RIOK1

RIOK1
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortologisk sökning:
Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, AD034, RRP10, bA288G3.1, RIO kinas 1, RIO1
Externa ID:n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
	n/a
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Serin/treonin-proteinkinas RIO1 är ett enzym som hos människor kodas av RIOK1 -genen .

RIOK1 är ett atypiskt protein som finns i de flesta arkéer och eukaryoter . Det tillhör den serin/treoninspecifika proteinkinasfamiljen .

Det har studerats intensivt för att förstå den mognad de främjar på små ribosomala subenheter (SSU). Det föreslås att överuttryck eller mutationer av RIOK 1-genen kan orsaka felreglering av dess nätverk (i metazoer - stort signalnätverk på protein- och gennivåer via vilket det stimulerar eller begränsar tillväxt och delning som svar på näringstillgänglighet) . Detta observerades i primära cancerceller och kan bidra till cancerinitiering och progression.

Egenskaper

RIOK 1 har en molekylvikt på 65 583 Da, en basal isoelektrisk punkt på 5,84 (förutsäg pI för olika fosforyleringstillstånd ; pI för ofosforylerat tillstånd = 5,84) och en kromosomal placering av human ortodox 6p24.3. ( 6:7,389,496-7,418,037 )

PTM-effekter

Effekter på modifierad protein-proteinnedbrytning, utlöst av K411-m1 ; proteinstabilisering, utlöst av T410-p ; ubiquitination, utlöst av K411-m1.

Effekter på biologiska framsteg - celltillväxt, hämmad, utlöst av K411-m1.

Mutagenes

Effekten av den experimentella mutationen av en eller flera aminosyror på proteinets biologiska egenskaper. När aminosyrarester förändras rapporterar vi förändringen, namnet på mutanten (om känd) och effekterna av mutationen på proteinet, cellen eller hela organismen . Exempel: Q1LCS4 , P04395 , Q38914 .

När mutationen är associerad med flera punktmutationer lägger vi till den exakta kombinationen av mutationer (positioner och aminosyramodifieringar). Exempel: P62166 , O14776 .

Mutationen (D324A) i RIOK1 avskaffar autofosforyleringsaktivitet, förbättrar association med pre-40S ribosomala subenheter och hämmar bearbetning av 18S-E pre-rRNA till det mogna 18S rRNA.

Bevarande

Om man tittar på multipelsekvensanpassningen (justerad med Clustal Omega) är det möjligt att jämföra de modifierade resterna, i de röda rutorna, från tre olika RIOK 1: människa, mus och råtta .

Fungera

Inmunne Repressor

Trots det faktum att RIOK1-funktionerna förblir oklara, har det upptäckts att bristen på detta protein ger resistens mot en viss typ av bakterier som kallas Aeromonas , som visar sin funktion som en immunrepressor.

Återkopplingsslingan är modellen som RIOK1 tillåter hämning av vårt immunsystem mot bakterier bland p38 MAPK och SKN-1. Mikroorganismnärvaro aktiverar p38 MAPK-vägen och ökar koncentrationen av SKN-1, vilket kommer att producera den nödvändiga mängden RIOK1 för att stoppa denna väg.

RNA-mognad

Dessutom har RIOK1 också en potentiell roll med metabolismen av den 40S ribosomala subenheten, precis, vi vet att den är involverad i mognaden av den 40S ribosomala subenheten och behövs för återvinning av PNO1 och NOB1, som båda är RNA-bindande proteiner från 40S föregångare.

Proteinbindning

Dessutom sticker RIOK1 proteinbindande funktion ut bland andra proteiner som är involverade i samma aktivitet. Till exempel, i bindningen av PRMT5 där RIOK1 och PICln är involverade, föreslår att RIOK1 är en mer allmän adapter än PICln. RIOK1 interagerar också med NCL via sin C-terminal, som riktar sig till NCL för PRMT5- metylering. RioK1 binder till ett grunt spår i TIM- fatdomänen av PRMT5 via dess N-terminala sekvens VPGQFDDAD (resterna 12-20). Den bindande aminosyrasekvensen användes som bas för syntes av en makrocyklisk inhibitor av protein-protein-interaktioner mellan PRMT5 och dess adapterproteiner.

listor över de viktigaste funktionerna och processerna i RIOK1:

Funktioner

ATP-bindning
Hydrolasaktivitet _
Metalljonbindning
Proteinbindning
Protein serin/kerotoninkinasaktivitet

Processer det är involverat

Mognad av SSUU-rRNA
Positiv reglering av rRNA-bearbetning
Proteinfosforylering _
Ribosomal liten subenhet biogenes

Läge och struktur

RIOK1 är den enda komponenten i PRMT5 -komplexet som uteslutande finns i cytoplasman .

Vävnadsuttryck

Proteinet Kinase RIO1 är det högsta uttrycket i testiklar, dessutom har RNA:t som kodar för detta protein låg vävnadsspecificitet, eftersom det detekteras i alla typer av vävnader, men mest i hypofysen, testiklarna, skelettmuskulaturen, tymus och NK-celler ( RIOK1 vävnadsuttryck )

Sekvens och primär struktur

RIOK1-genen har 5 olika transkript men endast transkriptvariant 1 ( mRNA ) (RIOK1-202) innehåller en ORF ( NCBI GenBank ), vars ursprungssekvens är bildad av 17 kodande exoner (representerade i rött):

RIOK1 transkriptvariant 1 kodar för proteinkinaset RIO1 ( isoform 1) som innehåller 568 aminosyror ( NCBI GenPept) . Som ett resultat av posttranslationella modifieringar har proteinet Kinas RIO1 2 fosfoseriner i positionerna 21 och 22

Sekundär struktur

Dess sekundära struktur består av 9 alfahelix (röd) och 7 beta-strängar (blå) ( Protein Data Bank in Europe )

Infödd stat

RIOK1 tillhör den serin/treoninspecifika proteinkinasfamiljen och har därför proteinkinasdomänen i positionerna 180-479

Det är ett holoenzym som använder Mg(+2) som sin kofaktor

Webbplatser

Detta enzym har 3 bindningsställen i positionerna 208 (för ATP), 278 (för ATP via karbonylsyre) och 280 (för ATP via kväveamid); 2 metallbindningsställen [Mg(+2)] i positionerna 329 och 349 och 2 aktiva platser i positionerna 324 (som är en protonacceptor) och 341 (4-aspartylfosfatmellanprodukt)

externa länkar

Översikt över all strukturell information tillgänglig i PDB för UniProt : Q9BRS2 (serin/treonin-proteinkinas RIO1) vid PDBe-KB .