |
| Subread, Subjunc | Supersnabba och exakta läsjusteringar. Subread kan användas för att kartlägga både gDNA-seq och RNA-seq reads. Subjunc upptäcker exon-exon-övergångar och kartlägger RNA-seq-läsningar. De använder ett nytt kartläggningsparadigm som heter seed-and-vote . | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL 3 | ||
| Taipan | De-novo assembler för Illumina läser | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||||||
| UGENE | Visuellt gränssnitt både för Bowtie och BWA, och en inbäddad aligner | Ja | Ja | Ja | Ja | Gratis, GPL | ||
| VelociMapper | FPGA-accelererat verktyg för kartläggning av referenssekvenser från TimeLogic . Snabbare än Burrows–Wheeler transform -baserade algoritmer som BWA och Bowtie. Stöder upp till 7 felmatchningar och/eller indelar utan prestationsstraff. Producerar känsliga Smith–Waterman-gaplinjer. | Ja | Ja | Ja | Ja | Proprietär , kommersiell | ||
| XpressAlign | FPGA-baserad skjutfönster kortläsjustering som utnyttjar den pinsamt parallella egenskapen med kortläsjustering. Prestanda skalas linjärt med antalet transistorer på ett chip (dvs prestanda garanteras fördubblas med varje iteration av Moores lag utan modifiering av algoritmen). Låg strömförbrukning är användbart för datacenterutrustning. Förutsägbar körtid. Bättre pris/prestanda än mjukvaruskjutbara fönsterriktare på nuvarande hårdvara, men inte bättre än mjukvara BWT-baserade aligners för närvarande. Kan hantera ett stort antal (>2) felmatchningar. Kommer att hitta alla träffpositioner för alla frön. Single-FPGA experimentell version, behöver arbete för att utveckla den till en multi-FPGA produktionsversion. | Proprietär , gratisprogram för akademisk och icke-kommersiell användning | ||||||
| ZOOM | 100 % känslighet för en avläsning mellan 15 och 240 bp med praktiska felmatchningar. Väldigt snabbt. Stöd insättningar och raderingar. Fungerar med Illumina & SOLiD-instrument, inte 454. | Ja (GUI), nej (CLI) | Proprietär , kommersiell |