Molekylär modellering på GPU:er
Molekylär modellering på GPU är tekniken att använda en grafisk bearbetningsenhet (GPU) för molekylära simuleringar .
2007 introducerade NVIDIA grafikkort som kunde användas inte bara för att visa grafik utan också för vetenskapliga beräkningar. Dessa kort innehåller många aritmetiska enheter (från 2016, upp till 3 584 i Tesla P100) som arbetar parallellt. Långt före denna händelse användes beräkningskraften hos grafikkort enbart för att påskynda grafikberäkningar. Det som var nytt är att NVIDIA gjorde det möjligt att utveckla parallella program i ett högnivåapplikationsprogrammeringsgränssnitt ( API ) som heter CUDA . Denna teknik förenklade programmeringen avsevärt genom att göra det möjligt för program att skrivas i C / C++ . På senare tid tillåter OpenCL plattformsoberoende GPU-acceleration.
Kvantkemiberäkningar och simuleringar av molekylär mekanik ( molekylär modellering i termer av klassisk mekanik ) är bland fördelaktiga tillämpningar av denna teknik. Grafikkorten kan accelerera beräkningarna tiotals gånger, så en PC med ett sådant kort har en kraft som liknar den hos ett kluster av arbetsstationer baserade på vanliga processorer.
GPU-accelererad molekylär modelleringsprogramvara
Program
- Abalone – Molecular Dynamics ( Benchmark )
- ACEMD på GPU sedan 2009 Benchmark
- AMBER på GPU- versionen
- Ascalaph på GPU-version – Ascalaph Liquid GPU
- AutoDock – Molekylär dockning
- BigDFT Ab initio -program baserat på wavelet
- BrianQC Kvantkemi ( HF och DFT ) och molekylär mekanik
- Blaze -ligandbaserad virtuell screening
- CP2K Ab initio molekylär dynamik
- Desmond (mjukvara) på grafikprocessorer, arbetsstationer och kluster
- Firefly (tidigare PC GAMESS)
- FastROCS
- GOMC – GPU-optimerad Monte Carlo-simuleringsmotor
- GPIUTMD – Grafiska processorer för många partikeldynamik
- GPUMD - En lättviktskod för allmän molekylär dynamik
- GROMACS på GPU:er
- HALMD – Highly Accelerated Large-scale MD-paket
- HOOMD-blå Arkiverad 2011-11-11 på Wayback Machine – Mycket optimerad objektorienterad många-partikeldynamik – Blue Edition
- LAMMPS på GPU-versionen – lampor för acceleratorer
- LIO DFT-baserad GPU-optimerad kod - [1]
- Octopus har stöd för OpenCL.
- oxDNA – DNA och RNA grovkorniga simuleringar på GPU:er
- PWmat – Plane-Wave Density Functional Theory simuleringar
- RUMD - Roskilde University Molecular Dynamics
- TeraChem – Kvantkemi och ab initio Molecular Dynamics
- TINKER på GPU:er.
- VMD & NAMD på GPU- versioner
- YASARA kör MD-simuleringar på alla GPU:er med OpenCL .
API
- BrianQC – har en öppen C-nivå API för kvantkemi simuleringar på GPU:er, tillhandahåller GPU-accelererad version av Q-Chem och PSI
- OpenMM – ett API för att accelerera molekylär dynamik på GPU:er, v1.0 ger GPU-accelererad version av GROMACS
- mdcore – ett plattformsoberoende bibliotek med öppen källkod för simuleringar av molekylär dynamik på moderna parallella arkitekturer med delat minne .
Distribuerade datorprojekt
- GPUGRID distribuerad superdatorinfrastruktur
- Folding@home distribuerat datorprojekt