Lista över programvara för genprediktion
Detta är en lista över mjukvaruverktyg och webbportaler som används för genförutsägelse .
| namn | Beskrivning | Arter | Referenser |
|---|---|---|---|
| UPPHITTARE | Automatiserat mjukvarupaket för att kommentera eukaryota gener från RNA-Seq -data och associerade proteinsekvenser | Eukaryoter | |
| FragGeneScan | Förutsäga gener i kompletta genom och sekvensering av läsningar | Prokaryoter, metagenomer | |
| ATGpr | Identifierar translationella initieringsställen i cDNA- sekvenser | Mänsklig | |
| Slösande | Dess namn står för Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Den är baserad på log-sannolikhetsfunktioner och använder inte dolda eller interpolerade Markov-modeller. | Prokaryoter, metagenomer (metaProdigal) | |
| AUGUSTUS | Eukaryot genprediktor | Eukaryoter | |
| BGF | Hidden Markov-modell (HMM) och dynamiskt programmeringsbaserat ab initio- genförutsägelsesprogram | ||
| DIOGENES | Snabb detektering av kodande regioner i korta genomsekvenser | ||
| Dragon Promoter Finder | Program för att känna igen RNA-polymeras II- promotorer från ryggradsdjur | Ryggradsdjur | |
| EasyGene | Genfinnaren är baserad på en dold Markov-modell (HMM) som automatiskt uppskattas för ett nytt genom. | Prokaryoter | |
| EuGene | Integrativ genfynd | Prokaryoter, eukaryoter | |
| FGENESH | HMM-baserad genstrukturförutsägelse: flera gener, båda kedjorna | Eukaryoter | |
| FrameD | Hitta gener och ramförskjutning i G+C- rika prokaryotsekvenser | Prokaryoter, eukaryoter | |
| GeMoMa | Homologi -baserad genförutsägelse baserad på aminosyra- och intronpositionsbevarande samt RNA-Seq- data | ||
| GENIUS II | Länkar ORF i kompletta genom till protein 3D-strukturer | Prokaryoter, eukaryoter | |
| geneid | Program för att förutsäga gener, exoner, splitsningsställen och andra signaler längs DNA-sekvenser | Eukaryoter | |
| GeneParser | Analysera DNA-sekvenser till introner och exoner | Eukaryoter | |
| GeneMark | Familj av självträande genförutsägelseprogram | Prokaryoter, eukaryoter, Metagenomer |
|
| GeneTack | Förutsäger gener med ramförskjutningar i prokaryota genom | Prokaryoter | |
| GenomeScan | Förutsäger platserna och exon-intronstrukturerna för gener i genomsekvenser från en mängd olika organismer, GENSCAN-servern är GenomeScans föregångare | Ryggradsdjur, Arabidopsis, Majs | |
| GENSCAN | Förutsäger platserna och exon-intronstrukturerna för gener i genomsekvenser från en mängd olika organismer | Ryggradsdjur, Arabidopsis, Majs | |
| GLIMMA | Hittar gener i mikrobiellt DNA | Prokaryoter | |
| GLIMMERHMM | Eukaryot gen-hittande system | Eukaryoter | |
| GrailEXP | Förutsäger exoner, gener, promotorer, polyas, CpG-öar, EST-likheter och upprepade element i DNA-sekvensen | Människan, Mus musculus , Arabidopsis thaliana , Drosophila melanogaster | |
| mGene | Support-vector machine (SVM) baserat system för att hitta gener | Eukaryoter | |
| mGene.ngs | SVM-baserat system för att hitta gener med hjälp av heterogen information: RNA-seq, tiling arrays | Eukaryoter | |
| MORGAN | Beslutsträdsystem för att hitta gener i ryggradsdjurs DNA | Eukaryoter | |
| BioNIX | Webbverktyg för att kombinera resultat från olika program: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN | Prokaryoter, eukaryoter | |
| NNPP | Neural nätverkspromotorförutsägelse | Prokaryoter, eukaryoter | |
| NNSPLICE | Förutsägelse av neurala nätverkssplitsplatser | Drosophila, människa | |
| ORFfinder | Grafiskt analysverktyg för att hitta alla öppna läsramar | Prokaryoter, eukaryoter | |
| Verktyg för analys av regulatoriska sekvenser | Serie av modulära datorprogram för att upptäcka regulatoriska signaler i icke-kodande sekvenser | Svampar, prokaryoter, metazoer, protister, växter | |
| FANOTAT | Ett verktyg för att kommentera faggenom . | fager | |
| SplicePredictor | Metod för att identifiera potentiella splitsningsställen i (växt) pre-mRNA genom sekvensinspektion med Bayesianska statistiska modeller | Eukaryoter | |
| SLÖJA | Dold Markov-modell för att hitta gener i ryggradsdjurs DNA-server | Eukaryoter |