Jim Kent
Jim Kent | |
|---|---|
 Foto med tillstånd av Jim Kent.
| |
| Född |
10 februari 1960 |
| Nationalitet | amerikansk |
| Alma mater | University of California, Santa Cruz |
| Utmärkelser |
Overton Prize Benjamin Franklin Award (Bioinformatik) |
| Vetenskaplig karriär | |
| Avhandling | Patcha och måla arbetsutkastet till det mänskliga genomet ( 2002) |
| Doktorandrådgivare | Alan M Zahler |
| Andra akademiska rådgivare | David Haussler |
| Hemsida | |
William James Kent (född 10 februari 1960) är en amerikansk forskare och dataprogrammerare . Han har bidragit till genomdatabasprojekt och 2003 års vinnare av Benjamin Franklin Award .
Tidigt liv
Kent föddes på Hawaii och växte upp i San Francisco, Kalifornien , USA .
Datoranimering
Kent började sin programmeringskarriär 1983 med Island Graphics Inc. där han skrev Aegis Animator-programmet för Amiga -hemdatorn. Detta program kombinerade polygoninterpolering i 3D med enkel 2D-celbaserad animering. 1985 grundade och drev han ett mjukvaruföretag, Dancing Flame, som anpassade Aegis Animator till Atari ST och skapade Cyber Paint för den maskinen. Cyber Paint var ett 2D-animationsprogram som sammanförde en mängd olika animations- och målarfunktioner och det delta-komprimerade animationsformatet utvecklat för CAD-3D. Användaren kan röra sig fritt mellan animationsramar och måla godtyckligt, eller använda olika animeringsverktyg för automatisk interpolering mellan bildrutor. Cyber Paint var ett av de första, om inte det första, konsumentprogrammet som gjorde det möjligt för användaren att måla över tid i ett komprimerat digitalt videoformat. Senare utvecklade han ett liknande program, Autodesk Animator för PC-kompatibla , där bildkomprimeringen förbättrades till den grad att den kunde spelas upp från hårddisken, och man kunde måla med "bläck" som utförde algoritmiska transformationer som utjämning, transparens och sida vid sida mönster. Autodesk Animator användes för att skapa konstverk för en mängd olika videospel.
Engagemang i Human Genome Project
År 2000 skrev han ett program, GigAssembler, som gjorde det möjligt för det offentligt finansierade Human Genome Project att sammanställa och publicera den första mänskliga genomsekvensen. Hans ansträngningar motiverades av forskningsbehoven hos honom själv och hans kollegor, men också av oro för att data skulle kunna göras proprietära via patent av Celera Genomics . I deras täta kapplöpning med Celera byggde Kent och UCSC-professorn David Haussler snabbt ett blygsamt kluster av 50 vanliga persondatorer som körde operativsystemet Linux för att köra programvaran. Däremot använde Celera vad som då troddes vara en av de mest kraftfulla civila superdatorerna i världen. Kents första sammanställning om det mänskliga genomet släpptes den 22 juni. Celera avslutade sin sammansättning tre dagar senare den 25 juni, och de dubbla resultaten tillkännagavs i Vita huset den 26 juni. Den 7 juli 2000 gjordes Santa Cruz-data allmänt tillgänglig på World Wide Web medan forskningsartikeln som beskrev detta offentligt finansierade genom publicerades i februari 2001 specialnummer av Nature , parallellt med Celeras resultat i tidskriften Science . 2002 Tim O'Reilly Kents arbete som "det mest betydande arbetet med utveckling av öppen källkod under det senaste året". Medan all Kents genomikprogramvara är öppen källkod i den meningen att källkoden kan laddas ner och läsas gratis, och all programvara kan användas fritt för akademiskt, ideellt och personligt bruk, kräver en del av den en licens , antingen från UCSC eller från Kent Informatics Inc., för kommersiellt bruk.
Efter GigAssembler fortsatte Kent med att skriva BLAT (BLAST-like alignment tool) och UCSC Genome Browser för att hjälpa till att analysera viktiga genomdata. Kent fortsätter att arbeta på UCSC främst med webbverktyg för att hjälpa till att förstå det mänskliga genomet. Han hjälper till att underhålla och uppgradera webbläsaren och har arbetat med jämförande genomik , Parasol, en mjukvara för jobbkontroll för UCSC-kiloklustret, och ENCODE - projektet.
externa länkar
| Allmän | |
|---|---|
| Nationalbibliotek | |
| Vetenskapliga databaser | |
