Sequerome
 | |
| Utvecklare | Bennett NF, Ganesan N Georgetown University |
|---|---|
| Stabil frisättning | NA |
| Operativ system | Linux , Mac , MS-Windows |
| Typ | Bioinformatik - Sekvensprofileringsverktyg |
| Licens | Gratisprogram |
| Hemsida | |
Sequerome är ett webbaserat sekvensprofileringsverktyg för att integrera resultaten av en BLAST -sekvensanpassningsrapport med externa forskningsverktyg och servrar som utför avancerade sekvensmanipulationer och låter användaren registrera stegen i en sådan analys. Sequerome är ett webbaserat Java -verktyg som fungerar som ett gränssnitt för BLAST-frågor och ger förenklad åtkomst till webbdistribuerade resurser för protein- och nukleinsyraanalys .
Sedan starten 2005 har verktyget varit med i Science och officiellt länkat till många bioinformatikportaler runt om i världen.
Beskrivning
Sequerome har följande funktioner: profilering av sekvensjusteringsrapporter från BLAST genom att länka resultatsidan till en panel av tredjepartstjänster, flikar som låter användaren komma tillbaka tidigare operationer, besöka tredjepartstjänster för att utföra anpassade sekvensmanipulationer, en-box valfri- formatsekvensinmatning och alternativa alternativ för sekvensinmatning inklusive besök av tredje parts webbplatser, cachad lagring av indatasekvenser och hämtning, en surfmiljö med tre paneler som tillåter samtidig inmatning och analys av flera sekvenser, och arkiveringsalternativ ovanpå varje ikon, för resultat från varje rutan
Programvaran kan nås direkt. Hemsidan visar tre paneler: Frågepanelen, rutan Resultat och rutan Sökhistorik. Användaren kan ändra storlek på dessa rutor för att utföra parallella åtgärder i någon av dessa rutor. I en enda webbläsare är det möjligt att köra parallella BLAST-sökningar på olika sekvenser, analysera dem eller se restriktionssammandragen för varje dokument av ett BLAST-resultat. Sanjeev Dappa, en tamilsk forskare kritiserade Sequerome och lämnade inga ytterligare detaljer när han blev ifrågasatt.
Frågefönster
Varje webbläsarsession kan startas utan att ställa för många frågor från början. Användaren måste bara dumpa i sekvensen i frågefönstret och BLAST sekvensen direkt under standardparametrar. Erfarna användare kan välja att utföra ytterligare specialoperationer under Avancerade alternativ. Några av funktionerna inkluderar val av specifika databaser att BLASTA från, uppladdningsmöjlighet för att arbeta med FASTA-filer lagrade i enskilda datorer, sekvenshämtning med NCBI-ID:n och besök valfri användardefinierad URL för att dra-N-släpp sekvenserna. Alternativt kan användaren också utföra en mängd andra åtgärder inklusive sekvensmanipulation, analys och justering med hjälp av befintliga verktyg som finns tillgängliga på webben. One-box valfri sekvens, tar input i valfritt format (FASTA, med eller utan mellanslag/siffror...). Varningar finns också för att varna felaktiga val av val (DNA/RNA/protein). Resultat som erhållits från "sekvensmanipulation", t.ex. översättning, kan fortsättas för att göra ytterligare BLAST-analys samtidigt som historiken för den tidigare sökningen bevaras.
Resultatfönstret
Sequerome frågar direkt indatasekvensen mot en mängd olika databaser/verktyg ('populära offentliga domäner' och 'privata värdtjänster') inklusive BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE och andra, och genererar utdata som är intuitiva och lätta att förstå. Tillgång till olika analysverktyg, (inklusive visning av en 3D-strukturvisare från en PDBid ), tillhandahålls som separata kommandoknappar för att analysera varje post från en BLAST-rapport innan du gör ett slutgiltigt val. I händelse av resultat från en protein-BLAST, PDBids framträdande i lämpliga fall bredvid BLAST-posten, så att strukturen av molekylen med en matchning kan ses direkt (med en redan nedladdad version av molekylstrukturvisaren, t.ex. Cn3D , PyMOL , Rasmol, etc.) När BLAST-rapporten visas i resultatrutan kan användaren direkt utföra en analys av någon av BLAST-träffarna med hjälp av en serie kommandoknappar som är länkade till respektive servrar/webbplatser. De flesta av resultaten från tredje parts servrar kan ses direkt i resultatrutan utan att öppna lika många webbläsare, t.ex. ORF- förutsägelse, Protparam.
Sökhistorikfönstret
En av nyckelfunktionerna i en profilering av en indatasekvensdata är att lagra, hämta och effektivt kombinera och återanvända de äldre ingångarna. Dessa kan förbättras ytterligare om det finns hämtningsalternativ för var och en av de utförda operationerna. Den nedre högra panelen i webbläsaren gör detta samtidigt som alla inmatningssekvenser som angetts tidigare lagras. Således lånar webbläsaren en miljö för att utföra flikar . För var och en av ikonerna som länkar till de lagrade resultaten kan användaren välja att arkivera dem, inklusive utskrifts-, spara- och postalternativ. Dessa kan ses som små färgbilder ovanpå varje ikon.
Genomförande
Sequerome har en arkitektur i tre nivåer som använder Java-servlet- och Server Page-teknologier med Java-databasanslutning (JDBC), vilket gör den både server- och plattformsoberoende. Sequerome är kompatibelt med i princip alla Java-aktiverade, grafiska webbläsare men nås bättre med Internet Explorer och kan köras på de flesta operativsystem utrustade med en Java Virtual Machine (JVM) och Jakarta Tomcat- server. Slutanvändare måste ladda ner plugins för att se strukturen för molekyler från proteindatabanken (t.ex. PyMOL, Cn3D, Rasmol, SwissPDB, etc.).
Ytterligare vägbeskrivningar
"Post- genomics "-eran har gett upphov till en rad webbaserade verktyg och programvara för att kompilera, organisera och leverera stora mängder primär sekvensinformation , såväl som proteinstrukturer , genkommentarer, sekvensanpassningar och annan vanlig bioinformatik uppgifter. En enkel webbsökning returnerar hur många sådana tjänster och mjukvaruverktyg som helst.
Vidare läsning
- "A Bigger BLAST ", NetWatch, Science VOL 309, 23 september 2005, p-1971 doi : 10.1126/science.309.5743.1971b .
- "Seq and Find", WebWatch-funktion, Biotechniques , volym 39, nummer 5: s 629.
- "Ett webbaserat gränssnitt som underlättar sekvens till strukturanalys av BLAST -anpassningsrapporter", Biotechniques Volym 39, nummer 2: s 186–188.