CodonCode Aligner
| Utvecklare | CodonCode Corporation |
|---|---|
| Stabil frisättning | 4.2.5 / 2013 |
| Operativ system | Mac OS X, Windows |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | kommersiell; gratis för begränsad användning (spårvisning och redigering) |
| Hemsida | http://www.codoncode.com/aligner |
CodonCode Aligner är en kommersiell applikation för DNA- sekvenssammansättning , sekvensanpassning och redigering på Mac OS X och Windows .
Funktioner
Funktioner inkluderar kromatogramredigering , ändklippning och vektortrimning, sekvensmontering och contig-redigering, anpassning av cDNA mot genomiska mallar, sekvensanpassning och redigering, anpassning av contigs till varandra med ClustalW , MUSCLE , eller inbyggda algoritmer, mutationsdetektering, inklusive detektering av heterozygot enkelnukleotidpolymorfism , analys av heterozygota insertioner och deletioner, starta BLAST- sökningar online, restriktionsanalys (hitta och visa restriktionsklippningsplatser), spårskärpning och stöd för Phred , Phrap , ClustalW och MUSCLE .
Historia
Den första betaversionen av CodonCode Aligner släpptes i april 2003, följt av den första fullständiga versionen i juni 2003. Större uppgraderingar släpptes 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 och 2008.
I april 2009 hade CodonCode Aligner citerats i mer än 400 vetenskapliga publikationer. Citat täcker en mängd olika biomedicinska forskningsområden, inklusive HIV-forskning, biogeografi och miljöbiologi, DNA-metyleringsstudier, genetiska sjukdomar, klinisk mikrobiologi och evolutionsforskning och fylogenetik.