Fam89A

FAM89A
Identifiers
, C1orf153, familj med sekvenslikhet 89 medlem A
Externa ID:n
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Protein FAM89A (familj med sekvenslikhet 89, medlem A) är ett protein som hos människor kodas av FAM89A- genen . Det är också känt som kromosom 1 öppen läsram 153 (C1orf153). Högsta FAM89A-genuttryck observeras i placenta och fettvävnad. Även om dess funktion är i stort sett okänd, har FAM89A visat sig vara differentiellt uttryckt som svar på interleukinexponering , och det är inblandat i immunsvarsvägar och olika patologier såsom ateroskleros och gliomcelluttryck.

Gen

FAM89A belägen nedströms om ARV1-genen.

Genen FAM89A är en proteinkodande gen hos människor, belägen på minussträngen av kromosom 1, kartposition 1q42.2. Det är också känt som kromosom 1 öppen läsram 153 (C1orf153). Det primära mRNA-transkriptet för FAM89A-genen är 1 503 baspar långa. Det finns inga andra transkriptvarianter för FAM89A. Genen är sammansatt av två exoner som flankerar en stor intronisk region. FAM89A är granne med generna TRIM67 (Tripartite Motif Containing 67), belägen nedströms FAM89A på plussträngen av kromosom 1, och ARV1 (ARV1 Homolog, Fatty Acid Homeostasis Modulator), belägen uppströms FAM89A på plussträngen av kromosom 1.

Protein

Biokemi

FAM89A-proteinet är 184 aminosyror långt, och det har en förutsagd molekylmassa på 18,6 kDa och en förutspådd isoelektrisk punkt på 5,64. Två små repetitiva sekvenser hittades två gånger i proteinsekvensen; GARAA och ASGG. Sammansättningen av FAM89A-protein är anmärkningsvärd för sitt överflöd av fyra aminosyror; Leucin (14,1 %), glycin (12,0 %), alanin (11,4 %) och serin (11,4 %). FAM89A visar fem periodiska upprepningar av leucinrester vid var sjunde aminosyraposition vid positionerna 81-115, vilket är karakteristiskt för dess förutsagda leucinblixtlåsstruktur .

Bevarade domäner

FAM89A innehåller en konserverad leucinrik adapterproteindomän ( LURAP) som kallas PF14854, belägen vid aminosyrapositionerna 84-122. LURAP- superfamiljen av proteiner är aktivatorer av den kanoniska NF- K B -vägen, involverade i att främja antigenpresentation i dendritiska celler och produktion av pro-inflammatoriska cytokiner .

Sekundär struktur

FAM89A förutspås vara 40 % alfahelix , 11 % förlängd sträng och 49 % slumpmässiga spolar. Den konserverade LURAP-domänen förutsägs bilda en alfahelix.

Tertiär struktur

FAM89A tertiär struktur har ännu inte bestämts med röntgenkristallografi . Programvaran I-TASSER förutsäger dimerisering av alfahelixmonomerer , vilket tyder på leucinblixtlåsmotivet .

Gennivåreglering

Promotor

Immunfluorescerande färgning av RH-30-cellinjen avslöjar FAM89A-lokalisering till Golgi-apparat, vesiklar och nukleoplasma (visas i grönt).

FAM89A-promotorregionen är 1 104 baspar lång. Den innehåller bindningsställen för olika transkriptionsfaktorer , inklusive TFIIB (RNA-polymeras II-transkriptionsfaktor IIB), PLAG1 (pleomorft adenomgen 1), MZF1 (myeloid zinkfinger 1-faktorer) och SP1 (GC-Box-faktorer SP1/GC).

Uttrycksmönster

FAM89A:s högsta uttryck observeras i placenta och fettvävnad . RNA-sekvenseringsdata avslöjar också måttligt FAM89A-uttryck i binjure , lunga , hud , mjälte och bröst . Microarray-hybridisering stöder högt uttryck av FAM89A i moderkakan och måttligt uttryck i lunga , ryggmärg , hud , binjurar och näthinna .

Proteinnivåreglering

Subcellulär lokalisering

FAM89A-proteinet föreslås vara lokaliserat i nukleoplasman , Golgi-apparaten och/eller vesiklerna . Reinhardts metod för cytoplasmatisk/nukleär diskriminering i PSORT II-sökresultat förutsäger nukleär lokalisering med ett tillförlitlighetspoäng på 89. Förutsägelse för lokalisering av FAM89A är högst i kärnan (52,2%) följt av mitokondrierna ( 34,8 %), sedan cytoskelettet ( 8,7) . %), följt av cytoplasman som har lägst poäng (4,3 %). PredictProtein-verktyget stöder förutsägelsen av subcellulär lokalisering i kärnan.

Post-translationella ändringar

Fosforylering/O-bunden β-N-acetylglukosamin

FAM89A har tre förutsagda fosforyleringsställen belägna vid aminosyrapositionerna 30, 32 och 168 som är konserverade i avlägsna ortologer. Det förutsagda fosforyleringsstället vid position 32 verifieras experimentellt vid position 28 i dess paralog, FAM89B. Det finns ett möjligt kompetitivt bindningsställe för fosforylering och O-kopplad β-N-acetylglukosamin (O-GlcNAc) vid position 158, vilket stöder lokalisering av FAM89A i nukleoplasman.

Schematiskt diagram av FAM89A protein med 184 aminosyror (aa) längd med annoteringar av domänen av det leucinrika adaptorproteinet (LURAP) och de posttranslationella modifieringarna.

Glykering

NetGlycate 1.0-server förutsäger två glykationsställen vid positionerna 57 och 95. Resterna bevaras i avlägsna FAM89A-ortologer. Glykering av dessa lysiner är kopplad till att vara en viktig faktor vid åderförkalkning på grund av dess produktion av avancerade glykeringsslutprodukter ( AGEs) som uppslukas av makrofager och tas in i artärväggen.

SUMOylering

SUMOplot förutsäger SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) ​​proteinställen vid position 83. Återstoden är konserverad i avlägsna FAM89A-ortologer.

Homologi/evolution

Parvis sekvensanpassning av FAM89A till dess paralog, FAM89A, avslöjar en oidentifierad konserverad region som innehåller experimentellt verifierad FAM89B-fosforyleringsställe.

Paraloger

En viktig mänsklig paralog av FAM89A är FAM89B, belägen på human kromosom 11 vid kartposition 11q13.1. FAM89B är också känd som Leucin Repeat Adapter Protein 25 (LRAP25) och Mammary Tumor Virus Receptor Homolog 1 (MTVR1). Ortologer av FAM89A, men inte FAM89B, finns i musslor , crinoider , hemichordates , sjöstjärnor och hästskokrabbor . Ortologer av FAM89B, men inte FAM89A, finns i brachiopoder och priapulider . Paralogerna splittrades troligen för cirka 736 miljoner år sedan.

Ortologer

FAM89A är till stor del bevarad i Eutelostomi (beniga ryggradsdjur). Dess ortologer kan hittas i däggdjur , amfibier , reptiler , fåglar , fiskar och olika insekter . Avlägsna FAM89A-ortologer finns i bläckfisk , pilgrimsmussla , myror och bin .

Fam89A Orthologs
Släkt och art Vanligt namn Taxonomisk grupp (ordning) Mediandatum för avvikelse från mänsklig härstamning (MYA) Tillträdesnummer Sekvensidentitet (%)
Homo sapiens Mänsklig primater - NP_940954 -
Rattus Norvegicus Brun råtta Rodentia 89 NP_001011711 79,3 %
Acinonyx Jubatus Gepard Carnivora 94 XP_026902687 92,9 %
Felis Catus Katt Carnivora 94 XP_023096185 92,4 %
Canis lupus dingo Dingo Carnivora 94 XP_025304333 91,3 %
Neomonachus schauinslandi Hawaiiansk munksäl Carnivora 94 XP_021551830 90,8 %
Physeter katodon Kaskelot Jämntåade klövvilt 94 XP_023972851 90,2 %
Bubalus bubalis Vattenbuffel Jämntåade klövvilt 94 XP_006055609 88,6 %
Rousettus aegyptiacus Egyptisk fruktfladdermus Chiroptera 94 XP_016018927 75,5 %
Nothoprocta perdicaria Chilenska Tinamou Tinamiformes 318 XP_025909144 61,1 %
Gekko japonicus Schlegels japanska gecko Squamata 318 XP_015284726.1 49,8 %
Xenopus laevis Afrikansk klogroda Anura 351,7 NP_001121297 65,6 %
Microcaecilia unicolor Liten Cayenne Caecilian Gymnophiona 351,7 XP_030051069 63,6 %
Skleropager formosus Asiatisk Arowana Osteoglossiformes 433 XP_018597917 52,6 %
Callorhincus milii Australian Ghost Shark Chimaeriformes 465 XP_007893339 54,5 %
Acanthaster planci Törnekrona Sjöstjärna Valvatida 627 XP_022103224 30,8 %
Branchiostoma belcheri Lancelet Amphioxiformes 637 XP_019630993.1 27,1 %
Parasteatoda tepidariorum Gemensam husspindel Araneae 736 XP_015922370 32,8 %
Mizuhopecten Yessoensis Kammussla Pectinida 736 XP_021378459 22,0 %
Octopus Vulgaris Vanlig bläckfisk Octopoda 736 XP_029642735 19,2 %
Cyphomyrmex costatus Svampväxande myra Hymenoptera 736 KYN04870.1 10,9 %
Eufriesea Mexicana Orkidébi Hymenoptera 736 OAD57070 10,5 %
Relativ divergens av FAM89A avslöjar FAM89A:s snabba mutationsackumuleringshastighet i förhållande till fibrinogen, en gen som utvecklas snabbt, och cytokrom c, en gen som utvecklas långsamt.

Evolution

Hastigheten för ackumulering av aminosyraförändringar i förhållande till generna Fibrinogen och Cytokrom c indikerar att FAM89A utvecklas snabbt, med hjälp av molekylär klockteknik .

Interagerande proteiner

FAM89A bestäms experimentellt för att interagera med UBXN2B (UBX Domain Protein 2B), ett adapterprotein involverat i biogenes i Golgi-apparaten och endoplasmatiskt retikulum (ER) och montering och underhåll av ER under cellcykeln

Klinisk signifikans

Patologi och sjukdomsförbundet

FAM89A föreslås vara involverad i att modulera effekterna av rökning på risken för aterosklerotisk plackbelastning. I en studie genomförd 2014 utvärderades en kohort av 264 karibiska latinamerikaner med varierande rökfrekvens för carotis plack börda och 11 single nucleotide polymorphism (SNP) identifierades som hade en anmärkningsvärd interaktion med rökningseffekter på carotis plack börda, inklusive SNP, 2,7007 lokaliserad inom FAM89A-genen.

FAM89A föreslås också vara involverad i att skilja mellan virus- och bakterieinfektioner hos febrila patienter. En studie från 2016 utförd vid Division of Infectious Disease i Imperial College of London utvärderade blodbaserade transkriptomiska biomarkörer och avslöjade att feberpatienter med bakteriell infektion uppvisade ökat uttryck av FAM89A.

En studie från 2019 rörande FAM89A var inriktad på gener som har metyleringsställen som relaterar till att orsaka gliom. Forskarna fann att onormalt uttryck av FAM89A korrelerade med gliomgenuttrycksprofileringsstudier.

Microarray-hybridiseringsdata avslöjade en liten minskning i FAM89A-uttryck som svar på exponering av luftvägsepiteliceller för interleukin 13 och CD8+ T-lymfocytexponering för interleukin 10 .

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182118 - Ensembl , maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000043068 - Ensembl , maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  4. ^ "Mouse PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  5. ^ a b c     Della-Morte, David; Wang, Liyong; Beecham, Ashley; Blanton, Susan H.; Zhao, Hongyu; Sacco, Ralph L.; Rundek, Tatjana; Dong, Chuanhui (2014-09-15). "Nya genetiska varianter ändrar effekten av rökning på plackbördan hos pulsåder hos latinamerikaner" . Journal of the Neurological Sciences . 344 (1–2): 27–31. doi : 10.1016/j.jns.2014.06.006 . ISSN 0022-510X . PMC 4143440 . PMID 24954085 .
  6. ^ a b     Gómez-Carballa, Alberto; Cebey-López, Miriam; Pardo-Seco, Jacobo; Barral-Arca, Ruth; Rivero-Calle, Irene; Pischedda, Sara; Currás-Tuala, María José; Gómez-Rial, José; Barros, Francisco; Martinón-Torres, Federico; Salas, Antonio (2019-08-13). "En qPCR-expressionsanalys av IFI44L-genen skiljer virus- och bakterieinfektioner hos febrila barn" . Vetenskapliga rapporter . 9 (1): 11780. Bibcode : 2019NatSR...911780G . doi : 10.1038/s41598-019-48162-9 . ISSN 2045-2322 . PMC 6692396 . PMID 31409879 .
  7. ^ "Avskrift: FAM89A-001 (ENST00000366654.4) - Sammanfattning - Homo sapiens - GRCh37 Arkivwebbläsare 100" . grch37.ensembl.org . Hämtad 2020-05-02 .
  8. ^ a b "FAM89A-proteinuttrycksammanfattning - den mänskliga proteinatlasen" . www.proteinatlas.org . Hämtad 2020-05-02 .
  9. ^ "Föräldragen" . www.bioinfo.mochsl.org.br . Hämtad 2020-05-02 .
  10. ^ "AceView: Gene:FAM89A, en omfattande annotering av gener för människa, mus och mask med mRNA eller ESTsAceView" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-02 .
  11. ^ a b c "Human hg38 chr1:231,018,958-231,040,254 UCSC Genome Browser v397" . genome.ucsc.edu . Hämtad 2020-05-03 .
  12. ^ a b "FAM89A-familj med sekvenslikhet 89 medlem A [Homo sapiens (människa)] - Gen - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  13. ^ "ExPASy - Beräkna pI/Mw-verktyg" . web.expasy.org . Hämtad 2020-05-02 .
  14. ^ a b "PSORT II-förutsägelse" . psort.hgc.jp . Hämtad 2020-05-03 .
  15. ^ "SAPS < Sekvensstatistik < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk . Hämtad 2020-05-03 .
  16. ^ "CDD-bevarad proteindomänfamilj: LURAP" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-02 .
  17. ^ "RecName: Full=Protein FAM89A - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-02 .
  18. ^ "CDD-bevarad proteindomänfamilj: LURAP" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  19. ^ "NPS@: GOR4 sekundär strukturförutsägelse" . npsa-prabi.ibcp.fr . Hämtad 2020-05-03 .
  20. ^ "CFSSP: Chou & Fasman Secondary Structure Prediction Server" . www.biogem.org . Hämtad 2020-05-03 .
  21. ^ a b     Zhang, Yang (2009). "I-TASSER: Helautomatisk förutsägelse av proteinstruktur i CASP8" . Proteiner: struktur, funktion och bioinformatik . 77 (S9): 100–113. doi : 10.1002/prot.22588 . ISSN 0887-3585 . PMC 2782770 . PMID 19768687 .
  22. ^ a b     Roy, Ambrish; Yang, Jianyi; Zhang, Yang (2012-05-08). "COFACTOR: en korrekt jämförande algoritm för strukturbaserad proteinfunktionsannotering" . Nukleinsyraforskning . 40 (W1): W471–W477. doi : 10.1093/nar/gks372 . ISSN 0305-1048 . PMC 3394312 . PMID 22570420 .
  23. ^ a b     Yang, Jianyi; Zhang, Yang (2015-04-16). "I-TASSER-server: ny utveckling för proteinstruktur och funktionsförutsägelser" . Nukleinsyraforskning . 43 (W1): W174–W181. doi : 10.1093/nar/gkv342 . ISSN 0305-1048 . PMC 4489253 . PMID 25883148 .
  24. ^ "Cellatlas - FAM89A - Den mänskliga proteinatlasen" . www.proteinatlas.org . Hämtad 2020-05-03 .
  25. ^ a b "ElDorado: Anteckning & analys" . www.genomatix.de . Hämtad 2020-05-03 .
  26. ^ "FAM89A - Protein FAM89A - Homo sapiens (människa) - FAM89A gen & protein" . www.uniprot.org . Hämtad 2020-05-02 .
  27. ^ "Gene: FAM89A - ENSG00000182118" . bgee.org . Hämtad 2020-05-02 .
  28. ^ "GDS3113 / 211045" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  29. ^ a b "FAM89A-gen - GeneCards | FA89A-protein | FA89A-antikropp" . www.genecards.org . Hämtad 2020-05-03 .
  30. ^ a b "FAM89A - Antikroppar - den mänskliga proteinatlasen" . www.proteinatlas.org . Hämtad 2020-05-03 .
  31. ^ "PredictProtein - Proteinsekvensanalys, förutsägelse av strukturella och funktionella egenskaper" . {{ citera webben }} : CS1 underhåll: url-status ( länk )
  32. ^ "NetPhos 3.1 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2020-05-03 .
  33. ^ "RecName: Full=Leucin repeat adapter protein 25 - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  34. ^ "YinOYang 1.2-server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2020-05-03 .
  35. ^ "NetGlycate 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2020-05-03 .
  36. ^   Seetharaman, Shyam (2016). "Influenserna av kostsocker och relaterade metabola störningar på kognitivt åldrande och demens". Molekylär grund för näring och åldrande . Elsevier. s. 331–344. doi : 10.1016/b978-0-12-801816-3.00024-8 . ISBN 978-0-12-801816-3 .
  37. ^ a b "FAM89B-gen - GeneCards | LRA25-protein | LRA25-antikropp" . www.genecards.org . Hämtad 2020-05-02 .
  38. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool" . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  39. ^ "TimeTree: Livets tidsskala" . www.timetree.org . Hämtad 2020-05-03 .
  40. ^ "ortholog_gene_375061[grupp] - Gen - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  41. ^ "protein FAM89A-liknande [Mizuhopecten yessoensis] - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  42. ^ "protein FAM89A-liknande [Octopus vulgaris] - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  43. ^ "Protein FAM89A [Cypomyrmex costatus] - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  44. ^ "Protein FAM89A [Eufriesea mexicana] - Protein - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  45. ^ "FAM89A-protein (människa) - STRING interaktionsnätverk" . string-db.org . Hämtad 2020-05-03 .
  46. ^ "UBXN2B-gen - GeneCards | UBX2B-protein | UBX2B-antikropp" . www.genecards.org . Hämtad 2020-05-03 .
  47. ^     Herberg, Jethro A.; Kaforou, Myrsini; Wright, Victoria J.; Shailes, Hannah; Eleftherohorinou, Hariklia; Hoggart, Clive J.; Cebey-López, Miriam; Carter, Michael J.; Janes, Victoria A.; Gormley, Stuart; Shimizu, Chisato (2016-08-23). "Diagnostisk testnoggrannhet hos en värd-RNA-signatur med två transkriptioner för diskriminering av bakteriell vs virusinfektion hos febrila barn" . JAMA . 316 (8): 835–845. doi : 10.1001/jama.2016.11236 . ISSN 0098-7484 . PMC 5997174 . PMID 27552617 .
  48. ^     Kaforou, Myrsini; Herberg, Jethro A.; Wright, Victoria J.; Mynt, Lachlan JM; Levin, Michael (2017-04-18). "Diagnos av bakteriell infektion med hjälp av en värd-RNA-signatur med 2 transkript hos febrila spädbarn 60 dagar eller yngre" . JAMA . 317 (15): 1577–1578. doi : 10.1001/jama.2017.1365 . hdl : 10044/1/64273 . ISSN 0098-7484 . PMID 28418473 . S2CID 35672762 .
  49. ^     Pan, XiaoYong; Zeng, Tao; Yuan, Fei; Zhang, Yu-Hang; Chen, Lei; Zhu, LiuCun; Wan, SiBao; Huang, Tao; Cai, Yu-Dong (2019-11-14). "Screening av metyleringssignatur och genfunktioner associerade med undertyperna av isocitratdehydrogenas-mutationsgliom" . Frontiers in Bioengineering and Biotechnology . 7 : 339. doi : 10.3389/fbioe.2019.00339 . ISSN 2296-4185 . PMC 6871504 . PMID 31803734 .
  50. ^ "GDS4981 / ILMN_2285817" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .
  51. ^ "GDS4217 / 10582694" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2020-05-03 .


Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fam89A&oldid=1126554689 "