HNRNPK

HNRNPK
Tillgängliga strukturer PDB Ortolog sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, CSBP, HNRPK, TUNP, AUKS, heterogena nukleära ribonukleoprotein K
Externa ID:n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Heterogent nukleärt ribonukleoprotein K (även protein K ) är ett protein som hos människor kodas av HNRNPK -genen . Det finns i cellkärnan som binder till pre- budbärar-RNA (mRNA) som en komponent av heterogena ribonukleoproteinpartiklar . Simian - homologen är känd som protein H16 . Båda proteinerna binder till enkelsträngat DNA såväl som till RNA och kan stimulera aktiviteten av RNA-polymeras II , proteinet som ansvarar för den mesta gentranskriptionen . Proteinernas relativa affinitet för DNA och RNA varierar med lösningsförhållandena och är omvänt korrelerade, så att förhållanden som främjar stark DNA-bindning resulterar i svag RNA-bindning.

RNA-bindande proteindomäner i andra proteiner som liknar den RNA-bindande domänen av protein K kallas K-homologi eller KH- domäner.

Protein K har varit föremål för studier relaterat till kolorektal cancer , där en RNA-redigeringshändelse som inducerar uttrycket av en isoform innehållande en punktmutation visade sig vara specifik för cancerceller.

Fungera

Denna gen tillhör underfamiljen av ubiquitously uttryckta heterogena nukleära ribonukleoproteiner (hnRNPs). hnRNPs är RNA-bindande proteiner och de komplexbinder med heterogent nukleärt RNA ( hnRNA). Dessa proteiner är associerade med pre-mRNA i kärnan och verkar påverka pre-mRNA-bearbetning och andra aspekter av mRNA- metabolism och transport. Medan alla hnRNPs finns i kärnan, verkar vissa pendla mellan kärnan och cytoplasman.

hnRNP-proteinerna har distinkta nukleinsyrabindande egenskaper. Proteinet som kodas av denna gen är lokaliserat i nukleoplasman och har tre upprepningar av KH-domäner som binder till RNA. Det är distinkt bland andra hnRNP-proteiner i sin bindningspreferens; det binder ihärdigt till poly(C). Detta protein tros också ha en roll under cellcykelprogression. Flera alternativt splitsade transkriptvarianter har beskrivits för denna gen, men endast tre varianter har beskrivits fullständigt.

Mutationer i båda kopiorna av HNRNPK är embryonala dödliga hos möss. Möss med båda kopiorna av genen utslagna dör före den 14:e dagen av embryonal utveckling .

Klinisk signifikans

Okamoto syndrom

Mutationer i HNRNPK orsakar Okamoto syndrom , även känt som Au-Kline syndrom.

Blodcancer

Deletioner i regionen som omfattar HNRNPK har hittats i cellerna av akut myeloid leukemi i cirka 2 % av fallen. Dessutom utvecklade en majoritet av möss som har fått en av sina HNRNPK- gener artificiellt utslagna myeloidcancer , med en tredjedel utvecklade lymfoida cancerformer och 4% utvecklade hepatocellulära karcinom . Mössen var också mindre, hade mindre utvecklade organ och hade högre postnatal dödlighet (30%). Medianlivslängden för mössen som överlevde var mindre än 50 % av vildtypsmöss. Brister i HNRNPK verkar specifikt reducera nivåerna av p42- isoformen av CEBPA , som är en transkriptionsfaktor involverad i differentieringen av vissa blodkroppar , såväl som p21 (cyklinberoende kinashämmare 1), som är involverad i att pausa cellutveckling för DNA-reparation .

HNRNPK- överuttryck verkar också bidra till cancer via en annan mekanism som involverar translation snarare än transkription .

Interaktioner

HNRPK har visat sig interagera med:

• CSK ,
• DDX1 ,
• HNRNPL ,
• KHDRBS1 ,
• PCBP2 ,
• PRMT1 och
• PTBP1 .

Humana proteiner som innehåller en KH-domän

AKAP1 ; ANKHD1 ; ANKRD17 ; ASCC1 ; BICC1; DDX43 ; DDX53 ; DPPA5; FMR1 ; FUBP1 ; FUBP3; FXR1 ; FXR2 ; HDLBP ; HNRPK ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; KHDRBS1 ; KHDRBS2; KHDRBS3 ; KHSRP ; KRR1 ; MEX3A; MEX3B ; MEX3C; MEX3D ; NOVA1 ; NOVA2 ; PCBP1 ; PCBP2 ; PCBP3 ; PCBP4 ; PNO1 ; PNPT1; QKI ; SF1 ; TDRKH ;

Vidare läsning

•    Bomsztyk K, Denisenko O, Ostrowski J (juni 2004). "hnRNP K: ett protein flera processer". BioEssays . 26 (6): 629–38. doi : 10.1002/bies.20048 . PMID 15170860 . S2CID 22108788 .
•    Matunis MJ, Michael WM, Dreyfuss G (januari 1992). "Karakterisering och primär struktur av det poly(C)-bindande heterogena nukleära ribonukleoproteinkomplexet K-protein" . Molekylär och cellulär biologi . 12 (1): 164–71. doi : 10.1128/MCB.12.1.164 . PMC 364080 . PMID 1729596 .
•    Weng Z, Thomas SM, Rickles RJ, Taylor JA, Brauer AW, Seidel-Dugan C, et al. (juli 1994). "Identifiering av Src, Fyn och Lyn SH3-bindande proteiner: implikationer för en funktion av SH3-domäner" . Molekylär och cellulär biologi . 14 (7): 4509–21. doi : 10.1128/MCB.14.7.4509 . PMC 358823 . PMID 7516469 .
•    Bustelo XR, Suen KL, Michael WM, Dreyfuss G, Barbacid M (mars 1995). "Association av vav-proto-onkogenprodukten med poly(rC)-specifika RNA-bindande proteiner" . Molekylär och cellulär biologi . 15 (3): 1324–32. doi : 10.1128/MCB.15.3.1324 . PMC 230356 . PMID 7862126 .
•   Hobert O, Jallal B, Schlessinger J, Ullrich A (augusti 1994). "Ny signalväg som föreslås av SH3-domänmedierad p95vav/heterogen ribonukleoprotein K-interaktion" . Journal of Biological Chemistry . 269 ​​(32): 20225–8. doi : 10.1016/S0021-9258(17)31979-8 . PMID 8051112 .
•    Aasheim HC, Loukianova T, Deggerdal A, Smeland EB (mars 1994). "Vävnadsspecifikt uttryck och cDNA-struktur av ett humant transkript som kodar för ett nukleinsyrabindande [oligo(dC)]-protein relaterat till det pre-mRNA-bindande proteinet K" . Nukleinsyraforskning . 22 (6): 959–64. doi : 10.1093/nar/22.6.959 . PMC 307915 . PMID 8152927 .
•    Buckanovich RJ, Posner JB, Darnell RB (oktober 1993). "Nova, det paraneoplastiska Ri-antigenet, är homologt med ett RNA-bindande protein och uttrycks specifikt i det utvecklande motorsystemet". Neuron . 11 (4): 657–72. doi : 10.1016/0896-6273(93)90077-5 . PMID 8398153 . S2CID 22554933 .
•    Michelotti EF, Michelotti GA, Aronsohn AI, Levens D (maj 1996). "Heterogent nukleärt ribonukleoprotein K är en transkriptionsfaktor" . Molekylär och cellulär biologi . 16 (5): 2350–60. doi : 10.1128/MCB.16.5.2350 . PMC 231223 . PMID 8628302 .
•   Bunnell SC, Henry PA, Kolluri R, Kirchhausen T, Rickles RJ, Berg LJ (oktober 1996). "Identifiering av Itk/Tsk Src-homologi 3-domänligander" . Journal of Biological Chemistry . 271 (41): 25646–56. doi : 10.1074/jbc.271.41.25646 . PMID 8810341 .
•   Tommerup N, Leffers H (mars 1996). "Tilldelning av humana KH-box-innehållande gener genom in situ hybridisering: HNRNPK mappar till 9q21.32-q21.33, PCBP1 till 2p12-p13 och PCBP2 till 12q13.12-q13.13, distalt till FRA12A". Genomik . 32 (2): 297–8. doi : 10.1006/geno.1996.0121 . PMID 8833161 .
•    Kai N, Mishina M, Yagi T (juni 1997). "Molekylär kloning av Fyn-associerade molekyler i musens centrala nervsystem" . Journal of Neuroscience Research . 48 (5): 407–24. doi : 10.1002/(SICI)1097-4547(19970601)48:5<407::AID-JNR3>3.0.CO;2-I . PMID 9185665 . S2CID 33016242 .
•   Miau LH, Chang CJ, Shen BJ, Tsai WH, Lee SC (april 1998). "Identifiering av heterogent nukleärt ribonukleoprotein K (hnRNP K) som en repressor av C/EBPbeta-medierad genaktivering" . Journal of Biological Chemistry . 273 (17): 10784–91. doi : 10.1074/jbc.273.17.10784 . PMID 9553145 .
•   Hsieh TY, Matsumoto M, Chou HC, Schneider R, Hwang SB, Lee AS, Lai MM (juli 1998). "Hepatit C-virusets kärnprotein interagerar med heterogent nukleärt ribonukleoprotein K" . Journal of Biological Chemistry . 273 (28): 17651–9. doi : 10.1074/jbc.273.28.17651 . PMID 9651361 .
•   Schullery DS, Ostrowski J, Denisenko ON, Stempka L, Shnyreva M, Suzuki H, et al. (maj 1999). "Reglerad interaktion av proteinkinas Cdelta med det heterogena nukleära ribonukleoproteinet K-protein" . Journal of Biological Chemistry . 274 (21): 15101–9. doi : 10.1074/jbc.274.21.15101 . PMID 10329716 .
•    Baber JL, Libutti D, Levens D, Tjandra N (juni 1999). "Högprecisionslösningsstruktur för den C-terminala KH-domänen av heterogent nukleärt ribonukleoprotein K, en c-myc-transkriptionsfaktor" . Journal of Molecular Biology . 289 (4): 949–62. doi : 10.1006/jmbi.1999.2818 . PMID 10369774 . S2CID 6846849 .
•   Wadd S, Bryant H, Filhol O, Scott JE, Hsieh TY, Everett RD, Clements JB (oktober 1999). "Det multifunktionella herpes simplex-viruset IE63-protein interagerar med heterogent ribonukleoprotein K och med kaseinkinas 2" . Journal of Biological Chemistry . 274 (41): 28991–8. doi : 10.1074/jbc.274.41.28991 . PMID 10506147 .
•   Venables JP, Elliott DJ, Makarova OV, Makarov EM, Cooke HJ, Eperon IC (mars 2000). "RBMY, en trolig human spermatogenesfaktor, och andra hnRNP G-proteiner interagerar med Tra2beta och påverkar splitsningen" . Human molekylär genetik . 9 (5): 685–94. doi : 10.1093/hmg/9.5.685 . PMID 10749975 .
•   Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (maj 2000). "Protein-proteininteraktion bland hnRNPs som pendlar mellan kärna och cytoplasma". Journal of Molecular Biology . 298 (3): 395–405. doi : 10.1006/jmbi.2000.3687 . PMID 10772858 .
•   Shnyreva M, Schullery DS, Suzuki H, Higaki Y, Bomsztyk K (maj 2000). "Interaktion mellan två multifunktionella proteiner. Heterogent nukleärt ribonukleoprotein K och Y-box-bindande protein" . Journal of Biological Chemistry . 275 (20): 15498–503. doi : 10.1074/jbc.275.20.15498 . PMID 10809782 .

externa länkar

• Översikt över all strukturell information tillgänglig i PDB för UniProt : P61978 (Human Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (HNRPK)) vid PDBe-KB .