Lista över programvara för inriktningsvisualisering
Den här sidan är ett underavsnitt av listan över program för sekvensjustering .
Visualiseringsverktyg för flera inriktningar har vanligtvis fyra syften:
- Hjälper till allmän förståelse av storskaliga DNA- eller proteinanpassningar
- Visualisera justeringar för figurer och publicering
- Redigera och kurera manuellt genererade justeringar
- Analys på djupet
Resten av denna artikel är fokuserad på endast flera globala anpassningar av homologa proteiner. De två första är en naturlig följd av att de flesta representationer av anpassningar och deras anteckningar är oläsliga för människor och bäst skildras i det välbekanta sekvensrad- och anpassningskolumnformatet, varav exempel är utbredda i litteraturen. Den tredje är nödvändig eftersom algoritmer för både multipelsekvensinriktning och strukturell inriktning använder heuristik som inte alltid fungerar perfekt. Det fjärde är ett utmärkt exempel på hur interaktiva grafiska verktyg gör det möjligt för en arbetare som är involverad i sekvensanalys att bekvämt utföra en mängd olika beräkningsverktyg för att utforska en anpassnings fylogenetiska implikationer; eller, för att förutsäga strukturen och funktionella egenskaperna hos en specifik sekvens, t.ex. jämförande modellering.
Justera tittare, redaktörer
| namn | Strukturförutsägelseverktyg integrerade | Kan ställa in sekvenser | Kan beräkna fylogenetiska träd | Andra funktioner | Formatstöd | Licens | Kan köras på webbläsare | Operativa plattformar | Länk |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alan | Nej | Nej | Nej | Tillåter sekvensanpassningar att ses snabbt och direkt i en linux-terminal utan X-vidarebefordran | FASTA , Clustal | Gratis, GPL 3 | Nej | Linux terminal | Officiell hemsida |
| Ale ( emacs plugin) | Nej | Ja | Nej | Nej | GenBank, EMBL, FASTA , PHYLIP | Gratis, GPL | Nej | GNU Emacs | Officiell hemsida |
| AliView 2021 | Nej | MUSKEL integrerad; andra program som MAFFT kan definieras | Externa program som FastTree kan anropas inifrån | Snabb, enkel navigering genom obegränsad zoom-in-ut-funktion på mushjulet. Hanterar obegränsade filstorleksjusteringar. Degenererad primerdesign. | FASTA , FASTQ , PHYLIP , Nexus , MSF, Clustal | Gratis, GPL 3 | ? | Cross-platform -Mac OS, Linux, Windows |
Officiell hemsida |
| alv | Nej | Nej | Nej | Konsolbaserad (ingen GUI), men ändå med färger. Kodande DNA färgas av kodon. | FASTA , PHYLIP , Nexus , Clustal , Stockholm | Gratis, GPL 3 | Nej | Cross-plattform | Officiell hemsida , se även alv på GitHub |
| arb | struktur redigerbar, visa bindning i helixsekvensregioner, 2D-molekylvisare | MUSCLE, MAFFT, ClustalW, ProbCons, FastAligner (region-align+auto-referens) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHYML, Phylip, FastTree2, MrBayes | Redigerar enorma justeringar och träd. Stöder NUC + AA. Visar kodon under DNA. Anpassad kolumnmarkering (t.ex. genom bevarandeprofiler). Designar, matchar och visualiserar sonder . | FASTA , GenBank , EMBL , Newick | Proprietär , gratisprogram , arb-licens , öppen modifierbar källa | Nej | Linux, Mac OS (hembrew) | Officiell hemsida |
| Bas för bas | Nej | MUSKEL | UPGMA, NJ , kompletta och enkla länkar, WPMGA | Visuell sammanfattning, procentidentitetstabeller, några integrerade avancerade analysverktyg | Genbank, FASTA , EMBEL, Clustal , bas-för-bas-filer | Proprietär , gratisprogram , måste registreras | ? | ? | Officiell hemsida |
| BioEdit | Nej | Clustal W | Rudimentär, kan läsa PHYLIP | Plasmidritning, ABI-kromatogram, | Genbank, FASTA , PHYLIP 3.2 och 4, NBRF-PIR | Proprietär , gratisprogram | Nej | Windows (95/98/NT/2000/XP) | Officiell hemsida |
| BioNumerics | Nej | Ja | Ja | ? | Genbank, FASTA | Proprietär , kommersiell | ? | ? | Officiell hemsida |
| bioSyntax | Nej | Nej | Nej | Stöd för inbyggd syntaxmarkering för Vim , less , gedit och Sublime | FASTA , FASTQ , Clustal , SAM , VCF och mer | Gratis, GPL 3 | Nej | Vim, Less, GEdit och Sublime | Officiell hemsida |
| BoxShade | Nej | Nej | Nej | Speciellt för flera justeringar | MSF-format som skrivits av PILEUP, READSEQ eller SEQIO (fmtseq); ALN-format som skrivet av Clustal W | Gratis, allmän egendom | Nej | MSDOS, VMS | Officiell hemsida |
| BIO | Nej, men kan läsa-visa 2D-strukturkommentarer | Clustal W | Nej | Dotplot, 6 bildrutor översättning, Blast | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , PIR , PRINTS | Proprietär , gratisprogram | Nej | Plattformsövergripande -Mac OS, Linux, Windows | Officiell hemsida |
| CLC viewer (gratisversion) | Endast kommersiell version | Clustal , MUSCLE, T-Coffee, MAFFT, Kalign, diverse | UPGMA, NJ | Arbetsflöden, blast-genbank-sökning | många | Proprietär , gratisprogram . Fler alternativ tillgängliga i kommersiella versioner. | Nej | ? | Officiell hemsida |
| CIAlign | Nej | Nej | Nej | Visualisering av justering som publiceringsfärdiga bilder, justering av justering. | FASTA | Gratis, MIT | Nej | Linux, Windows, MacOS | Officiell hemsida |
| Clustal X-visare | Nej | Clustal W | NJ | Analys av uppriktningskvalitet | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP | Proprietär , gratisprogram för akademiskt bruk | Nej | Kommandorad | Officiell hemsida |
| Cylindrisk uppriktningsapp | Nej | Nej | Nej | 3D, animation, drilldown, val av legend | BLAST XML, proprietär XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, kan utökas av användaren med XSLT | Gratis, CDDL 1. Tillgänglig för dubbel licensiering. | ? | Plattformsövergripande -Mac OS, Linux, Windows | Officiell hemsida |
| Cylindrisk BLAST Viewer | Nej | Nej | Nej | 3D, animation, drilldown, val av legend | BLAST XML, proprietär XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, kan utökas av användaren med XSLT | Gratis, GPL | ? | ? | Officiell hemsida |
| DECHIFFRERA | Ja | Ja | UPGMA, NJ , ML | Primer-Probe design, Chimera fynd | FASTA, FASTQ, GenBank | Gratis, GPL | Nej | Mac OS, Windows | Officiell hemsida |
| Discovery Studio | Ja | Align123, Clustal W, S-ALIGN | UPGMA, NJ , med bootstrap och bästa träd | Visualizer stöder 2D och 3D struktur och sekvens; fullständig version har omfattande funktionalitet för protein, nukleotider, mer | BSML, EMBL, GB, HELM, Clustal , FASTA , GDE, PDB , SEQ, SPT, ... | Proprietär , kommersiell , Viewer är gratisprogram | ? | Linux, Windows | Officiell hemsida |
| DNASP | ? | ? | ? | Kan beräkna flera populationsgenetikstatistik, rekonstruera haplotyper med PHASE | FASTA , Nexus , MEGA, PHYLIP | Proprietär , kommersiell , gratisprogram för icke-kommersiellt bruk | ? | Plattformsövergripande -Mac OS, Linux, Windows | Officiell hemsida |
| DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite | Ja | Ja | Ja | Justera DNA-, RNA-, protein- eller DNA+-proteinsekvenser via en mängd olika parvisa och multipla sekvensanpassningsalgoritmer, generera fylogenetiska träd för att förutsäga evolutionära relationer, utforska sekvensspår för att se GC-innehåll, gapfraktion, sekvenslogotyper, translation | ABI, DNA Multi-Seq, FASTA , GCG Pileup, GenBank, Phred | Proprietära , kommersiella , akademiska licenser tillgängliga | ? | Mac OS, Windows | Officiell hemsida |
| emacs - bioläge | ? | ? | ? | ? | ? | Gratis, GPL | ? | ? | Officiell hemsida |
| FLAK | Nej | Kan utföra suddig inriktning av hela genomet | Nej | Mycket snabb, mycket anpassningsbar, visualisering är WYSIWYG med filtrering och otydliga alternativ | FASTA | Proprietär , kommersiell , gratisprogram för icke-kommersiellt bruk | ? | ? | Officiell hemsida |
| Genedoc | Nej, men kan läsa-visa kommentarer | Parvis | Nej, men kan läsa-visa kommentarer | gel simulering, statistik, flera vyer, enkelt | många | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell webbplats tabell över funktioner |
| Genialisk | Ja - drivs av EMBOSS- verktyg | Clustal , MUSKEL, MAUVE, profil, översättning | UPGMA, NJ , PhyML, MrBayes plugin, PAUP* plugin | Helgenomsamling, restriktionsanalys, kloning, primerdesign, dotplot, mycket mer | >40 filformat importerade och exporterade | Proprietär , kommersiell ; personlig, flytande | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Officiell hemsida |
| Integrated Genome Browser (IGB) | Nej | Nej | Nej | Sekvenser och funktioner från filer, URL:er och godtyckliga DAS- och QuickLoad-servrar | BAM, FASTA , PSL | Gratis, CPL | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Officiell hemsida |
| interaktiva livets träd (iTOL) | Nej | Nej | ? | Filogenetisk trädvisare-annoteringsverktyg som kan visualisera justeringar direkt på trädet. Olika andra datauppsättningstyper kan visas förutom justeringar. | FASTA | Proprietär , fri användning | Ja | Webbläsare | Officiell hemsida |
| IVisTMSA | Nej | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, MUSCLE, BioJava är integrerade för att konstruera inriktning | Trädberäkningsverktyg beräknar fylogenetiskt träd med BioJava API och låter användaren rita träd med Archeopteryx | Programvaran är ett paket med 7 interaktiva visuella verktyg för flera sekvensjusteringar. Huvudfokus är att manipulera stora linjer. Inkluderar MSApad, MSA-jämförare, MSA-rekonstruktionsverktyg, FASTA -generator och MSA ID-matriskalkylator | Clustal W, MSF, PHYLIP , PIR , GDE, Nexus | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| Jalview | Sekundär strukturförutsägelse via JPred 4 | Clustal O , Clustal , GLprobs, MSAprobs, MUSCLE , MAFFT , Probcons, TCoffee, via webbtjänster | UPGMA , NJ | Sekvenser och funktioner hämtade från användarkonfigurerbara och offentligt registrerade servrar, t.ex. EMBL , EBI , PDB , Pfam , Rfam , UniProt Accession-hämtning. Hämtning av struktur/modelldata från PDB och 3D-Beacons inklusive PDBe , AlphaFold DB , SWISS-MODEL . | FASTA , Pfam , MSF, Clustal , BLC, PIR , Stockholm , VCF , AMSA, BioJSON, Clustal, ENA , GenBank , GFF2 , GFF3 , JnetFile, PHYLIP , PileUp , RNAML, CIF , mmCIF , PDB . | Gratis, GPL | JalviewJS (Javascript) | Cross-platform - macOS, Linux, Windows, annat med Java Virtual Machine. | Officiell hemsida |
| Jevtrace | Integrerad med strukturvisaren WebMol | Nej | Nej | En multivalent webbläsare för sekvensanpassning, fylogeni och struktur. Utför en interaktiv evolutionär spårning och annan fylogeni-inspirerad analys. | FASTA , MSF, Clustal , PHYLIP , Newick , PDB | Proprietär , kommersiell , gratisprogram för akademiskt bruk | ? | Plattformsövergripande -Mac OS, Linux, Windows |
Officiell hemsida manual |
| JSAV | Nej | Nej | Nej | En JavaScript-komponent som gör det möjligt att integrera en anpassningsvisare på webbsidor | En rad JavaScript-objekt | Gratis, GPL 2 | Ja | Webbläsare | Officiell hemsida |
| Lucid Align | Nej | Nej | Nej | Native desktop alignment viewer, använder styrplatta/musgester. Tillåter streaming av fjärrdata | BAM, FASTQ, FASTA | Proprietär , kommersiell , gratisprogram för akademiskt bruk | Nej | Mac OS | Officiell hemsida |
| Maestro | Ja | Clustal X | Ja | Kartläggning från sekvens till 3D-struktur, struktur-sekvensredigering-modellering | Clustal , FASTA PDB | Proprietär , gratisprogram för akademiskt bruk | ? | ? | Officiell hemsida |
| MEGA | Nej | Infödd Clustal W | UPGMA, NJ , ME, MP, med bootstrap och konfidenstest | Utökat stöd till fylogenetisk analys | FASTA, Clustal , Nexus, MEGA, etc. | Proprietär , gratisprogram , måste registreras | ? | ? | Officiell hemsida |
| Molecular Operating Environment (MOE) | Ja | Ja | Ja | Del av en omfattande samling av applikationer för sekvens till struktur, inklusive homologimodellering; 3D-visualisering etc. | Clustal , FASTA , PDB , EMBL, GCG, GCG_MSF, Genbank, PHYLIP , PIR , raw_seq | Proprietär | ? | ? | Officiell hemsida |
| MSAReveal.org | Nej | Nej | Nej | Valfri färg. Om du trycker på AA visas 3-bokstavskod och sekvensnummer. Att trycka på konsensus visar AA-frekvenser i den kolumnen. Antal och procentandelar av aromater, laddade, luckor. | FASTA | Gratis, Creative Commons Attribution Ickekommersiell Dela lika | ? | ? | Officiell hemsida |
| Multiseq ( VMD- plugin) | Nej, men kan visa och justera 3D-strukturer | Clustal W, MAFFT, Stämpel (strukturell) | Procent identitet, Clustal , MAFFT, Strukturell | Skriptning via Tcl , mappning från sekvens till 3D-struktur | FASTA, PDB, ALN, PHYLIP , NEXUS | Proprietär , gratisprogram , men VMD är endast gratis för icke-kommersiellt bruk | ? | ? | Officiell hemsida |
| MView | Nej | Nej | Nej | Staplade anpassningar från blast- och fasta-sviter, olika MSA-formatkonverteringar, HTML-uppmärkning, konsensusmönster | BLAST-sökning, FASTA -sökning, Clustal , HSSP, FASTA , PIR , MSF | Gratis, GPL | Nej | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Officiell hemsida |
| PFAAT | Nej, men kan visa 3D-strukturer | Clustal W | NJ | Manuell anteckning, bevarandepoäng | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PFAAT | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| Ralee (emacs plugin för RNA al. redigering) | ? | RNA struktur | ? | ? | Stockholm | Gratis, GPL | ? | ? | Officiell hemsida |
| S2S RNA-redigerare | 2D-struktur | Rnalign | Nej | Bas-bas-interaktioner, 2D-3D-visare | FASTA , RnaML | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| Havsutsikt | Nej | lokal MUSKEL- Clustal W | Parsimony, distansmetoder, PhyML | Punkt-plot, vim -liknande redigeringsnycklar | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , MASE | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| Seqotron | Nej | MUSKEL , MAFFT | UPGMA , NJ , ML (Physher) | Manuell justering, trädvisualisering | Nexus , Clustal , FASTA , PHYLIP , MEGA , Stockholm , NBRF/ PIR , GDE flat | Gratis, GPL | ? | Mac OS X | Officiell webbpublicering |
| Sequilab | Ja | Ja | Nej | Länka anpassningsresultat till analysverktyg (primerdesign, gelmobilitet och kartor, Plasmapper, siRNA-design Epitopprediktion), spara forskningsloggar, skapa anpassade verktygsfält | Accessnummer, GI-nummer, PDB ID, FASTA , dra-släpp från extern URL från användargränssnittet | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| SeqPup | Nej | ? | ? | ? | ? | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| Sequlator | Nej | Parvis inriktning | Nej | enkel anpassningsredigering | Läkare Utan Gränser | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| SnipViz | Nej | Nej | Nej (men kan visa dem) | Rent Javascript och HTML; lämplig att integrera i webbplatser | FASTA, newick | Gratis, Apache 2.0 | Ja | Webbläsare | Officiell webbplats , publicering |
| Rem | Jnet, NNPREDICT, Coiled coil, 16 olika TM-helix | 15 olika metoder | NJ | Punkt-plot, struktur-grannar, 3D-superposition, Blast-search, Mutation-SNP-analys, Sekvensfunktioner, BioJava -gränssnitt | MSF, Stockholm , Clustal W, Nexus , FASTA , PDB , Embl, GenBank , hssp, Pfam | Gratis, GPL | ? | ? | Officiell hemsida |
| Läsplatta | Nej | Nej | Nej | Högpresterande grafisk visningsprogram för att se nästa generations sekvenssammansättningar och justeringar. | ACE , AFG, MAQ, SOAP2, SAM , BAM , FASTA , FASTQ , GFF3 | Gratis, BSD 2-klausul | ? | ? | Officiell hemsida |
| UGENE | Ja | MUSCLE , Kalign, Clustal W, ClustalO, ClustalX, MAFFT , T-Coffee , Smith–Waterman algoritm | Ja | Många | FASTA , FASTQ , GenBank , EMBL , ABIF, SCF, Clustal W, Stockholm , Newick, PDB , MSF, GFF | Gratis, GPL | ? | ? | Officiell hemsida |
| VISSA sekvensstrukturvisare | DSSP sekundär struktur | Clustal X | Nej | Kartläggning från sekvens till 3D-struktur | Clustal , FASTA | Proprietär , gratisprogram | ? | ? | Officiell hemsida |
| DNApy | Nej | MUSKEL | Nej | Redigering av GenBank-filer, plasmidritning, ABI-kromatogram, | FASTA , FASTQ , GenBank | Gratis, GPL 3 | ? | ? | Officiell hemsida |
| Alignment Annotator | Ja | Genom sekvens eller blandad sekvens och struktur | Inkluderar Archaeopteryx | DAS och användardefinierade kommentarer. Skrivbart. Exportera till HTML, Word, Jalview . | Många | Gratis, GPL | Ja | iOS, Android, MS-Mobile, Webbläsare |
Officiell hemsida |
