Phyloscan
| Utvecklare | Wadsworth Center, New York State Department of Health |
|---|---|
| Initial release | 14 mars 2005 |
| Stabil frisättning | 2.2 / 28 januari 2010
|
| Plattform | webb-service |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Bioinformatikverktyg _ |
| Hemsida | http://ccmbweb.ccv.brown.edu/cgi-bin/phyloscanV2.pl |
Phyloscan är en webbtjänst för DNA- sekvensanalys som är gratis och öppen för alla användare (utan inloggningskrav). För att lokalisera matchningar till ett användarspecificerat sekvensmotiv för ett regulatoriskt bindningsställe tillhandahåller Phyloscan en statistiskt känslig skanning av användarlevererade blandade justerade och ojusterade DNA-sekvensdata. Phyloscans styrka är att den sammanför
- Stadenmetoden för att beräkna statistisk signifikans ,
- den "fylogenetiska motivmodellen" skanningsfunktionaliteten i MONKEY-mjukvaran som modellerar evolutionära relationer mellan inriktade sekvenser,
- användningen av Bailey & Gribskov-metoden för att kombinera statistik över icke-justerade sekvensdata, och
- Neuwald & Green-tekniken för att kombinera statistik över flera bindningsställen som finns inom en enda genpromotorregion.